RESUMEN
Cryptosporidium is a major etiological agent of diarrhoeal diseases among children and immune-compromised individuals in sub-Saharan African countries. We conducted a study to determine the prevalence and genetic characteristics of Cryptosporidium spp. in stool samples from patients with diarrhoea who presented at the University Teaching Hospital in Lusaka, Zambia. Cryptosporidium species and subtypes from 71 microscopically confirmed cryptosporidiosis stool samples collected between 2017 and 2019 were determined by polymerase chain reaction followed by partial sequencing of the small subunit rRNA and 60-kDa glycoprotein (gp60) gene. Additionally, data for the period between 2014 and 2019 were reviewed and analysed for cryptosporidiosis seasonal and age distribution. Cryptosporidium was more prevalent in the rainy season. The highest number of cases was reported among the 1-4 year age group. By sequence analysis of the 71 positive isolates, Cryptosporidium hominis (n = 42; 59.2%), C. parvum (n = 27; 38%), C. felis (n = 1; 1.4%), and C. meleagridis (n = 1; 1.4%) were identified. Four C. hominis subtype families (Ia, Ib, Id, and Ie) and three C. parvum subtype families (IIc, IIe, and IIs) were identified. The most frequent subtypes were IeA11G3T3 (n = 20; 28.2%), IIcA5G3 (n = 12; 16.9%), IIeA12G1 (n = 11; 15.5%) and IaA30R3 (n = 10; 14.1%). The observed species/subtypes of C. hominis and C. parvum indicated that the infection was mainly transmitted through the anthroponotic route. The identification of C. felis and C. meleagridis suggests that an atypical zoonotic transmission cycle also exists.
TITLE: Caractérisation moléculaire de Cryptosporidium spp. de patients souffrant de diarrhée à Lusaka, Zambie. ABSTRACT: Cryptosporidium est un agent étiologique majeur des maladies diarrhéiques chez les enfants et les personnes immunodéprimées dans les pays d'Afrique subsaharienne. Nous avons mené une étude pour déterminer la prévalence et les caractéristiques génétiques de Cryptosporidium spp. dans des échantillons de selles de patients souffrant de diarrhée qui se sont présentés à l'hôpital universitaire de Lusaka, en Zambie. Les espèces et sous-types de Cryptosporidium provenant de 71 échantillons de selles de cryptosporidiose, confirmés au microscope et prélevés entre 2017 et 2019, ont été déterminés par réaction en chaîne par polymérase suivie d'un séquençage partiel de la petite sous-unité de l'ARNr et du gène de la glycoprotéine de 60 kDa (gp60). De plus, les données pour la période entre 2014 et 2019 ont été examinées et analysées pour la distribution saisonnière et par âge de la cryptosporidiose. Cryptosporidium était plus répandu pendant la saison des pluies. Le plus grand nombre de cas a été signalé dans le groupe d'âge de 1 à 4 ans. Par analyse séquentielle des 71 isolats positifs, Cryptosporidium hominis (n = 42 ; 59,2 %), C. parvum (n = 27 ; 38 %), C. felis (n = 1 ; 1,4 %) et C. meleagridis (n = 1 ; 1,4 %) ont été identifiés. Quatre familles de sous-types de C. hominis (Ia, Ib, Id et Ie) et trois familles de sous-types de C. parvum (IIc, IIe et IIs) ont été identifiées. Les sous-types les plus fréquents étaient A11G3T3 (n = 20 ; 28,2 %), IIcA5G3 (n = 12 ; 16,9 %), IIeA12G1 (n = 11 ; 15,5 %) et IaA30R3 (n = 10 ; 14,1 %). Les espèces/sous-types observés de C. hominis et C. parvum indiquent que l'infection est principalement transmise par voie anthroponotique. L'identification de C. felis et C. meleagridis suggère qu'il existe également un cycle de transmission zoonotique atypique.