Population structure of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis clinical isolates in Colombia.

Emergence of multidrug-resistant (MDR) Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) isolates is a major public health problem that threatens progress made in tuberculosis (TB) care and control worldwide. In Colombia, the prevalence of MDR tuberculosis (MDR-TB) has increased slowly but steadily since 2001. However, the population structure of the MDR-TB strains circulating in Colombia is sparsely known. In this work, 203 MDR isolates isolated in 2012-2013 were collected, and characterized by spoligotyping, followed by 24-loci MIRU-VNTR (data available for 190 isolates). The most prevalent genotypes corresponded to SIT42/LAM9 (12.81%), SIT62/H1 (10.34%), and SIT190/Beijing (10.34%). A fine analysis showed that although the MDR strains came from 29 of the 33 departments of Colombia, the distribution of these main lineages was not at random and depended on the city of isolation (p-value <0.000001). Both LAM and Beijing lineage strains were significantly associated with MDR-TB (p-value <0.0001): LAM lineage was associated with 2 patterns of MDR, namely combined resistance to INH + Rifampin (HR), and to SHRE (Streptomycin + INH + Rifampin + Ethambutol), while the Beijing lineage strains were essentially associated with MDR (SHRE). Interestingly, distribution of genotypic lineages in function of drug resistance information (e.g. pansusceptible vs. MDR) was different in our setting as compared to other countries in Latin America. However, MIRU-VNTR patterns were unique for all strains, an observation that did not support active transmission of circulating MDR clones.

Extensively resistant tuberculosis, Colombia, 2006-2016 / Serie de casos: tuberculosis extremadamente resistente a drogas en Colombia, 2006-2016

Introducción. La tuberculosis extremadamente resistente a los medicamentos (TB-XDR) es el resultado de deficiencias en la administración del tratamiento y en la prevención de la transmisión de la enfermedad; además, es un reto para los programas nacionales de control de la tuberculosis. Objetivo. Describir las características clínicas y epidemiológicas de los casos de TB-XDR diagnosticados en Colombia. Materiales y métodos. Se trata de un estudio de serie de casos, de pacientes con diagnóstico de TB-XDR, de 2006 a 2016 en Colombia. Las fuentes de información fueron el formato único de vigilancia y la base de datos del Laboratorio Nacional de Referencia. Se analizaron las variables: entidad territorial de procedencia, sexo, edad, régimen de afiliación, forma de tuberculosis, coinfección tuberculosis-HIV, patrón de sensibilidad a los fármacos de segunda línea y resultado (vivo o muerto). Resultados. En el período de estudio, se diagnosticaron 51 casos de TB-XDR, 28 hombres y 23 mujeres, con un promedio anual de cinco casos. En los departamentos de Antioquia, Valle del Cauca y Atlántico, se presentaron 46 (90 %) de los casos. El rango de edad fue de 5 a 81 años y, la mediana, de 40 años. De los 51 pacientes, 32 (63 %) estaban afiliados al régimen subsidiado de salud y 46 (90 %) presentaron tuberculosis pulmonar; de los 22 a quienes se les practicó la prueba para HIV, en tres (13,6 %) había coinfección con HIV, y 29 (57 %) murieron. Los fármacos a los cuales hubo mayor resistencia, fueron ofloxacina en 45 (88 %) casos y amikacina en 43 (84 %). Conclusión. La TB-XDR se presentó principalmente en formas pulmonares, lo cual aumenta la probabilidad de transmisión en la comunidad y se refleja en la aparición de tuberculosis resistente en menores de 15 años. La población más afectada es la económicamente activa, con una gran mortalidad. El Programa Nacional de Prevención y Control de la Tuberculosis debe generar estrategias para evitar la propagación de cepas resistentes.

Serie de casos: tuberculosis extremadamente resistente a drogas en Colombia, 2006-2016 / Extensively resistant tuberculosis, Colombia, 2006-2016

Introducción. La tuberculosis extremadamente resistente a los medicamentos (TB-XDR) es el resultado de deficiencias en la administración del tratamiento y en la prevención de la transmisión de la enfermedad; además, es un reto para los programas nacionales de control de la tuberculosis. Objetivo. Describir las características clínicas y epidemiológicas de los casos de TB-XDR diagnosticados en Colombia. Materiales y métodos. Se trata de un estudio de serie de casos, de pacientes con diagnóstico de TB-XDR, de 2006 a 2016 en Colombia. Las fuentes de información fueron el formato único de vigilancia y la base de datos del Laboratorio Nacional de Referencia. Se analizaron las variables: entidad territorial de procedencia, sexo, edad, régimen de afiliación, forma de tuberculosis, coinfección tuberculosis-HIV, patrón de sensibilidad a los fármacos de segunda línea y resultado (vivo o muerto). Resultados. En el período de estudio, se diagnosticaron 51 casos de TB-XDR, 28 hombres y 23 mujeres, con un promedio anual de cinco casos. En los departamentos de Antioquia, Valle del Cauca y Atlántico, se presentaron 46 (90 %) de los casos. El rango de edad fue de 5 a 81 años y, la mediana, de 40 años. De los 51 pacientes, 32 (63 %) estaban afiliados al régimen subsidiado de salud y 46 (90 %) presentaron tuberculosis pulmonar; de los 22 a quienes se les practicó la prueba para HIV, en tres (13,6 %) había coinfección con HIV, y 29 (57 %) murieron. Los fármacos a los cuales hubo mayor resistencia, fueron ofloxacina en 45 (88 %) casos y amikacina en 43 (84 %). Conclusión. La TB-XDR se presentó principalmente en formas pulmonares, lo cual aumenta la probabilidad de transmisión en la comunidad y se refleja en la aparición de tuberculosis resistente en menores de 15 años. La población más afectada es la económicamente activa, con una gran mortalidad. El Programa Nacional de Prevención y Control de la Tuberculosis debe generar estrategias para evitar la propagación de cepas resistentes.

