A genome-wide atlas of human cell morphology.

A key challenge of the modern genomics era is developing data-driven representations of gene function. Here, we present the first unbiased morphology-based genome-wide perturbation atlas in human cells, containing three genome-scale genotype-phenotype maps comprising >20,000 single-gene CRISPR-Cas9-based knockout experiments in >30 million cells. Our optical pooled cell profiling approach (PERISCOPE) combines a de-stainable high-dimensional phenotyping panel (based on Cell Painting1,2) with optical sequencing of molecular barcodes and a scalable open-source analysis pipeline to facilitate massively parallel screening of pooled perturbation libraries. This approach provides high-dimensional phenotypic profiles of individual cells, while simultaneously enabling interrogation of subcellular processes. Our atlas reconstructs known pathways and protein-protein interaction networks, identifies culture media-specific responses to gene knockout, and clusters thousands of human genes by phenotypic similarity. Using this atlas, we identify the poorly-characterized disease-associated transmembrane protein TMEM251/LYSET as a Golgi-resident protein essential for mannose-6-phosphate-dependent trafficking of lysosomal enzymes, showing the power of these representations. In sum, our atlas and screening technology represent a rich and accessible resource for connecting genes to cellular functions at scale.

Massively parallel phenotyping of coding variants in cancer with Perturb-seq.

Genome sequencing studies have identified millions of somatic variants in cancer, but it remains challenging to predict the phenotypic impact of most. Experimental approaches to distinguish impactful variants often use phenotypic assays that report on predefined gene-specific functional effects in bulk cell populations. Here, we develop an approach to functionally assess variant impact in single cells by pooled Perturb-seq. We measured the impact of 200 TP53 and KRAS variants on RNA profiles in over 300,000 single lung cancer cells, and used the profiles to categorize variants into phenotypic subsets to distinguish gain-of-function, loss-of-function and dominant negative variants, which we validated by comparison with orthogonal assays. We discovered that KRAS variants did not merely fit into discrete functional categories, but spanned a continuum of gain-of-function phenotypes, and that their functional impact could not have been predicted solely by their frequency in patient cohorts. Our work provides a scalable, gene-agnostic method for coding variant impact phenotyping, with potential applications in multiple disease settings.

Variaciones del tercio inferior de la cara, disturbios temporomandibulares y necesidades asistenciales / Variations of the lower third of the face and temporomandibular disorders: needs of health care

RESUMEN Introducción: la articulación temporomandibular es una de las estructuras craneofaciales más complejas, mantiene una íntima relación con el sistema neuromuscular, tónico postural y la oclusión dentaria. Objetivo: identificar las variaciones verticales del tercio inferior de la cara, su relación con trastornos temporomandibulares y las necesidades asistenciales. Métodos: se realizó un estudio observacional, descriptivo y transversal en el período comprendido de enero del 2017 a febrero 2018, en la Clínica Estomatológica Docente "Antonio Briones Montoto". El universo estuvo constituido por 803 estudiantes de las secundarias básicas del área de salud próxima al centro, la muestra quedó constituida por 256 escolares. El análisis de los datos se realizó en tablas de distribución de frecuencias y se procesaron mediante técnicas estadísticas. Resultados: el 14,8 % de los escolares examinados presentó proporción facial, un 33,9 % presentó disminución del tercio inferior y un 51,1 % el tercio inferior aumentado, prevalecieron los adolescentes con disturbios temporomandibulares para un 52,3 % predominando el tercio inferior de la cara aumentado, asociado a esta alteración, el Síndrome de clase I de Moyers se presentó en un 24,2 % y el Síndrome clase II de Moyers en un 18,3 %, relacionado a los disturbios de la articulación temporomandibular, el tratamiento correctivo fue la mayor necesidad para un 47,4 %. Conclusiones: el tercio inferior aumentado fue la mayor alteración determinada, al presentar una relación estadísticamente significativa con los disturbios de la articulación temporomandibular independientemente del sexo, el síndrome de clase I de Moyers predominó y el tratamiento ortodóncico correctivo fue la mayor necesidad asistencial.

