Introducción de nuevos ensayos de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para el diagnóstico y vigilancia de virus respiratorios / Introduction of new assays of real time polymerase's chain reaction for the diagnosis and surveillance of respiratory viruses

Las infecciones respiratorias agudas constituyen la causa fundamental de mortalidad y morbilidad en el ámbito mundial. Los principales agentes causales de estas infecciones son los virus. La detección rápida y eficaz de estos patógenos es determinante en el tratamiento y la prevención de las enfermedades que estos agentes virales pueden ocasionar. En la actualidad, los métodos moleculares para el diagnóstico virológico son muy útiles por su elevada sensibilidad, especificidad y rapidez en la obtención de los resultados. El objetivo es introducir cuatro ensayos múltiples de transcripción reversa de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para el diagnóstico y vigilancia de 15 virus respiratorios. Se procesaron 2 441 muestras clínicas respiratorias recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia de Virus Influenza y otros Virus Respiratorios en el período comprendido entre septiembre de 2013 y abril de 2014. Se analizaron 2 352 exudados nasofaríngeos, 77 aspirados bronquiales y 12 muestras de necropsia. A estas se les realizó el diagnóstico molecular por los sistemas múltiples de transcripción reversa de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real mediante el empleo de cebadores y sondas TaqMan. De las 2 441 muestras clínicas estudiadas, 1 290 fueron positivas para alguno de los virus respiratorios (52,85 por ciento). El virus sincitial respiratorio humano se detectó con mayor frecuencia (47,83 por ciento), seguido de los virus influenza (19 por ciento) y los rinovirus humanos (14,73 por ciento). Se concluye que la introducción de los cuatro ensayos de transcripción reversa de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real posibilita la actualización del algoritmo diagnóstico en el Laboratorio Nacional de Referencia de Virus Influenza y otros Virus Respiratorios para la vigilancia de estos agentes en Cuba, lo que contribuye al mejoramiento del Programa Nacional de Prevención y Control de las Infecciones Respiratorias Agudas(AU)

Acute respiratory infections are the major cause of mortality and morbidity worldwide. Respiratory viruses are the main causative agents of acute respiratory infections. Rapid and accurate detection of these pathogens is critical for the treatment and prevention of the diseases these viral agents can cause. Currently, molecular diagnostic methods are useful tools for the virological detection of respiratory viruses due to its high sensitivity, specificity and their speed in obtaining results. The objective of this study was to introduce four multiplex real-time TR-RCP assays for the diagnosis and surveillance of fifteen virus causing acute respiratory infections. 2 441 clinical respiratory samples were processed in the period between September 2013 and April 2014 in the National Laboratory of Reference for Influenza Virus and other Respiratory Viruses. There were analyzed 2 352 nasopharyngeal exudates, 77 bronchial aspirations and 12 necropsy samples. Multiplex real-time TR-RCP was performed using TaqMan primers and probes previously published. From the 2 441 clinical samples studied, 1 290 were positive for some of the respiratory viruses, which represent 52.85 percent Syncytial respiratory virus was the most frequently detected virus (47.83 percent), then influenza viruses (19 percent) and human rhinovirus (14.73 percent). The introduction at the National Reference Laboratory of the four multiplex real-time TR-RCP assays allows updating the algorithm for the diagnosis and surveillance of respiratory viruses in Cuba, as a contribution to the National Program for the Prevention and Control of Acute Respiratory Infection(AU)

Caracterización antigénica y molecular de los virus influenza A (H3N2) circulantes en Cuba y su relación con las cepas vacunales (1995-98) / Antigenic and molecular characterization of influenza A (H3N2) virus strains circulating in Cuba and their relation with vaccine strains (1995-98)

Los cambios antigénicos continuos que ocurren en las glicoproteínas de envoltura (hemaglutinina y neuraminidasa) de los virus influenza, se deben a las mutaciones puntuales y a las promovidas por la selección positiva del sistema inmune, que dan origen a las epidemias anuales y reordenamientos de segmentos genómicos, causa de las temidas pandemias. Los intentos para controlar la influenza mediante la vacunación tienen hasta ahora un éxito limitado y son obstaculizados por estos cambios. En Cuba, país subtropical, las infecciones respiratorias agudas constituyen la primera causa de asistencia médica entre las enfermedades infecciosas y la cuarta causa de muerte asociada con la neumonía. La vigilancia para la influenza, en este país, se monitorea por el Laboratorio de Referencia Nacional de Influenza del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri. Este trabajo tiene el objetivo de caracterizar antigénica y genómicamente a 21 cepas de influenza aisladas durante 1995-96 hasta 1997-98, y conocer su similitud con las de circulación internacional, incluidas en las vacunas antigripales de igual periodo. La caracterización antigénica y genómica se realizó mediante las técnicas de inhibición de la hemaglutinación, la inmunoperoxidasa y un sistema de reverso transcripción-reacción en cadena de la polimerasa, respectivamente. Mediante las tres técnicas, el 100 por ciento de los aislamientos pertenecieron al tipo A y subtipo H3N2 y permitió clasificarlos como similares a las cepas de circulación internacional recomendadas en la composición de la vacuna antigripal correspondiente a esas temporadas(AU)

The continuous antigenic changes in the influenza viruses occurring primarily on the envelope glycoproteins (hemagglutinin and neuraminidase) are due to specific mutations and to those promoted by the positive selection of the immune system originating the yearly epidemics and the rearrangements of genomic segments, cause of the feared pandemics. The attempts to control the influenza by means of vaccination have so far a limited success and they are obstructed by these changes. The acute respiratory infections are the first cause of medical assistance among the infectious diseases in Cuba, a subtropical country and the fourth cause of death associated with pneumonia. The surveillance for the influenza in this country is monitored by the National Center of Influenza from Pedro Kourí Tropical Medicine Institute. The present paper has the objective to characterize 21 strains of influenza isolated from 1995 to 1998 and to know the antigenic and genomic similarity with those of the international circulation included in anti-flu of the same period. The antigenic and genomic characterization was carried out by means of the inhibition techniques of hemagglutination, immunoperoxidase, and a reverse system of transcription-polymerase chain reaction, respectively. Using these three techniques 100 percent of the isolations were of the type A and the subtype H3N2. It allowed to classify them as similar to the circulating strains of international circulation recommended in the composition of the flu vaccine corresponding to those season(AU)

Diagnóstico molecular del virus influenza A (H1N1) 2009 y otros vírus respiratorios, durante la primera ola pandémica en Cuba / Molecular diagnosis of influenza A (H1N1) 2009 virus and other respiratory viruses during the first pandemic wave in Cuba

