LBDNet interlaboratory comparison for the dicentric chromosome assay by digitized image analysis applying weighted robust statistical methods.

PURPOSE: This interlaboratory comparison was conducted to evaluate the performance of the Latin-American Biodosimetry Network (LBDNet) in analyzing digitized images for scoring dicentric chromosomes from in vitro irradiated blood samples. The exercise also assessed the use of weighted robust algorithms to compensate the uneven expertise among the participating laboratories. METHODS: Three sets of coded images obtained through the dicentric chromosome assay from blood samples irradiated at 1.5 Gy (sample A) and 4 Gy (sample B), as well as a non-irradiated whole blood sample (sample C), were shared among LBDNet laboratories. The images were captured using the Metafer4 platform coupled with the AutoCapt module. The laboratories were requested to perform triage scoring, conventional scoring, and dose estimation. The dose estimation was carried out using either their laboratory calibration curve or a common calibration curve. A comparative statistical analysis was conducted using a weighted robust Hampel algorithm and z score to compensate for uneven expertise in dicentric analysis and dose assessment among all laboratories. RESULTS: Out of twelve laboratories, one had unsatisfactory estimated doses at 0 Gy, and two had unsatisfactory estimated doses at 1.5 Gy when using their own calibration curve and triage scoring mode. However, all doses were satisfactory at 4 Gy. Six laboratories had estimated doses within 95% uncertainty limits at 0 Gy, seven at 1.5 Gy, and four at 4 Gy. While the mean dose for sample C was significantly biased using robust algorithms, applying weights to compensate for the laboratory's analysis expertise reduced the bias by half. The bias from delivered doses was only notable for sample C. Using the common calibration curve for dose estimation reduced the standard deviation (s*) estimated by robust methods for all three samples. CONCLUSIONS: The results underscore the significance of performing interlaboratory comparison exercises that involve digitized and electronically transmitted images, even when analyzing non-irradiated samples. In situations where the participating laboratories possess different levels of proficiency, it may prove essential to employ weighted robust algorithms to achieve precise outcomes.

Frecuencia de discapacidad intelectual de etiología genética debida a rearreglos cromosómicos crípticos / Frequency of intellectual disability of genetic etiology due to cryptic chromosome arrangements

Introducción: la discapacidad intelectual se considera un problema de salud pública global, la prevalencia oscila entre el 1% al 3% de la población mundial, cifra de la que se estima el origen genético estaría representado por el 5-7% de síndromes subteloméricos. El objetivo de la presente investigación fue determinar la frecuencia de discapacidad intelectual de etiología genética debida a rearreglos cromosómicos crípticos en 69 pacientes del IDAI. Material y Métodos. El estudio descriptivo de corte transversal se realizó en el Instituto de Genética en 69 pacientes con discapacidad intelectual de 5 a 18 años del Instituto de Adaptación Infantil (IDAI). El estudio fue dividido en tres etapas, la primera consistió en la elaboración de la historia clínica genética, seguidamente, se realizó el estudio de cariotipo en sangre periférica a todos los pacientes, finalmente, con la sospecha diagnóstica se realizó citogenética molecular a nueve de ellos, empleando una sonda locus específica. Resultados. Se encontró 43.48% de rearreglos cromosómicos, 24.67% correspondió a síndromes crípticos, de estos el 7.25% respondió a síndromes subteloméricos. Se observó mayor afectación en la población masculina: 45 hombres (65%) y 24 mujeres (35%), obteniendo una razón de sexo de 1.88 a favor del sexo masculino. Conclusiones. Se debe considerar la causa genética en toda discapacidad intelectual idiopática, sobre todo la debida a rearreglos cromosómicos crípticos . Para confirmar la sospecha diagnóstica se emplean técnicas de citogenética clásica y de hibridación fluorescente in situ , de esta manera se llega a un diagnóstico más preciso para coadyuvar en el asesoramiento genético del paciente.