ABSTRACT Introduction: temporomandibular joint is one of the most complex craniofacial structures; it maintains a close relationship with the neuromuscular, postural-tonic systems and the dental occlusion. Objective: to identify the vertical variations of the lower third of the face, its relationship with temporomandibular disorders and care needs. Methods: an observational, descriptive and cross-sectional study was conducted in the period from January 2017 to February 2018, at the "Antonio Briones Montoto" Teaching Stomatological Clinic. The universe was constituted by 803 students of the basic secondary schools of the health area near the center, the sample was constituted by 256 schoolchildren. The data analysis was performed in frequency distribution tables and processed using statistical techniques. Results: of the students examined 14,8 % presented facial proportion, 33,9 % showed a decrease in the lower third and 51,1 % in the lower third increased, adolescents with temporomandibular disorders prevailed 52,3 % with the lower third of the increased face predominating the association with this disorder, 24,2 % of them presented Moyers Class I Syndrome and 18,3 % Moyers Class II Syndrome related respectively to temporomandibular joint disorders, corrective treatment was most needed ( 47,4 %). Conclusions: the increased lower third was the greatest disorder determined presenting a statistically significant relationship with temporomandibular joint disorders regardless of gender, the Moyers class I syndrome was the most predominant and corrective orthodontic treatment showing the greatest need for health care.

The complete mitogenome of the invasive Japanese mud snail Batillaria attramentaria (Gastropoda: Batillariidae) from Elkhorn Slough, California, USA.

Genomic analysis of the invasive marine snail Batillaria attramentaria from Elkhorn Slough, Moss Landing, California, USA using 150 bp paired-end Illumina sequences resulted in the assembly of its complete mitogenome. The mitogenome is 16,095 bp in length and contains 2 rRNA, 13 protein-coding, and 22 tRNA genes (GenBank Accession MN557850). Gene content and organization of B. attramentaria are identical to the Turritellidae and Pachychilidae. The phylogenetic analysis of B. attramentaria resolves it in a fully supported clade with these same two families in the superfamily Cerithioidea. Nucleotide BLAST searches of the Elkhorn Slough cox1 gene of B. attramentaria yielded identical sequences from invasive populations from California and British Columbia, and native populations from northeastern and central Japan. These data show that mitogenome sequencing is a useful tool for studying the classification and phylogenetic history Cerithioidea.

El retropropulsor y estimulador de Buño: su uso en los prognatismos mandibulares, cambios cefalométricos / The retropropulsor and Buño stimulator: use in mandibular prognathism, cephalometric changes

El problema de los prognatismos mandibulares es motivo de interés permanente para genetistas, antropólogos, ortopedistas, ortodoncistas, pediatras, cirujanos y psiquiatras. Se realizó un estudio prospectivo con el uso del retropropulsor y timulador del profesor Indalecio Buño en 24 pacientes con prognatismos mandibulares en dentición mixta. Conocer los cambios cefalométricos durante el uso del retropropulsor y estimulador.Se les realizaron telerradiografías de perfil, antes y doce meses después, comparando los cambios cefalométricos obtenidos como resultado de cambios esqueletales y dentoalveolares logrados, teniendo en cuenta el sexo también.Estadísticamente se encontró aumento del ángulo SNA y reducción del ángulo SNB muy significativos, lo que representó un cambio muy significativo del ángulo ANB.En relación con el sexo, hubo cambios muy significativos en el ángulo SNA en los varones y en el ángulo SNB en las hembras, además de una variación muy significativa en las hembras, del ángulo 1 SNB. Estos cambios ayudaron en la mejoría del perfil, cóncavo, así como a descruzar las mordidas anteriores que caracterizan a los pacientes con prognatismos mandibulares en el síndrome de clase III(AU)

A prospective study was conducted with the use of the retropropulsor and stimulator of Professor Indalecio Buño in 24 patients with mandibular prognathism in mixed dentition.The objective to know the cephalometric changes during the use of the retropupulsor and stimulator.Patients underwent lateral radiographs before and twelve months after, comparing cephalometric changes obtained as a result of skeletal and dentoalveolar changes achieved, taking into account sex too.The results statistically increase of SNA angle and very significant reduction in SNB angle were found, which represented a significant change of the ANB angle.The conclusions: regarding sex, there were significant changes in the SNA angle in males and in females in SNB angle, in addition to a significant variation in females of 1 SNB angle. These changes helped in improving the profile, concave, and to uncross previous bites that characterize patients with class III mandibular prognathism syndrome.