Introducción: el primer virus pandémico del siglo XXI, el virus influenza A (H1N1)/2009, emergió en México, a finales del mes de abril de 2009, después de un triple reordenamiento entre virus de influenza de origen aviar, humano y porcino, y desde allí se diseminó por el mundo. Frente a ese evento, en Cuba, se adoptaron medidas determinantes antipandémicas, entre ellas, se reforzó la vigilancia virológica con todas las acciones necesarias. Objetivos: detectar y confirmar la entrada del agente causal de la pandemia en el país, de forma rápida, oportuna y además, definir la participación de otros virus en la etiología de las infecciones respiratorias agudas. Métodos: como consecuencia de la vigilancia de laboratorio, entre las semanas epidemiológicas 38 a la 42 de 2009 (meses de septiembre y octubre) se procesó un total de 1 063 muestras clínicas respiratorias (exudado nasofaríngeo, aspirado bronquial y muestras de necropsia de pulmón), detectándose el mayor número de casos confirmados de infección por el nuevo virus en este período, que se correspondió con la primera oleada pandémica en Cuba. El diagnóstico virológico se realizó utilizando un algoritmo de diagnóstico molecular. Resultados: de las 1 063 muestras, 597 (56,0 por ciento) resultaron positivas. El virus de influenza pandémica A(H1N1)2009, fue el agente etiológico detectado con mayor frecuencia en 306 casos sospechosos (51 por ciento), seguido por el virus influenza A(H3N2) en 228 pacientes(38 por ciento). Otros virus respiratorios se diagnosticaron en 63 muestras clínicas (11 por ciento). El virus pandémico se confirmó en 50 gestantes. Los rinovirus se detectaron con mayor frecuencia en muestras de pacientes con diagnóstico clínico de bronconeumonía y bronquiolitis. Durante el período estudiado se reportó un incremento de la morbilidad, se notificaron 225 825 atenciones médicas por infección respiratoria aguda a mediados del mes de octubre. Conclusión: el algoritmo de diagnóstico molecular empleado para la confirmación de los virus influenza y otros virus respiratorios demostró ser sensible, específico y efectivo para garantizar la vigilancia virológica sistemática en nuestro país durante la fase pandémica.

Introduction: the first pandemic virus of the 21st century - the influenza A (H1N1)/2009 virus-appeared in Mexico in April 2009 after triple reassortment of influenza strains of avian, human and pig origin and from there, it was spread worldwide. With the purpose of facing up to this event, Cuba adopted anti-pandemic measures including the virology surveillance using all necessary actions. Objectives: the detection and validation of the entry of the causative agent of pandemic into the country in a fast and timely way, in addition to the definition of involvement of other viruses in the etiology of acute respiratory infections. Methods: as a result of the lab surveillance, from the 38th to the 42nd epidemiological weeks (September and October, 2009), 1 063 respiratory clinical samples were processed (nasopharyngeal exudates, bronchial aspirates and lung necropsy samples). The highest number of confirmed cases caused by the new virus was detected in this period that represented the first pandemic wave in Cuba. Diagnosis was based on molecular diagnosis algorithm. Results: out of the 1 063 samples, 597 (56.0 percent) were positive. The pandemic influenza A (H1N1) virus was the most commonly detected etiological agent in 306 suspected cases (51 percent) followed by influenza A (H3N2) virus in 228 cases (38 percent). Other respiratory viruses were diagnosed in 63 clinical samples (11 percent). The pandemic virus was confirmed in 50 pregnant women. Rhinoviruses were identified more frequently in those samples from patients with clinical diagnosis of bronchial pneumonia and broncholitis. Morbidity increased during this period; 225 825 medical consultations were notified due to acute respiratory infections mid-October 2009. Conclusions: the molecular diagnosis algorithm proved to be sensitive, specific and effective to assure the systematic virological surveillance in our country during the pandemic phase.

Diagnóstico molecular del virus influenza A (H1N1) 2009 y otros vírus respiratorios, durante la primera ola pandémica en Cuba / Molecular diagnosis of influenza A (H1N1) 2009 virus and other respiratory viruses during the first pandemic wave in Cuba

Introducción: el primer virus pandémico del siglo XXI, el virus influenza A (H1N1)/2009, emergió en México, a finales del mes de abril de 2009, después de un triple reordenamiento entre virus de influenza de origen aviar, humano y porcino, y desde allí se diseminó por el mundo. Frente a ese evento, en Cuba, se adoptaron medidas determinantes antipandémicas, entre ellas, se reforzó la vigilancia virológica con todas las acciones necesarias. Objetivos: detectar y confirmar la entrada del agente causal de la pandemia en el país, de forma rápida, oportuna y además, definir la participación de otros virus en la etiología de las infecciones respiratorias agudas. Métodos: como consecuencia de la vigilancia de laboratorio, entre las semanas epidemiológicas 38 a la 42 de 2009 (meses de septiembre y octubre) se procesó un total de 1 063 muestras clínicas respiratorias (exudado nasofaríngeo, aspirado bronquial y muestras de necropsia de pulmón), detectándose el mayor número de casos confirmados de infección por el nuevo virus en este período, que se correspondió con la primera oleada pandémica en Cuba...

Introduction: the first pandemic virus of the 21st century - the influenza A (H1N1)/2009 virus-appeared in Mexico in April 2009 after triple reassortment of influenza strains of avian, human and pig origin and from there, it was spread worldwide. With the purpose of facing up to this event, Cuba adopted anti-pandemic measures including the virology surveillance using all necessary actions. Objectives: the detection and validation of the entry of the causative agent of pandemic into the country in a fast and timely way, in addition to the definition of involvement of other viruses in the etiology of acute respiratory infections. Methods: as a result of the lab surveillance, from the 38th to the 42nd epidemiological weeks (September and October, 2009), 1 063 respiratory clinical samples were processed (nasopharyngeal exudates, bronchial aspirates and lung necropsy samples). The highest number of confirmed cases caused by the new virus was detected in this period that represented the first pandemic wave in Cuba. Diagnosis was based on molecular diagnosis algorithm. Results: out of the 1 063 samples, 597 (56.0 percent) were positive. The pandemic influenza A (H1N1) virus was the most commonly detected etiological agent in 306 suspected cases (51 percent) followed by influenza A (H3N2) virus in 228 cases (38 percent). Other respiratory viruses were diagnosed in 63 clinical samples (11 percent). The pandemic virus was confirmed in 50 pregnant women. Rhinoviruses were identified more frequently in those samples from patients with clinical diagnosis of bronchial pneumonia and broncholitis. Morbidity increased during this period; 225 825 medical consultations were notified due to acute respiratory infections mid-October 2009. Conclusions: the molecular diagnosis algorithm proved to be sensitive, specific and effective to assure the systematic virological surveillance in our country during the pandemic phase(AU)