Introduction: Extensively drug-resistant tuberculosis (XDR-TB) is a result of deficiencies in the administration of treatment and transmission of the disease, being a challenge for national programs of tuberculosis control. Objective: To describe the clinical and epidemiological characteristics of the cases diagnosed in Colombia. Materials and methods: Case series study, performed on people diagnosed with XDRTB during 2006 to 2016 in Colombia. Information source: unique surveillance format and database of the national reference laboratory. The variables territorial entity of origin, gender, age, affiliation regime, form of tuberculosis, tuberculosis-HIV coinfection, sensitivity pattern to second line drugs and live/dead outcome were analyzed. Results: In this period, 51 XDR-TB cases have been diagnosed, with an annual average of five cases. Antioquia, Valle del Cauca and Atlántico present 90% (46) of cases. Age range: 5 to 81 years, median: 40 years. There were 28 men (55%) of the cases. Subsidized affiliation regime: 63% (32/51). Pulmonary form: 90% (46/51). TB-HIV coinfection: 13.6% (3/22). The drugs with greater resistance: ofloxacin 90% (45/51) and amikacin 86% (43/51). Dead unlink: 57% (29/51). Conclusion: XDR-TB occurred mainly in pulmonary forms increasing the probability of transmission in the community, which is reflected in the appearance of resistance in children under 15 years of age. The most affected population is economically active, with high mortality. The national program of tuberculosis control must generate strategies to avoid the spread of resistance that is affecting children and the economically active population, with high mortality.

Resistant tuberculosis in children under 15 years of age, Colombia 2010-2015 / Vigilancia por el laboratorio de la tuberculosis resistente en menores de 15 años, Colombia, 2010 a 2015.

Introduction: Tuberculosis in children is a recent transmission reflection in the community. It is estimated that every year one million children get sick in the world because of this. In Colombia, 291 cases were notified in 2015. Objective: To update the information obtained from the surveillance activities of the drugresistance laboratory in children younger than 15 years of age in Colombia between 2010 and 2015. Materials and methods: This was a cross-sectional retrospective study. We studied the variables of origin, gender, age, type of tuberculosis, and HIV status in sensitive and resistant cases. We classified them according to their treatment background between new and previously treated to analyze their first and second line drug resistance profile. Results: From the notified cases, 16.4 % had a sensitivity test. 50.6 % were women, the pulmonary form was present in 70.6% cases, and 1.4 % presented with tuberculosis/HIV coinfection. We studied 565 cases, from which 503 (89.1 %) were new, presenting with multidrug-resistant tuberculosis, and a global resistance of 3.9 % and 9.5 %, respectively. From them, 62 had been previously treated (10.9 %), with 4.8 % and 19.3 % multidrug resistance and global resistance, respectively. There was no evidence of statistically significant differences during the studied years. Extremely resistant tuberculosis in new cases was 9.0 %. Conclusions: It is necessary for the Ministerio de Salud y Protección Social and the Instituto Nacional de Salud to promote the use of faster and more sensitive diagnostic tests such as the molecular ones recommended by the World Health Organization.

Introducción. La tuberculosis en los niños es un reflejo de transmisión reciente en la comunidad. Se estima que en el mundo cada año un millón de niños enferma por esta causa; en Colombia se notificaron 291 casos en el 2015. Objetivo. Actualizar la información obtenida de las actividades de vigilancia por el laboratorio de la farmacorresistencia del bacilo Mycobacterium tuberculosis en menores de 15 años en Colombia entre el 2010 y el 2015. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio retrospectivo de corte transversal. Se estudiaron las variables de procedencia, sexo, edad, tipo de tuberculosis y estado de HIV en los casos sensibles y resistentes. Estos se clasificaron como caso nuevo sin tratamiento o caso previamente tratado para analizar el perfil de resistencia a fármacos de primera y segunda línea. Resultados. De los 3.440 casos notificados, en el 16,4 % se practicó la prueba de sensibilidad. El 50,6 % eran mujeres, la forma pulmonar se presentó en el 70,6 % y el 1,4 % presentó coinfección de tuberculosis y HIV. Se estudiaron 565 casos, de los cuales 503 (89,0 %) eran nuevos: el 3,9 % con tuberculosis multirresistente y el 9,5 % con resistencia global. Los previamente tratados fueron 62 (10,9 %), 4,8 % con multirresistencia y 19,3 % con resistencia global. No se evidenciaron diferencias estadísticamente significativas en los años estudiados. La proporción de tuberculosis extremadamente resistente en los casos nuevos evaluados fue de 9,0 %. Conclusiones. Es necesario que el Ministerio de Salud y Protección Social y el Instituto Nacional de Salud promuevan el uso de pruebas diagnósticas rápidas y muy sensibles, como las moleculares recomendadas por la Organización Mundial de la Salud.

Characterization of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from indigenous peoples of Colombia / Caracterización de aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis de pueblos indígenas de Colombia

INTRODUCTION: Tuberculosis continues to be a public health priority. Indigenous peoples are vulnerable groups with cultural determinants that increase the risk of the disease. OBJECTIVE: To determine molecular epidemiology and phenotypical features and of Mycobacterium tuberculosis isolates from indigenous people in Colombia during the period from 2009 to 2014. MATERIALS AND METHODS: We conducted an analytical observational study; we analyzed 234 isolates to determine their patterns of sensitivity to antituberculosis drugs and their molecular structures by spoligotyping. RESULTS: The isolates came from 41 indigenous groups, predominantly the Wayúu (13.10%) and Emberá Chamí (11.35%). We found 102 spoligotypes distributed among seven genetic families (37.2% LAM, 15.8% Haarlem, 8.1% T, 3.4% U, 2.6% S, 2.1% X, and 0.9%, Beijing). The association analysis showed that the non-clustered isolates were related to prior treatment, relapse, orphan spoligotypes, and the Beijing family. The H family presented an association with the Arhuaco and Camëntsá indigenous groups, the U family was associated with the Wounaan group, and the T family was associated with the Motilón Barí group. CONCLUSIONS: This is the first national study on M. tuberculosis characterization in indigenous groups. The study evidenced that diagnosis in indigenous people is late. We described 53% of orphan patterns that could be typical of the Colombian indigenous population. The high percentage of grouping by spoligotyping (62%) could indicate cases of active transmission, a situation that should be corroborated using a second genotyping marker. A new Beijing spoligotype (Beijing-like SIT 406) was identified in Colombia.

