Eco-epidemiological study on sandflies and environmental aspects related to the transmission of leishmaniasis in a municipality of Minas Gerais, Brazil, 2015-2016 / Estudo eco-epidemiológico da fauna flebotomínica e dos aspectos ambientais relacionados à transmissão das leishmanioses em um município de Minas Gerais, Brasil, 2015 - 2016

Diante da escassez de dados sobre a topografia e a sintopia das vísceras abdominopélvicas do tamanduá-bandeira (Myrmecophage tridactyla - Linnaeus, 1758), o presente estudo teve como objetivo elucidar essas características e compará-las com as demais espécies animais, mormente as domésticas. Utilizaram-se três espécimes, dois machos e uma fêmea, provenientes de doação da Polícia Militar Ambiental de Franca ao Laboratório de Anatomia Veterinária da Universidade de Franca, após óbitos por atropelamentos. Os animais foram fixados e mantidos em solução aquosa de formaldeído a 10%, seguidos de dissecação convencional das cavidades abdominopélvicas para posterior inspeção direta e descrição topográfica das vísceras, visando a análises comparativas com outras espécies, cujo posicionamento e cujas particularidades já são bem estabelecidos na literatura. Observou-se que a maioria das vísceras dessas cavidades possuem localização e sintopia similares aos animais domésticos, exceto os rins e os testículos. Diante da metodologia estabelecida e dos resultados obtidos, admite-se que mais espécimes de tamanduás-bandeiras, de ambos os gêneros, devam ser avaliados e registrados cientificamente, visando à confirmação dos dados da atual pesquisa e à preconização anatômica da cavidade abdominopélvica, visto que variações anatômicas individuais são passíveis entre animais da mesma espécie.(AU)

Objetivou-se avaliar a fauna vetorial e os aspectos ambientais e climáticos relacionados à transmissão das leishmanioses. Foi realizado um estudo eco-epidemiológico prospectivo de coleta sistemática de flebotomíneos e inquérito censitário sorológico canino em áreas de um município do Brasil. Para determinar a taxa de prevalência de LVC, foram examinadas amostras de sangue de 1752 cães. Na avaliação entomológica, foram instaladas 24 armadilhas luminosas em 12 residências distribuídas, instaladas no ambiente de peridomicílio e intradomicílio durante 12 meses. Para análise dos aspectos climáticos, utilizou-se a correlação simples de Spearman e para análise espacial foram utilizadas a Lógica Fuzzy e a Função K. A taxa de prevalência em cães foi de 4,1% e 7,1%. No estudo entomológico, foram capturados 431 flebotomíneos. A maior parte (74%) dos espécimes foi capturada no peridomicílio. Em relação à infecção natural, 5,6 % das amostras analisadas por biologia molecular apresentaram positividade à infecção por Leishmania spp.. Em 100% das amostras positivas, encontrou-se infecção por Leishmania infantum. Na análise espacial uma Área apresentou maior concentração de pontos de sobreposição de alta densidade de Lutzomyia longipalpis e cães sororreagentes, indicando maior risco na ocorrência concomitante dos dois eventos. Os resultados mostram que a interface parasito-reservatório-vetor está ativa nas áreas estudadas.(AU)

Standardization of a molecular method for epidemiologic identification of Leishmania strains.

Molecular studies of the evolutionary relationships among Leishmania species suggest the presence of high genetic variation within this genus, which has a direct effect on public health in many countries. The coexistence of species in a particular region can result in different leishmaniasis clinical forms and treatment responses. We aimed to standardize the kinetoplast DNA (kDNA) enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) sequence polymerase chain reaction (PCR) method for molecular epidemiological identification of Leishmania strains, and estimate existing inter-strain genomic differences and kDNA signatures using this technique. ERIC-PCR of genomic DNA revealed genetic polymorphisms between species, although some strains shared many DNA fragments. Leishmania guyanensis, L. amazonensis, and L. braziliensis clustered together in a dendrogram with similarities ranging from 42.0 to 61.0%, whereas L. chagasi grouped with these three species with a similarity of 28.0%. After amplification of kDNA, 780-bp bands were extracted from an agarose gel and purified for analysis of its genetic signature. kDNA ERIC-PCR electrophoretic patterns consisted of 100- to 600- bp fragments. Using these profiles, L. braziliensis and L. guyanensis grouped with a similarity of 26.0%, and L. amazonensis and L. chagasi clustered based on a similarity of 100%. The electrophoretic profiles and dendrograms showed that, for epidemiological identification by ERIC-PCR, genomic DNA had greater discriminatory power than kDNA did. More strains need to be analyzed to validate the kDNA ERIC-PCR method. The genomes of these strains should be sequenced for better epidemiological identification of Leishmania species.

Loops In Proteins (LIP)--a comprehensive loop database for homology modelling.

One of the most important and challenging tasks in protein modelling is the prediction of loops, as can be seen in the large variety of existing approaches. Loops In Proteins (LIP) is a database that includes all protein segments of a length up to 15 residues contained in the Protein Data Bank (PDB). In this study, the applicability of LIP to loop prediction in the framework of homology modelling is investigated. Searching the database for loop candidates takes less than 1 s on a desktop PC, and ranking them takes a few minutes. This is an order of magnitude faster than most existing procedures. The measure of accuracy is the root mean square deviation (RMSD) with respect to the main-chain atoms after local superposition of target loop and predicted loop. Loops of up to nine residues length were modelled with a local RMSD <1 A and those of length up to 14 residues with an accuracy better than 2 A. The results were compared in detail with a thoroughly evaluated and tested ab initio method published recently and additionally with two further methods for a small loop test set. The LIP method produced very good predictions. In particular for longer loops it outperformed other methods.