Pruebas bioquímicas tradicionales y de alta resolución para identificación manual de enterobacterias / Traditional and high-resolution biochemical tests for manual identification of enterobacteria / Provas bioquimicas tradicionais e de alta resolução para identificação manual de enterobacterias

Se comparó una serie tradicional de pruebas bioquímicas con una de alta resolución para identificar 500 cepas de enterobacterias utilizando un método probabilístico para interpretar los resultados. La serie tradicional estuvo formada por 10 pruebas (producción de ornitina descarboxilasa, lisina descarboxilasa, lisina desaminasa, ácido sulfhídrico, indol y gas, hidrólisis de urea, utilización de citrato y de malonato, y movilidad). La serie de alta resolución, también con 10 pruebas, se integró con las primeras 4 mencionadas en la serie tradicional y 6 de fermentación de hidratos de carbono (adonitol, L-arabinosa, celobiosa, L-ramnosa, rafinosa y sorbitol). Con la serie de alta resolución se asignaron identidades únicas a 445 cepas (351 con probabilidad de 1,0 y 94 con probabilidades entre 0,010 y 0,999), y de las restantes 55 cepas, a 53 y 2 se asignaron dos y tres identidades probables respectivamente. Con la serie tradicional se asignaron identidades únicas a 306 cepas (110 con probabilidad de 1,0 y 196 con probabilidades entre 0,001 y 0,999) y a 179 y 5 se asignaron dos y tres identidades probables respectivamente. Diez cepas no se pudieron identificar. Todos los indicadores analizados revelaron la superioridad de la serie de alta resolución. El método probabilístico permitió la comparación objetiva de ambas series.

A traditional series of biochemical tests-was compared to a high-resolution one in order to identify 500 strains of enterobacteria, using a probabilistic method for the interpretation of experimental results. The traditional series was formed by 10 tests (ornithine decarboxylase, lysine decarboxylase, lysine deaminase, sulfhydric acid, indol and gas production, urea hydrolysis, citrate and malonate utilization, and motility). The high-resolution one was also formed by 10 tests, including the first 4 tests mentioned above and 6 carbohydrate fermentation tests (adonitol, L-arabinose, cellobiose, L-rhamnose, raffinose, and sorbitol). With the high-resolution series, single identities were assigned to 445 strains (351 with a probability of 1.0 and 94 with probabilities in the range 0.010-0.999), and for the remaining strains two and three probable identities were assigned to 53 and 2 strains, respectively. With the traditional series, single identities were assigned to 306 strains (110 with a probability of 1.0 and 196 with probabilities in the 0.001-0.999 range), two and three probable identities were assigned to 179 and 5 strains respectively; 10 strains turned out to be non-identifiable. Every parameter of comparison used revealed the superiority of the high-resolution series. The probabilistic method for interpretation of experimental results allowed an objective comparison of both series.

Foi comparada uma série tradicional de testes bioquímicos com uma outra de alta resolução para identificar 500 cepas de enterobactérias usando uma abordagem probabilística para a interpretação dos resultados. A série tradicional consistiu em 10 testes (produção de ornitina descarboxilase, lisina descarboxilase, lisina desaminase, ácido sulfídrico, indol e gás, hidrólise da ureia, utilização de citrato e de malonato, e mobilidade). A série de alta resolução, também com 10 ensaios, integrou-se com as primeiras 4 mencionadas na série tradicional e 6 de fermentação de hidratos de carbono (adonitol, L-arabinose, celobiose, L-ramnose, rafinose e sorbitol). Com a série de alta resolução foram atribuídas identidades únicas a 445 cepas (351, com probabilidade 1,0, e 94, com probabilidade entre 0,010 e 0,999), e das restantes 55 cepas, a 53 e 2 foram atribuídas duas e três identidades possíveis, respectivamente. Com a série tradicional foram atribuídas identidades únicas a 306 cepas (110 com probabilidade de 1,0 e 196 com probabilidades entre 0,001 e 0,999) e a 179 e 5 foram atribuídas duas e três identidades prováveis, respectivamente. Dez cepas não puderam ser identificadas. Todos os indicadores analisados demonstraram a superioridade da série de alta resolução. O método probabilístico permitiu a comparação objetiva de ambas as séries.

