RESUMEN
Clostridia are abundant in the human gut and comprise families associated with host health such as Oscillospiraceae, which has been correlated with leanness. However, culturing bacteria within this family is challenging, leading to their detection primarily through 16S rRNA amplicon sequencing, which has a limited ability to unravel diversity at low taxonomic levels, or by shotgun metagenomics, which is hindered by its high costs and complexity. In this cross-sectional study involving 114 Colombian adults, we used an amplicon-based sequencing strategy with alternative markers-gyrase subunit B (gyrB) and DNA K chaperone heat protein 70 (dnaK)-that evolve faster than the 16S rRNA gene. Comparing the diversity and abundance observed with the three markers in our cohort, we found a reduction in the diversity of Clostridia, particularly within Lachnospiraceae and Oscillospiraceae among obese individuals [as measured by the body mass index (BMI)]. Within Lachnospiraceae, the diversity of Ruminococcus_A negatively correlated with BMI. Within Oscillospiraceae, the genera CAG-170 and Vescimonas also exhibited this negative correlation. In addition, the abundance of Vescimonas was negatively correlated with BMI. Leveraging shotgun metagenomic data, we conducted a phylogenetic and genomic characterization of 120 metagenome-assembled genomes from Vescimonas obtained from a larger sample of the same cohort. We identified 17 of the 72 reported species. The functional annotation of these genomes showed the presence of multiple carbohydrate-active enzymes, particularly glycosyl transferases and glycoside hydrolases, suggesting potential beneficial roles in fiber degradation, carbohydrate metabolism, and butyrate production. IMPORTANCE: The gut microbiota is diverse across various taxonomic levels. At the intra-species level, it comprises multiple strains, some of which may be host-specific. However, our understanding of fine-grained diversity has been hindered by the use of the conserved 16S rRNA gene. While shotgun metagenomics offers higher resolution, it remains costly, may fail to identify specific microbes in complex samples, and requires extensive computational resources and expertise. To address this, we employed a simple and cost-effective analysis of alternative genetic markers to explore diversity within Clostridia, a crucial group within the human gut microbiota whose diversity may be underestimated. We found high intra-species diversity for certain groups and associations with obesity. Notably, we identified Vescimonas, an understudied group. Making use of metagenomic data, we inferred functionality, uncovering potential beneficial roles in dietary fiber and carbohydrate degradation, as well as in short-chain fatty acid production.
Asunto(s)
Microbioma Gastrointestinal , Obesidad , Humanos , Microbioma Gastrointestinal/genética , Obesidad/microbiología , Masculino , Adulto , Femenino , Estudios Transversales , Persona de Mediana Edad , ARN Ribosómico 16S/genética , Metagenómica/métodos , Índice de Masa CorporalRESUMEN
Enfrentamos actualmente una crisis que ha redefinido el comportamiento humano y está cambiando la historia de la humanidad. "La simple perspectiva de perder la vida por algo invisible pero omnipresente agobia la existencia de cada individuo social". La infección por los coronavirus en general ha tenido un comportamiento benigno y no había pasado de ser una "gripa" hasta que, en el 2002, 2012 y 2019 aparecen epidemia por estos coronavirus con la capacidad de producir infecciones mortales. De ellas, que respectivamente se han llamado SARS-CoV, MERS-CoV, SARS-CoV-2, siendo ésta última la responsable de la pandemia actual. La infección por SARS-CoV-2 en la actualidad ha afectado alrededor de 2,5 millones de personas y ocasionado alrededor de 160 mil muertes. Hasta hoy la única medida que se ha mostrado efectiva en el control de la infección es el aislamiento preventivo, buscando con éste evitar la aparición de enfermedad potencialmente mortal, cuyo tratamiento tiene costos enormes en equipos y personal hospitalario. Este aislamiento conduce a un freno de la economía y a una incapacidad del estado a mediano plazo para contener la crisis social creciente en varios componentes, ansiedad, depresión, desempleo, descuido en la atención de otras enfermedades potencialmente mortales, aplazamiento de cirugías electivas y hambre. Además de considerar el aislamiento como la piedra angular, es importante proponer alternativas de prevención y tratamiento de la enfermedad. A la fecha en términos de tratamiento son muchos los medicamentos probados, sin demostrarse todavía una eficacia que aliente el optimismo. Conocedores que somos de la importancia de brindar a los pacientes un medio de prevención y un método terapéutico efectivo de la infección, queremos proponer la ozonoterapia como parte del abanico de posibilidades que se le pueda ofrecer a los afectados por la infección, pero mejor aún, la enorme posibilidad que ésta podría brindar para evitar la misma y/o la progresión de la enfermedad hacia estadios graves. La ozonoterapia, mezcla de sangre venosa con ozono obtenido a partir de oxígeno medicinal, no es un procedimiento nuevo y poco probado, como si muchos de los medicamentos en curso de investigación para el manejo de la infección. Ésta existe desde 1935 y con ella se han manejado ya infecciones virales con éxito, incluso en la pandemia actual ya hay registros de su uso en Ibiza y en España con resultados que nos motivan a proponerla hoy en Colombia. Su aplicación puede abarcar la prevención y el tratamiento al poderse por este medio eliminar el virus circulante e inducir una respuesta antiinflamatoria que evite la agravación de la enfermedad y permita la recuperación más rápida de los pacientes. Queremos apoyar con este procedimiento a los pacientes afectados y a los contactos de ellos para abaratar los costos de manejo del paciente hospitalizado y de manera preventiva ayudar a enfrentar la crisis con miras a contener el desajuste económico que se avecina si no aparece un tratamiento diferente que sea efectivo.
