Hepatitis E virus in Cuba: A cross-sectional serological and virological study in pigs and people occupationally exposed to pigs.

Surveillance of hepatitis E virus (HEV) in risk groups is an important strategy to monitor its circulation pattern and to timely detect changes thereof. The aims of this cross-sectional study were to estimate the prevalence of HEV infections in pigs and humans from different regions of the country, to identify risk factors for increasing anti-HEV IgG prevalence and to characterize HEV strains. The presence of anti-HEV antibodies was assessed by commercial ELISA in serum samples from the general population, farm and slaughterhouse employees, as well as pigs sampled in the three regions of Cuba from February to September 2016. Overall, individuals with occupational exposure to swine or swine products (70/248, 28.2%) were 4 times more likely to be seropositive compared to the general population (25/285, 8.7%; OR: 4.18; p < .001). Within the risk group, risk factors included age, number of years working in a professional activity with direct exposure to swine, geographic region and distance between residence and closest professional swine setting, while wearing gloves had a protective effect. Prevalence of total anti-HEV antibodies in swine was 88.2% (165/187) and HEV RNA was detected by real-time RT-PCR in 9.2% (16/173) swine stools. All HEV strains sequenced clustered within genotype 3. Some strains clearly belonged to subtype 3a, while another group of strains was related with subtypes 3b and 3 k but partial HEV sequences did not allow unequivocal subtype assignment. These findings suggest that the high HEV exposure in Cuban individuals with swine-related occupations could be due to enzootic HEV in certain regions, direct contact with infectious animals or their products as well as environmental contamination.

Inactivación del virus Zika con medio de transporte de ácidos nucleicos, potencialmente aplicable a muestras clínicas para el diagnóstico molecular de SARS-CoV-2 / Inactivation of Zika virus with nucleic acids transport media, potentially applicable to clinical samples for the molecular diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Introducción: Los medios de colecta de muestras clínicas con capacidad de desnaturalizar virus reducen los riesgos de contagio durante el transporte y procesamiento. Objetivo: Emplear el medio de transporte de ácidos nucleicos (TAN) en muestras de exudado nasofaríngeo colectadas para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Métodos: Se realizó un estudio experimental para demostrar la capacidad del medio de inactivar la infectividad viral. Se tomó como modelo de virus envuelto el virus Zika (VZk), cuyo nivel de bioseguridad es 2. Se evaluó el desempeño clínico del medio TAN para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Se empleó una cepa del VZk propagada en la línea celular Vero y, previo a la infección de las células, el VZk se puso en contacto a intervalos de tiempo diferentes (2; 15 y 30 min) con el medio TAN puro; y luego se realizaron diluciones seriadas (10-1-10-4). La inactivación viral se evaluó por RT-PCR, en el sobrenadante y células colectadas, al culminar el periodo de propagación. El desempeño clínico del medio TAN se estimó tomando como referencia el CITOSWAB® VTM, en 30 exudados nasofaríngeos colectados para diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2. Resultados: El VZk preservó su infectividad a diluciones del inóculo ≥ 10-2, independientemente del tiempo de contacto. La sensibilidad y especificidad clínica del medio TAN para el diagnóstico de SARS-CoV-2 fueron del 100 %, respectivamente. Conclusiones: Los resultados sugieren que muestras clínicas positivas a VZk en diluciones ≤ 10-1 del medio TAN pueden ser manipuladas de forma segura, lo que pudiera aplicarse potencialmente al diagnóstico molecular del SARS-CoV-2.

ABSTRACT Introduction: Collection media of clinical samples with the capacity to denature viruses reduce the risk of contagion during transportation and processing. Objective: To use the nucleic acids transport media (NATM) in nasopharyngeal swab samples collected for the diagnosis of SARS-CoV-2. Methods: An experimental study was conducted to demonstrate the medium capacity to inactivate viral infectivity. Zika virus (ZIKV), of biosafety level 2, was used as an enveloped virus model. The clinical performance of the NATM for the diagnosis of SARS-CoV-2 was evaluated. A ZIKV strain propagated in the Vero cell line was used and, prior to cells infection, ZIKV was in contact at different intervals (2; 15, and 30 min) with pure NATM; subsequently, serial dilutions (10-1-10-4) were performed. Viral inactivation was evaluated by RT-PCR in the supernatant and the collected cells when the propagation period was completed. CITOSWAB® VTM was used as reference to estimate the clinical performance of the NATM in 30 nasopharyngeal swabs collected for the diagnosis of SARS-CoV-2 infection. Results: ZIKV remained infectious at inoculum dilutions of ≥ 10-2, regardless of contact time. Clinical specificity and sensitivity of the NATM for the diagnosis of SARS-CoV-2 were 100%, respectively. Conclusions: Results suggest that ZIKV positive clinical samples at dilutions ≤ 10-1 of the NATM can be safely handled, which could potentially be applied to the molecular diagnosis of SARS-CoV-2.

Evaluación de estuches de PCR-tiempo real para detección de virus del papiloma humano de alto riesgo / Evaluation of real-time PCR kits to detect high-risk human papillomavirus

RESUMEN Introducción: El empleo de técnicas moleculares para el diagnóstico de virus del papiloma humano de alto riesgo oncogénico (VPH-AR) es crucial para la detección precoz del cáncer cervicouterino. Objetivo: Evaluar el desempeño analítico de dos estuches de PCR-tiempo real, comercializados por el Centro de Inmunoensayo de Cuba, para detectar VPH-AR. Métodos: Se utilizaron dos paneles de ADN de muestras cervicouterinas: uno con 150 muestras, para validar el estuche SUMASIGNAL HPV 16/18, el proceso de extracción de ADN y su utilidad como prueba cuantitativa, y otro con 163 muestras para evaluar el estuche HPV 13+2. Se determinó la utilidad clínica del estuche HPV 13+2 en 55 muestras cervicovaginales autocolectadas. Se calcularon los indicadores de desempeño analítico de ambos estuches con respecto a pruebas de referencia. Resultados: Los indicadores de desempeño para SUMASIGNAL HPV 16/18 fueron excelentes (> 95 %), concordancia 96 %, índice kappa=0,93 [0,85-1,01]. La extracción de ADN mostró 100 % de especificidad clínica y analítica y 95 % de sensibilidad analítica. Se obtuvo buena correlación con la prueba de referencia cuantitativa (r = + 0,688). El estuche HPV 13+2 tuvo especificidad y sensibilidad clínicas del 100 %, la especificidad analítica fue del 84 % debido a reactividad cruzada con otros VPH-AR. Su aplicación clínica reveló alta frecuencia de infección (41,8 %): 23,6 % con VPH-AR, particularmente en mujeres jóvenes (50 %). La muestra autocolectada resultó útil (100 %). Conclusión: Los ensayos evaluados mostraron altos estándares de calidad, lo que permitiría su uso con una cobertura nacional en una plataforma tecnológica disponible para todo el país.