Pruebas bioquímicas tradicionales y de alta resolución para identificación manual de enterobacterias / Traditional and high-resolution biochemical tests for manual identification of enterobacteria / Provas bioquimicas tradicionais e de alta resoluþÒo para identificaþÒo manual de enterobacterias

Se comparó una serie tradicional de pruebas bioquímicas con una de alta resolución para identificar 500 cepas de enterobacterias utilizando un método probabilístico para interpretar los resultados. La serie tradicional estuvo formada por 10 pruebas (producción de ornitina descarboxilasa, lisina descarboxilasa, lisina desaminasa, ácido sulfhídrico, indol y gas, hidrólisis de urea, utilización de citrato y de malonato, y movilidad). La serie de alta resolución, también con 10 pruebas, se integró con las primeras 4 mencionadas en la serie tradicional y 6 de fermentación de hidratos de carbono (adonitol, L-arabinosa, celobiosa, L-ramnosa, rafinosa y sorbitol). Con la serie de alta resolución se asignaron identidades únicas a 445 cepas (351 con probabilidad de 1,0 y 94 con probabilidades entre 0,010 y 0,999), y de las restantes 55 cepas, a 53 y 2 se asignaron dos y tres identidades probables respectivamente. Con la serie tradicional se asignaron identidades únicas a 306 cepas (110 con probabilidad de 1,0 y 196 con probabilidades entre 0,001 y 0,999) y a 179 y 5 se asignaron dos y tres identidades probables respectivamente. Diez cepas no se pudieron identificar. Todos los indicadores analizados revelaron la superioridad de la serie de alta resolución. El método probabilístico permitió la comparación objetiva de ambas series.(AU)

A traditional series of biochemical tests-was compared to a high-resolution one in order to identify 500 strains of enterobacteria, using a probabilistic method for the interpretation of experimental results. The traditional series was formed by 10 tests (ornithine decarboxylase, lysine decarboxylase, lysine deaminase, sulfhydric acid, indol and gas production, urea hydrolysis, citrate and malonate utilization, and motility). The high-resolution one was also formed by 10 tests, including the first 4 tests mentioned above and 6 carbohydrate fermentation tests (adonitol, L-arabinose, cellobiose, L-rhamnose, raffinose, and sorbitol). With the high-resolution series, single identities were assigned to 445 strains (351 with a probability of 1.0 and 94 with probabilities in the range 0.010-0.999), and for the remaining strains two and three probable identities were assigned to 53 and 2 strains, respectively. With the traditional series, single identities were assigned to 306 strains (110 with a probability of 1.0 and 196 with probabilities in the 0.001-0.999 range), two and three probable identities were assigned to 179 and 5 strains respectively; 10 strains turned out to be non-identifiable. Every parameter of comparison used revealed the superiority of the high-resolution series. The probabilistic method for interpretation of experimental results allowed an objective comparison of both series.(AU)

Foi comparada uma série tradicional de testes bioquímicos com uma outra de alta resoluþÒo para identificar 500 cepas de enterobactérias usando uma abordagem probabilística para a interpretaþÒo dos resultados. A série tradicional consistiu em 10 testes (produþÒo de ornitina descarboxilase, lisina descarboxilase, lisina desaminase, ácido sulfídrico, indol e gás, hidrólise da ureia, utilizaþÒo de citrato e de malonato, e mobilidade). A série de alta resoluþÒo, também com 10 ensaios, integrou-se com as primeiras 4 mencionadas na série tradicional e 6 de fermentaþÒo de hidratos de carbono (adonitol, L-arabinose, celobiose, L-ramnose, rafinose e sorbitol). Com a série de alta resoluþÒo foram atribuídas identidades únicas a 445 cepas (351, com probabilidade 1,0, e 94, com probabilidade entre 0,010 e 0,999), e das restantes 55 cepas, a 53 e 2 foram atribuídas duas e trÛs identidades possíveis, respectivamente. Com a série tradicional foram atribuídas identidades únicas a 306 cepas (110 com probabilidade de 1,0 e 196 com probabilidades entre 0,001 e 0,999) e a 179 e 5 foram atribuídas duas e trÛs identidades prováveis, respectivamente. Dez cepas nÒo puderam ser identificadas. Todos os indicadores analisados demonstraram a superioridade da série de alta resoluþÒo. O método probabilístico permitiu a comparaþÒo objetiva de ambas as séries.(AU)

Pantoea agglomerans in immunodeficient patients with different respiratory symptoms.

The aim of this paper was to determine in 32 patients from 4 different Mexican hospitals the frequency of opportunistic bacteria in the 2010 to 2011 time period. The patients were divided in 4 groups. Group 1 included 21 HIV positive patients with acute respiratory syndrome. Four HIV positive patients with tuberculosis symptoms were included in Group 2; two patients with tuberculosis symptoms and one asymptomatic person formed Group 3. Reference Group 4 included 4 patients from whom 4 strains of Mycobacterium spp. had been reported. The strains were isolated and identified by 16S rRNA gene amplification, API 20E and 50CH, biochemical test, and antibiotic sensitivity. The strains found were 10 Pantoea agglomerans, 6 Mycobacterium spp., 6 Pseudomonas spp. and 10 strains of normal floral species: Thermoactinomycetes bacterium (1), Enterococcus faecium (2), Bacillus licheniformis (1), Lactobacillus rhamnosus (2), Streptococcus oralis (2), Streptococcus anginosus (1), and Enterobacter hormaechei (1).