Introduction. Intellectual disability is considered a global public health problem, the prevalence ranges from 1% to 3% of the world population, a figure whose genetic origin is estimated to be represented by 5-7% of subtelomeric syndromes. The objective of this research was to determine the frequency of intellectual disability of genetic etiology due to cryptic chromosomal rearrangements in 69 patients of IDAI. Material and methods. The descriptive cross-sectional study was carried out at the Institute of Genetics in 69 patients with intellectual disabilities from 5 to 18 years of age from the Institute for Child Adaptation (IDAI). The study was divided into three stages, the first consisted of preparing the genetic clinical history, then peripheral blood karyotyping was performed on all patients, finally, with suspected diagnosis, molecular cytogenetics was performed on nine of them, using a locus-specific probe. Results. 43.48% of chromosomal rearrangements were found, 24.67% corresponded to cryptic syndromes, of these 7.25% responded to subtelomeric syndromes. Greater involvement was observed in the male population: 45 men (65%) and 24 women (35%), obtaining a sex ratio of 1.88 in favor of the male sex. Conclusions. The genetic cause must be considered in all idiopathic intellectual disability, especially that due to cryptic chromosomal rearrangements. To confirm the diagnostic suspicion, classical cytogenetics and fluorescent in situ hybridization techniques are used, thus reaching a more precise diagnosis to assist in the genetic counseling of the patient.

The BioDoseNet image repository used as a training tool for the dicentric assay.

Purpose: This paper describes how the BioDoseNet image repository was used as a training tool for the dicentric assay.Materials and methods: The training was implemented in three phases: introduction to dicentric scoring, dose response curve elaboration and dose assessment exercise. Four labs without previous experience in the dicentric assay participated and four modules of the repository were used.Results: The labs become familiar with aberrations induced by ionizing radiation. The labs were able to generate data for the elaboration of a dose response curve and then successfully estimated doses and irradiated fractions in six blind samples.Conclusions: The performance of these laboratories during the exercise demonstrates the efficacy of the BioDoseNet image repository as a training tool and the utility of web based scoring for the dicentric assay community.

Comorbilidades en personas con síndrome de Down, habitantes de La Paz - Bolivia, 2015 / Comorbidities in down's syndrome people, residents of La Paz-Bolivia, 2015

El Síndrome de Down (SD), es una condición genética debida a la trisomía 21, caracterizada por afección multisistémica con principal daño neurobiológico. Se presenta con una frecuencia de 1/700 recién nacidos vivos (RNV) dependiendo de la población estudiada. Conlleva un efecto de exceso de dosis y genes, que desempeña un rol importante en la patogénesis las distintas comorbilidades del SD, tales como cardiopatías congénitas, disgenesia tiroidea, errores de refracción, alteraciones hematológicas, entre otras. El objetivo del estudio fue determinar la frecuencia de comorbilidades en personas con SD habitantes de ciudad de La Paz- Bolivia, por medio de un estudio descriptivo, de corte transversal, con evaluaciones multidisciplinarias e interinstitucionales. La mayor parte de las comorbilidades observadas están dentro de los parámetros reportados por estudios en otras poblaciones, sin embargo llama la atención una elevada frecuencia de hipertensión arterial pulmonar (93%), hipoplasia de glándula tiroidea (90%), errores de refracción (90%), pieloectasia renal (30%) y eritrocitosis (10%), como hallazgos propios de nuestra población (carga genética, condiciones ambientales y culturales). La prevalencia de patología médica en personas con SD repercute negativamente en su calidad y esperanza de vida. Sin embargo, existen estrategias médicas, educativas y sociales para las persona con SD, en busca de la prevención y seguimiento para mejorar su calidad y cantidad de vida.

Down syndrome (DS) is a genetic condition caused by 21 chromosome trisomy, characterized by multisystemic disease with main neurobiological damage. The frequency is 1/700 live births. It entails an effect of gene dose excess that plays an important role in the pathogenesis of various comorbidities in DS such as congenital heart disease, thyroid dysgenesis, refractive errors, hematological disorders, etc. The study's objective was determine the comorbidities frequency in people with DS from La Paz city in Bolivia through a descriptive cross-sectional survey with multidisciplinary and interinstitutional assessments. Most of observed comorbidities are in parameters reported in other population studies, however striking a high frequency of pulmonary arterial hypertension (93%), thyroid gland hypoplasia (90%), refractive errors (90 %), kidney pieloectasy (30%) and eritrocitosis (10%), as our population findings regarding the genetic and environmental conditions ( high altitude over the sea level). The prevalence of medical conditions in people with SD affects negatively their life quality and expectancy. However, there are medical, educational and social strategies for DS persons, searching for prevention and monitoring to improve their life quality and quantity.

