Utilidad de la implementación de un método molecular automatizado en el diagnóstico de agentes causales de infecciones de transmisión sexual / Usefulness of the implementation of an automated molecular method in the diagnosis of causal agents of sexually transmitted infections / Utilidade da implementação de um método molecular automatizado no diagnóstico de agentes causais de infecções sexualmente transmissíveis

Resumen Se presentan los resultados obtenidos en los primeros meses desde la implementación del diagnóstico de agentes causales de infecciones de transmisión sexual (ITS) por PCR en tiempo real en un sistema automatizado. Se estudiaron 46 muestras endocervicales y 39 muestras de uretra masculina, por examen microscópico en fresco, coloración de Gram, cultivo en agar sangre, agar Thayer Martin, galerías miniaturizadas para investigar Ureaplasma spp. y Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, Francia) y PCR múltiple para Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis . Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, EE.UU.). Mediante PCR múltiple se detectó un agente vinculado a ITS en el 48,7% de las muestras uretrales y en el 21,7% de las muestras endocervicales, además de 5 casos de coinfección. El 18,8% de las infecciones se diagnosticaron sólo por PCR. Estos datos demuestran que mediante PCR se optimizó el diagnóstico de ITS en personas de ambos sexos.

Abstract The results obtained in the first months after the implementation of the diagnosis of causative agents of sexually transmitted infections (STIs) by real- time PCR in an automated system are presented. Forty-six endocervical samples and 39 male urethral samples were studied by fresh microscopic examination, Gram staining, blood agar culture, Thayer Martin agar, miniaturised galleries to investigate Ureaplasma spp. and Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, France), and multiplex PCR for Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis and Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, USA). Using multiplex PCR, an agent linked to STIs was detected in 48.7% of the urethral samples and in 21.7% of the endocervical samples, in addition to 5 cases of coinfection. A total of 18.8% of the infections were diagnosed only by PCR. These data show that PCR optimised the diagnosis of STIs in people of both sexes.

Resumo São apresentados os resultados obtidos nos primeiros meses a partir da implementação do diagnóstico de agentes causadores de infecções sexualmente transmissíveis (ISTs) por PCR em tempo real em um sistema automatizado. Quarenta e seis amostras endocervicais e 39 amostras uretrais masculinas foram estudadas por exame microscópico fresco, coloração de Gram, cultura de ágar sangue, ágar Thayer Martin, galerias miniaturizadas para investigar Ureaplasma spp. e Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, França) e PCR múltiplo para Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis e Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, EUA). Utilizando PCR múltiplo, um agente ligado a IST foi detectado em 48,7% das amostras uretrais e em 21,7% das amostras endocervicais, além de 5 casos de coinfecção; 18,8% das infecções foram diagnosticadas apenas por PCR. Esses dados mostram que através do PCR foi otimizado o diagnóstico de IST em pessoas de ambos os sexos.

Orquiepididimitis por Haemophilus parainfluenzae: caso clínico y revisión de la literatura / Orchiepididymitis due to Haemophilus parainfluenzae: case report and review of the literature / Orquiepididimite por Haemophilus parainfluenzae: caso clínico e revisão da literatura

Resumen Haemophilus parainfluenzae forma parte de la microbiota normal de la cavidad oral y del tracto respiratorio superior. Es un reconocido agente causal de endocarditis y, con menor frecuencia, de enfermedades como neumonía, sepsis, osteomielitis, celulitis, meningitis y gastroenteritis aguda. Aquí se presenta un caso de orquiepididimitis en un joven adulto donde H. parainfluenzae, confirmado por espectrometría de masas (MALDI-TOF MS), fue el único patógeno detectado. Este caso contribuye a valorar el rol de H. parainfluenzae como patógeno humano, aislado a partir de sitios diferentes del torrente sanguíneo y las vías respiratorias.