El retropropulsor y estimulador de Buño: su uso en los prognatismos mandibulares, cambios cefalométricos / The retropropulsor and Buño stimulator: use in mandibular prognathism, cephalometric changes

Introducción: el problema de los prognatismos mandibulares es motivo de interés permanente para genetistas, antropólogos, ortopedistas, ortodoncistas, pediatras, cirujanos y psiquiatras. Se realizó un estudio prospectivo con el uso del retropropulsor y timulador del profesor Indalecio Buño en 24 pacientes con prognatismos mandibulares en dentición mixta. Objetivo: conocer los cambios cefalométricos durante el uso del retropropulsor y estimulador. Material y método: se les realizaron telerradiografías de perfil, antes y doce meses después, comparando los cambios cefalométricos obtenidos como resultado de cambios esqueletales y dentoalveolares logrados, teniendo en cuenta el sexo también. Resultados: estadísticamente se encontró aumento del ángulo SNA y reducción del ángulo SNB muy significativos, lo que representó un cambio muy significativo del ángulo ANB. Conclusiones: en relación con el sexo, hubo cambios muy significativos en el ángulo SNA en los varones y en el ángulo SNB en las hembras, además de una variación muy significativa en las hembras, del ángulo 1 SNB. Estos cambios ayudaron en la mejoría del perfil, cóncavo, así como a descruzar las mordidas anteriores que caracterizan a los pacientes con prognatismos mandibulares en el síndrome de clase III.

Introduction: a prospective study was conducted with the use of the retropropulsor and stimulator of Professor Indalecio Buño in 24 patients with mandibular prognathism in mixed dentition. Objective: to know the cephalometric changes during the use of the retropupulsor and stimulator. Material and methods: patients underwent lateral radiographs before and twelve months after, comparing cephalometric changes obtained as a result of skeletal and dentoalveolar changes achieved, taking into account sex too. Results: statistically increase of SNA angle and very significant reduction in SNB angle were found, which represented a significant change of the ANB angle. Conclusions: regarding sex, there were significant changes in the SNA angle in males and in females in SNB angle, in addition to a significant variation in females of 1 SNB angle. These changes helped in improving the profile, concave, and to uncross previous bites that characterize patients with class III mandibular prognathism syndrome.

El retropropulsor y estimulador de Buño: su uso en los prognatismos mandibulares, cambios cefalométricos / The retropropulsor and Buño stimulator: use in mandibular prognathism, cephalometric changes

El problema de los prognatismos mandibulares es motivo de interés permanente para genetistas, antropólogos, ortopedistas, ortodoncistas, pediatras, cirujanos y psiquiatras. Se realizó un estudio prospectivo con el uso del retropropulsor y timulador del profesor Indalecio Buño en 24 pacientes con prognatismos mandibulares en dentición mixta. El objetivo fue conocer los cambios cefalométricos durante el uso del retropropulsor y estimulador. Se les realizaron telerradiografías de perfil, antes y doce meses después, comparando los cambios cefalométricos obtenidos como resultado de cambios esqueletales y dentoalveolares logrados, teniendo en cuenta el sexo también. Estadísticamente se encontró aumento del ángulo SNA y reducción del ángulo SNB muy significativos, lo que representó un cambio muy significativo del ángulo ANB. En relación con el sexo, hubo cambios muy significativos en el ángulo SNA en los varones y en el ángulo SNB en las hembras, además de una variación muy significativa en las hembras, del ángulo 1 SNB. Estos cambios ayudaron en la mejoría del perfil, cóncavo, así como a descruzar las mordidas anteriores que caracterizan a los pacientes con prognatismos mandibulares en el síndrome de clase III(AU)

A prospective study was conducted with the use of the retropropulsor and stimulator of Professor Indalecio Buño in 24 patients with mandibular prognathism in mixed dentition. The objective was to know the cephalometric changes during the use of the retropupulsor and stimulator. Patients underwent lateral radiographs before and twelve months after, comparing cephalometric changes obtained as a result of skeletal and dentoalveolar changes achieved, taking into account sex too. Statistically increase of SNA angle and very significant reduction in SNB angle were found, which represented a significant change of the ANB angle. Regarding sex, there were significant changes in the SNA angle in males and in females in SNB angle, in addition to a significant variation in females of 1 SNB angle. These changes helped in improving the profile, concave, and to uncross previous bites that characterize patients with class III mandibular prognathism syndrome(AU)