ABSTRACT Introduction: The use of molecular techniques for the diagnosis of high oncogenic risk human papillomavirus (hrHPV) is crucial for the early detection of cervical cancer. Objective: To evaluate the analytical performance of two real-time PCR kits, commercialized by the Cuban Immunoassay Center, to detect hrHPV. Methods: Two DNA panels from cervical samples were used: one with 150 samples to validate the SUMASIGNAL HPV 16/18 kit, the DNA extraction process and its usefulness as a quantitative test; and another with 163 samples to evaluate the HPV 13+2 kit. The clinical utility of the HPV 13+2 kit was determined in 55 self-collected cervicovaginal samples. The analytical performance indicators of both kits were calculated with respect to reference tests. Results: Performance indicators for SUMASIGNAL HPV 16/18 were excellent (>95%), concordance 96%, kappa index=0.93 [0.85-1.01]. DNA extraction showed 100% clinical and analytical specificity and 95% analytical sensitivity. Good correlation was obtained with the quantitative reference test (r = + 0.688). The HPV 13+2 kit had 100% clinical specificity and sensitivity, analytical specificity was 84% due to cross-reactivity with other hrHPVs. Its clinical application revealed a high frequency of infection (41.8%): 23.6% with hrHPV, particularly in young women (50%). The self-collected sample was viable (100%). Conclusion: The assays evaluated showed high quality standards, which would allow their use with national coverage in a technological platform available for the whole country.

Evaluación de ensayos ultramicroanalíticos para la detección de anticuerpos contra el SARS-CoV-2 / Evaluation of ultramicroanalytic assays to detect antibodies against SARS-CoV-2

Introducción: En el presente trabajo se muestran los resultados de la validación de los ensayos serológicos in vitro para la detección de anticuerpos IgM, IgG y anticuerpos totales contra el SARS-CoV-2 UMELISA SARS-CoV-2 IgM, UMELISA ANTI-SARS-CoV-2 y UMELISA SARS-CoV-2 IgG desarrollados por el Centro de Inmunoensayo (CIE). Métodos: Se utilizaron paneles de muestras de suero de individuos negativos y de casos confirmados de COVID-19 para determinar el desempeño analítico de cada ensayo. Resultados: La especificidad clínica de los ensayos UMELISA SARS-CoV-2 IgM, UMELISA ANTI-SARS-CoV-2 y UMELISA SARS-CoV-2 IgG fue del 100 por ciento en todos los ensayos y la especificidad analítica fue de 100 por ciento para los dos primeros ensayos y del 93,1 por cientopara el último. La sensibilidad clínica fue de 64,3, 80,8 y 97,5 por ciento, respectivamente. El valor predictivo positivo fue de 100 por ciento en todos los ensayos, en tanto que el negativo osciló entre 83,3 y 95,2 por ciento. La concordancia fluctuó entre 92,4 y 96,9 por ciento y el índice kappa de todos los ensayos fue muy bueno. La sensibilidad de los ensayos se incrementó a 82,76, 96,5 y 100 por ciento, respectivamente, en las muestras de suero colectadas con más de 14 días de iniciado el cuadro clínico. Conclusiones: Los ensayos demostraron una elevada sensibilidad y especificidad, lo que permite contar con herramientas basadas en una tecnología desarrollada en Cuba que posibilita la realización de estudios serológicos, vigilancia epidemiológica y de otro tipo, incluyendo los relacionados con vacunas en una plataforma con amplia distribución nacional(AU)

Introduction: This paper shows the results obtained in the validation of in vitro serological assays to detect IgM, IgG antibodies, and total antibodies against SARS-CoV-2 UMELISA SARS-CoV-2 IgM, UMELISA ANTI-SARS-CoV-2 and UMELISA SARS-CoV-2 IgG developed by the Immunoassay Center. Methods: Panels of serum samples from negative and COVID-19 confirmed patients were used to determine the analytical performance of each assay. Results: UMELISA SARS-CoV-2 IgM, UMELISA ANTI-SARS-CoV-2 and UMELISA SARS-CoV-2 IgG assays demonstrated 100 percent clinical specificity for all assays; and 100 percent analytical specificity for the first two assays, and 93.1 percent for the last one. Clinical sensitivity was 64.3 percent, 80.8 percent and 97.5 percent, respectively. The positive predictive value was 100 percent in all assays, while the negative predictive value ranged from 83.3 percent to 95.2 percent. Concordance varied from 92.4 percent to 96.9 percent, and kappa index in every assay was very good. Assays sensitivity increased to 82.7 percent, 96.5 percent and 100 percent, respectively for serum samples collected more than 14 days after onset of the symptoms. Conclusions: The assays demonstrated high sensitivity and specificity, which allows us to have Cuban technology-based tools for serological, epidemiological surveillance, and other types of studies, including those related to vaccines on a platform with wide national distribution(AU)

Low prevalence of hepatitis delta infection in Cuban HBsAg carriers: Prospect for elimination.