Instability of Escherichia coli R-factors in Salmonella enterica serovar Typhi involves formation of recombinant composite plasmid structures.

In spite of a well-documented ability of Samonella enterica Typhi strains to receive R factors from Escherichia coli and other enterobacteria, epidemiological data show that Typhi is a rather poor host of antibiotic-resistance genes and in fact, of plasmids, suggesting that most of the plasmids naturally acquired by Typhi strains become unstable and eventually segregate. We have previously reported evidence that each of three plasmids conjugatively transferred to S. enterica Typhi experienced deletion-mediated loss of a resistance determinant before plasmid segregation occurred. We now report that in Typhi strains containing these unstable plasmids a superhelical DNA species of lower mobility is detected, probably representing plasmid dimer structures. Plasmid deletion is a RecA-dependent process since it is not detected in derivatives of a recA1 S. enterica Typhi strain containing the corresponding plasmids, and in such strains we were unable to detect either the low-mobility species. We propose that the deletable segments contain key information for plasmid stability in S. enterica Typhi, possibly a multimer resolution system.

El formidable reto de la resistencia bacteriana a los antibióticos / Bacterial antibiotic resistance: medicine's paramount challenge

La acción de los antibióticos sobre las bacterias se basa en su capacidad de unión con ciertos sitios de la estructura bacteriana, que desactiva las funciones correspondientes. Pese a esto, conforme pasa el tiempo de uso generalizado de los antibióticos, éstos van perdiendo eficacia a tal grado que dejan de ser útiles para la práctica clínica. La resistencia bacteriana a los antibióticos se explica por la generación de mutaciones y por su adquisición a partir de otras bacterias de genes que codifican proteínas responsables de la resistencia bajo diversos mecanismos. La resistencia a antibióticos en Mycobacterium tuberculosis se debe únicamente a mutaciones, mientras que en Staphylococcus aureus y otros taxones, se debe principalmente a genes que adquieren de otras bacterias. En el mundo mueren más de 2 millones de personas al año por infecciones intratables por efecto de su resistencia, fenómeno que se ha agudizado por las enormes cantidades de antibióticos que se utilizan con diferentes propósitos. Los médicos deberían informarse bien sobre este fenómeno para disminuir la prescripción de antibióticos cuando no son necesarios, educar a sus pacientes y hacer uso de la información disponible respecto a los efectos adversos de los antibióticos, que incluyen diarrea, candidiasis vaginal, afecciones hepáticas y, probablemente, cáncer. En la década de los cuarenta del siglo pasado se empezaron a utilizar en forma masiva sustancias capaces de abatir los procesos infecciosos con gran eficacia, con lo cual empezó la era de los antibióticos. Aunque se habían usado las sulfas para el tratamiento de infecciones, el primer antibiótico eficaz contra infecciones graves, como las producidas por el temible S. aureus, fue la penicilina. Este antibiótico pionero se introdujo al mercado en 1943, con un efecto que parecía mágico, pues era eficaz en la totalidad de los procesos infecciosos causados por dicho agente biológico. Sin embargo, sólo 3 años después se detectaron cepas resistentes al antibiótico, y la selección se hizo tan intensa que en 1950 el 40% de las cepas eran resistentes y hacia 1960 lo eran en una proporción del 80%. El propósito de este artículo es destacar la importancia que ha adquirido en las últimas décadas el problema de la resistencia bacteriana a los antibióticos, sus causas y algunas estrategias que podrían seguirse para tratar de controlarlo.

Antibiotic action against bacteria is based on their ability to bind to certain targets of the bacterial structure, inactivating the target. In spite of this, as the time of generalized antibiotic usage goes by, these drugs lose their efficiency in such a way that they become useless for clinical practice. Bacterial antibiotic resistance is due to both mutations and the acquisition -from other bacteria- of genes encoding certain proteins that make bacteria resistant by different mechanisms. Antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis is only due to mutations while in Staphylococcus aureus and other taxa it is mainly due to genes acquired from other bacteria. More than 2 million people around the world die every year from antibiotic-unresponsive infections. Resistance has been exacerbated because of the huge amounts of antibiotics used worldwide for several purposes. Physicians should be better informed about resistance in order to reduce antibiotic prescription when such treatment is not necessary. Moreover, doctors should also teach their patients using the information available about adverse effects of antibiotics, including diarrhea, vaginal candidiasis, hepatic affections, and probably cancer. The massive use of substances capable of efficiently diminishing infectious processes started in the 1940's, beginning the antibiotic era. Even though sulfa drugs had been used to treat infections, the antibiotic efficient against severe infections, as those produced by the fearsome Staphylococcus aureus, was penicillin. This pioneer antibiotic was introduced in the market in 1943 with an effect that seemed magic, because it was efficient in all the infectious processes caused by such biological agent. Nevertheless, just three years later strains resistant to this antibiotic were detected and the selection was so intense that in 1950 40% of strains were resistant and by 1960 the percentage increased to 80%. The aim of this article is to highlight the importance that antibiotic bacterial resistance has acquired in the last decades, its causes, and some strategies that may be followed in order to control it.