Corrección terapéutico-quirúrgica de un prognatismo mandibular total. Presentación de un caso / Therapeutic-surgical correction of total mandibular prognathism. A case report

Se presenta el caso clínico de una paciente joven de 21 años de edad, raza blanca, con antecedentes de salud que acude a la consulta de Cirugía Maxilofacial del Hospital Clínico Quirúrgico Docente "León Cuervo Rubio" por presentar deformidad facial en cuya anamnesis figuran antecedentes de prognatismo mandibular en sus parientes paternos (primos), con excesivo crecimiento mandibular (prognatismo mandibular total) asociado a una displasia maxilar superior, mordida cruzada posterior y anterior, sobrepase de 5 mm, resalte negativo de -8,5 mm con una elevada desarmonía de las partes óseas, que afectó la estética facial provocando un perfil cóncavo y un rostro alargado y desproporcionado. El objetivo fundamental del tratamiento fue mejorar las relaciones y proporciones de las bases óseas, restablecer la oclusión dentaria funcional y la estética, así como lograr un perfil recto y armónico. Se optó por una modalidad terapéutica quirúrgica que incluyó un diagnóstico clínico cefalométrico con el posterior tratamiento ortodóncico de aparatología fija (Técnica de Arco Recto) para la corrección de las anomalías de la oclusión y finalmente la corrección quirúrgica de las partes óseas con una técnica de osteotomía vertical de la rama mandibular.

A 21 year-old, Caucasian, female patient having health records attended to maxillofacial service at "Leon Cuervo Rubio" General Hospital presenting facial deformation with familial history of mandibular prognathism in paternal relatives (cousins), showing excessive mandibular growing (total mandibular prognathism) associated with a superior maxillary dysplasia, posterior and anterior cross-bite, cross of 5mm, negative projection of -8,5mm with an elevated disharmony of the osseous parts affecting her facial esthetic provoking a concave profile with a large and disproportionate face. The main objective of the treatment was to improve the relations and proportions of the osseous basses, to restore the functional dental occlusion and her esthetic, at the same time to reach a straight and harmonic profile. Therapeutic-surgical approach was the treatment followed; which included clinical-cephalometric diagnosis with a subsequent treatment of fixed orthodontic appliance (Rectum Arch) to the correction of the occlusion anomalies, finally a surgical correction of the osseous parts with a vertical osteotomy of the mandibular branch was performed.

Características epidemiológicas de la oclusión dentaria en niños de 5 a 11 años / Epidemiological Characteristics of dental occlusion in children from 5 to 11 years old

Las maloclusiones son la tercera causa de la pérdida de dientes en el mundo y consideradas un factor importante que atenta contra la integridad del sistema estomatognático. Se realizó un estudio descriptivo transversal en 156 niños de 5 a 11 años de edad de la escuela Pablo de la Torriente Brau atendidos en la Clínica Estomatológica "Antonio Briones Montoto" de Pinar del Río, en el período comprendido entre febrero de 2009 y diciembre de 2010 con el objetivo de determinar las características epidemiológicas de las maloclusiones y las necesidades asistenciales según el tipo de tratamiento. La muestra fue seleccionada a través de un muestreo aleatorio estratificado, proporcional al tamaño de los estratos. Se examinaron los estudiantes en sus aulas, con luz natural, depresores linguales para separar los carrillos y regla milimetrada para las mediciones, lo que permitió observar las relaciones de las arcadas dentarias en oclusión y cada una de ellas por separado. La información recogida fue llevada a una base de datos mediante Microsoft Excel. Se realizó la comparación de proporciones de grupos independientes con el objetivo de determinar las variables de prevalencia más significativas y la prueba Ji cuadrado en su variante de independencia para verificar la relación entre las categorías seleccionadas. El sexo más afectado fue el masculino así como el grupo de edades de 5-8 años y las necesidades asistenciales mayores fueron las del tratamiento interceptivo.