Frecuencia de aberraciones cromosómicas en pacientes del instituto de genética-UMSA período 2011 – 2015 / Frequency of chromosomopathies at the institute of genetics-UMSA period 2011 -2015

Las anomalías cromosómicas más frecuentes son las aneuploidías, donde resaltan las trisomías autosomas 21, 18, y 13. Son un motivo frecuente de abortos espontáneos, discapacidad intelectual, recién nacidos multimalformados, infertilidad, genitales ambiguos, y juegan un importante rol en la patogenia de enfermedades malignas OBJETIVO: Determinar la frecuencia de pacientes diagnosticados con aberraciones cromosómicas en el Instituto de Genética de la Universidad Mayor de San Andrés entre los años 2011 y 2015. METODOLOGÍA: Estudio de tipo descriptivo, serie de casos. Lugar, Instituto de Genética; La Paz, Bolivia. Período 2011 ­ 2015. Población, pacientes con cariotipo realizado en el Instituto de Genética. RESULTADOS: Se realizaron un total de 1070 estudios citogenéticos, siendo euploides un 69% de los pacientes. Dentro de los cariotipos aneuploides (31%) encontramos 88% de aberraciones cromosómicas constitutivas, y 12% de adquiridas. Las cromosomopatías más frecuentes fueron la trisomía 21, monosomía del X y translocaciones. CONCLUSIONES: Las Aberraciones cromosómicas ocupan un lugar importante en la patología genética humana, representando el 0,4% de los recién nacidos vivos (1). Realizar éste trabajo de investigación nos muestra su existencia en nuestra población, y que no son sólo la letra chica de los libros o casos extraños de película. Es muy necesario tener conocimiento sobre los motivos de solicitud de cariotipo para poder realizar un diagnóstico oportuno, y poder mejorar la calidad de vida del paciente y su familia.

OBJECTIVE: To determine the frequency of patients diagnosed with chromosomal aberrations at the Genetics Institute of the Universidad Mayor de San Andrés between 2011 and 2015. METHODS: Observational, descriptive cross-sectional study. Place, Institute of Genetics; La Paz, Bolivia. Period 2011 - 2015. Population, patients with karyotype performed at the Institute of Genetics. RESULTS: A total of 1070 cytogenetic studies were performed, with 69% of patients being euploid. Within the aneuploid karyotypes (31%) we found 88% constitutive chromosomal aberrations, and 12% acquired. The most frequent chromosomopathies were trisomy 21, X monosomy and translocations. CONCLUSIONS: Chromosomal Aberrations occupy an important place in human genetic pathology, representing 0.4% of the newborns. Performing this research shows us the existence of these pathologies in our population, and that are not only the small print of books or strange cases of film. It is very necessary to have knowledge about chromosomal aberrations in order to make a timely diagnosis and to improve the quality of life of the patient and his family

Diagnóstico clínico y molecular de síndrome de Rett. A propósito de un caso / Clinical and molecular diagnosis of Rett's syndrome. A case report

Describimos el caso de una niña de 2 años de edad, referida al servicio de genética con retraso del desarrollo psicomotor, regresión neurológica importante, microcefalia y conducta estereotipada. El estudio molecular realizado reveló el estado heterocigoto de una mutación de sentido erróneo en el exón 4 del gen responsable de este síndrome (análisis mediante secuenciación). Las características clínicas de esta enfermedad sugieren un patrón de desarrollo anormal de la corteza cerebral en la infancia tardía relacionada con la disfunción de la proteína MECP2. Es una importante causa genética de autismo y debe ser considerada en casos de pérdida progresiva de habilidades adquiridas.

We describe a case of two year old child referred to the service of Genetics with psychomotor retardation, severe neurological regression, microcephaly and stereotyped behavior. The molecular study revealed the heterozygous state of a missense mutation in exon 4 of the gene responsible for this syndrome (sequencing analysis). The clinical features of the disease suggest a pattern of abnormal development of the cerebral cortex in late childhood related to the dysfunction of the MECP2 protein. It's a major genetic cause of autism and should be considered in cases of progressive loss of acquired skills.

Diagnóstico preaatal integral de síndrome de don en la paz- Bolivia, correlaciión sérica, ecográfica, citogenética y molecular: a propósito de un csoo / Integral renatall diagnosis of down syndrome in la paz - Bolivia, serum, ultrasound, cytogenetic and molecular correlation