Abstract Haemophilus parainfluenzae is part of the normal microbiota of the oral cavity and the upper respiratory tract. It is a recognised causal agent of endocarditis and, less frequently, of diseases such as pneumonia, sepsis, osteomyelitis, cellulitis, meningitis, and acute gastroenteritis. A case of orchiepididymitis in a young adult is reported, where H. parainfluenzae, confirmed by mass spectrometry (MALDI-TOF MS), was the only pathogen detected. This case contributes to assess the role of H. parainfluenzae as a human pathogen, isolated from sites other than the bloodstream and the respiratory tract.

Resumo Haemophilus parainfluenzae faz parte da microbiota normal da cavidade oral e do trato respiratório superior. É um reconhecido agente causal de endocardite e, menos frequentemente, de doenças como pneumonia, sepse, osteomielite, celulite, meningite e gastroenterite aguda. Aqui é relatado um caso de orquiepididimite em um adulto jovem onde H. parainfluenzae, confirmado por espectrometria de massa (MALDI-TOF MS), foi o único patógeno detectado. Este caso contribui para avaliar o papel do H. parainfluenzae como patógeno humano, isolado de outros locais que não sejam a corrente sanguínea e o trato respiratório.

Utilidad del panel FilmArray® BCID en la detección de bacteriemia: estudio multicéntrico latinoamericano / Usefulness of the FilmArray® BCID panel in the detection of bacteremia: Latin American multicenter study

Resumen Los objetivos de este estudio fueron determinar el desempeño del panel BCID de FilmArray® y establecer el impacto de estos resultados en el tratamiento antimicrobiano de pacientes con bacteriemia en 11 hospitales de Latinoamérica. Se incluyeron 397 episodios de bacteriemia y se documentaron 551 microorganismos aislados de hemocultivos. La identificación microbiana fue correcta en el 91,4% (504/551) de los aislados y en el 98,6% (504/511) si se consideran solo los microorganismos incluidos en el panel BCID. La sensibilidad en la detección de los genes mecA, vanA/B y blaKPC fue del 100% y la especificidad fue del 97%, 100% y 99,6% respectivamente. La notificación temprana del resultado permitió cambios terapéuticos en 242 episodios (60,9%). El panel BCID es un método confiable y rápido para la detección de mecanismos críticos de resistencia y de los microorganismos más frecuentemente aislados de bacteriemias y permite la optimización temprana del tratamiento antimicrobiano.

Abstract The objectives of this study were to determine the performance of the BCID panel and to establish the impact of these results on the antimicrobial treatment of patients with bacteremia in 11 hospitals in Latin America. Three hundred and ninety-seven episodes of bacteremia were included and 551 microorganisms isolated from blood cultures were documented. Microbial identification was correct in 91.4% (504/551) of the isolates and in 98.6% (504/511) if only the microorganisms included in the BCID panel are considered. The sensitivity in the detection of the genes mecA, vanA/B and blaKPC was 100% and the specificity was 97%, 100% and 99.6% respectively. Early notification of the outcome allowed therapeutic changes in 242 episodes (60.9%). The BCID panel is a reliable and rapid method for the detection of critical resistance mechanisms and of the microorganisms most frequently isolated from bacteremia and it enables early optimisation of antimicrobial treatment.

Resumo Os objetivos deste estudo foram determinar o desempenho do painel BCID do FilmArray® e estabelecer o impacto desses resultados no tratamento antimicrobiano de pacientes com bacteremia em 11 hospitais da América Latina. Trezentos e noventa e sete episódios de bacteremia foram incluídos e 551 microrganismos isolados de hemoculturas foram documentados. A identificação microbiana foi correta em 91,4% (504/551) dos isolados e em 98,6% (504/511) considerando apenas os microrganismos incluídos no painel BCID. A sensibilidade na detecção dos genes mecA, vanA/B e blaKPC foi de 100% e a especificidade foi de 97%, 100% e 99,6% respectivamente. A notificação precoce do desfecho permitiu mudanças terapêuticas em 242 episódios (60,9%). O painel BCID é um método confiável e rápido para a detecção de mecanismos críticos de resistência e dos microrganismos mais frequentemente isolados da bacteremia e permite a otimização precoce do tratamento antimicrobiano.

