Correction to: Sequence analysis of nucleoprotein gene reveals the co-circulation of lineages and sublineages of rabies virus in herbivorous in Rio Grande do Sul state, Brazil.

Discussion section, 9th paragraph.

Sequence analysis of nucleoprotein gene reveals the co-circulation of lineages and sublineages of rabies virus in herbivorous in Rio Grande do Sul state, Brazil.

An unprecedented outbreak of rabies occurred in Rio Grande do Sul state (RS) from 2012 onward, resulting in thousands of bovine deaths, important economic losses, and posing risk to human health. This article describes a genetic analysis of 145 rabies viruses (RABV) recovered from herbivorous from RS between 2012 and 2017, based on partial sequence analysis of the nucleoprotein (N) gene. High nucleotide (nt) identity (95.5 to 100%) and amino acid (aa) similarity (96.7 to 100%) were observed among the analyzed sequences. These sequences displayed a high sequence nt identity/aa similarity with bovine RABV sequences (96.4-97.9%; 98.1-100%, respectively) and vampire bat RABV sequences (96.3-97.5%; 97.8-99.5%). Phylogenetic analyzes based on the N sequence allowed for the segregation of viruses into two distinct clusters. Cluster 1 comprised RABV sequences covering the whole studied period, whereas cluster 2 grouped a lower number of viruses from 2013, 2014, 2015, to 2017. In some cases, viruses obtained from the same region within a short period of time grouped to distinct clusters or sub-clusters, indicating the co-circulation of distinct virus lineages in these outbreaks. The segregation into sub-clusters was also observed for viral sequences obtained from the same region at different times, indicating the involvement of distinct viruses. In summary, partial sequence analyses revealed a high conservation of N protein and the circulation of two lineages and different sublineages of RABV in the region. In addition, our results confirm the suitability of N gene to study the genetic relationships among RABV isolates.

Phylogenetic analysis of rabies viruses isolated from cattle in southern Brazil.

Bats and dogs are the main reservoirs of rabies virus (RABV) in Latin America and are responsible for the maintenance of different cycles of infection. In the two neighbour and most southern Brazilian states of Rio Grande do Sul (RS) and Santa Catarina (SC), rabies in dogs has been successfully controlled for more than 30 years. However, rabies associated to the rural cycle remains endemic, with a significant, though oscillating-annual incidence of rabies in cattle. Despite the plethora of studies on genetic analyses of Brazilian RABV, isolates from southern Brazil have only scarcely been investigated. This work was performed to identify the genetic lineages of RABVs circulating in states of RS and SC. Fifty-nine RABV cattle isolates from RS and SC were selected and submitted to reverse transcription/polymerase chain reaction (RT-PCR) followed by sequencing of the nucleoprotein gene. In RS, the circulation of two sublineages (1A and 1B) of RABV was detected, both with characteristics of lineages usually detected in vampire bats (Desmodus rotundus). In SC, only one sublineage of RABV (1B) was detected. Nevertheless, the findings reported here are expected to contribute to the understanding of the biology of the virus in the region and its interactions with the natural host D. rotundus.

Diagnóstico de raiva no Rio Grande do Sul, Brasil, de 1985 a 2007 / Rabies diagnosis in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, from 1985 to 2007

