Primer aislamiento y caracterización de la cepa prototipo del virus SARS-CoV-2 a inicios de la pandemia de la COVID-19 en el Perú

Introducción: Actualmente los contagios por el virus del SARS-CoV-2 supera los 600 millones de casos en el mundo. Objetivo: Aislar y caracterizar el virus SARS-CoV-2 causante de la COVID-19 a inicios de la pandemia en el Perú. Materiales y métodos: Se realizó el aislamiento viral a partir de 20 muestras de hisopado nasal y faríngeo positivas a SARS-CoV-2 por RT-PCR. El aislamiento se realizó en las líneas celulares Vero ATCC CCL-81 y Vero E6, evaluando el efecto citopático, la presencia del virus por RT-PCR, inmunofluorescencia indirecta (IFI) y posterior identificación por secuenciación genómica. Posteriormente, uno de los aislamientos de mayor circulación fue seleccionado y denominado cepa prototipo (PE/B.1.1/28549/2020), realizándose 10 pasajes sucesivos en células Vero ATCC CCL-81 para evaluar la dinámica de mutaciones. Resultados: Se observaron 11 aislamientos de virus por efecto citopático confirmándose por RT-PCR e IFI, de los cuales 6 fueron secuenciados identificándose los linajes B.1, B.1.1, B.1.1.1 y B.1.205, según el comité Pango de los genomas. La cepa prototipo corresponde a la variante B.1.1 y el análisis de las secuencias de los pasajes sucesivos mostró mutaciones a nivel de la proteína de la espiga (S) del virus, sin variación en la identidad del linaje. Conclusiones: Se aislaron 4 linajes en la línea celular Vero ATCC CCL-81. Los subcultivos en la misma línea celular muestran mutaciones en la proteína de la espiga, lo que indica mayor adaptabilidad a la célula hospedera y variación de la patogenicidad in vitro, comportamiento que le permite tener más éxito de supervivencia.

Introduction: Currently, infections caused by the SARS-CoV-2 virus exceed 600 million cases in the world. Objective: Isolation and characterization of the SARS-CoV-2 virus causing COVID-19 at the beginning of the pandemic in Peru. Materials and methods: Twenty nasal and pharyngeal swab samples were isolated from SARS-CoV-2 using two cell lines, Vero ATCC CCL-81 and Vero E-6; virus identification was performed by RT-PCR and the onset of cytopathic effect (CPE) was evaluated by indirect immunofluorescence and subsequent identification by genomic sequencing. One of the most widely circulating isolates were selected and named the prototype strain (PE/B.1.1/28549/2020). Then 10 successive passages were performed on Vero ATCC CCL-81 cells to assess mutation dynamics. Results: We detected 11 virus isolates by cytopathic effect, and subsequently confirmed by RT-PCR and indirect immunofluorescence. Of these, six were sequenced and identified as the lineages B.1, B.1.1, B.1.1.1, and B.1.205 according to the Pango lineage nomenclature. The prototype strain corresponded to lineage B.1.1. The analysis of the strains from the successive passages showed mutations mainly at in the spike (S) protein of the virus without variation in the identity of the lineage. Conclusions: Four lineages were isolated in the Vero ATCC CCL-81 cell line. Subcultures in the same cell line show mutations in the spike protein indicating greater adaptability to the host cell and variation in pathogenicity in vitro, a behavior that allows it to have more survival success.

Frecuencia elevada de casos de dengue grave durante la epidemia por el linaje II del DENV-2 americano/asiático en el Perú / High frequency of severe dengue cases during the American/Asian DENV-2 lineage II epidemic in Peru

RESUMEN Introducción. El ingreso del linaje II del DENV-2 americano/asiático en la región Loreto de la Amazonia Peruana, coincidió con un incremento súbito de los casos de dengue con necesidad de hospitalización. Sin embargo, las estadísticas oficiales reportaron pocos casos graves. Se postula, que existió una subnotificación de los casos graves en los reportes oficiales del Ministerio de Salud. Objetivos. Conocer la frecuencia de pacientes con signos de gravedad entre los pacientes hospitalizados por dengue probable durante el brote del 2011 en el Hospital Iquitos, Perú. Métodos. Se realizó un estudio longitudinal, aplicando una lista de chequeo diaria, sobre la presencia de signos de gravedad durante la estancia hospitalaria, a un grupo de pacientes hospitalizados en la unidad de dengue del Hospital Iquitos. Resultados. De 178 pacientes evaluados 66 (37%, IC: 29,9 - 44,6%) presentaron algún signo de gravedad, la mayor parte por shock (75,7%). Este resultado contrasta con el número de pacientes con dengue grave reportado por el Ministerio de Salud durante el año 2011 en la región Loreto. Conclusión. Aproximadamente un tercio de los pacientes que fueron hospitalizados con el diagnostico de dengue, durante el brote por el linaje II del DENV-2 americano/asiático, desarrollaron signos de gravedad durante su hospitalización.