El Síndrome de Down es una enfermedad genética causada por trisomía del par 21. Actualmente existe la posibilidad de ofrecer diagnóstico prenatal de esta entidad mediante procedimientos no invasivos como la medición de hormonas maternas específicas durante el 1er y 2do trimestre de gestación y el estudio ecográfico del feto en busca de malformaciones, así como a través de procedimientos invasivos (amniocentesis) para cariotipo fetal o pruebas moleculares dirigidas. El diagnóstico prenatal se basa en la utilización conjunta de estos marcadores más la edad materna para evaluar el riesgo en un feto de tener anomalías congénitas (síndrome de Down y otros). La presente investigación describe la utilidad de la correlación sérica, ecográfica, citogenética y molecular de los marcadores prenatales de síndrome de Down. Se trata de una paciente de 21 años primigesta (16 semanas de gestación) con datos séricos y ecográficos compatibles con una cromosomopatía, la amniocentesis diagnóstica permitió obtener material genético del feto para análisis citogenético y caracterización molecular, con un cariotipo 47,XY,+21. De manera que se ilustra la relevancia de la evaluación integral en el diagnóstico prenatal, así como el enfoque multidisciplinario.

Down syndrome (DS) is a genetic disease caused by 21 chromosome, we have now the possibility to offer prenatal diagnosis by non-invasive procedures such as: serum measurement of maternal hormones during the first and second trimester of pregnancy and the fetus ultrasound study searching for malformations, and by invasive procedures like amniocentesis for fetal karyotype or directed molecular test. Prenatal diagnosis is based on combined use of these markers to assess the risk of having fetus with congenital abnormalities (Down syndrome and others). We describe the utility of serum, ultrasound, cytogenetic and molecular correlation like markers of prenatal Down syndrome. The case of a 21 year old female primigravida with 16 weeks pregnancy and serum plus ultrasound data consistent with a chromosomal abnormality. Diagnostic amniocentesis was performed also to obtain fetal genetic for cytogenetic study and molecular characterization), with a fetal karyotype 47,XY,+21. Therefore, importance of comprehensive assessment in prenatal diagnosis and the multidisciplinary approach.

Detección de mutaciones en los Genes rpoß y katG asociados a resistencia en cepas de Mycobacterium tuberculosis de Bolivia / Detection of mutations in rpoß and katG genes associated to resistance in Mycobacterium tuberculosis strains from Bolivia

Objetivo: Evaluar la sensibilidad y especificidad de la genotipificación, como instrumento de diagnóstico rápido y confiable parala detección de mutaciones en los genes rpoß y katG asociados a resistencia,en cepas de Mycobacterium tuberculosis de Bolivia.Diseño: Test Diagnóstico Metodología: Las cepas analizadas fueron aisladas y enviadas por los diferentes Laboratorios de la Red Nacional de Diagnósticode Tuberculosis de Bolivia entre febrero y diciembre de 2007. La muestra para el presente estudio estuvo constituida por un totalde 65 aislamientos previamente caracterizados por métodos fenotípicos de cultivo y pruebas de sensibilidad a la RIF e INH, porel método de las proporciones Canetti-Rist. La genotipificación ha sido realizada utilizando el kit Genotype MTBDR, basado enla utilización de métodos de amplificación e hibridización, para detectar mutaciones a nivel de los marcadores de resistencia rpoßy katG.Resultados: Se procedió al cálculo de la sensibilidad y especificidad de la prueba de diagnóstico; además de los valores predictivospositivo y negativo. Dicho análisis muestra los siguientes resultados: sensibilidad 74...

Objective:To evaluate the sensitivity and specificity of genotyping as a tool for rapid and reliable detection of mutations in rpoß and katG genes associated with resistance in Mycobacterium tuberculosisstrains from Bolivia. Design:Diagnostic Test Methodology: The strains analyzed were isolated and submitted by different laboratories of the National Network for Diagnosisof Tuberculosis of Bolivia between February and December 2007. The sample for this study consisted of 65 isolates previousl y characterized by phenotypic methods of culture and sensitivity testing to RIF and INH by the Canetti-Rist proportion method. Genotyping of these samples has been done using the MTBDR Genotype kit, according to amplification and hybridization methodsto detect mutations at the rpoß and katG resistance markers.Results:The sensitivity and specificity of the diagnostic tests were calculated, as well as the positive and negative predictivevalues. This analysis shows the following results: sensitivity 74%, specificity 92%, positive predictive value 92%, and negative predictive value 73%. Conclusions: The genotyping test using Genotype MTBDR, meeting validation criteria for a diagnostic test study in our country,constitutes a quick, useful and reliable tool for use in diagnosis and routine determination of sensitivity and resistance in MTBCstrains.

