Rapid identification of Mycobacterium tuberculosis in cultures by molecular and immunological methods / Identificação rápida de Mycobacterium tuberculosis em culturas por método molecular e método imunológico

Objective: The study aimed to evaluate molecular and immunological methods and to propose a workflow using them for tuberculosis (TB) diagnosis routine. Methods: A cross-sectional retrospective study was performed, including 121 liquid cultures from a TB laboratory located in the extreme south of Brazil. All cultures were positive for Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) by in-house Polymerase Chain Reaction (PCR) using DNA extracted by the CTAB method (PCR-CTAB) for IS6110 detection. These cultures were subjected to faster tests than this one, the immunological MPT64 assay and the PCR using DNA extracted by thermal lysis method (PCR-TL), and these were evaluated for MTBC identification using PCR-CTAB as a reference method. Results: The sensitivity of MPT64 assay and PCR-TL to identify MTBC in positive cultures by PCR-CTAB were 73.6% (89/121) and 98.3% (119/121), respectively. We proposed a workflow based on the use of MPT64 assay in liquid cultures suggestive of MTBC, and in case of a negative result, we suggest the performance of PCR-TL. The PCR-CTAB is suggested only if faster tests are negative. Conclusions: Methods capable of confirming MTBC in cultures should continue to be standardized, tested, and optimized to meet the ideal requirements of simplicity, quickness, and effectiveness. The molecular and immunological methods evaluated have differences in the execution and detection of MTBC in cultures, but they are rapid tools for laboratory TB diagnosi

Objetivos: O estudo objetivou avaliar métodos molecular e imunológico e propor um fluxo de trabalho utilizando-os para a rotina de diagnóstico da tuberculose (TB). Métodos: Foi realizado um estudo transversal retrospectivo, incluindo 121 culturas líquidas de um laboratório de TB localizado no extremo sul do Brasil. Todas as culturas foram positivas para o complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB) por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) in-house para detecção do IS6110, usando DNA extraído pelo método CTAB (PCR-CTAB). Essas culturas foram submetidas a testes mais rápidos que este, o ensaio imunológico MPT64 e a PCR com DNA extraído pelo método de lise térmica (PCR-LT), e estas foram avaliadas para identificação de CMTB usando PCR-CTAB como método de referência. Resultados: A sensibilidade do ensaio MPT64 e da PCR-LT para identificar o CMTB em culturas positivas pela PCRCTAB foi de 73,6% (89/121) e 98,3% (119/121), respectivamente. Propusemos um fluxo de trabalho baseado no uso do ensaio MPT64 em culturas líquidas sugestivas de CMTB e, em caso de resultado negativo, sugerimos a realização de PCR-LT. Sugere-se a PCR-CTAB apenas se os testes mais rápidos forem negativos. Conclusões: Os métodos capazes de confirmar o CMTB em culturas devem continuar sendo padronizados, testados e otimizados para atender aos requisitos ideais de simplicidade, rapidez e eficácia. Os métodos molecular e imunológico avaliados apresentam diferenças na execução e detecção do CMTB em culturas, mas são ferramentas rápidas para o diagnóstico laboratorial da TB.

Impact of the COVID-19 pandemic on laboratory diagnosis of tuberculosis in southern Brazil / Impacto da pandemia de COVID-19 no diagnóstico laboratorial de tuberculose no sul do Brasil / Impacto de la pandemia COVID-19 en el diagnóstico de laboratorio de la tuberculosis en el sur de Brasil

Background and objectives: to understand the impact of the COVID-19 pandemic on tuberculosis (TB) diagnosis in different settings is essential to guide the establishment of appropriate TB control strategies. This study aimed to assess the influence of COVID-19 pandemic in laboratory diagnosis of TB in patients tested and diagnosed for TB. Methods: a data survey was carried out in the database of laboratories that perform TB diagnosis for the public health system in Rio Grande city (Rio Grande do Sul, Brazil). Results: there was a decrease of 1,368 to 735 (reduction of 46.3%) in the number of patients tested for TB in public diagnostic services in 2019 and 2020, respectively, and a decrease of 197 to 119 (reduction of 39.6%) in the number of new TB cases diagnosed. In contrast, the positivity rate was 14.4% in 2019 and 16.2% in 2020. Moreover, it was observed that the laboratory that performs the diagnostic service for Primary Health Care was the most affected, when compared to Tertiary Health Care. Conclusion: as a consequence of measures to control the spread of SARS-CoV-2, there was a reduction in TB testing and in the detection of new cases, especially in Primary Health Care, where patients with less need for hospitalization are received.(AU)

Justificativa e objetivos: compreender o impacto da pandemia COVID-19 no diagnóstico da tuberculose (TB) em diferentes locais é essencial para orientar o estabelecimento de estratégias adequadas de controle da TB. O objetivo deste estudo foi avaliar a influência da pandemia de COVID-19 no diagnóstico laboratorial de TB, em pacientes testados e diagnosticados com TB. Métodos: foi realizado um levantamento de dados no banco de dados de laboratórios que realizam diagnóstico de TB para o sistema público de saúde na cidade de Rio Grande (Rio Grande do Sul, Brasil). Resultados: houve redução de 1.368 para 735 (redução de 46,3%) no número de pacientes testados para TB nos serviços públicos de diagnóstico em 2019 e 2020, respectivamente, e redução de 197 para 119 (redução de 39,6%) no número de novos casos de TB diagnosticados. Em contrapartida, a taxa de positividade foi de 14,4% em 2019 e 16,2% em 2020. Além disso, observou-se que o laboratório que realiza o serviço de diagnóstico para a Atenção Primária à Saúde foi o mais afetado, quando comparado com a Atenção Terciária à Saúde. Conclusão: como consequência das medidas de controle da disseminação do SARS-CoV-2, houve redução na testagem de TB e na detecção de novos casos, principalmente na atenção primária à saúde, onde são recebidos pacientes com menor necessidade de internação.(AU)

Justificación y objetivos: comprender el impacto de la pandemia Covid-19 en el diagnóstico de tuberculosis (TB) en diferentes lugares es fundamental para orientar el establecimiento de estrategias adecuadas de control de la TB. El objetivo de este estudio fue evaluar la influencia de la pandemia de COVID-19 en el diagnóstico de laboratorio de TB, en términos de pacientes examinados y diagnosticados de TB. Métodos: los datos fueron recolectados de la base de datos de los laboratorios que realizan el diagnóstico de TB para el sistema público de salud en la ciudad de Rio Grande (Rio Grande do Sul, Brasil). Resultados: hubo una reducción de 1.368 a 735 (reducción del 46,3%) en el número de pacientes sometidos a pruebas de TB en los servicios públicos de diagnóstico en 2019 y 2020, respectivamente, y una reducción de 197 a 119 (reducción del 39,6%) en el número de nuevos casos de TB diagnosticados. Por otro lado, la tasa de positividad fue de 14,4% en 2019 y 16,2% en 2020. Además, se observó que el laboratorio que realiza el servicio de diagnóstico para la Atención Primaria de Salud fue el más afectado, en comparación con la Atención Terciaria de Salud. Conclusiones: como consecuencia de las medidas para el control de la propagación del SARS-CoV-2, hubo una reducción en las pruebas de TB y en la detección de nuevos casos, especialmente en la Atención Primaria de Salud, donde se encuentran los pacientes con menor necesidad de hospitalización.(AU)