Introduction: Infection with hepatitis delta virus (HDV) is one of the most severe hepatitis B virus (HBV) complications, with a more rapid progression to cirrhosis and an increased risk of hepatic decompensation and death. Data on HDV infection in Cuba are limited. The aims of our study were to determine the HDV prevalence in HBsAg carriers and to characterize the HDV strains circulating. The data were used to assess the possibility of HDV elimination in the Cuban HBV epidemiological setting. Methods: Five hundred and two serum samples from the same number of HBsAg carriers collected in the period 2006-2019 from all over the country were tested for anti-HDV total antibodies. If positive, the samples were analyzed for HDV-RNA using Real-Time RT-PCR targeting the ribozyme and HD antigen domains followed by genotyping based on phylogenetic analysis. Results: Two samples were anti-HDV positive [0.39% (95% CI 0.11-1.44)]. One of them was also HDV-RNA positive. Clinically, the patient with active HDV infection had compensated liver cirrhosis. Phylogenetic analysis showed that the virus belonged to genotype 1 and thus clustered with contemporary strains from North America, Europe, Middle East, and Asia. Discussion: This is the first HDV study, including molecular detection and virus characterization, done after the introduction of the universal childhood anti-hepatitis B vaccination. The very low prevalence of HDV infection in HBsAg carriers combined with the high HBV vaccination coverage of all newborn children, of previously identified risk groups, and of the general population currently under 40 years of age suggests that HDV elimination is feasible in Cuba if the success in HBV control is maintained.

Performance evaluation of Elecsys SARS-CoV-2 Antigen immunoassay for diagnostic of COVID-19.

One of the challenges for control and prevention of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection is the early diagnostic at the point of care. Several tests based on qualitative antigen detection have been developed; one of these is Elecsys SARS-CoV-2 Antigen immunoassay (Roche Diagnostics). In total, 523 nasopharyngeal swabs were randomly selected with the aims to evaluate sensitivity, specificity, cross-reactivity, positive and negative predictive value (PPV, NPV), and agreement of Elecsys SARS-CoV-2 Antigen immunoassay using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) STAT-NAT® coronavirus disease-2019 as reference test. Cross-reactivity was estimated using samples positive by RT-PCR to other respiratory viruses (influenza virus, parainfluenza virus, rhinovirus, coronavirus OC43, and HKU1). The overall sensitivity of Elecsys SARS-CoV-2 Antigen was 89.72% (288/321); specificity was 90.59% (183/202); and cross-reactivity to other respiratory viruses were not detected. Elecsys SARS-CoV-2 Antigen immunoassay showed a high sensitivity in samples with cycle threshold value <30, which ranged from 92.81% to 95.40%, independently of symptoms. PPV and NPV were 93.81% and 84.72%, respectively. The κ coefficient was 0.79 (95% confidence interval: 0.73-0.84), showing substantial agreement between both tests. The results suggest Elecsys SARS-CoV-2 Antigen immunoassay could be used as an alternative to RT-PCR testing, or in complement with it, to identify infectious individuals and reduce SARS-CoV-2 transmission.

Evaluation of seven SARS-CoV-2 rapid IgM/IgG tests

RESUMEN Introducción: A finales de 2019, se detectó un nuevo coronavirus en China que provocó una enfermedad respiratoria aguda conocida como COVID-2019. Objetivo: Evaluar siete sistemas comerciales para la detección rápida de anticuerpos para determinar su sensibilidad, especificidad y robustez en nuestras condiciones para ser utilizados por el Sistema Nacional de Salud. Métodos: Se evaluaron siete sistemas para la detección de anticuerpos IgM/IgG. Se conformó un panel de evaluación con muestras de individuos negativos, sueros de otras afecciones previas a la pandemia y de pacientes positivos con la enfermedad. Resultados: Las cifras de sensibilidad general oscilan entre el 25 % y el 88 %, siendo los sistemas Realy Tech y Deep Blue los que mostraron los mejores resultados. La especificidad para ambos fue del 100 %. La tasa de IgM positiva según Realy Tech o Deep Blue aumentó a 94,1 % o 81,8 % en la etapa tardía de la enfermedad. Conclusiones: Los sistemas Realy Tech y Deep Blue detectaron IgM/IgG en suero y en sangre total con adecuada sensibilidad y especificidad. La reactividad cruzada no parece ser un problema. La serología en el caso de COVID-19 no puede utilizarse como diagnóstico pero permite a la vigilancia epidemiológica conocer el estado inmunológico de las poblaciones. Es fundamental analizar la respuesta inmune frente a la infección para realizar la caracterización epidemiológica y potencialmente informar el riesgo individual de futuras enfermedades y el estudio de posibles vacunas.

ABSTRACT Introduction: In late 2019, a new coronavirus was detected in China causing an acute respiratory illness known as COVID-2019. Objective: Evaluate seven commercial systems for the rapid detection of antibodies to determine their sensitivity, specificity and robustness in our conditions to be used by the National Health System. Methods: Seven systems were evaluated for the detection of IgM/IgG antibodies. Evaluation panel with samples from negative individuals, sera from other pathologies prior to the pandemic and from positive patients with the disease were conformed. Results: General sensitivity figures range between 25 and 88%, with the Realy Tech and Deep Blue systems showed the best results. The specificity for both was 100%. The IgM positive rate according to Realy Tech or Deep Blue increased to 94.1 or 81.8% in the late stage of the disease. Conclusions: Realy Tech and Deep Blue systems detected IgM/IgG in serum and in whole blood with adequate sensitivity and specificity. Cross-reactivity does not seem to be a problem. Serology in the case of COVID-19 cannot be used as a diagnostic but it allows epidemiological surveillance to know the immune status of populations. It's essential to analyze the immune response against the infection to carry out epidemiological characterization and potentially inform individual risk of future disease and the study of potential vaccines.