ABSTRACT Introduction. The entry of American/Asian DENV-2 lineage II in the Loreto region of the Peruvian Amazon coincided with a sudden increase in dengue cases requiring hospitalization. However, official statistics reported few severe cases. It is postulated that there was an underreporting of severe cases in the official reports of the Ministry of Health. Objectives. To determine the frequency of patients with signs of severity among patients hospitalized for probable dengue fever during the 2011 outbreak at the Iquitos Hospital, Peru. Methods. A longitudinal study was carried out applying a daily checklist on the presence of signs of severity during hospital stay to a group of patients hospitalized in the dengue unit of the Iquitos hospital. Results. Of 178 patients evaluated, 66 (37%, CI: 29.9-44.6%) presented some sign of severity, mostly due to shock (75,7%). This result contrasts with the number of patients with severe dengue reported by the Ministry of Health during 2011 in the Loreto region. Conclusion. Approximately one third of the patients who were hospitalized with a diagnosis of dengue during the outbreak of American/Asian DENV-2 lineage II developed signs of severity during their hospitalization.

Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2. / Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2.

OBJECTIVES: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. MATERIALS AND METHODS: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. RESULTS: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/µL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 µL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). CONCLUSIONS: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

OBJETIVOS: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. MATERIALES Y MÉTODOS: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. RESULTADOS: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). CONCLUSIONES: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

Household transmission of SARS-CoV-2 (COVID-19) in Lima, Peru. / Transmisión intra-hogar en personas infectadas por SARS-CoV-2 (COVID-19) en Lima, Perú.

The study aimed to describe the characteristics of SARS-CoV-2 transmission among members of households with a confirmed primary case of COVID-19 in districts with low burden of cases in Lima, Peru, compared to a district with high burden. This was a retrospective study with a secondary database review. Information was collected from an epidemiological surveillance activity in close contacts (household members) in 52 households in Lima, with a single member with COVID-19. Reevaluation was conducted in 10 households. The study evaluated epidemiological and clinical variables and their association with the result of the rapid serological test (presence of IgG, IgM, or both). Secondary cases were found in 40 households, representing mean identification of 49.9% per household. Secondary attack rate in household members was 53% (125 cases), and symptomatic individuals accounted for 77.6% of cases (symptomatic/asymptomatic ratio: 3.5). Presence of fever and/or chills was found in 40% of persons with positive test results, followed by sore throat with 39.2%. Ageusia and anosmia were present in 22.4% and 20.8% of cases, respectively. When there was a primary case of COVID-19 in the household, the secondary attack rate was 53%; however, in an important proportion of households there were no positive cases other than the primary case. The epidemiological and clinical findings were consistent with reports from other international series.

El objetivo fue describir las características de la infección por SARS-CoV-2 entre miembros de hogares, con un caso confirmado primario de COVID-19, en distritos de baja carga de casos en Lima, Perú, en comparación con un distrito de alta carga. Estudio retrospectivo de revisión de base de datos secundaria. Se recolectó información proveniente de una actividad de vigilancia epidemiológica en contactos cercanos (cohabitantes), en 52 hogares de Lima, con un solo miembro con COVID-19. En 10 hogares se realizó una reevaluación. Se evaluaron variables epidemiológicas y clínicas; y su asociación con el resultado a la prueba serológica rápida (presencia de IgG, IgM o ambas). En 40 hogares se encontraron casos secundarios, lo que representa un 49,9% de identificación en promedio por hogar. Se encontró una tasa de ataque secundaria entre cohabitantes de 53% (125 casos), siendo sintomáticos un 77,6% de casos (razón sintomáticos/asintomáticos: 3,5). La presencia de fiebre y/o escalofríos se encontró en el 40% de las personas con resultado positivo, seguido del dolor de garganta en el 39,2%. La ageusia y anosmia estuvieron presentes en el 22,4% y 20,8% de los casos, respectivamente. Al tener un caso primario de COVID-19 en el hogar, la tasa de ataque secundaria de esta infección es de 53%; sin embargo, en una proporción importante de hogares evaluados no hubo un caso positivo, más allá del caso primario. Las características epidemiológicas y clínicas encontradas en este caso estuvieron acorde a lo ya reportado en otras series internacionales.