Introducción. La tuberculosis es prioridad de salud pública. Los pueblos indígenas son vulnerables debido a los factores culturales determinantes que aumentan el riesgo de tuberculosis. Objetivo. Determinar la epidemiologia molecular y las características fenotípicas de los aislamientos de Mycobacterium tuberculosis de pueblos indígenas de Colombia entre 2009 y 2014. Materiales y métodos. Se hizo un estudio observacional analítico; se analizaron 234 aislamientos para determinar la sensibilidad a los fármacos antituberculosos y la estructura molecular usando spoligotyping. La información epidemiológica se recolectó utilizando el formato único de vigilancia de micobacterias. Resultados. Los aislamientos provenían de 41 grupos indígenas, principalmente los wayúu (13,10 %) y emberá chamí (11,35 %). Se encontraron 102 genotipos distribuidos en siete familias genéticas (37,2 %, LAM; 15,8 %, Haarlem; 8,1 %, T; 3,4 %, U; 2,6 %, S; 2,1 %, X, y 0,9%, Beijing). El análisis de asociación mostró que los aislamientos no agrupados se asociaron con el tratamiento previo, las recaídas, los genotipos huérfanos y la familia Beijing. La familia H presentó una asociación con los grupos indígenas arhuaco y camëntsá, la familia U se asoció con el grupo wounaan y la familia T con el grupo motilón barí. Conclusiones. Este es el primer estudio nacional de caracterización de M. tuberculosis en grupos indígenas. Se evidenció que el diagnóstico en indígenas es tardío, y que 53 % de los patrones huérfanos podrían ser típicos de la población indígena colombiana. El alto porcentaje de agrupamiento por spoligotyping (62%) podría indicar casos de transmisión activa, una situación que debe ser corroborada usando un segundo marcador de genotipificación. Se identificó un nuevo genotipo (Beijing-like SIT 406) en Colombia.

The Importance of investigating Mycobacterium bovis in clinical samples of human origin / La importancia de investigar Mycobacterium bovis en muestras clínicas de procedencia humana

Introduction: Tuberculosis is an infectious disease that still represents a major public health problem worldwide. It is one of the main causes of mortality in people with HIV. Objective: To identify the presence of M. bovis as an etiological agent of human tuberculosis in sputum smear positive samples using the test Genotype MTBC™. Materials and methods: We conducted a descriptive study, 88 sputum samples were submitted to the Grupo de Micobacterias of the Instituto Nacional de Salud between January and November, 2015. We used the conventional microbiological analysis and the molecular test Genotype MTBC™ to identify the M. tuberculosis complex species. Results: Sixty two (70.5%) were males; the most affected groups were those between 24 and 34 years old, those residing in the municipal seats and those affiliated to the subsidized health plans. In 50.0% (44) of the samples with a result in the species identification test, we detected M. tuberculosis. Conclusion: The highest burden of the disease was recorded among the male population in productive ages. The identification test for species of the complex showed all were M. tuberculosis. However, it is not possible to discard the presence of M. bovis in humans in Colombia. The differential identification of species should be done in risk groups and in areas where the circulation of this mycobacterium in cattle is known.

Introducción. La tuberculosis es una enfermedad infectocontagiosa que continúa siendo un problema mundial de salud pública. Es la principal causa de mortalidad en personas con HIV. Objetivo. Identificar la presencia de Mycobacterium bovis como agente etiológico de tuberculosis humana en muestras de esputo con baciloscopia positiva, mediante la prueba Genotype MTBC™. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio descriptivo de 88 muestras de esputo remitidas al Grupo de Micobacterias del Instituto Nacional de Salud entre enero y noviembre de 2015. Se hizo el análisis microbiológico convencional y se empleó la prueba molecular de Genotype MTBC™ para diferenciar las especies del complejo M. tuberculosis. Resultados. Sesenta y dos casos (70,5 %) correspondían a pacientes de sexo masculino; los grupos más afectados fueron el de 24 a 34 años, el de residentes en las cabeceras municipales, y el de afiliados al régimen subsidiado. En el 50 % (44) de las muestras con resultados en la prueba de identificación de la especie, se detectó el complejo M. tuberculosis. Conclusiones. La mayor carga de la enfermedad se registró en la población masculina y en edad productiva. La prueba de identificación para especies del complejo, solo demostró la presencia de M. tuberculosis. Sin embargo, con estos datos no es posible descartar M. bovis en humanos con tuberculosis en Colombia. La identificación diferencial de la especie debería implementarse de forma rutinaria en los casos de tuberculosis en los grupos de riesgo y en las zonas donde se conoce la circulación de esta micobacteria en bovinos.

Mycobacterioses identified in the National Reference Laboratory of Colombia from 2012 to 2016

Introduction: In recent years, there has been an increase in the prevalence of mycobacterioses caused by non-tuberculous mycobacteria, which are considered as emerging pathogens. Their presence depends on several factors such as the clinical history, the health status of the affected person, and the presence of these microorganisms in the water, the soil, and the animals, among others. Objective: To describe the mycobacteria and the etiological agent identified in isolates received at the Laboratorio Nacional de Referencia de Micobacterias of the Instituto Nacional de Salud between 2012 and 2016. Materials and methods: We conducted a retrospective analysis of samples from 273 patients with mycobacterioses. We analyzed the following variables: mycobacteriosis type, etiological agent, and associated predisposing factors. Results: 57.1% of the cases presented pulmonary mycobacteriosis; 26%, cutaneous; 10.6%, disseminated, and 2.6%, lymphatic. We found the Mycobacterium avium complex more frequently in pulmonary mycobacteriosis, while M. abscessus was more frequent in the extrapulmonary types of the disease. Patients with pulmonary mycobacteriosis had a history of tuberculosis more frequently than those with extrapulmonary forms. Conclusion: These findings highlight the importance of the differential diagnosis between M. tuberculosis complex species and non-tuberculous mycobacteria since the latter are genetically resistant to conventional antituberculosis drugs.