Evaluación del desempeño clínico del ensayo SUMASIGNAL VHC para la detección del ARN del virus de la hepatitis C

RESUMEN Introducción: La detección y cuantificación del genoma del virus de la hepatitis C (ARN-VHC), mediante la transcripción inversa-PCR en tiempo real (RT-qPCR), es vital para el diagnóstico y seguimiento del tratamiento antiviral de los pacientes con hepatitis C. Objetivo: Evaluar los indicadores de desempeño clínico como la especificidad, sensibilidad y reproducibilidad del ensayo SUMASIGNAL VHC, comercializado por el Centro de Inmunoensayo (Cuba), tomando como técnica de referencia la prueba Artus® HCV RG RT-qPCR. Métodos : Se empleó un panel conformado por 70 muestras de suero: 46 ARN-VHC positivas, 12 ARN-VHC negativas y 12 positivas a marcadores moleculares de otros virus. El coeficiente de correlación de Pearson (r) y la prueba de Bland-Altman, se utilizaron para comparar las cargas virales del VHC, obtenidas por las técnicas SUMASIGNAL VHC y la de referencia; las que fueron expresadas en logaritmo en base 10 (log10) UI/mL. Los valores de p< 0,05 se consideraron estadísticamente significativos. Resultados: La sensibilidad y especificidad clínica del SUMASIGNAL VHC fue 100 %; mientras que no se detectó reactividad cruzada con los otros virus evaluados. Se demostró que el ensayo en cuestión, tuvo una correlación buena (r= 0,89) y fuerte concordancia (media= -0,01 Log10 UI/mL) con la prueba de referencia (p< 0,0001). La reproducibilidad de la cuantificación del ARN-VHC en dos momentos diferentes, con la prueba SUMASIGNAL VHC mostró una correlación excelente (r= 0,97; p< 0,0001). Conclusiones: El ensayo SUMASIGNAL VHC proporciona datos válidos, reproducibles y técnicamente confiables para realizar el diagnóstico específico del VHC, incluso constituye una herramienta útil para monitorear la carga viral de este agente en el Sistema Nacional de Salud Cubano.

ABSTRACT Introduction: Detection and quantification of the hepatitis C virus genome (HCV RNA) by real time reverse transcription PCR (RT-qPCR) are vital for the diagnosis and antiviral treatment follow-up of hepatitis C patients. Objective: Evaluate the clinical performance of the SUMASIGNAL HCV assay for quantification of HCV viral load. Methods: A panel was formed with 70 serum samples: 46 HCV RNA positive, 12 HCV RNA negative and 12 positive for molecular markers of other viruses. Pearson's correlation coefficient (r) and the Bland-Altman plot were used to compare the HCV viral loads obtained by SUMASIGNAL HCV techniques with reference values, which were expressed as base 10 logarithm (log10) UI/ml. Values of p <0.05 were considered statistically significant. Results: The clinical sensitivity and specificity of SUMASIGNAL HVC were 100%, and no cross-reactivity was detected with the other viruses evaluated. The study assay exhibited a good correlation (r= 0.89) and strong concordance (mean= -0.01 Log10 UI/ml) with the reference test (p< 0.0001). Reproducibility of the HCV RNA quantification with the SUMASIGNAL HCV test at two different moments displayed an excellent correlation (r= 0.97; p< 0.0001). Conclusions: The SUMASIGNAL HVC assay provides valid, reproducible and technically reliable data for specific HCV diagnosis. It is also a useful tool to monitor the viral load of this agent in the Cuban National Health System.

Polimorfismos del gen de interleucina 10 y respuesta virológica sostenida en pacientes cubanos coinfectados con virus de hepatitis C y virus de inmunodeficiencia humana / Interleukin-10 gene polymorphisms and sustained virological response in Cuban patients coinfected with hepatitis C virus and human immunodeficiency virus

Introducción: En pacientes infectados con el virus de la hepatitis C se demostró que los polimorfismos de un simple nucleótido del gen de la interleucina 10 (IL10), influyen en la respuesta virológica sostenida al tratamiento con interferón y ribavirina, y en la inmunopatogénesis de la enfermedad. Objetivo: Determinar la frecuencia de los polimorfismos de un simple nucleótido de la región promotora del gen de la interleucina 10, según respuesta virológica sostenida y grado de lesión hepática. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo, de corte transversal y se determinó la carga del virus de la hepatitis C por RT-PCR en tiempo real. Se estudiaron 25 pacientes cubanos con virus de inmunodeficiencia humana coinfectados con VHC, 24 semanas después del tratamiento con interferón y ribavirina. Para evaluar la variabilidad genética de la interleucina 10, los polimorfismos de un simple nucleótido se identificaron por secuenciación nucleotídica, -592 (A>C) y -819 (T>C). El grado de fibrosis hepática se calculó por el índice aspartato aminotransferasa/plaquetas. Resultados: El 44,0 por ciento (11/25) de los pacientes lograron respuesta virológica sostenida, y en el 56,0 por ciento (14/25) restante no se obtuvo esta. En los individuos en que se dio la respuesta predominaron los genotipos bajos productores de la interleucina 10, -592AA (36,3 por ciento vs. 21,4 por ciento) y -819TT (54,5 por ciento vs. 21,4 por ciento). En estos casos, el análisis de la frecuencia alélica mostró mayor frecuencia del alelo T para el SNP -819 (p= 0,0470). El índice aspartato aminotransferasa/plaquetas fue compatible con fibrosis hepática sin cirrosis en pacientes sin respuesta virológica sostenida, mientras que en los coinfectados que tuvieron respuesta indicó ausencia de lesión hepática. Conclusiones: Los resultados sugieren que las variantes de los polimorfismos de un simple nucleótido del gen de la interleucina 10 evaluados, podrían estar relacionados con la respuesta virológica sostenida y la patogénesis de la hepatitis C en los pacientes estudiados(AU)

Introduction: The study of patients infected with hepatitis C virus revealed that polymorphisms of a single nucleotide of the interleukin-10 (IL10) gene influence the sustained virological response to the treatment with interferon and ribavirin, and the immunopathogenesis of the disease. Objective: Determine the frequency of single-nucleotide polymorphisms from the interleukin-10 gene promoter region according to the sustained virological response and the degree of liver injury. Methods: A descriptive cross-sectional study was conducted and hepatitis C viral load was determined by RT-PCR. A sample of 25 Cuban HIV/HCV coinfected patients were studied 24 weeks after treatment with interferon and ribavirin. To evaluate the genetic variability of interleukin 10, the single-nucleotide polymorphisms were identified by nucleotide sequencing, -592 (A>C) and -819 (T>C). The degree of liver fibrosis was estimated by the aspartate aminotransferase / platelet index. Results: Of the patients studied, 44.0 percent (11/25) achieved a sustained virological response and 56.0 percent (14/25) did not. In individuals displaying the response, a predominance was found of low interleukin-10 producing genotypes, -592AA (36.3 percent vs. 21.4 percent) and -819TT (54.5 percent vs. 21.4 percent). In those cases, allele frequency analysis showed a greater allele T frequency for SNP -819 (p= 0.0470). The aspartate aminotransferase / platelet index was compatible with kidney fibrosis without cirrhosis in patients without a sustained virological response, and indicated an absence of liver injury in coinfected patients displaying a response. Conclusions: Results suggest that the variants evaluated of single-nucleotide polymorphisms of the interleukin-10 gene could be related to the sustained virological response and the pathogenesis of hepatitis C in the patients studied(AU)

