RESUMEN
Studies about the evolution of SARS-CoV-2 lineages in different backgrounds such as naive populations are still scarce, especially from South America. This work aimed to study the introduction and diversification pattern of SARS-CoV-2 during the first year of the COVID-19 pandemic in the Northwestern Argentina (NWA) region and to analyze the evolutionary dynamics of the main lineages found. In this study, we analyzed a total of 260 SARS-CoV-2 whole-genome sequences from Argentina, belonging to the Provinces of Jujuy, Salta, and Tucumán, from March 31st, 2020, to May 22nd, 2021, which covered the full first wave and the early second wave of the COVID-19 pandemic in Argentina. In the first wave, eight lineages were identified: B.1.499 (76.9%), followed by N.5 (10.2%), B.1.1.274 (3.7%), B.1.1.348 (3.7%), B.1 (2.8%), B.1.600 (0.9%), B.1.1.33 (0.9%) and N.3 (0.9%). During the early second wave, the first-wave lineages were displaced by the introduction of variants of concern (VOC) (Alpha, Gamma), or variants of interest (VOI) (Lambda, Zeta, Epsilon) and other lineages with more limited distribution. Phylodynamic analyses of the B.1.499 and N.5, the two most prevalent lineages in the NWA, revealed that the rate of evolution of lineage N.5 (7.9 × 10-4 substitutions per site per year, s/s/y) was a â¼40% faster than that of lineage B.1.499 (5.6 × 10-4 s/s/y), although both are in the same order of magnitude than other non-VOC lineages. No mutations associated with a biological characteristic of importance were observed as signatures markers of the phylogenetic groups established in Northwestern Argentina, however, single sequences in non-VOC lineages did present mutations of biological importance or associated with VOCs as sporadic events, showing that many of these mutations could emerge from circulation in the general population. This study contributed to the knowledge about the evolution of SARS-CoV-2 in a pre-vaccination and without post-exposure immunization period.
RESUMEN
INTRODUCCIÓN: Citomegalovirus (CMV) es agente causal de infección congénita en todo el mundo con gran impacto socioeconómico, dado que produce pérdida de audición en la niñez y retraso del neurodesarrollo. No existen aún tratamientos con eficacia comprobada para todos los grupos de pacientes, ni se ha licenciado una vacuna segura y eficaz; tampoco se ha logrado consenso respecto al screening universal. Los objetivos de este trabajo fueron estimar la prevalencia de infección congénita por CMV y seroprevalencia materna en Tucumán y comparar si existen diferencias en las variables estudiadas según un índice de carencias y tipo de institución (pública o privada). MÉTODOS: Se realizó un estudio observacional de corte transversal. Se reclutaron 201 binomios recién nacido (RN)/madre de 8 maternidades del subsector público y privado. Se obtuvieron muestras de suero de la madre y orina del RN y se completó una Ficha de Recolección de Datos. Se utilizó PCR en tiempo real para la detección de genoma viral en muestras de orina de los RN y se realizó detección de IgG anti-CMV en el suero de las madres. RESULTADOS: Se obtuvo una prevalencia estimada de infección congénita por CMV de 0,5% y una seroprevalencia materna de 96,9%. Se encontraron diferencias según índice de carencias y tipo de institución. DISCUSIÓN: La frecuencia de infección congénita fue baja, comparada con la seroprevalencia materna. Algunas de las variables estudiadas evidencian mayor vulnerabilidad en el sector público
Asunto(s)
Orina , Estudios Seroepidemiológicos , Epidemiología , Infecciones por CitomegalovirusRESUMEN
INTRODUCCIÓN Citomegalovirus (CMV) es un agente causal de infección congénita en todo el mundo con un gran impacto socio-económico, dado que es una causa común de pérdida de audición en la niñez, así como un importante productor de retraso en el neuro-desarrollo. Sin embargo, este hecho es, en general, poco considerado, aunque en los últimos años se ha puesto énfasis en su estudio, dado que todavía no existen tratamientos con eficacia comprobada para todos los grupos de pacientes, ni se ha licenciado una vacuna segura y eficaz. OBJETIVOS Determinar la prevalencia estimada de infección congénita por CMV y la seroprevalencia materna en la provincia de Tucumán, ubicada en la región Noroeste de Argentina, y describir variables socioeconómicas de la población estudiada. Se busca aportar información sobre la epidemiología de CMV en la región y alertar a la comunidad médica y población general sobre esta condición silenciosa, que representa a largo plazo un importante problema de salud pública. METODOLOGÍA Se realizó un estudio observacional de corte transversal, en el que se reclutaron de manera aleatoria 201 binomios recién nacido/madre de 8 maternidades, por un período de 10 meses. Se utilizó PCR en Tiempo Real para la detección de genoma viral de CMV en muestras de orina tomadas en la primera semana de vida del recién nacido y se realizó detección de IgG anti-CMV en suero de sus respectivas madres. RESULTADOS Se obtuvo una prevalencia estimada de infección congénita por CMV de 0,5%, y una seroprevalencia materna de 96,95%. DISCUSIÓN La frecuencia encontrada de infección congénita puede considerarse un valor bajo, si se compara con la alta prevalencia materna de CMV en esta población. Podría considerarse que, a diferencia de lo reportado en la bibliografía, en esta población, la alta tasa de seroprevalencia actuaría como un factor de protección, más que como factor de riesgo para la infección de las madres durante el embarazo y transmisión vertical