Micobacteriosis identificadas en el Laboratorio Nacional de Referencia de Colombia entre 2012 y 2016 / Mycobacterioses identified in the National Reference Laboratory of Colombia from 2012 to 2016

Introducción. En los últimos años se ha observado un aumento en la prevalencia de micobacteriosis ocasionadas por micobacterias no tuberculosas, las cuales hoy se consideran como agentes patógenos emergentes. Su presencia depende de varios factores, como los antecedentes clínicos, el estado de salud de la persona afectada y la presencia de estos microorganismos en el agua, el suelo y los animales, entre otros. Objetivo. Describir las micobacteriosis identificadas en el Laboratorio Nacional de Referencia de Micobacterias del Instituto Nacional de Salud, entre 2012 y 2016. Materiales y métodos. Se hizo un análisis retrospectivo que incluyó 273 pacientes con micobacteriosis. Las variables analizadas fueron el tipo de micobacteriosis, el agente etiológico y los factores de riesgo asociados. Resultados. El 57,1 % de los casos presentó micobacteriosis pulmonar, el 26 %, cutánea, el 10,6 %, diseminada, y el 2,6 %, linfática. La comparación entre la forma pulmonar y la extrapulmonar evidenció que el complejo Mycobacterium avium se presenta con mayor frecuencia en las micobacteriosis pulmonares, en tanto que M. abscessus fue más frecuente en las extrapulmonares. Los pacientes con micobacteriosis pulmonar presentaban antecedentes de tuberculosis con mayor frecuencia que aquellos con las formas extrapulmonares. Conclusión. Estos hallazgos resaltan la importancia del diagnóstico diferencial entre las especies del complejo M. tuberculosis y las micobacterias no tuberculosas, ya que estas últimas son resistentes genéticamente a los fármacos convencionales contra la tuberculosis.

Introduction: In recent years, there has been an increase in the prevalence of mycobacterioses caused by non-tuberculous mycobacteria, which are considered as emerging pathogens. Their presence depends on several factors such as the clinical history, the health status of the affected person, and the presence of these microorganisms in the water, the soil, and the animals, among others. Objective: To describe the mycobacteria and the etiological agent identified in isolates received at the Laboratorio Nacional de Referencia de Micobacterias of the Instituto Nacional de Salud between 2012 and 2016. Materials and methods: We conducted a retrospective analysis of samples from 273 patients with mycobacterioses. We analyzed the following variables: mycobacteriosis type, etiological agent, and associated predisposing factors. Results: 57.1% of the cases presented pulmonary mycobacteriosis; 26%, cutaneous; 10.6%, disseminated, and 2.6%, lymphatic. We found the Mycobacterium avium complex more frequently in pulmonary mycobacteriosis, while M. abscessus was more frequent in the extrapulmonary types of the disease. Patients with pulmonary mycobacteriosis had a history of tuberculosis more frequently than those with extrapulmonary forms. Conclusion: These findings highlight the importance of the differential diagnosis between M. tuberculosis complex species and non-tuberculous mycobacteria since the latter are genetically resistant to conventional antituberculosis drugs.

[Description of Mycobacterium tuberculosis mutations conferring resistance to rifampicin and isoniazid detected by GenoType® MTBDRplus V.2 in Colombia].

INTRODUCTION: The GenoType®MTBDRplusV.2 assay is a molecular technique endorsed by the World Health Organization and the Pan American Health Organization that allows for the identification of the Mycobacterium tuberculosis complex and the detection of mutations in the rpoß gene for rifampicin resistance, and katG and inhA genes for isoniazid resistance. Due to the genetic variability in the circulating strains around the world, the national tuberculosis control programs should assess the performance of these new diagnostic technologies and their use under program conditions as rapid tests. OBJECTIVE: To describe the mutations identified by the GenoType®MTBDRplusV.2 assay in pulmonary samples and Mycobacterium tuberculosis isolates in the Laboratorio Nacional de Referencia of the Instituto Nacional de Salud in 2014. MATERIALS AND METHODS: We conducted a retrospective, descriptive study to detect the expression of inhA, KatG and rpoß genes, responsible for resistence against isoniazid and rifampicin using the GenoType® MTBDRplus V.2 assay in 837 samples and isolates from tuberculosis cases. RESULTS: Several mutations in the rpoß gene were identified. Ser531Leu was the most frequent (36.6%) followed by Asp516Val (21.6%), while Ser315Thr1 was the most frequent mutation in the katG gene (91.9%). CONCLUSIONS: We were able to identify different mutations present in MDR-TB strains in the country, with frequencies similar to those reported in other countries in the South American region.

[Prevalence of Mycobacterium tuberculosis resistance to quinolones and injectables in Colombia, 2012-2013].

INTRODUCTION: Tuberculosis is a health problem worldwide. The World Health Organization estimated 9.6 million new cases and 480,000 multirresistant cases for 2014. The assessment of resistance to quinolones and injectables was implemented only a few years ago, so its prevalence is not known. OBJECTIVE: To determine the prevalence of resistance to amikacin, capreomycin and ofloxacin in cases of tuberculosis resistant to isoniazid and/or rifampin during 2012-2013. MATERIALS AND METHODS: This was a cross-sectional study of 489 isolates resistant to isoniazid and/or rifampin. We used the Bactec MGITTM technique for susceptibility tests. For analyzing the rate of resistance, we grouped cases according to the history of treatment with second line drugs. RESULTS: In the 438 new cases, the drug that showed greater overall resistance was kanamycin with 7.1 % (95% CI: 4.6 to 9.6). In 51 previously treated cases, this highest resistance was 27.5 % (95% CI:14.2 to 40.7). The overall resistance was higher in cases with a history of treatment with quinolones and injectables. We found seven cases of extremely resistant tuberculosis. CONCLUSION: This study demonstrates the presence of resistance to second line drugs in people with drug-resistant tuberculosis with and without previous treatment with quinolones and/or injectables, these latter having a higher percentage of resistance. For that reason, it is essential to perform susceptibility testing and analyze this information routinely.

[Characterization of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from HIV positive individuals in Colombia, 2012].

INTRODUCTION: One third of the increase in tuberculosis cases is attributed to the spread of HIV. In 2012, 1,397 HIV-associated tuberculosis cases were reported in Colombia, i.e., 11.8% of the total cases. Molecular epidemiology tools help to understand the transmission of tuberculosis. OBJECTIVE: To characterize clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis derived from HIV-infected individuals, received at the Laboratorio Nacional de Referencia in the Instituto Nacional de Salud. MATERIALS AND METHODS: This was a descriptive observational study. We analyzed 63 isolates of M. tuberculosis from HIV-infected individuals. Identification, drug susceptibility and genotyping assays were performed. RESULTS: Of the new cases evaluated, three (5.0%) were resistant to isoniazid combined with streptomycin; two (3.3%) to rifampicin, and one (1.6%) to isoniazid. Previously treated cases were sensitive. No multidrug resistance was evident. Among the predominant genotypes, 20 isolates were (31.7%) LAM9, eight (12.7%), H1, and seven (11.1%), T1. Nineteen isolates corresponded to orphan patterns. One single grouping was observed among tested isolates. We found no statistically significantdifference between the proportions of the antituberculous drug resistance and genotypes. CONCLUSION: We found resistant isolates to the most powerful drugs, rifampicin and isoniazid, among new cases, showing the transmission of resistant strains. Genetic families of M. tuberculosis LAM9, T1 and H1 correspond to those described in the general population. We detected no active transmission among studied isolates. More comprehensive studies are needed to assess the real situation of HIV associated tuberculosis in the country regarding sensitivity and transmission.