Implementación del método de FilmArrayTM en pacientes pediátricos con infecciones severas / Implementation of the FilmArrayTM method in pediatric patients with severe infections / Implementação do método de matriz do FilmArrayTM em pacientes pediátricos com infecções graves

Se evaluó la implementación del método de PCR múltiple FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, EE.UU.) en 21 niños con infección respiratoria aguda baja, 3 con meningoencefalitis, y un caso de sepsis. Se registraron el tiempo de demora hasta obtener el resultado y adecuar el tratamiento, los días de internación, los patógenos detectados y el costo de la incorporación de esta metodología. En los niños estudiados con FilmArrayTM el resultado estuvo disponible a los 90 minutos desde la toma de la muestra. Se detectaron patógenos no demostrados por los métodos disponibles, como Rhinovirus, además de diagnosticar coinfección viral; el tiempo promedio de estadía resultó 5 días. Se estimó reducir un 40% el costo global de internación. La implementación de FilmArrayTM resultó sencilla y se pudo incorporar a la sistemática de trabajo. Si bien esta experiencia incluyó un bajo número de pacientes, aportó información que demuestra el potencial de esta metodología para un mejor manejo del paciente crítico.

The implementation of multiple PCR FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, USA) for 21 children with low acute respiratory infection, 3 with meningoencephalitis, and 1 case of sepsis was evaluated. Delay time until the result was obtained and the treatment adapted, hospitalization days, pathogens detected and the cost of incorporating this methodology were all recorded. In the children studied with FilmArrayTM the result was available 90 minutes after the sample was taken. Pathogens were not demonstrated by the available methods, such as Rhinovirus, apart from diagnosing viral coinfection, the average length of stay was 5 days. It was estimated to reduce the overall cost of hospitalization by 40%. The implementation of FilmArrayTM was simple and could be incorporated into the work system. Although this experience included a low number of patients, it provided information that demonstrates the potential of this methodology for better management of the critical patient.

Foi avaliada a implementação do método de PCR múltiplo FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, EUA) em 21 crianças com infecção respiratória aguda baixa, 3 com meningoencefalite e um caso de sepse. O tempo de atraso foi registrado até a obtenção do resultado e a adaptação do tratamento, dias de internação, patógenos detectados e o custo da incorporação dessa metodologia. Nas crianças estudadas com o FilmArrayTM, o resultado ficou disponível 90 minutos após a coleta da amostra; foram detectados os patógenos não demonstrados pelos métodos disponíveis, como o Rinovírus, além de diagnosticar a coinfecção viral; o tempo médio de permanência foi de 5 dias. Foi estimado reduzir o custo total da hospitalização em 40%. A implementação do FilmArrayTM foi simples e pôde ser incorporada à sistemática de trabalho. Embora essa experiência tenha incluído um número de pacientes baixo, forneceu informações que demonstram o potencial dessa metodologia para um melhor gerenciamento do paciente crítico.

Epidemiología de la faringitis aguda bacteriana en un hospital general de agudos / Epidemiology of acute bacterial pharyngitis in a general acute care hospital / Epidemiologia da faringite bacteriana aguda em um hospital geral de cuidados agudos

La faringitis aguda bacteriana (FAB) representa entre un 20 a 30% de las faringitis. El principal agente causal es Streptococcus pyogenes. Se revisó retrospectivamente la información microbiológica disponible entre 2010 y 2016, para analizar la incidencia de la FAB, sus agentes causales, la incidencia de casos según el período estacional y rango etario. Se determinó el porcentaje de resistencia (R) de S. pyogenes a eritromicina y el fenotipo predominante. Se diagnosticó FAB en 21,5% de 3.246 cultivos, donde 89% fueron causados por S. pyogenes. El 35,3% de las FAB se presentó en niños de 7 a 10 años, seguido por el grupo de mayores de 15 años (31,3%). Se evidenció un aumento de faringitis por Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis en 2011 y 2014; 56,2% de los casos se diagnosticaron en mayores de 15 años. Hubo 3 casos de FAB por Arcanobacterium haemolyticum. El 36,1% de las faringitis se presentaron en primavera, con un aumento significativo durante las correspondientes a 2010 y 2016. La R global a eritromicina en S. pyogenes fue del 16,6% con predominio del fenotipo M. El valor de R encontrado fue superior al ser comparado con otras estadísticas similares, lo que demostró la importancia de monitorear este dato, dado que es el antibiótico alternativo en pacientes alérgicos a penicilina.