O objetivo foi descrever as características da infecção por SARS-CoV-2 entre os membros de domicílios, com um caso primário confirmado de COVID-19, em distritos com baixa carga de casos em Lima, Peru, em comparação com um distrito com alta carga. Estudo retrospectivo de revisão de banco de dados secundário. As informações foram coletadas em uma atividade de vigilância epidemiológica em contatos próximos (coabitantes), em 52 domicílios em Lima, com um único membro com COVID-19. Foi realizada uma reavaliação em 10 domicílios. Variáveis ​​epidemiológicas e clínicas foram avaliadas; e sua associação com o resultado do teste sorológico rápido (presença de IgG, IgM ou ambos). Os casos secundários foram encontrados em 40 domicílios, representando uma taxa média de identificação de 49,9% por domicílio. Foi encontrada uma taxa de ataque secundário entre coabitantes de 53% (125 casos), com 77,6% dos casos sendo sintomáticos (relação sintomático/assintomático: 3,5). A presença de febre e/ou calafrios foi encontrada em 40% das pessoas com resultado positivo, seguida de dor de garganta em 39,2%. Ageusia e anosmia estiveram presentes em 22,4% e 20,8% dos casos, respectivamente. Quando há um caso primário de COVID-19 em casa, a taxa de ataque secundário para essa infecção é de 53%; No entanto, em uma proporção significativa dos domicílios avaliados não houve caso positivo, além do caso primário. As características epidemiológicas e clínicas encontradas neste caso foram consistentes com o que já foi relatado em outras séries internacionais.

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Transmisión intra-hogar en personas infectadas por SARS-CoV-2 (COVID-19) en Lima, Perú / Transmissão intradomiciliar em pessoas infectadas por SARS-CoV-2 (COVID-19) em Lima, Peru / Household transmission of SARS-CoV-2 (COVID-19) in Lima, Peru

El objetivo fue describir las características de la infección por SARS-CoV-2 entre miembros de hogares, con un caso confirmado primario de COVID-19, en distritos de baja carga de casos en Lima, Perú, en comparación con un distrito de alta carga. Estudio retrospectivo de revisión de base de datos secundaria. Se recolectó información proveniente de una actividad de vigilancia epidemiológica en contactos cercanos (cohabitantes), en 52 hogares de Lima, con un solo miembro con COVID-19. En 10 hogares se realizó una reevaluación. Se evaluaron variables epidemiológicas y clínicas; y su asociación con el resultado a la prueba serológica rápida (presencia de IgG, IgM o ambas). En 40 hogares se encontraron casos secundarios, lo que representa un 49,9% de identificación en promedio por hogar. Se encontró una tasa de ataque secundaria entre cohabitantes de 53% (125 casos), siendo sintomáticos un 77,6% de casos (razón sintomáticos/asintomáticos: 3,5). La presencia de fiebre y/o escalofríos se encontró en el 40% de las personas con resultado positivo, seguido del dolor de garganta en el 39,2%. La ageusia y anosmia estuvieron presentes en el 22,4% y 20,8% de los casos, respectivamente. Al tener un caso primario de COVID-19 en el hogar, la tasa de ataque secundaria de esta infección es de 53%; sin embargo, en una proporción importante de hogares evaluados no hubo un caso positivo, más allá del caso primario. Las características epidemiológicas y clínicas encontradas en este caso estuvieron acorde a lo ya reportado en otras series internacionales.

O objetivo foi descrever as características da infecção por SARS-CoV-2 entre os membros de domicílios, com um caso primário confirmado de COVID-19, em distritos com baixa carga de casos em Lima, Peru, em comparação com um distrito com alta carga. Estudo retrospectivo de revisão de banco de dados secundário. As informações foram coletadas em uma atividade de vigilância epidemiológica em contatos próximos (coabitantes), em 52 domicílios em Lima, com um único membro com COVID-19. Foi realizada uma reavaliação em 10 domicílios. Variáveis ​​epidemiológicas e clínicas foram avaliadas; e sua associação com o resultado do teste sorológico rápido (presença de IgG, IgM ou ambos). Os casos secundários foram encontrados em 40 domicílios, representando uma taxa média de identificação de 49,9% por domicílio. Foi encontrada uma taxa de ataque secundário entre coabitantes de 53% (125 casos), com 77,6% dos casos sendo sintomáticos (relação sintomático/assintomático: 3,5). A presença de febre e/ou calafrios foi encontrada em 40% das pessoas com resultado positivo, seguida de dor de garganta em 39,2%. Ageusia e anosmia estiveram presentes em 22,4% e 20,8% dos casos, respectivamente. Quando há um caso primário de COVID-19 em casa, a taxa de ataque secundário para essa infecção é de 53%; No entanto, em uma proporção significativa dos domicílios avaliados não houve caso positivo, além do caso primário. As características epidemiológicas e clínicas encontradas neste caso foram consistentes com o que já foi relatado em outras séries internacionais.

