Evaluación de cuatro métodos de extracción del ADN de Histoplasma capsulatum y su uso en reacciones de PCR / Evaluation of four Histoplasma capsulatum DNA extraction methods and their use in PCR reactions

Histoplasma capsulatum es un hongo endémico de Cuba y el agente causal de la histoplasmosis. Estamicosis se presenta en forma de brotes epidémicos, afecta a las personas, independiente de su estadoinmunológico. Su diagnóstico se realiza mediante técnicas microbiológicas, serológicas e histológicas quetienen una sensibilidad moderada y son demoradas. Por lo que se hace necesario la estandarización demétodos moleculares rápidos y eficientes para el diagnóstico de esta micosis. Se evaluaron cuatro métodosde extracción del ADN (enzimático, mecánico y dos químicos: tiocianato de guanidinio y Tritón X-100) a partirde una cepa de H. capsulatum en fase filamentosa. Se determinó la concentración, la pureza, el rendimientoy la integridad del ADN mediante espectrofotometría y electroforesis en gel de agarosa. Se evaluaron dostécnicas de PCR con el ADN obtenido, con cebadores específicos de especie y otro con un cebador arbitrario. Los mejores resultados de concentración, pureza, rendimiento e integridad se obtuvieron con el método de extracción enzimático. Se logró la estandarización de las PCR con cebadores específicos,confirmándose así las 16 cepas estudiadas como H capsulatum. Con el cebador arbitrario se amplificaronsecuencias diferentes en las cepas ensayadas. Se demostró que el método de extracción enzimática brindóun ADN de buena calidad para su utilización en PCR. Este trabajo facilita el diagnóstico rápido y confiablede H. capsulatum en Cuba y brinda la posibilidad de identificar cepas con estructuras relacionadas genéticamente con los marcadores de patogenicidad y la virulencia, útiles para conformar un inmunógenovacunal(AU)

Histoplasma capsulatum is a fungus endemic from Cuba and it is the etiologic agent of histoplasmosis.This mycosis appears as epidemic outbreaks and affects people regardless their immunological status.Diagnosis of histoplasmosis is based on microbiological, histopathological and serological methods, which show moderated sensitivity or are time-consuming. Rapid and efficient molecular tools are highly demanding. Four DNA extraction methods (enzymatic, mechanic, and two chemistry: guanidine tiocianateand TX-100) were evaluated from a H. capsulatum strain in the mold phase. DNA concentration, purity,integrity and yield were estimated by spectrophotometry and agarose gel electrophoresis. Two PCRtechniques were tested using specific and arbitrary primers. The best DNA extraction method results wereobtained with the enzymatic procedure. Sixteen different Cuban H. capsulatum strains were confirmed by the PCR standardized with specific primers. Different sequences were amplified using the arbitrary primer. The enzymatic protocol is the best option for obtaining a good quality DNA for molecular analysis. This work has created a platform a faster and reliable diagnosis of H capsulatum in Cuba, and provides the ability to identify strains with genetically related structure of pathogenicity and virulence markers useful as vaccine immunogen(AU)

High-throughput SNP genotyping in the highly heterozygous genome of Eucalyptus: assay success, polymorphism and transferability across species.

BACKGROUND: High-throughput SNP genotyping has become an essential requirement for molecular breeding and population genomics studies in plant species. Large scale SNP developments have been reported for several mainstream crops. A growing interest now exists to expand the speed and resolution of genetic analysis to outbred species with highly heterozygous genomes. When nucleotide diversity is high, a refined diagnosis of the target SNP sequence context is needed to convert queried SNPs into high-quality genotypes using the Golden Gate Genotyping Technology (GGGT). This issue becomes exacerbated when attempting to transfer SNPs across species, a scarcely explored topic in plants, and likely to become significant for population genomics and inter specific breeding applications in less domesticated and less funded plant genera. RESULTS: We have successfully developed the first set of 768 SNPs assayed by the GGGT for the highly heterozygous genome of Eucalyptus from a mixed Sanger/454 database with 1,164,695 ESTs and the preliminary 4.5X draft genome sequence for E. grandis. A systematic assessment of in silico SNP filtering requirements showed that stringent constraints on the SNP surrounding sequences have a significant impact on SNP genotyping performance and polymorphism. SNP assay success was high for the 288 SNPs selected with more rigorous in silico constraints; 93% of them provided high quality genotype calls and 71% of them were polymorphic in a diverse panel of 96 individuals of five different species.SNP reliability was high across nine Eucalyptus species belonging to three sections within subgenus Symphomyrtus and still satisfactory across species of two additional subgenera, although polymorphism declined as phylogenetic distance increased. CONCLUSIONS: This study indicates that the GGGT performs well both within and across species of Eucalyptus notwithstanding its nucleotide diversity ≥ 2%. The development of a much larger array of informative SNPs across multiple Eucalyptus species is feasible, although strongly dependent on having a representative and sufficiently deep collection of sequences from many individuals of each target species. A higher density SNP platform will be instrumental to undertake genome-wide phylogenetic and population genomics studies and to implement molecular breeding by Genomic Selection in Eucalyptus.