Evaluación de una reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real simple y rápida para la cuantificación del ADN del virus de la hepatitis B / Evaluation of a simple and fast real time polymerase chain reaction assay for quantification of hepatitis B virus DNA

Introducción: Los ensayos para cuantificar el ADN del virus de la hepatitis B (VHB) o carga viral son imprescindibles en el diagnóstico y en el seguimiento de los pacientes con hepatitis B crónica; de ahí que estén disponibles estuches diagnósticos para esta función. En el presente estudio se muestra la validación de SUMASIGNAL VHB (un paso), el cual es un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RCP-TR) para la cuantificación del genoma del VHB, propuesto por el Centro de Inmunoensayo. Objetivo: Evaluar el desempeño analítico de SUMASIGNAL VHB (un paso). Métodos: Se utilizó un panel de 80 muestras de suero bien caracterizadas y el Tercer Estándar Internacional de la OMS para las técnicas de amplificación de ácidos nucleicos del virus de la hepatitis B. Se determinaron las características del ensayo como especificidad clínica, especificidad analítica (reactividad cruzada), rango lineal o linealidad y exactitud, precisión intraensayo y comparación con un ensayo de referencia. Resultados: La especificidad analítica y clínica fue del 100 por ciento. Al evaluar la linealidad y exactitud con un estándar de referencia de la OMS, se obtuvo que la totalidad de las diferencias entre los Log10 del valor obtenido y el de referencia resultaron inferiores a 0,5 Log10 (r= 0,9977 y r2= 0,9954). Además, se obtuvieron bajos coeficientes de variación intraensayo. La evaluación comparativa con el estuche comercial Artus HBV RG PCR kit mostró una correlación fuerte (r= 0,8882). Conclusiones: SUMASIGNAL VHB (un paso) es un ensayo fácil de realizar manualmente, es rápido e incluye reactivos de extracción de ácidos nucleicos. Teniendo en cuenta la validez del método para el uso previsto, puede ser recomendado para su introducción en el diagnóstico, la vigilancia y la indicación de tratamiento en los pacientes con hepatitis B crónica(AU)

Introduction: Assays to quantify hepatitis B virus (HBV) DNA or viral load are indispensable for the diagnosis and follow-up of patients with chronic hepatitis B, hence the availability of diagnostic kits for this purpose. The present study deals with the validation of HBV SUMASIGNAL (one step), a real time polymerase chain reaction (RT-PCR) system for quantification of the HBV genome proposed by the Immunoassay Center. Objective: Evaluate the analytical performance of HBV SUMASIGNAL (one step). Methods: Use was made of a panel of 80 well characterized serum samples and the Third WHO International Standard for hepatitis B virus nucleic acid amplification techniques. Determination was performed of assay characteristics such as clinical specificity, analytical specificity (cross-reactivity), linear range or linearity and accuracy, intra-assay precision and comparison with a reference assay. Results: Analytical and clinical specificity was 100 percent. Evaluation of linearity and accuracy with a WHO reference standard revealed that all the differences between the log10 of the value obtained and the reference value were lower than 0.5 log10 (r= 0.9977 and r2= 0.9954). The intra-assay variation coefficients obtained were low. Comparative evaluation with the commercial Artus HBV RG PCR kit showed a strong correlation (r= 0.8882). Conclusions: The assay HBV SUMASIGNAL (one step) is easy to conduct manually, fast and includes reagents for nucleic acid extraction. Based on the validity of the method for the use in mind, it may be recommended for incorporation into the diagnosis, surveillance and treatment of patients with chronic hepatitis B(AU)

Prevalencia de marcadores del virus de la hepatitis B en donantes de sangre cubanos / Prevalence of Hepatitis B virus markers in Cuban blood donors

Introducción: La incidencia de la hepatitis B en Cuba se redujo notablemente desde la incorporación de la vacuna cubana Heberbiovac HB. Objetivo: Determinar la prevalencia de marcadores del virus de la hepatitis B en donantes de sangre de tres provincias y la persistencia de los anticuerpos contra el antígeno de superficie de este virus en donantes nacidos posterior a la introducción de la vacuna cubana en el Programa Nacional de Inmunización. Métodos: Se aplicó el diseño de un estudio de prevalencia. Se incluyeron 433 donantes que acudieron a los bancos de sangre de las provincias La Habana, Villa Clara y Santiago de Cuba, entre enero y diciembre de 2018. Se detectaron los marcadores HBsAg, anti-HBc y anti-HBs; este último en donantes con edades entre 18 a 26 años. Se realizó la proteína C reactiva (PCR) en tiempo real para identificar la replicación viral en individuos positivos al HBsAgo al anti-HBc. Resultados: La prevalencia de HBsAg y de anti-HBc fue de 1,15 por ciento (5/433) y 7,85 por ciento (38/433), respectivamente. En los individuos nacidos después de la introducción de la vacuna, la prevalencia de HBsAg y anti-HBc fue 0 por ciento y 0,95 por ciento, respectivamente. El 36,1 9 por ciento (38/105) de estos donantes tenían niveles protectores de anti-HBs (≥ 10 UI/L). El ADN viral se detectó en un donante positivo al HBsAg y anti-HBc; no se identificó infección oculta por el virus de la hepatitis B. Conclusiones: La prevalencia del HBsAg es baja en donantes de sangre cubanos, con tendencia a ser nula en donantes nacidos después de la aplicación de la vacuna cubana Heberbiovac HB(AU)