The study aimed to describe the characteristics of SARS-CoV-2 transmission among members of households with a confirmed primary case of COVID-19 in districts with low burden of cases in Lima, Peru, compared to a district with high burden. This was a retrospective study with a secondary database review. Information was collected from an epidemiological surveillance activity in close contacts (household members) in 52 households in Lima, with a single member with COVID-19. Reevaluation was conducted in 10 households. The study evaluated epidemiological and clinical variables and their association with the result of the rapid serological test (presence of IgG, IgM, or both). Secondary cases were found in 40 households, representing mean identification of 49.9% per household. Secondary attack rate in household members was 53% (125 cases), and symptomatic individuals accounted for 77.6% of cases (symptomatic/asymptomatic ratio: 3.5). Presence of fever and/or chills was found in 40% of persons with positive test results, followed by sore throat with 39.2%. Ageusia and anosmia were present in 22.4% and 20.8% of cases, respectively. When there was a primary case of COVID-19 in the household, the secondary attack rate was 53%; however, in an important proportion of households there were no positive cases other than the primary case. The epidemiological and clinical findings were consistent with reports from other international series.

Agentes infecciosos en muestras biológicas de pacientes con síndrome de Guillain-Barré en Perú, 2018-2019 / Infectious agents in biological samples from patients with Guillain-Barré syndrome in Peru, 2018-2019

RESUMEN Objetivo: Describir los resultados de los exámenes de laboratorio realizados en muestras biológicas de pacientes con síndrome de Guillain-Barré (SGB), recibidas en el Instituto Nacional de Salud (INS) entre los años 2018 y 2019. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional en pacientes con SGB notificados en el sistema de vigilancia epidemiológica. Se obtuvieron muestras biológicas analizadas en el INS para investigar arbovirus, virus respiratorios, enterovirus y enterobacterias, entre otros. Resultados: Se recibió un total de 2051 especímenes clínicos de 906 pacientes con SGB. Tres pacientes dieron positivo al dengue y tres pacientes al Zika. En 19 pacientes, el cultivo en heces fue positivo para Campylobacter jejuni. El análisis filogenético de diez cepas de Campylobacter jejuni las clasificó como genotipo ST2993, reportado previamente en China y asociado a un brote de SGB. En 2018, hubo 12 muestras que habían dado positivo al PCR para enterovirus en el líquido cefalorraquídeo, pero ninguna pudo corroborarse con el cultivo respectivo ni con secuenciamiento de genoma completo. Un paciente dio positivo por virus de la influenza A, dos por virus de la influenza B, dos por adenovirus, cinco por virus respiratorio sincicial, y diez por rinovirus. Conclusión: Se han encontrado diversos agentes patógenos en especímenes de pacientes con SGB, sin embargo, la presencia de Campylobacter jejuni genotipo ST2993, un patógeno relacionado a brotes de SGB en varios continentes, sería el probable agente causal. Es necesario confirmar esta hipótesis con estudios analíticos y determinar la cadena de transmisión de este agente para implementar las medidas de prevención y control.

ABSTRACT Objective: To describe the results of laboratory tests performed on biological samples from patients with Guillain-Barré syndrome (GBS) submitted to the Instituto Nacional de Salud (INS) between 2018 and 2019. Materials and methods: We conducted an observational study on patients with GBS, by using data from the epidemiological surveillance system. Biological samples, previously analyzed at the INS, were obtained to study arboviruses, respiratory viruses, enteroviruses and enterobacteria, among others. Results: A total of 2,051 specimens were obtained from 906 patients with GBS. Three patients tested positive for dengue and three for Zika. In 19 patients, the stool culture was positive for Campylobacter jejuni. Phylogenetic analysis of 10 Campylobacter jejuni strains classified them as genotype ST2993, which was previously reported in China and associated to a GBS outbreak. Twelve cerebrospinal fluid samples tested positive for enterovirus by PCR in 2018, but none could be verified by culture or complete genome sequencing during the study. One patient was positive for influenza A, two for influenza B, two for adenovirus, five for respiratory syncytial virus, and ten for rinovirus. Conclusion: Several pathogens were found in samples from patients with GBS. However, we found that the genotype ST2993 of Campylobacter jejuni was the most likely causal agent, a pathogen that is related to GBS outbreaks in different continents. It is necessary to confirm this hypothesis with additional analytical studies and it is important to describe the transmission mechanism of C. jejuni genotype ST2993 in order to implement prevention and control measures.