Enfermedad pulmonar causada por complejo Mycobacterium avium y M. abscessus / Pulmonary disease caused by Mycobacterium avium complex and M. abscessus

Resumen Introducción: después del complejo Mycobacterium tuberculosis, las principales especies de micobacterias causando enfermedad pulmonar son el complejo Mycobacterium avium (MAC) y Mycobacterium abscessus, el tratamiento es prolongado, presentan un amplio perfil de resistencia y algunas veces es necesaria la resección quirúrgica del tejido, dificultando la curación de algunos casos. Objetivo: realizar un análisis de los casos a los que se les aisló de muestras pulmonares MAC y M. abscessus en el periodo de 2012-2014 en el Laboratorio Nacional de Referencia de Colombia. Material y métodos: se realizó un estudio de serie de casos de 42 personas a las que se les aisló de muestras pulmonares MAC y M. abscessus, los cuales fueron identificados mediante pruebas fenotípicas y genotípicas. La fuente de información fue el Formato Único de Vigilancia de las Micobacterias que se recibe con cada uno de los aislados que llegan al INS. Se analizaron las variables edad, sexo, tipo de muestra y presencia de factores de riesgo. Resultados: en 32 de los casos se identificó MAC y en 10 M. abscessus como agente etiológico causante de enfermedad pulmonar, 26 (61.9%) de los casos tenían entre 51 y 86 años. Los principales factores de riesgo fueron: antecedente de tratamiento antituberculosis 16 (38.1%) y persona con VIH 7 (16.7%) y sin factor de riesgo 9 (21.2%) casos. Discusión: este trabajo reporta como agente etiológico MAC y M. abscessus en personas mayores de 50 años sin factores de riesgo, con antecedentes de tuberculosis, indicando que se debe fortalecer la realización de cultivo e identificación de especie en éstas para que tengan un adecuado diagnóstico y tratamiento.

Abstract Introduction: after the Mycobacterium tuberculosis complex, the main species of mycobacteria causing lung disease are Mycobacterium avium complex and Mycobacterium abscessus. The treatment is prolonged; they present a broad resistance profile and sometimes the surgical resection of the tissue is necessary, making healing difficult in some cases. Objective: to perform an analysis of the cases to which MAC and M. abscessus were isolated from pulmonary samples in the period from 2012 to 2014 in the National Reference Laboratory of Colombia. Materials and Methods: a case series study of 42 individuals to whom Mac and M. abcessus were isolated from pulmonary samples that were identified by phenotypic and genotypic tests, was carried out. The source of information was the unique format of surveillance of mycobacteria that is received with each of the isolates that come to the National Health Institute. The variables age, sex, type of sample and presence of risk factors were analyzed. Results: in 32 patients MAC was identified as etiological agent causing pulmonary disease and in 10 cases, M. abscessus was the agent. 26 (61.9%) of the patients were between 51 and 86 years of age. The main risk factors were: antecedent of anti-tuberculosis treatment in16 (38.1%),7 with HIV (16.7%) and without risk factor 9 cases (21.2%).

Descripción de las mutaciones de Mycobacterium tuberculosis que confieren resistencia a rifampicina e isoniacida detectadas mediante GenoType(r) MTBDR plus V.2 en Colombia / Description of Mycobacterium tuberculosis mutations conferring resistance to rifampicin and isoniazid detected by GenoType(r) MTBDR plus V.2 in Colombia

Resumen Introducción: La metodología de GenoType(r) MTBDRplus V.2 es una técnica molecular aprobada por la Organización Mundial de la Salud y la Organización Panamericana de la Salud para la detección de las mutaciones en el gen rpoβ del complejo Mycobacterium tuberculosis, las cuales confieren resistencia a la rifampicina, y las de los genes katG e inhA que la confieren frente a la isoniacida. Debido a la variación genética en las cepas circulantes a nivel mundial, los programas nacionales de control de la tuberculosis deben comprobar el desempeño de los nuevos métodos de diagnóstico para su aplicación como prueba rápida. Objetivo: Describir las mutaciones detectadas mediante la técnica GenoType(r) MTBDRplus V.2 en muestras pulmonares y aislamientos de M. tuberculosis procesados en el Laboratorio Nacional de Referencia del Instituto Nacional de Salud durante el 2014. Materiales y métodos: Se hizo un estudio retrospectivo descriptivo que determinó la expresión de los genes inhA, KatG y rpoβ responsables de la resistencia a isoniacida y rifampicina, utilizando la técnica GenoType(r) MTBDRplus V.2 en 837 muestras y aislamientos de casos de tuberculosis. Resultados. Se obtuvieron 689 resultados de pruebas: 581(84,3 %) sensibles, 58 (8,4 %) resistentes y 50 (7,2 %) multirresistentes. Se detectaron diversas mutaciones en el gen rpoβ, de las cuales la más frecuente fue la Ser531Leu (36,6 %), seguida por la Asp516Val (21,6 %), en tanto que en el gen katG la más frecuente fue la Ser315Thr1 (91,9 %). Conclusiones: Se detectaron varias mutaciones en los casos resistentes reportados en el país, con frecuencias similares a las reportadas en otros países de la región de América del Sur.