Contribución del Laboratorio Nacional de Influenza al enfrentamiento de la influenza pandémica 2009 en Cuba / Contribution of the National Influenza Laboratory to confront the 2009 pandemic influenza in Cuba

INTRODUCCIÓN: las infecciones respiratorias agudas son consideradas la causa más importante de morbilidad y mortalidad en todo el mundo. Estas infecciones adquieren mayor significación asociadas a eventos epidémicos y pandémicos ocasionados por los virus influenza. La necesidad de una vigilancia mundial para los virus influenza fue reconocida en 1947 y condujo a la creación de la Red Global de Vigilancia de los virus influenza por la Organización Mundial de la Salud. El Centro Nacional de Influenza de Cuba pertenece a esta red desde 1975. En el mes de abril de 2009 fue reconocido un nuevo virus influenza A (H1N1) de origen porcino que circulaban en humanos, identificado como el agente causal de la primera pandemia del siglo xxi por la Organización Mundial de la Salud. OBJETIVO: llevar a cabo la vigilancia nacional del nuevo virus pandémico. MÉTODOS: el Centro Nacional de Influenza de Cuba desarrolló y organizó un diagrama de diagnóstico para la confirmación en casos sospechosos de infección por este virus. Se emplearon diferentes ensayos de trancripción reversa-reacción en cadena de la polimerasa para el tipado y subtipado de los virus influenza A. RESULTADOS: entre abril y diciembre de 2009, un total de 6 900 muestras clínicas respiratorias fueron procesadas mediante el diagrama diagnóstico nacional y 980 casos fueron confirmados y notificados a las autoridades nacionales de salud y la Organización Panamericana de la Salud. Los rinovirus humanos resultaron otro de los agentes etiológicos de infecciones respiratorias agudas detectados con frecuencia. CONCLUSIÓN: mediante la estrategia nacional de vigilancia de laboratorio fue posible llevar a cabo un monitoreo efectivo de la circulación de los virus influenza y otros virus respiratorios para alertar a las autoridades nacionales de salud, con vistas a enfrentar la influenza pandémica 2009.

INTRODUCTION: acute respiratory infections are considered the most important causes of morbidity and mortality around the world. These infections became more significant when associated to epidemics and pandemic events caused by influenza virus. The need for global surveillance of influenza viruses was recognized as early as 1947 and led to the establishment of the World Health Organization (WHO) Global Influenza Surveillance Network (GISN). The Cuban National Influenza Centre (NIC) belongs to this network since 1975. On April 2009, the recognition of a new influenza A (H1N1) of swine origin circulating in humans was identified as the causative agent of the first pandemic in the 21st century declared by the WHO. OBJECTIVE: to carry out surveillance of the new pandemic virus nationwide. METHODS: the Cuban National Influenza Center developed a diagnostic diagram to confirm infection with the pandemic virus in suspected cases. Different PCR assays for typing and subtyping of influenza A virus were used. RESULTS: from April to December 2009, 6 900 clinical respiratory samples were processed by using this diagram, 980 cases were confirmed and notified to the national health authorities and to the Pan American Health Organization. Human rhinoviruses were other important etiologic agents of the frequently detected acute respiratory infections. CONCLUSION: with the national strategy for surveillance at lab, it was possible to effectively monitor the circulation of the influenza viruses and of other respiratory viruses in our country and to alert the national health authorities, with a view to facing up to the pandemic influenza (2009).

Diseño y aplicación de un método molecular para el diagnóstico del virus influenza A (H1N1) pandémico en Cuba / Design and implementation of a molecular method for influenza A virus (H1N1) in Cuba

INTRODUCCIÓN: entre marzo y abril de 2009 se produjeron en México brotes de enfermedad respiratoria, debido a un nuevo virus de influenza proveniente del cerdo, el cual se diseminó rápidamente mediante la transmisión humano-humano. Los métodos moleculares usados en la actualidad eran inadecuados, porque la composición del genoma del nuevo virus era muy diferente del virus influenza A (H1N1) que había circulado hasta el momento. En su composición, estaba formado por segmentos de genes de origen aviar, humano y cerdo. OBJETIVO: teniendo en cuenta las secuencias publicadas, se diseñó un juego de cebadores específicos para el gen de la hemaglutinina, con la finalidad de evaluar un nuevo ensayo de TR-RCP para detectar el nuevo virus pandémico en Cuba. MÉTODOS: se procesó un total de 3 197 muestras clínicas de casos sospechosos de infección por el virus influenza A (H1N1) pandémico (pdm) mediante un ensayo de transcripción reversa-reacción en cadena de la polimerasa. RESULTADOS: el ensayo optimizado permitió obtener una banda de 292 pb, sin reacciones inespecíficas. El nuevo método resultó ser útil en el diagnóstico y subtipado del virus de influenza H1N1 pdm. El producto amplificado fue analizado por secuenciación nucleotídica y se confirmó la identificación del virus. CONCLUSIONES: con la introducción de este nuevo ensayo para la vigilancia de influenza, se fortalece la capacidad diagnóstica del Laboratorio Nacional de Referencia.

INTRODUCTION: from March through April of 2009, Mexico notified outbreaks of respiratory illness, due to a new influenza virus of swine origin, which spread over rapidly via human-to-human transmission. The molecular methods currently in use were not suitable because the genome composition based on gene segments of swine, avian and human origin was quite different from the influenza A virus (H1N1) circulating at that time. OBJECTIVE: based on the published sequences, a set of specific primers for the HA gene was designed to evaluate a new RT-PCR assay. METHODS: the RT-PCR assay processed 3 197 clinical samples from suspected cases of pandemic influenza A (H1N1) infection. RESULTS: the novel optimized method obtained a 262 pb segment, without unspecific reactions. The new method proved to be useful in the diagnosis and subtyping of pandemic HINI influenza virus. The amplified product was verified by nucleotide sequencing, thus confirming the virus. CONCLUSIONS: the introduction of this new assay for the laboratory surveillance of influenza virus strengthens the diagnostic capacity of the National Reference Laboratory.