Asunto(s)
Ozono/uso terapéutico , COVID-19/epidemiología , Terapias Complementarias , ColombiaRESUMEN
OBJECTIVE: The focus of the current study was to identify if a possible association between NLRP3 (rs4612666) and IL-1B (rs1143634) single-nucleotide polymorphisms (SNPs) may be implicated in the etiopathogenesis of chronic periodontitis (CP) in a Colombian population. DESIGN: One hundred and twenty-four CP subjects and 81 periodontally healthy controls (HC) were recruited. Periodontal status was assessed by criteria based on probing depth, clinical attachment level, extent, and severity of periodontal breakdown. Human genomic DNA was obtained from saliva samples of the study subjects. The polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method was used to identify the NLRP3 (rs4612666) and IL-1B (rs1143634) SNPs. The association of polymorphisms with CP was assessed individually and adjusted for confounding using a multivariate binary logistic regression model. RESULTS: Bivariate analysis showed a weak association between CT genotype of NLRP3 (rs4612666) SNP and CP, however after logistic regression analysis, neither NLRP3 (rs4612666) nor IL-1B (rs1143634) polymorphisms were strongly/independently associated with disease status. Even so, an interaction effect was significantly detected not only among CT/CC genotypes of NLRP3 gene regarding to the age stratum ≥ 48 years, but also between CC genotype of the same gene and smoking habit. CONCLUSION: Although the present results do not support that IL-1B (rs1143634) SNP could be identified as a risk predictor for CP in the present population, the synergistic interaction of the CT/CC genotypes of NLRP3 (rs4612666) SNP with ageing and/or smoking habit potentially might play a significant role in the pathogenic pathways of periodontal disease.
Asunto(s)
Periodontitis Crónica/genética , Interleucina-1beta/genética , Proteína con Dominio Pirina 3 de la Familia NLR/genética , Adulto , Femenino , Frecuencia de los Genes , Estudios de Asociación Genética , Predisposición Genética a la Enfermedad , Humanos , Masculino , Persona de Mediana Edad , Pérdida de la Inserción Periodontal/genética , Bolsa Periodontal/genética , Reacción en Cadena de la Polimerasa/métodos , Polimorfismo de Longitud del Fragmento de Restricción , Polimorfismo de Nucleótido Simple , Factores de RiesgoRESUMEN
Introducción: la fiebre reumática, complicación no supurativa de la amigdalofaringitis causada por Streptococcus del Grupo A (SGA), es un problema de salud pública principalmente en niños de 6 a 15 años. 15 por ciento a 20 por ciento de la población es portadora del agente causal, lo cual es un factor importante de diseminación de la infección en comunidades. En Antioquia se reportan 800 1000 casos de pacientes con fiebre reumática al año, quienes consultan por presentar signos y síntomas sugestivos del diagnóstico, pero los casos cuya clínica es bizarra pasan desapercibidos agravando las secuelas. La detección de Antiestreptolisinas O revela la frecuencia de la infección por SGA en grupos de riesgo. Objetivos: determinar AELO en muestras de sangre tomadas en papel de filtro. Determinar la frecuencia de títulos de AELO en niños de 6 a 14 años. Metodología: se estudiaron 506 muestras de sangre en papel de filtro de niños de 6 a 14 años procedentes de diferentes regiones de Antioquia del banco de muestras del Instituto Colombiano de Medicina Tropical. Los títulos de AELO fueron medidos en el eluido de la muestra utilizando reactivos Difco. Resultados: de las 506 muestras estudiadas, 154 (30.4 por ciento) presentaron títulos de AELO ≥320, 71 (14 por ciento) tuvieron títulos ≥ 640. Discusión: la determinación de AELO en muestras de sangre en papel de filtro facilitan y disminuyen costos en estudios poblacionales conservando las características de la técnica. La frecuencia de títulos elevados de AELO en el grupo estudiantil revela que la infección SGA en Antioquia es importante, las complicaciones y secuelas permanecen desconocidas
Asunto(s)
Niño , Antiestreptolisina , Fiebre Reumática/etiología , Streptococcus/patogenicidad , Tonsila FaríngeaRESUMEN
Introducción: Streptoccocus del grupo A (SGA) posee en la pared celular diversidad de antígenos importantes como factores virulentos. La proteína M se considera en antígeno mayor de virulencia de SGA. Se han clasificado más de 90 serotipos de SGA basados en las diferencias antigénicas de la proteína M, varios asociados a fiebre reumática y a infecciones invasivas. Otros antígenos importantes en la clasificación epidemiológica de SGA son el Factor de Opacidad y la Proteína T. Objetivo: tipificar cepas de SGA aisladas de cultivos faríngeos de niños con amigdalitis. Métodos: 20 aislamientos faríngeos de SGA fueron tipificados para proteína M, proteína T y Factor de Opacidad. Resultados: dos cepas fueron tipificadas como proteína M1, 2 M2, 1 M3, 2 M4, 1 M6, 1 M9, 3 M12, 4 M22, 1 M79, 1 PT4854, 2 cepas no fueron tipificables para proteína M. Siete cepas proteína T12, 2 T1, 2 T2, 1 T3, 2 T4, 1 T6, 1 T9, 1 T8/25/IMP19, 1 cepa que no fue tipificable para M tampoco lo fue para T. De las cepas estudiadas 45 por ciento tuvieron Factor de Opacidad negativo. Conclusiones: la tipificación de SGA mostró que en Colombia se encuentran serotipos similares a los que encontramos en otras regiones del mundo que se han asociado a fiebre reumática e infecciones invasivas severas. 10 por ciento de las cepas no fueron tipificables para M, una de ellas tampoco para T, la cual fue FO negativo. En Colombia existen nuevos serotipos de SGA que deben tipificarse y asociarse a los síndromes clínicos que producen