Abstract Introduction: The GenoType(r)MTBDRplusV.2 assay is a molecular technique endorsed by the World Health Organization and the Pan American Health Organization that allows for the identification of the Mycobacterium tuberculosis complex and the detection of mutations in the rpoβ gene for rifampicin resistance, and katG and inhA genes for isoniazid resistance. Due to the genetic variability in the circulating strains around the world, the national tuberculosis control programs should assess the performance of these new diagnostic technologies and their use under program conditions as rapid tests. Objective: To describe the mutations identified by the GenoType(r)MTBDRplusV.2 assay in pulmonary samples and Mycobacterium tuberculosis isolates in the Laboratorio Nacional de Referencia of the Instituto Nacional de Salud in 2014. Materials and methods. We conducted a retrospective, descriptive study to detect the expression of inhA, KatG and rpoβ genes, responsible for resistence against isoniazid and rifampicin using the GenoType(r) MTBDRplus V.2 assay in 837 samples and isolates from tuberculosis cases. Results: Several mutations in the rpoβ gene were identified. Ser531Leu was the most frequent (36.6%) followed by Asp516Val (21.6%), while Ser315Thr1 was the most frequent mutation in the katG gene (91.9%). Conclusions: We were able to identify different mutations present in MDR-TB strains in the country, with frequencies similar to those reported in other countries in the South American region.

Caracterización de aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis obtenidos de individuos positivos para HIV en Colombia, 2012 / Characterization of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from HIV positive individuals in Colombia, 2012

Resumen Introducción: Una tercera parte de los casos nuevos de tuberculosis se atribuye a la propagación del HIV. En 2012, se presentaron en Colombia 1.397 casos de tuberculosis concomitante con la infección por HIV, es decir, 11,8 % del total de notificados. El uso de las herramientas de epidemiología molecular contribuye a una mejor comprensión de la transmisión de la enfermedad. Objetivo: Caracterizar los aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis de individuos positivos para HIV recibidos en el Laboratorio Nacional de Referencia del Instituto Nacional de Salud. Materiales y métodos: Se hizo un estudio observacional descriptivo. Se estudiaron 63 aislamientos de individuos con tuberculosis e infección por HIV mediante pruebas de identificación, sensibilidad y genotipificación. Resultados: Dos de los casos nuevos (3,3 %) eran resistentes a rifampicina y uno (1,6 %) a isoniacida, en tanto que tres (5,0 %) lo eran a la isoniacida combinada con estreptomicina. Los casos previamente tratados fueron sensibles. No se evidenció multirresistencia. Hubo 20 (31,7 %) aislamientos de la familia genética LAM9, 8 (12,7 %) de la H1 y 7 (11,1 %) de la T1 . Diecinueve aislamientos correspondieron a patrones huérfanos. Se observó un único agrupamiento entre los aislamientos analizados. No se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre la resistencia a fármacos y las familias genéticas. Conclusión: La resistencia encontrada demostró la transmisión de cepas resistentes a rifampicina e isoniacida. Las familias genéticas LAM9, T1 y H1 corresponden a las descritas en la población general. No se evidenció transmisión activa en los aislamientos estudiados. Se necesitan estudios más completos para conocer la situación real de la infección concomitante de tuberculosis y HIV en el país.

Abstract Introduction: One third of the increase in tuberculosis cases is attributed to the spread of HIV. In 2012, 1,397 HIV-associated tuberculosis cases were reported in Colombia, i.e., 11.8% of the total cases. Molecular epidemiology tools help to understand the transmission of tuberculosis. Objective: To characterize clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis derived from HIV-infected individuals, received at the Laboratorio Nacional de Referencia in the Instituto Nacional de Salud. Materials and methods: This was a descriptive observational study. We analyzed 63 isolates of M. tuberculosis from HIV-infected individuals. Identification, drug susceptibility and genotyping assays were performed. Results: Of the new cases evaluated, three (5.0%) were resistant to isoniazid combined with streptomycin; two (3.3%) to rifampicin, and one (1.6%) to isoniazid. Previously treated cases were sensitive. No multidrug resistance was evident. Among the predominant genotypes, 20 isolates were (31.7%) LAM9, eight (12.7%), H1, and seven (11.1%), T1. Nineteen isolates corresponded to orphan patterns. One single grouping was observed among tested isolates. We found no statistically significant difference between the proportions of the antituberculous drug resistance and genotypes. Conclusion: We found resistant isolates to the most powerful drugs, rifampicin and isoniazid, among new cases, showing the transmission of resistant strains. Genetic families of M. tuberculosis LAM9, T1 and H1 correspond to those described in the general population. We detected no active transmission among studied isolates. More comprehensive studies are needed to assess the real situation of HIV associated tuberculosis in the country regarding sensitivity and transmission.

Prevalencia de la resistencia de Mycobacterium tuberculosis a quinolonas y fármacos inyectables en Colombia, 2012-2013 / Prevalence of Mycobacterium tuberculosis resistance to quinolones and injectables in Colombia, 2012-2013

Resumen Introducción: La tuberculosis es un problema de salud pública a nivel mundial. En 2014, la Organización Mundial de la Salud estimó que se habían presentado 9,6 millones de casos nuevos y 480.000 multirresistentes. La evaluación de la resistencia a fármacos inyectables y a quinolonas se introdujo hace pocos años, por lo cual no se conoce su prevalencia. Objetivo: Determinar la prevalencia de la resistencia a amicacina, kanamicina, capreomicina y ofloxacina en casos de tuberculosis resistente a isoniacida, rifampicina o a ambas, entre 2012 y 2013. Materiales y métodos: Se hizo un estudio de corte transversal con 489 aislamientos resistentes a isoniacida o rifampicina. Las pruebas de sensibilidad se hicieron con la técnica Bactec MGITTM. Para el análisis de la proporción de la resistencia, los casos se agruparon según el antecedente de tratamiento con medicamentos de segunda línea. Resultados: En los 438 casos nuevos, la resistencia global a la kanamicina fue mayor (7,1 %; IC95% 4,6-9,6); en los 51 casos previamente tratados, dicha resistencia fue de 27,5 % (IC95% 14,2-40,7). La resistencia global fue mayor en casos con antecedentes de tratamiento con quinolonas y fármacos inyectables. Se encontraron siete casos de tuberculosis extremadamente resistente. Conclusión: El estudio evidenció la presencia de resistencia a fármacos de segunda línea en personas con tuberculosis farmacorresistente sin tratamiento previo o tratadas previamente con quinolonas o fármacos inyectables, estos últimos con mayor porcentaje de resistencia. En consecuencia, es esencial practicar rutinariamente las pruebas de sensibilidad y el análisis de esta información.