Malocclusions are the third cause of teeth lost all over the world and are considered an important factor that threatens the integrity of the stomatognathic system. A descriptive, cross-sectional study was conducted with 156 children (5 to 11 years old) who studied at “Pablo de la Torriente Brau” Elementary School belonging to the health area of “Antonio Briones Montoto” dentist’s clinic, Pinar del Rio, from February 2009-December 2010 aimed at determining the epidemiological characteristics of malocclusions and the needs of assistance regarding type of treatment. The sample was chosen by means of a random sample proportionally stratified to the size of the stratus. The information was collected in a Microsoft Excel database. The comparison of proportions for independent groups was carried out with the purpose of determining the most significant variables of prevalence and chi square test in its variant of contingency tables. Male sex and the group of ages from 5 to 8 years were the most affected; the major needs of assistance fell into the interceptive treatment.

Características epidemiológicas de la oclusión dentaria en niños de 5 a 11 años / Epidemiological Characteristics of dental occlusion in children from 5 to 11 years old

Las maloclusiones son la tercera causa de la pérdida de dientes en el mundo y consideradas un factor importante que atenta contra la integridad del sistema estomatognático. Se realizó un estudio descriptivo transversal en 156 niños de 5 a 11 años de edad de la escuela Pablo de la Torriente Brau atendidos en la Clínica Estomatológica Antonio Briones Montoto de Pinar del Río, en el período comprendido entre febrero de 2009 y diciembre de 2010 con el objetivo de determinar las características epidemiológicas de las maloclusiones y las necesidades asistenciales según el tipo de tratamiento. La muestra fue seleccionada a través de un muestreo aleatorio estratificado, proporcional al tamaño de los estratos. Se examinaron los estudiantes en sus aulas, con luz natural, depresores linguales para separar los carrillos y regla milimetrada para las mediciones, lo que permitió observar las relaciones de las arcadas dentarias en oclusión y cada una de ellas por separado. La información recogida fue llevada a una base de datos mediante Microsoft Excel. Se realizó la comparación de proporciones de grupos independientes con el objetivo de determinar las variables de prevalencia más significativas y la prueba Ji cuadrado en su variante de independencia para verificar la relación entre las categorías seleccionadas. El sexo más afectado fue el masculino así como el grupo de edades de 5-8 años y las necesidades asistenciales mayores fueron las del tratamiento interceptivo...(AU)

Malocclusions are the third cause of teeth lost all over the world and are considered an important factor that threatens the integrity of the stomatognathic system. A descriptive, cross-sectional study was conducted with 156 children (5 to 11 years old) who studied at Pablo de la Torriente Brau Elementary School belonging to the health area of Antonio Briones Montoto dentist's clinic, Pinar del Rio, from February 2009-December 2010 aimed at determining the epidemiological characteristics of malocclusions and the needs of assistance regarding type of treatment. The sample was chosen by means of a random sample proportionally stratified to the size of the stratus. The information was collected in a Microsoft Excel database. The comparison of proportions for independent groups was carried out with the purpose of determining the most significant variables of prevalence and chi square test in its variant of contingency tables. Male sex and the group of ages from 5 to 8 years were the most affected; the major needs of assistance fell into the interceptive treatment...(AU)

Prevalencia de anomalías dentomaxilofaciales en los niños menores de 14 años / Prevalence of dento-maxillofacial anomalies in children younger than 14 years old

Las anomalías de la oclusión son la tercera causa de la pérdida de dientes en el mundo y consideradas un factor importante que atenta contra la integridad del sistema estomatognático. Se realizó un estudio descriptivo y transversal en 150 niños de 9 a 14 años de edad, de la escuela primaria "Pablo de la Torriente Brau" pertenecientes al área de salud de la Clínica Estomatológica "Antonio Briones Montoto" de Pinar del Río. El objetivo de esta investigación fue identificar la prevalencia de anomalías dentomaxilofaciales según las variables seleccionadas, así como el comportamiento según los antecedentes patológicos individuales. La muestra se seleccionó a través de un muestreo aleatorio estratificado, proporcional al tamaño de los estratos. La información se registró en una base de datos mediante Microsoft Excel. Se realizó la comparación de proporciones de grupos independientes con el objetivo de determinar las variables de prevalencia más significativas y la prueba de Ji cuadrado para buscar la asociación entre dos variables independientes con un nivel de significación á=0.05. Las anomalías dentarias fueron las de mayor prevalencia, dentro de ellas, las versiones. El sexo más afectado fue el masculino así como el grupo de edades de 9 a 11 años de edad. Entre los factores etiológicos estudiados, los hábitos fueron los más frecuentes, seguido de los agentes físicos y la herencia. Se concluye que existe una alta prevalencia de anomalías dentarias en estrecha relación con los hábitos deformantes.