Escherichia coli R-factors unstable in Salmonella typhi are deleted before being segregated in this host.

Although resistant Salmonella typhi strains are found in the environment, many epidemiological data indicate that most isolates are multisensitive. Plasmids are not common in S. typhi, contrasting with other enterobacteria. Since S. typhi is able to receive R plasmids from other enterobacteria, such plasmidless condition may be due to destabilization of the plasmids acquired. The segregation process of three plasmids known to behave unstably in S. typhi strains was analyzed, and evidence was obtained that the three of them lost an antibiotic-resistance determinant due to small deletions before plasmid loss occurred. Once deleted, the plasmids entered a segregation phase with particular kinetic features in each case. Selective pressure prevented plasmid deletion and segregation. Like their parental plasmids, the deleted plasmids were unstable in S. typhi but stable in Escherichia coli, suggesting that deletions imply loss of genetic information relevant for a plasmid stability mechanism operative in S. typhi, but not in E. coli.

IncHI and IncI factors in non-typhoid salmonella from a small town of Estado de México, México

Se identificó la presencia de factores R en 11 cepas de Salmonella aisladas a partir de muestras de agua y alimentos en Tenango de Arista, una población pequeña del Estado de México, México, donde 2 semanas antes, en Marzo de 1983, se detectó un brote de fiebre tifoide con más de 500 casos registrados. Sin embargo, dichos factores R se encontraron exclusivamente en serotipos no tíficos, ya que todos los aislamientos de S. typhy resultaron ser multisensibles. Ocho de los 11 factores R encontrados conferían resistencia a cloranfenicol, sulfametoxazol y tetraciclina. La transferencia conjugacional de estos plásmidos resultó ser termosensible, siendo por lo mesmos 10**3 veces mayor la frecuencia de transferencia a 26-C que a 37-C. Mediante pruebas de compatibilidad con plásmidos de referencia, los factores R de transferencia termosensible se asignaron al grupo IncHI. Posteriormente, y en base a 3 criterios (capacidad para coexistir establemente con el factor F autónomo, inhibición del crecimiento de lambda, y resistencia a telurio), estos plásmidos IncHO se clasificaron ocmo miembros del subgrupo 2 de dicho grupo de icompatibilidad. La estrecha analogía en las propiedades genéticas y el peso molecular de estos factores R IncHI-2 abre la posibilidad de que todos ellos sean un mismo plásmido que haya sido adquirido por los diversos serotipos de Salmonella de donde fueron aislados. Los 3 factores R cuya transferibilidad fue termoestable no presentaron el marcador Cmr y se clasificaron dentro del grupo IncI1

Aislamientos resistentes a antibióticos / Isolations resistant to antibiotics

La resistencia de enterobacterias a antibióticos es un problema médico que en muchos casos impide el éxito de la antibioticoterapia. Se estudió la resistencia a 15 antimicrobianos en 597 cepas de Salmonella y E. coli obtenidas en varios hospitales y laboratorios particulares. Se encontró que 90% de las cepas de E. coli y 35% de Salmonella eran resistentes al menos a un antibiótico. La resistencia para ampicilina, tetraciclina y sulfametoxazol fue más común en E. coli; mientras que en Salmonella, fue el cloramfenicol y sulfametoxazol (20 cepas de S. typhy incluidas fueron sensibles a cloramfenicol y demás antibióticos ensayados). Asimismo casi todas las cepas de ambos géneros fueron sensibles a trimetoprim. Cerca del 60% de las cepas de E. coli fueron resistentes de cuatro a once antimicrobianos mientras que en 75% de las cepas de Salmonella resistentes se detectó resistencia sólo de uno a tres fármacos. En 50% de cepas resistentes de ambos géneres, existió transferencia in vitro de resistencia a una cepa de laboratorio, lo que sugiere potencial elevado de transferencia in vivo. Se recomienda el establecimiento de programas de vigilancia para identificar antibióticos que estadísticamente ya no son útiles, así como la aplicación de medidas para reducir su empleo en estas condiciones