Abstract Introduction: Tuberculosis is a health problem worldwide. The World Health Organization estimated 9.6 million new cases and 480,000 multirresistant cases for 2014. The assessment of resistance to quinolones and injectables was implemented only a few years ago, so its prevalence is not known. Objective: To determine the prevalence of resistance to amikacin, capreomycin and ofloxacin in cases of tuberculosis resistant to isoniazid and/or rifampin during 2012-2013. Materials and methods: This was a cross-sectional study of 489 isolates resistant to isoniazid and/or rifampin. We used the Bactec MGITTM technique for susceptibility tests. For analyzing the rate of resistance, we grouped cases according to the history of treatment with second line drugs. Results: In the 438 new cases, the drug that showed greater overall resistance was kanamycin with 7.1 % (95% CI: 4.6 to 9.6). In 51 previously treated cases, this highest resistance was 27.5 % (95% CI: 14.2 to 40.7). The overall resistance was higher in cases with a history of treatment with quinolones and injectables. We found seven cases of extremely resistant tuberculosis. Conclusion: This study demonstrates the presence of resistance to second line drugs in people with drug-resistant tuberculosis with and without previous treatment with quinolones and/or injectables, these latter having a higher percentage of resistance. For that reason, it is essential to perform susceptibility testing and analyze this information routinely.

[Tuberculosis and drug-resistance tuberculosis in prisoners. Colombia, 2010-2012]. / Tuberculosis y tuberculosis farmacorresistente en personas privadas de la libertad. Colombia, 2010-2012.

OBJECTIVE: To characterize tuberculosis drug-resistance using anti-tuberculosis drug-sensitivity tests in Colombian prisoners. METHODS: Descriptive-retrospective analyses were performed on cases of tuberculosis in prisoners. Samples were evaluated by the National Reference Laboratory. Conditions like gender, TB/VIH co-infection and drug-resistance were evaluated. RESULTS: Anti-tuberculosis drug-sensitivity tests were carried out on 72 prisoners. Results showed a distribution of 90.7 % of cases in males and 9.3 % of cases in females. 12 % of cases were TB/VIH co-infections, 94 % of the cases had not received any anti-tuberculosis treatment before, six isolates were drug-resistant corresponding to 8.8 % of total cases, and two cases were multi drug-resistant representing 1.3 % of the cases. Of the drug-resistant cases, 83.3 % were TB/VIH co-infected. Previously treated cases corresponded to 5.6 % of the total cases analyzed. One case with TB/VIH co-infection and rifampicin resistance was observed, representing 1.3 % of the total cases. CONCLUSION: The government must create a clear policy for prisoners in Colombia, because a high rate of disease in prisoners was observed. In addition, the results showed an association between drug-resistance and TB/VIH co-infection. Overcrowding and low quality of life in penitentiaries could become an important public health problem.

Tuberculosis y tuberculosis farmacorresistente en personas privadas de la libertad. Colombia, 2010-2012 / Tuberculosis and drug-resistance tuberculosis in prisoners. Colombia, 2010-2012

Objetivo Caracterizar los casos de tuberculosis farmacorresistente mediante pruebas de susceptibilidad a los fármacos antituberculosos en personas privadas de la libertad en Colombia. Materiales y Métodos Se realizó un análisis descriptivo retrospectivo de los casos de tuberculosis en personas privadas de la libertad procesados por el Laboratorio Nacional de Referencia, evaluando las variables de; sexo, edad, procedencia, coinfección TB/VIH y presencia de farmacorresistencia. Resultados Se realizaron pruebas de susceptibilidad a fármacos antituberculosos a un total de 72 pacientes privados de la libertad. El estudio mostro una distribución de 90,7 % en población masculina y 9,3 % femenina, el 12 % del total de casos presento infección concomitante TB/VIH, el 94 % de los pacientes evaluados no habían tomado tratamiento antituberculoso previo, seis casos presentaron farmacorresistencia que corresponde al 8,8 % y dos casos presentaron tuberculosis multirresistente con un 1,3 %. De los casos farmacorresistentes el 83,3 % presento coinfección con VIH. Los casos antes tratados comprenden el 5,6 % del total evaluado, y se observó el caso con coinfeccion TB/VIH con resistencia a rifampicina correspondiente al 1,3 %. Conclusión El país debe definir una política clara en el tema de tuberculosis en personas privadas de la libertad debido a que se presenta una alta tasa de la enfermedad y se evidencia que la resistencia a los fármacos antituberculosos se asocia a coinfección TB/VIH, que en las condiciones de hacinamiento y poca calidad de vida de estos lugares se pueden convertir en un grave problema de salud pública.

Objective To characterize tuberculosis drug-resistance using anti-tuberculosis drug-sensitivity tests in Colombian prisoners. Methods Descriptive-retrospective analyses were performed on cases of tuberculosis in prisoners. Samples were evaluated by the National Reference Laboratory. Conditions like gender, TB/VIH co-infection and drug-resistance were evaluated. Results Anti-tuberculosis drug-sensitivity tests were carried out on 72 prisoners. Results showed a distribution of 90.7 % of cases in males and 9.3 % of cases in females. 12 % of cases were TB/VIH co-infections, 94 % of the cases had not received any anti-tuberculosis treatment before, six isolates were drug-resistant corresponding to 8.8 % of total cases, and two cases were multi drug-resistant representing 1.3 % of the cases. Of the drug-resistant cases, 83.3 % were TB/VIH co-infected. Previously treated cases corresponded to 5.6 % of the total cases analyzed. One case with TB/VIH co-infection and rifampicin resistance was observed, representing 1.3 % of the total cases. Conclusion The government must create a clear policy for prisoners in Colombia, because a high rate of disease in prisoners was observed. In addition, the results showed an association between drug-resistance and TB/VIH co-infection. Overcrowding and low quality of life in penitentiaries could become an important public health problem.