The anomalies of dental occlusion are the third cause of teeth loss worldwide and are considered an important risk factor to the integrity of the stomatognathic system. A descriptive and cross-sectional research was conducted with 150 children from 9 to 14 years old who study at "Pablo de la Torriente Brau" Elementary School. This group of children belonged to "Antonio Briones Montoto" Dentistry Clinic, Pinar del Rio. This research was aimed at identifying the prevalence of dento-maxillofacial anomalies according to the chosen variables, and the behavior regarding individual pathologic records. The sample was chosen stratified at random, proportional to the size of strata. The information was collected in a database using Microsoft Excel. The comparison of independent proportion for groups and chi square test to find out the association between two independent variables with á=0.05 level of significance. Dental anomalies showed the highest prevalence, among them, the versions. Male sex and the group of ages from 9 to 11 were the most affected. Among the etiologic factors studied, deforming habits were the most frequent, followed by physical agents and inheritance. There exists a high prevalence of dental anomalies having a close relation to deforming habits.

Prevalencia de anomalías dentomaxilofaciales en los niños menores de 14 años / Prevalence of dento-maxillofacial anomalies in children younger than 14 years old

Las anomalías de la oclusión son la tercera causa de la pérdida de dientes en el mundo y consideradas un factor importante que atenta contra la integridad del sistema estomatognático. Se realizó un estudio descriptivo y transversal en 150 niños de 9 a 14 años de edad, de la escuela primaria Pablo de la Torriente Brau pertenecientes al área de salud de la Clínica Estomatológica Antonio Briones Montoto de Pinar del Río. El objetivo de esta investigación fue identificar la prevalencia de anomalías dentomaxilofaciales según las variables seleccionadas, así como el comportamiento según los antecedentes patológicos individuales. La muestra se seleccionó a través de un muestreo aleatorio estratificado, proporcional al tamaño de los estratos. La información se registró en una base de datos mediante Microsoft Excel. Se realizó la comparación de proporciones de grupos independientes con el objetivo de determinar las variables de prevalencia más significativas y la prueba de Ji cuadrado para buscar la asociación entre dos variables independientes con un nivel de significación α=0,05. Las anomalías dentarias fueron las de mayor prevalencia, dentro de ellas, las versiones. El sexo más afectado fue el masculino así como el grupo de edades de 9 a 11 años de edad. Entre los factores etiológicos estudiados, los hábitos fueron los más frecuentes, seguido de los agentes físicos y la herencia. Se concluye que existe una alta prevalencia de anomalías dentarias en estrecha relación con los hábitos deformantes...(AU)

The anomalies of dental occlusion are the third cause of teeth loss worldwide and are considered an important risk factor to the integrity of the stomatognathic system. A descriptive and cross-sectional research was conducted with 150 children from 9 to 14 years old who study at Pablo de la Torriente Brau Elementary School. This group of children belonged to Antonio Briones Montoto Dentistry Clinic, Pinar del Rio. This research was aimed at identifying the prevalence of dento-maxillofacial anomalies according to the chosen variables, and the behavior regarding individual pathologic records. The sample was chosen stratified at random, proportional to the size of strata. The information was collected in a database using Microsoft Excel. The comparison of independent proportion for groups and chi square test to find out the association between two independent variables with α=0,05 level of significance. Dental anomalies showed the highest prevalence, among them, the versions. Male sex and the group of ages from 9 to 11 were the most affected. Among the etiologic factors studied, deforming habits were the most frequent, followed by physical agents and inheritance. There exists a high prevalence of dental anomalies having a close relation to deforming habits...(AU)