Estrategia cubana de caracterización molecular del virus influenza A/H1N1pdm / Cuban strategy for the molecular characterization of the pandemic influenza A virus (H1N1)

INTRODUCCIÓN: en Abril de 2009 se identificó una variante del virus influenza A/H1N1 de origen porcino, lo cual determinó que fuese declarada rápidamente la primera pandemia del siglo XXI. OBJETIVO: establecer una estrategia de secuenciación nucleotídica que permitiera diagnosticar diferencialmente los virus influenza A estacionales del nuevo virus pandémico, así como obtener la mayor cantidad de información posible desde el punto de vista molecular de los genes hemaglutinina y neuraminidasa, tanto de pacientes que sufrieron una enfermedad tipo influenza como los que padecieron de una infección respiratoria aguda grave y los que fallecieron. MÉTODOS: se diseñaron e implementaron tres estrategias de secuenciación que brindaron información importante acerca del nuevo virus en Cuba. RESULTADOS: a través de la tercera estrategia se obtuvieron los resultados más completos: diagnóstico diferencial, vigilancia de las mutaciones D222G/E en la hemaglutinina y las variantes virales H275Y resistentes al Tamiflu. A pesar de no haber detectado las mutaciones mencionadas, no se puede descartar su presencia en población cubana, debido a que estas estrategias no fueron diseñadas con ese fin. Se impone diseñar un estudio para cumplir con ese objetivo. CONCLUSIONES: las estrategias de secuenciación aplicadas en nuestro algoritmo permitieron realizar el diagnóstico diferencial de los virus influenza estacional del pandémico y su caracterización molecular.

INTRODUCTION: in April 2009, there was identified a variant of the A/H1N1 influenza virus of swine origin, and shortly after the first pandemic in XXI century was declared. OBJECTIVES: to establish a nucleotide sequencing strategy for the differential diagnosis of the seasonal and pandemic influenza A viruses, and to obtain as much molecular information as possible about hemagglutinin and neuraminidase genes in patients with influenza-like illnesses, in those with severe respiratory infection and in patients who died. METHODS: three sequencing strategies were designed and implemented, which also offered important information about the new virus in Cuba. RESULTS: the third strategy provided the most comprehensive results such as differential diagnosis, the surveillance of the D222G/E mutation in hemagglutinin and Tamiflu-resistant H275Y viral variants. In spite of the fact that the mentioned mutations were not detected, their presence in the Cuban population can not be ignored since these strategies were not designed for this end. It is imperative to design a study to fulfill this objective. CONCLUSIONS: the sequencing strategies in our algorithm allowed the differential diagnosis of the seasonal and the pandemic viruses, and their molecular characterization.

Infección respiratoria aguda grave en pacientes cubanos durante la ola de influenza pandémica A (H1N1) en Cuba, 2009 / Severe acute respiratory infection in Cuban patients during the influenza A (H1N1) pandemic in Cuba, 2009

INTRODUCCIÓN: en abril de 2009 las autoridades de salud de México reportan a la Organización Panamericana de la Salud un incremento de las hospitalizaciones por neumonía con tasas elevadas de mortalidad. El Sistema Nacional de Vigilancia Epidemiológica, notó que este incremento se presentaba fundamentalmente en las edades de 20 a 40 años. Se identificó un nuevo virus influenza A de origen porcino subtipo (H1N1) como agente causal de la primera pandemia del siglo XXI. El 26 de abril de 2009 el plan nacional de enfrentamiento a la pandemia por influenza (H1N1) es activado por las autoridades nacionales de salud de la República de Cuba y el 7 de mayo se diagnosticó el caso índice de influenza pandémica (H1N1) en Cuba. Se estableció un sistema de vigilancia integrada con confirmación de laboratorio. OBJETIVOS: detectar e identificar el virus de la influenza pandémica durante la ola pandémica. MÉTODOS: durante las semanas epidemiológicas de la 37 a la 41 se observó un alza en el número de atenciones médicas. En este período se seleccionaron para este análisis solo las muestras colectadas de pacientes con diagnóstico clínico de infección respiratoria aguda grave divididas en tres grupos fundamentales, 370 niños y adultos graves, 55 gestantes graves y 30 fallecidos. El diagnóstico fue realizado por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para los virus de influenza pandémica y reacción en cadena de la polimerasa convencional para otros virus respiratorios. RESULTADOS: el virus de la influenza pandémica se detectó en 65, 20 y 9 casos, respectivamente. El virus de la influenza estacional A (H3N2) en 81 casos de infección respiratoria aguda grave, donde se incluyeron pacientes de todas las edades; 10 gestantes graves y en 5 fallecidos, los cuales fueron detectados por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real. Otros virus respiratorios también fueron monitoreados por reacción en cadena de la polimerasa a punto final. CONCLUSIONES: el análisis integral de estos resultados constituye un aporte a la vigilancia nacional y regional de los virus respiratorios para el perfeccionamiento de los programas de prevención y control de las infecciones respiratorias agudas.

INTRODUCTION: on April 2009, the Mexican health authorities reported increased hospitalization indexes caused by pneumonia with high mortality rates to the Pan-American Health Organization (PAHO). The National Epidemiological Surveillance System of Mexico noticed that this increase mainly occurred in the 20-40 year old population. A new type of swine influenza A (H1N1) virus was identified by laboratory studies as the etiological agent of the first pandemic of the 21st century. On April 26 2009, the National Anti-pandemic Plan was activated by the Cuban Ministry of Public Health, and on May 7th, the lab-confirmed index case appeared. An integrated surveillance system with laboratory confirmation was set up. OBJECTIVES: to detect pandemic influenza virus during the pandemic wave. METHODS: the epidemiological weeks 37 to 41 witnessed a rise of the number of sick people seen by the medical services. In this period, the samples taken from patients clinically diagnosed with severe acute respiratory infection were selected for this analysis; they were divided into three groups, that is, 370 children and adults in critical condition, 55 pregnant women in severe condition and 30 fatal cases. The diagnosis of the pandemic virus was performed by Real Time Polymerase Chain Reaction Test (PCR). Other respiratory viruses were tested by conventional PCR. RESULTS: the pandemic influenza virus was detected in 65 children and adults, 20 pregnant women and 9 fatal cases. The seasonal influenza A (H3N2) virus was identified in 81 cases of severe acute respiratory infection covering all age groups, 10 pregnant women and 5 deceased on the basis of real time polymerase chain reaction test. Other respiratory viruses were also monitored by the end-point polymerase chain reaction. CONCLUSIONS: the comprehensive analysis of these results contributes to the national and regional surveillance of respiratory viruses for the improvement of the prevention and control programs of the acute respiratory infections.