Evaluación por el laboratorio de los casos de tuberculosis en profesionales del área de la salud / Laboratory evaluation of cases of tuberculosis in health professionals

Objetivo: analizar la información con que cuenta el Laboratorio Nacional de Referencia de los casos de tuberculosis en profesionales del área de la salud. Diseño: estudio de serie de casos con toma de información retrospectiva de los formatos únicos y los resultados de pruebas de sensibilidad obtenidos en estos casos. Pacientes. 128 casos de tuberculosis en personal de salud, diagnosticados entre los años 2009 a 2012 en la Red Nacional de Laboratorios. Mediciones: se evaluó la distribución de casos por sexo, edad, forma de la enfermedad, tipo de muestra, presencia de infección concomitante con el VIH, ocupación, procedencia por entidad territorial y resultados obtenidos en las pruebas de sensibilidad entre casos nuevos y previamente tratados. Resultados: el 64.8% de los casos eran de sexo femenino, con edades entre los 20 y 40 años, una mediana de 32; el 78.9% eran formas pulmonares, se identificó una coinfección TB/VIH en 7.9% de los casos; las ocupaciones más afectadas fueron médicos con 21.4%, seguido de auxiliares de enfermería con 8.6%. Las entidades territoriales que evaluaron más casos fueron Antioquia, Valle del Cauca y Bogotá; se identificó una resistencia global a los fármacos antituberculosos de 7.9% en casos nuevos y una multirresistencia de 4%; en casos previamente tratados la resistencia global y la multirresistencia fueron de 12.5%. Conclusión: el país debe fortalecer la vigilancia de la resistencia en este grupo de riesgo haciendo diagnóstico por baciloscopia, cultivo y pruebas de sensibilidad a los fármacos, incluyendo dentro de los lineamientos del programa la realización de pruebas rápidas de diagnóstico avaladas por la OMS/OPS, en especial por la presencia de la enfermedad en población joven y el hallazgo de resistencia en profesionales dedicados a la atención en salud de las personas.

Objective: analyze information available to the National Reference Laboratory for TB cases in health professionals. Design: case series study with retrospective information of unique formats and the results of sensitivity tests obtained in these cases. Patients: 128 cases of tuberculosis in health personnel, diagnosed between 2009-2012 at the National Laboratory Network. Measurements: the distribution of cases by sex, age, form of the disease, type of sample, presence of concomitant HIV infection, occupation, origin by territorial entity and results of susceptibility testing among new and previously treated cases were evaluated. Results: 64.8% of patients were female, aged between 20 to 40 years, median 32; 78.9% were to pulmonary forms; a TB / HIV co-infection was identified in in 7.9% of cases; occupations most affected were physicians with 21.4%, followed by nursing assistants with 8.6%. The territorial entities that evaluated more cases were Antioquia, Valle del Cauca and Bogota; a global resistance to antituberculosis drugs was identified in 7.9% in new cases and a multi-resistance in 4%; in previously treated cases the overall resistance and multi-drug resistance was 12.5%. Conclusion: the country should strengthen surveillance of resistance in this risk group making diagnosis by bacilloscopy, culture and susceptibility testing of drugs, including within the guidelines of the program the performance of rapid diagnostic tests endorsed by WHO / PAHO due especially to the presence of the disease in young people and the finding of resistance in professionals dedicated people health care.

Evaluación de la técnica BD MGITTM TBc® para identificación del complejo Mycobacterium tuberculosis / Evaluation of the BD MGITTM technique for identifying the Mycobacterium tuberculosis complex

Objetivo Evaluar la técnica BD MGITTM TBc® para identificación del complejo Mycobacterium tuberculosis a partir de aislamientos en medio de cultivo sólido y líquido. Materiales y Métodos Se desarrolló un estudio descriptivo, donde se analizaron 117 aislamientos por la técnica de inmucromatografía a partir de cultivos en medio sólido y líquido para identificación del complejo Mycobacterium tuberculosis. Se calculó coeficiente kappa para determinar el grado de acuerdo entre los dos métodos. Cuando hubo diferencia de resultados estos se confirmaron mediante pruebas convencionales. La herramienta empleada para el análisis de datos fue Epidat 3.1. Resultados La metodología BD MGITTM TBc® realizada a partir de cultivos en medio sólido y líquido, presentó un grado de acuerdo excelente con un coeficiente kappa de 0,84. Conclusión La técnica BD MGITTM TBc® realizada a partir de cultivos en medio sólido, para la identificación del complejo Mycobacterium tuberculosis, presenta excelente concordancia, comparada con los resultados obtenidos en medio de cultivo líquido. El Laboratorio Nacional de Referencia recomienda el uso de esta técnica para la identificación de especie en medio de cultivos sólidos.(AU)

Objetive To evaluate BD MGITTM TBc® technique for identifying the Mycobacterium tuberculosis complex using isolates obtained in liquid and solid media. Methods A descriptive study was conducted in which 117 isolates were analyzed by the immune-chromatography technique obtained from solid and liquid cultures to identify the Mycobacterium tuberculosis complex. The kappa coefficient was calculated to determine the degree of agreement between the two methods .When there were different results, they were confirmed with a conventional test. The tool used to analyze the data was Epidat 3.1 Results The BD MGITTM TBc® methodology performed in solid and liquid culture isolates, showed an excellent degree of agreement with a kappa coefficient 0.84. Conclusion The BD MGITTM TBc® technique using solid media culture isolates for the identification of the Mycobacterium tuberculosis complex has a good correlation compared to results obtained from liquid media culture isolates. The Reference National Laboratory recommends the use of this technique for the identification of species in solid media culture isolates.(AU)

[Evaluation of the BD MGITTM technique for identifying the Mycobacterium tuberculosis complex]. / Evaluación de la técnica BD MGITTM TBc® para identificación del complejo Mycobacterium tuberculosis.

OBJECTIVES: To evaluate BD MGITTM TBc® technique for identifying the Mycobacterium tuberculosis complex using isolates obtained in liquid and solid media. METHODS: A descriptive study was conducted in which 117 isolates were analyzed by the immune-chromatography technique obtained from solid and liquid cultures to identify the Mycobacterium tuberculosis complex. The kappa coefficient was calculated to determine the degree of agreement between the two methods .When there were different results, they were confirmed with a conventional test. The tool used to analyze the data was Epidat 3.1 RESULTS: The BD MGITTM TBc® methodology performed in solid and liquid culture isolates, showed an excellent degree of agreement with a kappa coefficient 0.84. CONCLUSION: The BD MGITTM TBc® technique using solid media culture isolates for the identification of the Mycobacterium tuberculosis complex has a good correlation compared to results obtained from liquid media culture isolates. The Reference National Laboratory recommends the use of this technique for the identification of species in solid media culture isolates.