São apresentados os resultados de 23 anos de diagnósticos de raiva realizados no Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, no Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Entre os anos de 1985 e 2007, um total de 23.460 amostras foram diagnosticadas no laboratório, compreendendo cerca de 95 por cento do número total de amostras submetidas ao diagnóstico laboratorial de raiva no Estado. A metodologia utilizada seguiu técnicas padrões como a imunofluorescência direta (IFD) e inoculação em camundongos (IC). Não ocorreram casos de raiva humana no período. O vírus rábico (VR) foi detectado em 739 (3,1 por cento) amostras, sendo 656 (88,7 por cento) de origem bovina. O vírus foi também identificado em 23 caninos (3,1 por cento), 21 eqüinos (2,9 por cento), 29 quirópteros (4,0 por cento), 4 felinos (0,5 por cento), 3 ovinos (0,4 por cento), 2 suínos (0,27 por cento) e em um animal selvagem de espécie indeterminada (0,13 por cento). O último caso de raiva em cães associado com variantes do vírus endêmicas nessa espécie foi diagnosticado em 1988. Dois episódios de contaminação incidental registrados em um felino em 2001 e em um canino em 2007, associados com variantes do vírus prevalentes em morcegos. Em relação à raiva bovina, os dados aqui apresentados revelam uma marcante diminuição no número de casos de raiva nessa espécie, em comparação com registros prévios. Por outro lado, um aumento no número de casos de raiva em morcegos hematófagos e não hematófagos vem sendo observado; no entanto, não é possível associar este aumento com modificações nas relações vírus/hospedeiro, pois o número de morcegos submetidos para diagnóstico tem igualmente aumentado. Isto provavelmente reflete o aumento do conhecimento sobre o papel de morcegos no ciclo de transmissão, e não necessariamente alterações no vírus e/ou nos hospedeiros.(AU)

The results of 23 years of rabies diagnosis carried out at the Veterinary Research Institute Desidério Finamor, in the state of Rio Grande do Sul, RS, Brazil, are reported. From 1985 to 2007, a total of 23.460 specimens were examined, corresponding to 95 percent of the total number of samples submitted to rabies laboratory diagnosis notified within the state. Diagnostic methods included standard techniques such as the fluorescent antibody test (FAT) and mouse inoculation test (MIT). No cases of human rabies occurred in the period. Rabies virus (RV) was detected in 739 specimens (3.1 percent), from which 656 (88.7 percent) were from cattle. The virus was also identified in specimens from 23 dogs (3.1 percent), 21 horses (2.9 percent), 29 bats (4.0 percent), 4 cats (0.5 percent), 3 sheep (0.4 percent), 2 pigs (0.27 percent) and a wild animal of undetermined species (0.13 percent). The last case of rabies associated with a canine variant was diagnosed in 1988. Two cases of rabies associated with bat variant viruses were reported, in a domestic cat (2001) and in a dog (2007). In cattle, a marked tendency to a decrease in the number of cases was detected in the examined period. In contrast, an increase in the number of cases in haematophagous as well as in non haematophagous bats is noticed. However, as the number of bat specimens submitted for diagnosis has increased, this finding most likely reflects a higher degree of awareness on the possible role for bats in the rabies transmission cycle, rather than any particular changes on the virus or its hosts.(AU)

Rotavírus em suínos na regiäo sul do Brasil / Rotavirus in swine in the southern region of Brazil

A ocorrência de infecçäo por rotavírus foi estudada em granjas de suínos acometidos de diarréia em 32 propriedades de 22 municípios do Rio Grande do Sul e Santa Catarina. De um total de 231 amostras fecais coletadas de leitöes na faixa etária de 1 a 60 dias, 43 (18,6%) foram positivas pela técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) e 42 (17,7%) pelo ensaio imunoenzimático (ELISA). Com a exceçäo de um caso, os eletroforotipos observados foram consistentes com a descriçäo dos rotavírus "clássicos" do grupo A. Em 5 amostras o rotavírus foi detectado por ELISA e näo por PAGE, enquanto que a situaçäo inversa ocorreu em 7 casos. Estudos com diluiçöes de fezes positivas demonstraram que as discrepâncias observadas provavelmente näo foram devidas a diferenças nas concentraçöes de vírus. A presença de IgG foi verificada em uma amostra PAGE positiva ELISA negativa, sugerindo a presença de complexos imunes que poderiam ser a causa de discrepâncias entre os métodos de diagnóstico. Exames bacteriológicos e parasitológicos em 75 amostras revelaram a presença de Escherichia coli enteropatogênica em 8 (8%). Em nenhum caso foram detectados parasitos. Em somente um caso E. coli foi encontrada em associaçäo com rotavírus, que clinicamente mostrou maior gravidade do que nos demais. A distribuiçäo da infecçäo por faixas etárias revelou que 79% dos casos foram verificados em animais de 15 a 30 dias