Contribución del Laboratorio Nacional de Influenza al enfrentamiento de la influenza pandémica 2009 en Cuba / Contribution of the National Influenza Laboratory to confront the 2009 pandemic influenza in Cuba

INTRODUCCIÓN: las infecciones respiratorias agudas son consideradas la causa más importante de morbilidad y mortalidad en todo el mundo. Estas infecciones adquieren mayor significación asociadas a eventos epidémicos y pandémicos ocasionados por los virus influenza. La necesidad de una vigilancia mundial para los virus influenza fue reconocida en 1947 y condujo a la creación de la Red Global de Vigilancia de los virus influenza por la Organización Mundial de la Salud. El Centro Nacional de Influenza de Cuba pertenece a esta red desde 1975. En el mes de abril de 2009 fue reconocido un nuevo virus influenza A (H1N1) de origen porcino que circulaban en humanos, identificado como el agente causal de la primera pandemia del siglo xxi por la Organización Mundial de la Salud. OBJETIVO: llevar a cabo la vigilancia nacional del nuevo virus pandémico. MÉTODOS: el Centro Nacional de Influenza de Cuba desarrolló y organizó un diagrama de diagnóstico para la confirmación en casos sospechosos de infección por este virus. Se emplearon diferentes ensayos de trancripción reversa-reacción en cadena de la polimerasa para el tipado y subtipado de los virus influenza A. RESULTADOS: entre abril y diciembre de 2009, un total de 6 900 muestras clínicas respiratorias fueron procesadas mediante el diagrama diagnóstico nacional y 980 casos fueron confirmados y notificados a las autoridades nacionales de salud y la Organización Panamericana de la Salud. Los rinovirus humanos resultaron otro de los agentes etiológicos de infecciones respiratorias agudas detectados con frecuencia. CONCLUSIÓN: mediante la estrategia nacional de vigilancia de laboratorio fue posible llevar a cabo un monitoreo efectivo de la circulación de los virus influenza y otros virus respiratorios para alertar a las autoridades nacionales de salud, con vistas a enfrentar la influenza pandémica 2009(AU)

INTRODUCTION: acute respiratory infections are considered the most important causes of morbidity and mortality around the world. These infections became more significant when associated to epidemics and pandemic events caused by influenza virus. The need for global surveillance of influenza viruses was recognized as early as 1947 and led to the establishment of the World Health Organization (WHO) Global Influenza Surveillance Network (GISN). The Cuban National Influenza Centre (NIC) belongs to this network since 1975. On April 2009, the recognition of a new influenza A (H1N1) of swine origin circulating in humans was identified as the causative agent of the first pandemic in the 21st century declared by the WHO. OBJECTIVE: to carry out surveillance of the new pandemic virus nationwide. METHODS: the Cuban National Influenza Center developed a diagnostic diagram to confirm infection with the pandemic virus in suspected cases. Different PCR assays for typing and subtyping of influenza A virus were used. RESULTS: from April to December 2009, 6 900 clinical respiratory samples were processed by using this diagram, 980 cases were confirmed and notified to the national health authorities and to the Pan American Health Organization. Human rhinoviruses were other important etiologic agents of the frequently detected acute respiratory infections. CONCLUSION: with the national strategy for surveillance at lab, it was possible to effectively monitor the circulation of the influenza viruses and of other respiratory viruses in our country and to alert the national health authorities, with a view to facing up to the pandemic influenza (2009)(AU)

Diseño y aplicación de un método molecular para el diagnóstico del virus influenza A (H1N1) pandémico en Cuba / Design and implementation of a molecular method for influenza A virus (H1N1) in Cuba

INTRODUCCIÓN: entre marzo y abril de 2009 se produjeron en México brotes de enfermedad respiratoria, debido a un nuevo virus de influenza proveniente del cerdo, el cual se diseminó rápidamente mediante la transmisión humano-humano. Los métodos moleculares usados en la actualidad eran inadecuados, porque la composición del genoma del nuevo virus era muy diferente del virus influenza A (H1N1) que había circulado hasta el momento. En su composición, estaba formado por segmentos de genes de origen aviar, humano y cerdo. OBJETIVO: teniendo en cuenta las secuencias publicadas, se diseñó un juego de cebadores específicos para el gen de la hemaglutinina, con la finalidad de evaluar un nuevo ensayo de TR-RCP para detectar el nuevo virus pandémico en Cuba. MÉTODOS: se procesó un total de 3 197 muestras clínicas de casos sospechosos de infección por el virus influenza A (H1N1) pandémico (pdm) mediante un ensayo de transcripción reversa-reacción en cadena de la polimerasa. RESULTADOS: el ensayo optimizado permitió obtener una banda de 292 pb, sin reacciones inespecíficas. El nuevo método resultó ser útil en el diagnóstico y subtipado del virus de influenza H1N1 pdm. El producto amplificado fue analizado por secuenciación nucleotídica y se confirmó la identificación del virus. CONCLUSIONES: con la introducción de este nuevo ensayo para la vigilancia de influenza, se fortalece la capacidad diagnóstica del Laboratorio Nacional de Referencia(AU)

INTRODUCTION: from March through April of 2009, Mexico notified outbreaks of respiratory illness, due to a new influenza virus of swine origin, which spread over rapidly via human-to-human transmission. The molecular methods currently in use were not suitable because the genome composition based on gene segments of swine, avian and human origin was quite different from the influenza A virus (H1N1) circulating at that time. OBJECTIVE: based on the published sequences, a set of specific primers for the HA gene was designed to evaluate a new RT-PCR assay. METHODS: the RT-PCR assay processed 3 197 clinical samples from suspected cases of pandemic influenza A (H1N1) infection. RESULTS: the novel optimized method obtained a 262 pb segment, without unspecific reactions. The new method proved to be useful in the diagnosis and subtyping of pandemic HINI influenza virus. The amplified product was verified by nucleotide sequencing, thus confirming the virus. CONCLUSIONS: the introduction of this new assay for the laboratory surveillance of influenza virus strengthens the diagnostic capacity of the National Reference Laboratory(AU)

Estrategia cubana de caracterización molecular del virus influenza A/H1N1pdm / Cuban strategy for the molecular characterization of the pandemic influenza A virus (H1N1)