Acute bacterial pharyngitis (ABP) accounts for 20 to 30% of acute pharyngitis. The most common bacterial agent is Streptococcus pyogenes. A retrospective, record-based study was carried out based on the microbiological records from 2010 to 2016, analyzing ABP's incidence, its causal agents and its incidence according to the season and age range. Erythromycin resistance and the main resistance phenotype were determined in S. pyogenes. Acute bacterial pharyngitis was diagnosed in 21.5% out of 3.246 cultures, 89% were due to S. pyogenes, 36.3% of patients were children between 7 to 10 years old and 31.3% were older than 15 years of age. There was a significant increase in pharyngitis due to Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis since 2010 (p<0.05), 52.5% were detected in patients older than 15 years of age. There were only three cases of ABP produced by Arcanobacterium haemolyticum. A total of 36.1% of pharyngitis occurred during spring, with a significant increase during 2010 and 2016 springs. Global erythromycin resistance in S. pyogenes was 16.6% with predominance of the M phenotype. This resistance rate is higher than that described in other similar series, demonstrating the importance of continuously monitoring of macrolide R in S. pyogenes, since they are the antibiotics of choice to treat pharyngitis in patients allergic to penicillin.

A faringite bacteriana aguda (FAB) representa entre 20 e 30% das faringites. O principal agente causador é Streptococcus pyogenes. Foi revista retrospectivamente a informação microbiológica disponível entre 2010 e 2016, para analisar a incidência da FAB, seus agentes causadores, a incidência de casos de acordo com o período sazonal e a faixa etária. A percentagem de resistência (R) de S. pyogenes à eritromicina e ao fenótipo predominante foram determinadas. Foi diagnosticado FAB em 21,5% de 3,246 culturas, 89% das quais foram causadas por S. pyogenes. 35,3% das FAB se apresentou em crianças de 7 a 10 anos, seguidas pelo grupo de mais de 15 anos (31,3%). Houve aumento de faringite por Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis em 2011 e 2014; 56,2% dos casos foram diagnosticados em jovens de mais de 15 anos. Houve 3 casos de FAB por Arcanobacterium haemolyticum. 36,1% das faringites ocorreu na primavera, com um aumento significativo em 2010 e 2016. A R global a eritromicina em S. pyogenes foi de 16,6% com prevalência do fenótipo M. O valor de R encontrado foi superior em comparação com outras estatísticas semelhantes, demonstrando a importância de monitorar esse dado, pois é o antibiótico alternativo em pacientes alérgicos à penicilina.

LED fluorescence microscopy in the diagnosis of tuberculosis: Fading and restaining of smears for external quality assessment.

Blinded rechecking is a method proposed for external quality assurance (EQA) of auramine-stained acid-fast bacilli (AFB) smears using fluorescence microscopy (FM), however, this procedure is not well developed and slides fading over time could compromise its implementation. Since bleaching of fluorescent molecules involves temperature-dependent chemical reactions, it is likely that low temperatures could slow down this process. We stored auramine-stained slides under different environmental conditions, including -20°C, and examined them over time. The slides stored in all the environments faded. At -20°C, fading was not reduced in relation to room temperature. Restaining and re-examining smears after five months showed that the slides containing saliva and storage at -20°C were associated with failure in AFB reappearance. In conclusion, the practice of freezing slides until they are viewed should be discouraged as it has a negative effect on blinded rechecking by reducing reading concordance after restaining. Specimen quality should be considered when interpreting FM-EQA results.