Using Multiplex Molecular Testing to Determine the Etiology of Acute Gastroenteritis in Children.

OBJECTIVE: To detect the etiologic agents of acute gastroenteritis (AGE) in children using broad molecular-based techniques, and compare clinical presentations among etiologies. STUDY DESIGN: This was a prospective population-based surveillance study of children aged <6 years with AGE conducted between 2008 and 2011 as part of the New Vaccine Surveillance Network. Stools from patients and healthy controls were tested for 21 gastrointestinal pathogens using the analyte-specific reagent Gastrointestinal Pathogen Panel and an additional reverse transcription real-time polymerase chain reaction assay for sapovirus and astrovirus. RESULTS: Of the 216 stool samples from patients with AGE, 152 (70.4%) tested positive for a pathogen, with norovirus genogroup II (n = 78; 36.1%) and Clostridium difficile (n = 35; 16.2%) the most common pathogens detected. Forty-nine patients (22.7%) tested positive for more than 1 pathogen, including 25 (71%) with a C difficile detection. There were no significant clinical differences among the patients with no pathogen detected, those with a single pathogen detected, and those with ≥2 pathogens detected. CONCLUSION: Using a broad molecular testing approach, high rates of enteropathogens were detected in children with AGE, dominated by norovirus genogroup II and C difficile. Coinfections were common but had no identifiable impact on clinical manifestations. As routine diagnostics of AGE progressively evolve toward nucleic acid-based pathogen detection, ongoing systematic studies are needed to better analyze the clinical significance of results.

Diagnóstico molecular de las enfermedades infecciosas

Durante el transcurso de los últimos años, el desarrollo y la aplicación de ténicas diagnósticas moleculares ha iniciado una revolución en el diagnóstico y monitoreo de las enfermedades infecciosas. las características fenotípicas microbianas están siendo utilizadas en la mayoría de los laboratorios de rutina para la identificación y diferenciación. Las técnicas con ácidos nucleicos, tales como los diversos métodos para generar polimorfismos de longitud en fracmentos de restricción en cadera de la polimerasa (PCR), incursionan cada vez con mayor frecuencia en los laboratorios clínicos. Las técnicas del PCR para detectar los agentes causales de enfermedad directamente de las mustras clínicas, sin la necesidad de cultivos, han sido útiles en la detección rápida de microorganismos no cultivables o exigentes. Además, el análisis de las secuencias amplificadas de DNA microbiano permite la identificación y una mejor caracterización del patógeno. La variación a nivel de subespecies, identificada por varias técnicas, ha demostrado ser importante en el pronóstico de ciertas enfermedades. Otros avances importantes incluyen la determinación de la carga viral y la detección de genes o mutaciones génicas responsables de la resistencia a drogas. La automatización y el software fácil de usar hacen que estas tecnologías estén disponibles. En todos los casos, la detección de agentes infecciosos a nivel de ácido nucleico representa una sítesis verdadera de las ténicas de quimica clínica y microbiología clínica.