INTRODUCCIÓN: en Abril de 2009 se identificó una variante del virus influenza A/H1N1 de origen porcino, lo cual determinó que fuese declarada rápidamente la primera pandemia del siglo XXI. OBJETIVO: establecer una estrategia de secuenciación nucleotídica que permitiera diagnosticar diferencialmente los virus influenza A estacionales del nuevo virus pandémico, así como obtener la mayor cantidad de información posible desde el punto de vista molecular de los genes hemaglutinina y neuraminidasa, tanto de pacientes que sufrieron una enfermedad tipo influenza como los que padecieron de una infección respiratoria aguda grave y los que fallecieron. MÉTODOS: se diseñaron e implementaron tres estrategias de secuenciación que brindaron información importante acerca del nuevo virus en Cuba. RESULTADOS: a través de la tercera estrategia se obtuvieron los resultados más completos: diagnóstico diferencial, vigilancia de las mutaciones D222G/E en la hemaglutinina y las variantes virales H275Y resistentes al Tamiflu. A pesar de no haber detectado las mutaciones mencionadas, no se puede descartar su presencia en población cubana, debido a que estas estrategias no fueron diseñadas con ese fin. Se impone diseñar un estudio para cumplir con ese objetivo. CONCLUSIONES: las estrategias de secuenciación aplicadas en nuestro algoritmo permitieron realizar el diagnóstico diferencial de los virus influenza estacional del pandémico y su caracterización molecular (AU)

INTRODUCTION: in April 2009, there was identified a variant of the A/H1N1 influenza virus of swine origin, and shortly after the first pandemic in XXI century was declared. OBJECTIVES: to establish a nucleotide sequencing strategy for the differential diagnosis of the seasonal and pandemic influenza A viruses, and to obtain as much molecular information as possible about hemagglutinin and neuraminidase genes in patients with influenza-like illnesses, in those with severe respiratory infection and in patients who died. METHODS: three sequencing strategies were designed and implemented, which also offered important information about the new virus in Cuba. RESULTS: the third strategy provided the most comprehensive results such as differential diagnosis, the surveillance of the D222G/E mutation in hemagglutinin and Tamiflu-resistant H275Y viral variants. In spite of the fact that the mentioned mutations were not detected, their presence in the Cuban population can not be ignored since these strategies were not designed for this end. It is imperative to design a study to fulfill this objective. CONCLUSIONS: the sequencing strategies in our algorithm allowed the differential diagnosis of the seasonal and the pandemic viruses, and their molecular characterization (AU)

Infección respiratoria aguda grave en pacientes cubanos durante la ola de influenza pandémica A (H1N1) en Cuba, 2009 / Severe acute respiratory infection in Cuban patients during the influenza A (H1N1) pandemic in Cuba, 2009

INTRODUCCIÓN: en abril de 2009 las autoridades de salud de México reportan a la Organización Panamericana de la Salud un incremento de las hospitalizaciones por neumonía con tasas elevadas de mortalidad. El Sistema Nacional de Vigilancia Epidemiológica, notó que este incremento se presentaba fundamentalmente en las edades de 20 a 40 años. Se identificó un nuevo virus influenza A de origen porcino subtipo (H1N1) como agente causal de la primera pandemia del siglo XXI. El 26 de abril de 2009 el plan nacional de enfrentamiento a la pandemia por influenza (H1N1) es activado por las autoridades nacionales de salud de la República de Cuba y el 7 de mayo se diagnosticó el caso índice de influenza pandémica (H1N1) en Cuba. Se estableció un sistema de vigilancia integrada con confirmación de laboratorio. OBJETIVOS: detectar e identificar el virus de la influenza pandémica durante la ola pandémica. MÉTODOS: durante las semanas epidemiológicas de la 37 a la 41 se observó un alza en el número de atenciones médicas. En este período se seleccionaron para este análisis solo las muestras colectadas de pacientes con diagnóstico clínico de infección respiratoria aguda grave divididas en tres grupos fundamentales, 370 niños y adultos graves, 55 gestantes graves y 30 fallecidos. El diagnóstico fue realizado por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para los virus de influenza pandémica y reacción en cadena de la polimerasa convencional para otros virus respiratorios. RESULTADOS: el virus de la influenza pandémica se detectó en 65, 20 y 9 casos, respectivamente. El virus de la influenza estacional A (H3N2) en 81 casos de infección respiratoria aguda grave, donde se incluyeron pacientes de todas las edades; 10 gestantes graves y en 5 fallecidos, los cuales fueron detectados por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real. Otros virus respiratorios también fueron monitoreados por reacción en cadena de la polimerasa a punto final. CONCLUSIONES: el análisis integr...(AU)

INTRODUCTION: on April 2009, the Mexican health authorities reported increased hospitalization indexes caused by pneumonia with high mortality rates to the Pan-American Health Organization (PAHO). The National Epidemiological Surveillance System of Mexico noticed that this increase mainly occurred in the 20-40 year old population. A new type of swine influenza A (H1N1) virus was identified by laboratory studies as the etiological agent of the first pandemic of the 21st century. On April 26 2009, the National Anti-pandemic Plan was activated by the Cuban Ministry of Public Health, and on May 7th, the lab-confirmed index case appeared. An integrated surveillance system with laboratory confirmation was set up. OBJECTIVES: to detect pandemic influenza virus during the pandemic wave. METHODS: the epidemiological weeks 37 to 41 witnessed a rise of the number of sick people seen by the medical services. In this period, the samples taken from patients clinically diagnosed with severe acute respiratory infection were selected for this analysis; they were divided into three groups, that is, 370 children and adults in critical condition, 55 pregnant women in severe condition and 30 fatal cases. The diagnosis of the pandemic virus was performed by Real Time Polymerase Chain Reaction Test (PCR). Other respiratory viruses were tested by conventional PCR. RESULTS: the pandemic influenza virus was detected in 65 children and adults, 20 pregnant women and 9 fatal cases. The seasonal influenza A (H3N2) virus was identified in 81 cases of severe acute respiratory infection covering all age groups, 10 pregnant women and 5 deceased on the basis of real time polymerase chain reaction test. Other respiratory viruses were also monitored by the end-point polymerase chain reaction. CONCLUSIONS: the comprehensive analysis of these results contributes to the national and regional surveillance of respiratory viruses for the improvement of the prevention and control programs of the acute ...(AU)

[Molecular diagnosis of influenza A(H1N1) 2009 virus and other respiratory viruses during the first pandemic wave in Cuba]. / Diagnóstico molecular del virus influenza A (H1N1) 2009 y otros virus respiratorios, durante la primera ola pandémica en Cuba.