Anomalía de Pelger-Huët: estudio clínico y ultraestructural en una familia del noroeste de México / The Pelger-Huët anomaly: a clinical and ultrastructural study of a family from Northeast Mexico

La anomalía de Pelger-Huët es una alteración benigna en la forma de los granulocitos que se hereda principalmente en forma autosómica dominante. La prevalencia de esta anomalía varía de país a país y en México está sería la sexta familia informada. Se presenta el caso de un niño de un año nueve meses de edad que fué detectado durante el estudio de anemia ferropénica con la cual se presentó al hospital; en su familia, de nueve miembros, se encontró la afección únicamente en el padre del paciente. Se practicó estudio de microscopía electrónica a los neutrófilos del padre del propositus y de un testigo normal; se encontró que los gránulos del paciente y su padre eran de tamano normal pero estaban disminuidos en cantidad. Se discute el modo de herencia, la presentación, la morfología, el diagnóstico diferencial y se enfatiza la importancia de reconocer esta anomalía y practicar consejo genético

Importancia de las anomalias cromosómicas en la producción de letales: estudio genético en parejas con aborto interativo / Importance of the chromosomic anomalies in the production of lethals: genetic study in couples with iterative abortion

1. En el presente trabajo se estableció, con una metodología epidemiológica aceptable y con la muestra de mayor tamaño existente en la literatura, el criterio de selección de mujeres con aborto iterativo, teniendo en cuenta el número y características de los embarazos previos. Por provenir la muestra de diversas maternidades latinoamericanas, este criterio tiene en cuenta la acción de factores ambientales no presentes en las definiciones utilizadas hasta el presente, las que fueron establecidas mediante el estudio de otros grupos poblacionales. 2. Se ha determinado el riesgo empírico para los futuros embarazos de mujeres con aborto espontáneo, según el orden y resultados de las gestaciones previas. Esta observación es de importancia, no sólo para el asesoramiento de parejas que consultan por infertilidad, sino para evaluar los resultados de agentes terapéuticos. 3. Se estudió por primera vez, en un total de 85 parejas con aborto iterativo, la posible existencia de un mecanismo génico responsable de la producción de letales. El análisis de la genealogía no sugirió ningún mecanismo de herencia génica. 4. El análisis de los dermatoglifos en las parejas con aborto iterativo no fue informativo. Esto difiere de lo encontrado en una muestra menor por otros autores y nos indica que esta técnica es de escaso valor en la evaluación de estas parejas. 5. Del análisis de las anomalías cromosómicas detectadas en 6 de las 85 parejas estudiadas citogenéticamente, se concluye que: a) con excepción de la translocación balanceada entre los cromosomas del grupo D y G detectada en una pareja, las cinco restantes no han sido descriptas en la literatura (Repository of chromosomal variants and anomalies - The John Hoplins University School of Medicine - August 1975). Esto nos ha permitido establecer el comportamiento de estas aberraciones y su acción sobre la fertilidad. Una de ellasm translocación por fuisión céntrica entre dos cromosomas N°14, determina un riesgo del 100 por ciento para la producción de letales, lo que constituye un hecho altamente infrecuente a nivel de asesoramiento genético... (TRUNCADO)(AU)

Importancia de las anomalias cromosómicas en la producción de letales: estudio genético en parejas con aborto interativo / Importance of the chromosomic anomalies in the production of lethals: genetic study in couples with iterative abortion

1. En el presente trabajo se estableció, con una metodología epidemiológica aceptable y con la muestra de mayor tamaño existente en la literatura, el criterio de selección de mujeres con aborto iterativo, teniendo en cuenta el número y características de los embarazos previos. Por provenir la muestra de diversas maternidades latinoamericanas, este criterio tiene en cuenta la acción de factores ambientales no presentes en las definiciones utilizadas hasta el presente, las que fueron establecidas mediante el estudio de otros grupos poblacionales. 2. Se ha determinado el riesgo empírico para los futuros embarazos de mujeres con aborto espontáneo, según el orden y resultados de las gestaciones previas. Esta observación es de importancia, no sólo para el asesoramiento de parejas que consultan por infertilidad, sino para evaluar los resultados de agentes terapéuticos. 3. Se estudió por primera vez, en un total de 85 parejas con aborto iterativo, la posible existencia de un mecanismo génico responsable de la producción de letales. El análisis de la genealogía no sugirió ningún mecanismo de herencia génica. 4. El análisis de los dermatoglifos en las parejas con aborto iterativo no fue informativo. Esto difiere de lo encontrado en una muestra menor por otros autores y nos indica que esta técnica es de escaso valor en la evaluación de estas parejas. 5. Del análisis de las anomalías cromosómicas detectadas en 6 de las 85 parejas estudiadas citogenéticamente, se concluye que: a) con excepción de la translocación balanceada entre los cromosomas del grupo D y G detectada en una pareja, las cinco restantes no han sido descriptas en la literatura (Repository of chromosomal variants and anomalies - The John Hoplins University School of Medicine - August 1975). Esto nos ha permitido establecer el comportamiento de estas aberraciones y su acción sobre la fertilidad. Una de ellasm translocación por fuisión céntrica entre dos cromosomas N°14, determina un riesgo del 100 por ciento para la producción de letales, lo que constituye un hecho altamente infrecuente a nivel de asesoramiento genético... (TRUNCADO)