Introduction: The incidence of hepatitis B in Cuba has decreased significantly since incorporation of Cuban vaccine Heberbiovac HB. Objective: To determine the prevalence of hepatitis B virus markers in blood donors from three provinces and the persistence of antibodies against surface antigen of this virus in blood donors born after introduction of Cuban vaccine in the National Immunization Program. Methods: The design of a prevalence study was applied. We included 433 donors who attended the blood banks of the provinces of Havana, Villa Clara and Santiago de Cuba, between January and December 2018.The HBsAg, anti-HBc and anti-HBs markers were detected; the latter was detected in donors aged 18-26 years. The real-time analysis of C-reactive protein (CRP) was performed to identify viral replication in individuals positive to HBsAg-positive and to anti-HBc. Results: The prevalence of HBsAg and anti-HBc was 1.15 percen t (5/433) and 7.85 percent (38/433), respectively. In individuals born after introduction of the vaccine, the prevalence of HBsAg and anti-HBc was 0 percent and 0.95 percent, respectively. 36.19 percent (38/105) of these donors had protective levels of anti-HBs (≥10UI/L). Viral DNA was detected in a donor positive to HBsAg and to anti-HBc. Hidden infection with the hepatitis B virus was not identified. Conclusions: The prevalence of HBsAg is low among Cuban blood donors, with a tendency to be null in donors born after application of Cuban vaccine Heberbiovac HB(AU)

Hepatitis B virus infection assessed 3 to 18 years after vaccination in Cuban children and adolescents born to HBsAg-positive mothers.

Thirty-two participants, aged between 3-18 years, born to hepatitis B surface antigen (HBsAg)-positive mothers and vaccinated at birth were analyzed for hepatitis B virus (HBV) infection. Overall, 56% had anti-HB titers ≥10 IU/L; five were positive for antibodies to the core antigen (anti-HBc), and two of these were also positive for HBsAg/DNA. One of the HBsAg/anti-HBc double-negative children presented with an unusual occult infection (HBV DNA-positive). No known vaccine escape mutations were detectable. Our data suggest that the vaccine protected 93.8% of children in this high-risk group against chronic HBV infection. Occult infections should be considered even in countries with low endemicity and high vaccination coverage.

Hepatitis E virus in bottlenose dolphins Tursiops truncatus.

Hepatitis E virus (HEV) infects several animal species that act as zoonotic reservoirs for viral transmission. Solid and liquid residues from infected animals could lead to HEV contamination of food and surface waters. Evidence of human HEV infection through ingestion of seafood (shellfish, mussels) has been reported. Dolphins generally feed on fish and squid but are able to adapt to an environment and consume whatever prey is available. Clinical signs of infected dolphins include lethargy, inappetence, behavioral aberrations and increased serum alanine aminotransferase (ALT). The dolphins examined in this study were maintained at the National Aquarium, Havana, Cuba. A total of 31 dolphins were evaluated for HEV markers. Sera were collected and screened for total immunoglobin (Ig) anti-HEV. Sera and liver homogenate were tested for HEV RNA by nested RT-PCR using primers targeting the open reading frame 1. Phylogenetic analysis was performed using partial nucleotide sequences at the amplified RNA-dependent RNA polymerase gene. Total anti-HEV Ig was detected in 32.2% (10 of 31), and 16.1% (5 of 31) of these dolphins were positive by both serology and HEV RNA testing. Nucleotide sequence analyses revealed that HEV strains identified in dolphins were genotype 3. This virus may represent an environmental contamination of food or wastewater as a source of HEV exposure and infection. Our findings provide evidence that HEV is associated with liver disorders in cetaceans and that it is advisable to screen for exposure of this virus in captive dolphins, particularly animals with elevated serum ALT or compromised liver function test results of undetermined cause.

Infección oculta por el virus de la hepatitis B en pacientes hemodializados cubanos / Occult hepatitis B virus infection in hemodialysis patients

Introducción: la infección oculta por el virus de la hepatitis B se caracteriza por la presencia en suero o plasma del genoma viral y anticuerpos contra la proteína de la cápsida (anti-HBc) en ausencia del marcador de infección.Objetivos: detectar la IOB en los pacientes hemodializados e identificar la posible relación de la IOB con la infección por el virus de la hepatitis C y variables sociodemográficas y epidemiológicas.Métodos: se estudiaron 709 muestras de pacientes provenientes de 18 unidades de hemodiálisis de Cuba. Se determinaron marcadores de infección, exposición e inmunidad al virus de la hepatitis B. Las muestras con HBsAg negativo, anti-HBc positivo y niveles de anti-HBs < 50 UI/L se les analizó la detección de ADN del virus de la hepatitis B y marcadores de lvirus de la hepatitis C.Resultados: las prevalencias de la infección y la exposición al virus de la hepatitis B fueron de 6,9 por ciento y 28,6 por ciento, respectivamente. El 4,3 por ciento de las muestras tuvieron criterio de infección oculta por el virus de la hepatitis B ; esta se detectó en el 58,1 por ciento (18/31) de los casos, con cargas virales menores de 105 UI/mL. La prevalencia global de infección oculta por el virus de la hepatitis B fue de 2,5 por ciento (18/709). No se encontró asociación significativa entre las variables analizadas.Conclusiones: la infección oculta por el virus de la hepatitis B fue frecuente en pacientes hemodializados con bajos niveles de anti-HBs, principalmente en aquellos con concentraciones no protectoras. Este estudio ratifica la necesidad de mantener la estrategia de prevención contra las hepatitis virales de transmisión parenteral en las unidades de diálisis(AU)