INTRODUCTION: the first pandemic virus of the 21st century - the influenza A (H1N1)/2009 virus-appeared in Mexico in April 2009 after triple reassortment of influenza strains of avian, human and pig origin and from there, it was spread worldwide. With the purpose of facing up to this event, Cuba adopted antipandemic measures including the virology surveillance using all necessary actions. OBJECTIVES: the detection and validation of the entry of the causative agent of pandemic into the country in a fast and timely way, in addition to the definition of involvement of other viruses in the etiology of acute respiratory infections. METHODS: as a result of the lab surveillance, from the 38th to the 42nd epidemiological weeks (September and October, 2009), 1 063 respiratory clinical samples were processed (nasopharyngeal exudates, bronchial aspirates and lung necropsy samples). The highest number of confirmed cases caused by the new virus was detected in this period that represented the first pandemic wave in Cuba. Diagnosis was based on molecular diagnosis algorithm. RESULTS: out of the 1063 samples, 597 (56.0 %) were positive. The pandemic influenza A (H1N1) virus was the most commonly detected etiological agent in 306 suspected cases (51 %) followed by influenza A (H3N2) virus in 228 cases (38 %). Other respiratory viruses were diagnosed in 63 clinical samples (11 %). The pandemic virus was confirmed in 50 pregnant women. Rhinoviruses were identified more frequently in those samples from patients with clinical diagnosis of bronchial pneumonia and broncholitis. Morbidity increased during this period; 225 825 medical consultations were notified due to acute respiratory infections mid-October 2009. CONCLUSIONS: the molecular diagnosis algorithm proved to be sensitive, specific and effective to assure the systematic virological surveillance in our country during the pandemic phase.

[Design and implementation of a molecular method for influenza A virus (H1N1) in Cuba]. / Diseño y aplicación de un método molecular para el diagnóstico del virus influenza A (H1N1) pandémico en Cuba.

INTRODUCTION: From March through April of 2009, Mexico notified outbreaks of respiratory illness, due to a new influenza virus of swine origin, which spread over rapidly via human-to-human transmission. The molecular methods currently in use were not suitable because the genome composition based on gene segments of swine, avian and human origin was quite different from the influenza A virus (H1N1) circulating at that time. OBJECTIVE: Based on the published sequences, a set of specific primers for the HA gene was designed to evaluate a new RT-PCR assay. METHODS: The RT-PCR assay processed 3 197 clinical samples from suspected cases of pandemic influenza A (H1N1) infection. RESULTS: The novel optimized method obtained a 262 pb segment, without unspecific reactions. The new method proved to be useful in the diagnosis and subtyping of pandemic HINI influenza virus. The amplified product was verified by nucleotide sequencing, thus confirming the virus. CONCLUSIONS: The introduction of this new assay for the laboratory surveillance of influenza virus strengthens the diagnostic capacity of the National Reference Laboratory.

[Cuban strategy for the molecular characterization of the pandemic influenza A virus (H1N1)]. / Estrategia cubana de caracterización molecular del virus influenza A/H1N1.

INTRODUCTION: In April 2009, there was identified a variant of the A/H1N1 influenza virus of swine origin, and shortly after the first pandemic in XXI century was declared. OBJECTIVES: To establish a nucleotide sequencing strategy for the differential diagnosis of the seasonal and pandemic influenza A viruses, and to obtain as much molecular information as possible about hemagglutinin and neuraminidase genes in patients with influenza-like illnesses, in those with severe respiratory infection and in patients who died. METHODS: Three sequencing strategies were designed and implemented, which also offered important information about the new virus in Cuba. RESULTS: The third strategy provided the most comprehensive results such as differential diagnosis, the surveillance of the D222G/E mutation in hemagglutinin and Tamiflu-resistant H275Y viral variants. In spite of the fact that the mentioned mutations were not detected, their presence in the Cuban population can not be ignored since these strategies were not designed for this end. It is imperative to design a study to fulfill this objective. CONCLUSIONS: The sequencing strategies in our algorithm allowed the differential diagnosis of the seasonal and the pandemic viruses, and their molecular characterization.

[Severe acute respiratory infection in Cuban patients during the influenza A(H1N1) pandemic in Cuba, 2009]. / Infección respiratoria aguda grave en pacientes cubanos durante la ola de influenza pandémica A (H1N1) en Cuba, 2009.

INTRODUCTION: On April 2009, the Mexican health authorities reported increased hospitalization indexes caused by pneumonia with high mortality rates to the Pan-American Health Organization (PAHO). The National Epidemiological Surveillance System of Mexico noticed that this increase mainly occurred in the 20-40 year old population. A new type of swine influenza A (H1N1) virus was identified by laboratory studies as the etiological agent of the first pandemic of the 21st century. On April 26 2009, the National Anti-pandemic Plan was activated by the Cuban Ministry of Public Health, and on May 7th, the lab-confirmed index case appeared. An integrated surveillance system with laboratory confirmation was set up. OBJECTIVES: To detect pandemic influenza virus during the pandemic wave. METHODS: The epidemiological weeks 37 to 41 witnessed a rise of the number of sick people seen by the medical services. In this period, the samples taken from patients clinically diagnosed with severe acute respiratory infection were selected for this analysis; they were divided into three groups, that is, 370 children and adults in critical condition, 55 pregnant women in severe condition and 30 fatal cases. The diagnosis of the pandemic virus was performed by Real Time Polymerase Chain Reaction Test (PCR). Other respiratory viruses were tested by conventional PCR. RESULTS: The pandemic influenza virus was detected in 65 children and adults, 20 pregnant women and 9 fatal cases. The seasonal influenza A (H3N2) virus was identified in 81 cases of severe acute respiratory infection covering all age groups, 10 pregnant women and 5 deceased on the basis of real time polymerase chain reaction test. Other respiratory viruses were also monitored by the end-point polymerase chain reaction. CONCLUSIONS: The comprehensive analysis of these results contributes to the national and regional surveillance of respiratory viruses for the improvement of the prevention and control programs of the acute respiratory infections.

[Contribution of the National Influenza Laboratory to confront the 2009 pandemic influenza in Cuba]. / Contribución del Laboratorio Nacional de Influenza al enfrentamiento de la influenza pandémica 2009 en Cuba.

INTRODUCTION: Acute respiratory infections are considered the most important causes of morbidity and mortality around the world. These infections became more significant when associated to epidemics and pandemic events caused by influenza virus. The need for global surveillance of influenza viruses was recognized as early as 1947 and led to the establishment of the World Health Organization (WHO) Global Influenza Surveillance Network (GISN). The Cuban National Influenza Centre (NIC) belongs to this network since 1975. On April 2009, the recognition of a new influenza A (H1N1) of swine origin circulating in humans was identified as the causative agent of the first pandemic in the 21st century declared by the WHO. OBJECTIVE: to carry out surveillance of the new pandemic virus nationwide. METHODS: The Cuban National Influenza Center developed a diagnostic diagram to confirm infection with the pandemic virus in suspected cases. Different PCR assays for typing and subtyping of influenza A virus were used. RESULTS: From April to December 2009, 6 900 clinical respiratory samples were processed by using this diagram, 980 cases were confirmed and notified to the national health authorities and to the Pan American Health Organization. Human rhinoviruses were other important etiologic agents of the frequently detected acute respiratory infections. CONCLUSION: With the national strategy for surveillance at lab, it was possible to effectively monitor the circulation of the influenza viruses and of other respiratory viruses in our country and to alert the national health authorities, with a view to facing up to the pandemic influenza (2009).

