Camera trap surveys of Atlantic Forest mammals: A data set for analyses considering imperfect detection (2004-2020).

Camera traps became the main observational method of a myriad of species over large areas. Data sets from camera traps can be used to describe the patterns and monitor the occupancy, abundance, and richness of wildlife, essential information for conservation in times of rapid climate and land-cover changes. Habitat loss and poaching are responsible for historical population losses of mammals in the Atlantic Forest biodiversity hotspot, especially for medium to large-sized species. Here we present a data set from camera trap surveys of medium to large-sized native mammals (>1 kg) across the Atlantic Forest. We compiled data from 5380 ground-level camera trap deployments in 3046 locations, from 2004 to 2020, resulting in 43,068 records of 58 species. These data add to existing data sets of mammals in the Atlantic Forest by including dates of camera operation needed for analyses dealing with imperfect detection. We also included, when available, information on important predictors of detection, namely the camera brand and model, use of bait, and obstruction of camera viewshed that can be measured from example pictures at each camera location. Besides its application in studies on the patterns and mechanisms behind occupancy, relative abundance, richness, and detection, the data set presented here can be used to study species' daily activity patterns, activity levels, and spatiotemporal interactions between species. Moreover, data can be used combined with other data sources in the multiple and expanding uses of integrated population modeling. An R script is available to view summaries of the data set. We expect that this data set will be used to advance the knowledge of mammal assemblages and to inform evidence-based solutions for the conservation of the Atlantic Forest. The data are not copyright restricted; please cite this paper when using the data.

As armadilhas fotográficas tornaram­se o principal método de observação de muitas espécies em grandes áreas. Os dados obtidos com armadilhas fotográficas podem ser usados para descrever os padrões e monitorar a ocupação, abundância e riqueza da vida selvagem, informação essencial para a conservação em tempos de rápidas mudanças climáticas e de cobertura do solo. A perda de habitat e a caça furtiva são responsáveis pelas perdas populacionais históricas de mamíferos no hotspot de biodiversidade da Mata Atlântica, especialmente para espécies de médio e grande porte. Aqui apresentamos um conjunto de dados de levantamentos com armadilhas fotográficas de mamíferos de médio e grande porte (>1 kg) em toda a Mata Atlântica. Compilamos dados de 5.380 armadilhas fotográficas instaladas no nível do chão em 3.046 locais, de 2004 a 2020, resultando em 43.068 registros de 58 espécies. Esses dados acrescentam aos conjuntos de dados existentes de mamíferos na Mata Atlântica por incluir as datas de operação das câmeras, que são necessárias para análises que lidam com detecção imperfeita. Também incluímos, quando disponíveis, informações sobre importantes preditores de detecção, como marca e modelo da câmera, uso de isca e obstrução do visor da câmera que pode ser medido a partir de imagens de exemplo em cada local da câmera. Além de estudos sobre os padrões e mecanismos por trás da ocupação, abundância relativa, riqueza e detecção, o conjunto de dados aqui apresentado pode ser usado para estudar os padrões de atividade diária das espécies, nível de atividade e interações espaço­temporais entre as espécies. Além disso, os dados podem ser usados em combinação com outras fontes de dados em diversas análises com modelagem populacional integrada. Um script R está disponível para visualizar um resumo do conjunto de dados. Esperamos que este conjunto de dados seja usado para aumentar o conhecimento sobre as assembleias de mamíferos e usado para informar soluções baseadas em evidências para a conservação da Mata Atlântica. Os dados não são restritos por direitos autorais e, por favor, cite este documento ao usar os dados.

Allometric relations of neotropical small rodents (Sigmodontinae) in anthropogenic environments.

The present study aims at assessing allometric relationships in the Sigmodontinae rodents (Calomys tener, Akodon cf. montensis, Necromys lasiurus, Oligoryzomys flavescens, and Oligoryzomys nigripes), and morphological variation among different habitats in human-dominated environments in Southeastern Brazil. We captured rodents using pitfall traps placed in Eucalyptus plantations, abandoned pastures, and remnants of secondary native vegetation, and took the following measurements: body mass, total length, body length, left hind foot length, and left ear length. Males were usually larger than females, except in N. lasiurus. There was no intraspecific difference in body condition among habitats, suggesting that Eucalyptus may not have a deleterious effect upon its residents. However, A. cf montensis from Eucalyptus plantations had longer feet than those from other vegetation associations, suggesting a possible adaptive response to the lower cover in the plantation environment, and its consequent higher predation risk, or alternatively that only individuals with greater dispersal ability are found in Eucalyptus plantations. Future studies should investigate a possible co-evolutionary predator-prey relationship, including rapid evolution by Sigmodontinae rodents in anthropogenic landscapes.

Microestruturas de pêlos de pequenos mamíferos não-voadores: chave para identificação de espécies de agroecossistemas do estado de São Paulo, Brasil / Microstructures of the hair of non-volant small mammals: key to the identification of species from agroecosystems of the State of São Paulo, Brazil

Hair microstructure characteristics have been used for species identification in taxonomic, ecological, paleontological, archeological and forensic research. This study aims to describe the hair structure from small mammals commonly found in agroecosystems of the São Paulo State. The hairs were collected from the dorsal region of previously identified specimens collected in agricultural areas (sugar-cane plantations), pasture areas, silviculture areas (eucalyptus plantation) and fragments of native vegetation (semideciduos Atlantic Forest and Cerrado). Optic microscope was not effective for describing the form and the border of scales, which were described using scanning electronic microscope. A dichotomic key of identification is presented for 11 species of non-volant small mammals (seven rodents and four marsupials).

Características microestruturais dos pêlos vêm sendo usadas para identificação de espécies em pesquisas taxonômicas, ecológicas, paleontológicas, arqueológicas e forenses. Este estudo tem como objetivo a descrição da estrutura dos pêlos de algumas espécies de pequenos mamíferos não-voadores comumente encontrados em agroecossistemas do Estado de São Paulo. Os pêlos foram coletados do dorso de espécimes previamente identificados coletados em áreas de agricultura (canavial), pastagens, silvicultura (plantio de eucalipto) e fragmentos de vegetação nativa (floresta semidecídua e cerrado). O microscópio óptico apresentou limitações para a descrição do formato e borda das escamas, os quais foram descritos através do uso de microscópio eletrônico de varredura. Uma chave de identificação dicotômica é apresentada para 11 espécies de pequenos mamíferos não-voadores (sete roedores e quatro marsupiais).