Introduction: occult hepatitis B virus infection is characterized by the presence of the viral genome and antibodies to the capside protein in serum or plasma (anti-HBc) that test negative for the infection marker.Objectives: to detect the occult hepatitis B virus in hemodialysis patients and to identify the possible relationship between occult hepatitis B infection and hepatitis C virus infection and the epidemiological and demographic variables.Methods: seventy thousand and nine serum samples from patients treated in 18 hemodialysis units were included. Serological markers for HBV infection, exposure and immunity were tested. Samples with negative HBsAg , positive anti-HBc and anti-HBs titers <50 IU/L were tested for detection of HBV-DNA and HCV markers.Results: the prevalence of HBV infection and exposure were 6.9 percent and 28.6 percent respectively. In the group, 4.3 percent of samples met occult hepatitis B infection criteria, the HBV-DNA was detected in 58.1 percent (18/31) of the samples, with viral loads below 105 IU/mL. Overall occult hepatitis B infection prevalence was 2.5 percent (18/709). There was no significant association among the analyzed variables.Conclusions: occult hepatitis B infection was frequent in hemodialysis patients with low levels of anti-HBs mainly in those with non protected titers. This study supports the need of keeping the prevention strategies against parenterally transmitted viral hepatitis in dialysis units(AU)

Infección oculta por el virus de la hepatitis B en pacientes hemodializados cubanos / Occult hepatitis B virus infection in hemodialysis patients

Introducción: la infección oculta por el virus de la hepatitis B se caracteriza por la presencia en suero o plasma del genoma viral y anticuerpos contra la proteína de la cápsida (anti-HBc) en ausencia del marcador de infección.Objetivos: detectar la IOB en los pacientes hemodializados e identificar la posible relación de la IOB con la infección por el virus de la hepatitis C y variables sociodemográficas y epidemiológicas.Métodos: se estudiaron 709 muestras de pacientes provenientes de 18 unidades de hemodiálisis de Cuba. Se determinaron marcadores de infección, exposición e inmunidad al virus de la hepatitis B. Las muestras con HBsAg negativo, anti-HBc positivo y niveles de anti-HBs < 50 UI/L se les analizó la detección de ADN del virus de la hepatitis B y marcadores de lvirus de la hepatitis C.Resultados: las prevalencias de la infección y la exposición al virus de la hepatitis B fueron de 6,9 por ciento y 28,6 por ciento, respectivamente. El 4,3 por ciento de las muestras tuvieron criterio de infección oculta por el virus de la hepatitis B ; esta se detectó en el 58,1 por ciento (18/31) de los casos, con cargas virales menores de 105 UI/mL. La prevalencia global de infección oculta por el virus de la hepatitis B fue de 2,5 por ciento (18/709). No se encontró asociación significativa entre las variables analizadas.Conclusiones: la infección oculta por el virus de la hepatitis B fue frecuente en pacientes hemodializados con bajos niveles de anti-HBs, principalmente en aquellos con concentraciones no protectoras. Este estudio ratifica la necesidad de mantener la estrategia de prevención contra las hepatitis virales de transmisión parenteral en las unidades de diálisis(AU)

Introduction: occult hepatitis B virus infection is characterized by the presence of the viral genome and antibodies to the capside protein in serum or plasma (anti-HBc) that test negative for the infection marker.Objectives: to detect the occult hepatitis B virus in hemodialysis patients and to identify the possible relationship between occult hepatitis B infection and hepatitis C virus infection and the epidemiological and demographic variables.Methods: seventy thousand and nine serum samples from patients treated in 18 hemodialysis units were included. Serological markers for HBV infection, exposure and immunity were tested. Samples with negative HBsAg , positive anti-HBc and anti-HBs titers <50 IU/L were tested for detection of HBV-DNA and HCV markers.Results: the prevalence of HBV infection and exposure were 6.9 percent and 28.6 percent respectively. In the group, 4.3 percent of samples met occult hepatitis B infection criteria, the HBV-DNA was detected in 58.1 percent (18/31) of the samples, with viral loads below 105 IU/mL. Overall occult hepatitis B infection prevalence was 2.5 percent (18/709). There was no significant association among the analyzed variables.Conclusions: occult hepatitis B infection was frequent in hemodialysis patients with low levels of anti-HBs mainly in those with non protected titers. This study supports the need of keeping the prevention strategies against parenterally transmitted viral hepatitis in dialysis units(AU)

Detección del genotipo 1d del virus de la hepatitis E en pacientes con sospecha de hepatitis viral aguda, Cuba 2013 / Detection of hepatitis E virus genotype 1d in patients with suspect of acute viral hepatitis in Cuba during 2013

Resumen Introducción El virus de la hepatitis E (VHE) se transmite, principalmente, por vía fecal-oral y es una de las principales causas de hepatitis viral aguda (HVA) en el mundo. En Cuba, a pesar de que este virus tiene un comportamiento endémico, no se relaciona a este patógeno al presentarse una hepatitis viral de trasmisión entérica. Objetivo Teniendo en cuenta que el VHE y el virus de la hepatitis A (VHA) comparten rutas de transmisión, nos propusimos estimar la incidencia de ésta infección (VHE), en muestras que se recibieron de todo el país durante el año 2013, cuyo criterio de inclusión fue la indicación médica de IgM anti-VHA. Materiales y Métodos Se empleó la RT-PCR específica para el marco abierto de lectura 2 (MAL2), con el propósito de detectar el ARN-VHE en las 422 muestras estudiadas. Los productos amplificados fueron purificados, secuenciados y analizados filogenéticamente con el programa MEGA6. Resultados La presencia de ARN-VHE se detectó en 8,53% (36/422) de las muestras estudiadas. El mayor índice de positividad se identificó en la región occidental del país, específicamente en La Habana con 5,45% (23/422). En total se diagnosticaron 5,21% (22/422) muestras positivas al marcador de IgM VHA; la detección simultánea de marcadores del VHA-VHE fue 13,88% (5/36). Los resultados demuestran una mayor incidencia del VHE con respecto al VHA (8,53% vs 5,21%) y el análisis filogenético mostró la circulación del genotipo 1, subgenotipo 1d del VHE. Conclusiones Se corroboró la endemicidad del VHE en nuestro país y, por primera vez, se identificó el subgenotipo 1d, variante africana asociada a casos esporádicos y brotes de hepatitis E.