Aislamiento y propagación del virus de la hepatitis E en diferentes líneas celulares / Isolation and propagation of hepatitis E virus in several cell lines

Antecedentes: el virus de la hepatitis E es el agente causal de la hepatitis E. Las propiedades biológicas y moleculares de las cepas asiáticas del VHE ya han sido exploradas en cultivos celulares. Objetivos: aislar y propagar una cepa cubana del virus de la hepatitis E en diferentes líneas celulares. Métodos: la monocapa de las células A549 fue inoculada con una suspensión de heces obtenida de un paciente con diagnóstico serológico y molecular de hepatitis E. Estas células fueron observadas hasta el décimo pase. Mientras que, las líneas celulares MRC5, LLCMK2, HEP-2, FRhK4 y HeLa fueron utilizadas para propagar el virus de la hepatitis E, a partir del sobrenadante obtenido del tercer pase en A549. Estas células fueron seguidas hasta el tercer pase. El ARN y los antígenos de la cepa ECV/2349-03 fueron identificados por TR-RCP e inmunofluorescencia indirecta. Resultados: en las células A549 el ECP apareció desde el primer pase, a los 3 d de posinoculación. El genoma y los antígenos del virus fueron identificados en todos los pases seriados. En el resto de las líneas celulares estudiadas no se observó el ECP. En estas células el material genético del virus de la hepatitis E se detectó desde el primer pase y los antígenos a partir del segundo pase, excepto en las HeLa. Conclusiones: estos resultados confirman que las células A549 pueden ser utilizadas para aislar y propagar el virus de la hepatitis E, mientras que las células MRC5, LLCMK2, HEP-2 y FRhK4 son capaces de mantener el crecimiento viral.

Background: hepatitis E virus (HEV) is the causative agent of hepatitis E. Biological and molecular properties of Asian HEV strains have been explored in cells cultures. Objetives: the aim of this investigation was to isolate and propagate a Cuban HEV isolate in different cell lines. Methods: A549 cells monolayer was infected with faeces suspension from patient with sporadic hepatitis E and followed up until tenth passage. Lately, the supernatant harvested from third passage in A549 cells was inoculated in MRC5, HEP-2, LLCMK2, HeLa y FRhK4 for propagation study. These cells were observed up to third passage. RNA and viral antigen of ECV/2349-03 HEV strain were identified by RT-PCR and indirect immunofluorescence. Results: CPE appeared since first passage, at third day of post-inoculation in A549 cells. HEV antigens and genome were detected in all serial passages. CPE was not observed in the rest of cellular cultures. In the cells used for propagation the viral genome was observed from first passage, while the antigens were detected since second passage, except HeLa. Conclusions: these results confirm that A549 can be used to isolate and propagate HEV. Meanwhile, the MRC5, HEP-2, LLCMK2 and FRhK4 were able to support viral growing.

Aislamiento y caracterización de cepas de Adenovirus que colonizan el tracto gastrointestinal de pacientes cubanos seropositivos al VIH / Isolation and characterization of Adenovirus strains that invade the gastrointestinal tract of Cuban HIV-positive patients

Introducción: el tracto gastrointestinal es uno de los sistemas que se afecta con frecuencia en el paciente seropositivo al virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), de manera que las alteraciones o enfermedades en este sitio representan una causa importante de morbilidad y mortalidad. El hallazgo de cepas de adenovirus, raramente aisladas en pacientes inmunocompetentes, ha sido asociado en ocasiones a la presencia de diarrea, lo cual refleja la importancia del estudio y la tipificación de estas cepas. Objetivos: conocer la prevalencia de los Adenovirus en muestras de heces fecales de pacientes infectados con el VIH, con diarrea aguda o crónica, así como la caracterización de los agentes aislados, mediante la implementación de métodos rápidos y confiables. Métodos: fueron analizadas 167 muestras de heces fecales de individuos seropositivos al VIH y 127 seronegativos como grupo control. La prevalencia fue investigada mediante el aislamiento en cultivo celular, se realizó además la tipificación de las cepas aisladas, mediante técnicas de biología molecular como la reacción en cadena de la polimerasa y la secuenciación nucleotídica. El análisis estadístico se efectuó mediante la prueba exacta de Fisher contenido en el paquete estadístico Epi Info (Versión 6.04). Resultados: la prevalencia en los pacientes VIH+ fue de 15 por ciento, mientras que en los VIH- fue de 4 por ciento; la diferencia resultó estadísticamente significativa; 96 por ciento de las cepas aisladas en los pacientes VIH+ correspondieron al subgénero D, asociadas en 62,5 por ciento a cuadros diarreicos y estadios avanzados de la infección por VIH. Conclusiones: los resultados sugieren la importancia de incluir a los adenovirus y su tipificación en el diagnóstico de rutina de los pacientes VIH+, lo cual sería de interés en el manejo clínico de la infección y aportaría datos claves en la vigilancia y el control de la transmisión de la infección hospitalaria y los análisis epidemiológicos.

Bacckground: the gastrointestinal tract is one of the most frequently affected systems in HIV-positive patients, therefore, changes or diseases occurring in this site represent an important cause of morbidity and mortality. The finding of adenovirus strains, rarely isolated in immunocompetent patients, has been occasionally associated to diarrheas, which reflects the importance of study and typing of these strains. Objectives: to find out the prevalence of Adenovirus in feces samples from HIV patients having chronic or acute diarrheas, as well as the characterization of isolated agents through the application of reliable and quick methods. Methods: one hundred and sixty seven fecal samples from HIV-positive patients and 127 from seronegative subjects as the control group were analyzed. Isolation in cell cultures determined the prevalence and molecular biology techniques as the polymerase chain reaction and nucleotide sequencing allowed typing of isolated strains. The statistical analysis was based on the Fisher´s exact test included in Epi Info (6.04) statistical software. RESULTS: the prevalence in HIV positive patients was 15 percent whereas in the HIV-negative was 4 percent. The difference was statistically significant; 96 percent of isolated strains in HIV positive patients belonged to subgenus D, which are linked in 62.5 percent of cases to acute diarrheal condition and advanced stages of HIV infection. Conclusions: the results indicated the importance of including adenovirus and their typing in the routine diagnosis of patients positive to HIV, all of which would be useful in the clinical management of infection and would contribute key data on surveillance and control of hospital infection transmission and the epidemiological analysis.