Sindrome de Klippel-Feil con agenesia de vagina, fistula rectovulvar y electrodactilla: presentación de un caso / Klippel-Feil syndrome whith absent vagina, recto vulvar fistula and ectrodactyly: a case report

Se describe el caso de una paciente de 19 años de edad con malformaciones congénitas múltiples propias del Síndrome de Kippel-Feil, con ectrodactilia de dedo medio en mano derecha, y ausencia de vagina con fístula recto vulvar, resuelta quirúrgicamente per prima sin colostomía temoral derivativa. Tratándose de un caso esporádico, se revisaron antecedentes bibliográficos que permiten compararlo con casos similares reportados para su clasificación y determinación de tipo de herencia.

Trisomia parcial del cromosoma 6(q27): presentación de un caso / Partial trisomy of chromosome 6(q27): a case report

Presentamos un caso de un paciente de sexo masculino de 5 meses de edad, múltiple malformado. Mediante técnicas de citogenética clásica y bandeamiento G, se determino, trisomía parcial del brazo largo del cromosoma 6, (dup parcial 6 (q27). Una enfermedad cromosómica extremadamente rara, por lo que se busco una relación con otros casos similares reportados y la probable acción de los genes involucrados en esta región para la expresión de los signos clínicos reportados.

Factores de riesgo poblacioal en cancer de vesicula biliar: evaluación basada en ele analisis de haplotipo B de DNA mt / Population risk factor in gallblader cancer: evaluation based in the analysis of the haplotype B of DNA mt

Pregunta de investigación ¿Estará relacionado al cáncer de vesícula biliar con el haplotipo B mitocondrial como factor poblacional, en sujetos de ambos sexos, habitantes de la ciudad de La Paz?. Objetivos Determinar si e factor poblacional, es un factor genético de riesgo relacionado con cáncer de vesícula bibliar (CAVB). Evaluar el comportamiento del haplotipo B en relación con el CAVB. Diseño. Casos y controles. Lugar. Instituto de Genética. Facultad de Medicina-UMSA. Población. 52 pacientes en toral, divididos en dos grupos, de ambos sexos: casos 17 y controles 35, en ambos sexos y grupos etáreo diverso, siendo los caos pacientes con CAVB y controles pacientes con CCL. Métodos. Se realizó la evaluación clínica, ecográfica y de anatomía patológica. Se analizó el DNA mt de linfocitos de sangre periférica mediante la técnica de la PCR. Se utilizó estadística descriptiva.

Análisis de 9 lici STR en la población mestiza de La Paz para la identificación de individuos / Analysis of 9 loci STR in the mestizo population of la paz for the identification of individuals

Pregunta de investigación. ¿Es posible obtener estadisticas poblacionales en la población mestiza de La Paz de 9 loci STRs, comúnmenteempleados para la identificación de individuos?.Objetivo. Obtener la estadisticos poblacionales en la población mestiza de La Paz de 9 citos STRs (D7S820, D13S317, D16S539, CSF1PO, TPOX, THO1, Vwa, F13A01, FESFPS), comúnmente empleados para la identificación de individuos. Diseño. Estudio poblacional descriptivo. Métodos: Se analizó la frecuencia alélica de 9 loci STRs en una muesta de 81 individuos de la población mestiza de La Paz, Bolivia. Posteriormente a la firma del consentimiento se extrajo DNA de sangre o saliva que fue sujeto a la amplificación por 3 Multiplex PCR, cuyos producatos fueron visualizados por electroforesis en geles de poliacrilamida desnaturalizante con tinción nitrato de plato. La obtención de los estadísticos poblacionales se realizó con el programa Power Stat. Resultados y conclusiones: La frecuencia alélicas obtenidad para la población mestiza de La Paz presentan valores diferenciantes a los de otras poblaciones, existiendo alelos característicos de esta población que pueden servir como marcadores poblacionales. la frecuencia alélica reportadas en el presente estudio pueden ser empleadas para el cálculo de otros estaditcos poblacionales que dan solidez en corete judicial a las pruebas de identificación de individuos.

Programa de la catedra de bioquimica y biologia molecular

CONTENIDO: Guia de practicas; soluciones I; soluciones II; equilibrio acido base, potencial de hidrogeniones; membrana celular I; radicales libres; espectofotometria, metabolismo de hidratos de carbono; bilirrubinas; cinetica enzimatica I; cinetica enzimatica II, ciclo celular y apoptosis; acido desoixribonucleico-DNA; acido desoixribonucleico-DNA; extraccion del DNA; acido ribonucleico-RNA; señales de transcripcion; fundamentos de tecnicas de biologia molecular