Abstract Introduction Hepatitis E virus (HEV) is mainly transmitted by the fecal-oral route and is one of the most important causes of acute viral hepatitis (AVH) around the world. In Cuba, Despite of endemic behavior of HEV in Cuba, its causality is not associated when a picture of enteric acute hepatitis is suspected. Objective Taking into account the common transmission route of both HEV and HAV, our aim was to estimate the incidence of HEV infection in sera samples received throughout the country during 2013 where the IgM anti-HAV test was required by the Clinician. Materials and Methods A specific RT-PCR for open reading frame 2 (ORF2) was used to detect RNA-HEV in 422 sera. The amplified products corresponding to ORF2 were purified, sequenced and phylogenetically analyzed using MEGA6 software program. Results RNA-HEV was detected in 8.53% (36/422) of the samples. The highest rate of positivity was identified in the Western region of the country, specifically in Havana 5.45% (23/422). IgM anti-HAV was detected in 5.21% (22/422) and simultaneous detection of both HAV and HEV was found in 13.88% (5/36) of the samples. The results showed a higher incidence of HEV with respect to HAV (8.53% vs 5.21%) and phylogenetic analysis showed the circulation of genotype 1, subgenotype 1d of the HEV. Conclusions This study corroborated the endemicity of HEV and for the first time the subgenotype 1d, the African variant strain associated to outbreak of hepatitis E, is reported in viral hepatitis cases in Cuba.

Infección oculta por el virus de la hepatitis B en hijos de madres positivas al HBsAg / Occult hepatitis B virus infection in children born of HBsAg-positive mothers

La infección oculta por el virus de la hepatitis B (IOB), se caracteriza por la presencia en suero o plasma del genoma viral (ADN-VHB) y anticuerpos contra la proteína de la cúpside (anti-HBc) en ausencia del antígeno de superficie (HBsAg), marcador que tradicionalmente se emplea para identificar la presencia del virus. Con el objetivo de caracterizar la presencia de IOB en hijos de madres positivas al HBsAg, se estudiaron 291 muestras séricas de niños con la condición de ser HBsAg (-) y anticuerpos anti-HBsAg (anti-HBs) menores de 50 UI/L, conservadas en la seroteca del Laboratorio de Referencia Nacional de Hepatitis Virales. Se realizaron ensayos para determinar la exposición al virus (anti-HBc), a los sueros anti-HBc (+) se les realizó Reacción en Cadena de la Polimerasa en Tiempo Real (RCP-TR) para determinar y cuantificar el ADN-VHB. La prevalencia de exposición al VHB (anti-HBc) fue 16,8 por ciento (49/291). El ADN viral se cuantificó en el 14 por ciento (6/43) de los casos anti-HBc (+), observándose cargas virales que oscilaban entre 2,15 x 101 hasta 3,42 x 101 UI/mL. La prevalencia de la IOB para el total de los pacientes analizados fue 2,1 por ciento (6/291), considerada relativamente baja. No se encontró asociación significativa entre las variables sociodemográficas analizadas tales como: edad, sexo y provincia de procedencia. La IOB está presente en hijos de madres positivas al HBsAg, a pesar de la profilaxis contra la hepatitis B. Por lo tanto, se requiere de pesquisajes adecuados para detectar dicha entidad. Las implicaciones clínicas y epidemiológicas de la misma, requieren de un estrecho monitoreo y atención de estos pacientes. Este estudio se realiza por primera vez en Cuba y aporta conocimientos útiles para el diagnóstico, prevención y control de esta enfermedad en niños(AU)

The occult hepatitis B infection (OBI) is defined as the presence of hepatitis B virus (HBV) DNA and antibodies to core antigens of the HBV (anti-HBc) in the sera or in the plasma and the absence of hepatitis B surface antigen (HBsAg). The current study aimed to characterize the OBI in children born of HBsAg-positive mothers. Serum samples of 291 children with negative HBsAg and anti-HBs <50UI/L collected from all over the country with active-pasive immunization, were screened for anti-HBc antibodies. Those anti-HBc positive sera were subsequently tested by Real-Time Polymerase Chain Reaction to determine and quantify HBV-DNA levels and its correlation with socio-demographics data. The prevalence of anti-HBc positivity was 16.8 percent (49/291). HBV-DNA was detected in 14 percent of the examined cases with a low HBV viral load ranging from 2.15 to 3.42 x 101 UI/mL. The overall OBI prevalence rate was 2.1 percent (6/291). There were no statistically significant differences between the sociodemographic variables studied (age, sex and location). OBI is present among Cuban children born of HBsAg-positive mothers despite prophylaxis against hepatitis B. Therefore, sensitive screening assays for occult HBV infection must be considered and deserves an adequate clinical monitoring of these patients. This study is carried out for the first time in Cuba and makes a useful contribution to prevention and control of hepatitis B in children(AU)

Genetic Diversity of the Hepatitis B Virus Strains in Cuba: Absence of West-African Genotypes despite the Transatlantic Slave Trade.

Cuba is an HBsAg low-prevalence country with a high coverage of anti-hepatitis B vaccine. Its population is essentially the result of the population mix of Spanish descendants and former African slaves. Information about genetic characteristics of hepatitis B virus (HBV) strains circulating in the country is scarce. The HBV genotypes/subgenotypes, serotypes, mixed infections, and S gene mutations of 172 Cuban HBsAg and HBV-DNA positive patients were determined by direct sequencing and phylogenetic analysis. Phylogenetic analysis of HBV S gene sequences showed a predominance of genotype A (92.4%), subgenotype A2 (84.9%) and A1 (7.6%). Genotype D (7.0%) and subgenotype C1 (0.6%) were also detected but typical (sub)genotypes of contemporary West-Africa (E, A3) were conspicuously absent. All genotype A, D, and C strains exhibited sequence characteristics of the adw2, ayw2, and adrq serotypes, respectively. Thirty-three (19.1%) patients showed single, double, or multiple point mutations inside the Major Hydrophilic domain associated with vaccine escape; eighteen (10.5%) patients had mutations in the T-cell epitope (amino acids 28-51), and there were another 111 point mutations downstream of the S gene. One patient had an HBV A1/A2 mixed infection. This first genetic study of Cuban HBV viruses revealed only strains that were interspersed with strains from particularly Europe, America, and Asia. The absence of genotype E supports previous hypotheses about an only recent introduction of this genotype into the general population in Africa. The presence of well-known vaccine escape (3.5%) and viral resistance mutants (2.9%) warrants strain surveillance to guide vaccination and treatment strategies.