Inactivación del virus Zika con medio de transporte de ácidos nucleicos, potencialmente aplicable a muestras clínicas para el diagnóstico molecular de SARS-CoV-2 / Inactivation of Zika virus with nucleic acids transport media, potentially applicable to clinical samples for the molecular diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Introducción: Los medios de colecta de muestras clínicas con capacidad de desnaturalizar virus reducen los riesgos de contagio durante el transporte y procesamiento. Objetivo: Emplear el medio de transporte de ácidos nucleicos (TAN) en muestras de exudado nasofaríngeo colectadas para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Métodos: Se realizó un estudio experimental para demostrar la capacidad del medio de inactivar la infectividad viral. Se tomó como modelo de virus envuelto el virus Zika (VZk), cuyo nivel de bioseguridad es 2. Se evaluó el desempeño clínico del medio TAN para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Se empleó una cepa del VZk propagada en la línea celular Vero y, previo a la infección de las células, el VZk se puso en contacto a intervalos de tiempo diferentes (2; 15 y 30 min) con el medio TAN puro; y luego se realizaron diluciones seriadas (10-1-10-4). La inactivación viral se evaluó por RT-PCR, en el sobrenadante y células colectadas, al culminar el periodo de propagación. El desempeño clínico del medio TAN se estimó tomando como referencia el CITOSWAB® VTM, en 30 exudados nasofaríngeos colectados para diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2. Resultados: El VZk preservó su infectividad a diluciones del inóculo ≥ 10-2, independientemente del tiempo de contacto. La sensibilidad y especificidad clínica del medio TAN para el diagnóstico de SARS-CoV-2 fueron del 100 %, respectivamente. Conclusiones: Los resultados sugieren que muestras clínicas positivas a VZk en diluciones ≤ 10-1 del medio TAN pueden ser manipuladas de forma segura, lo que pudiera aplicarse potencialmente al diagnóstico molecular del SARS-CoV-2.

ABSTRACT Introduction: Collection media of clinical samples with the capacity to denature viruses reduce the risk of contagion during transportation and processing. Objective: To use the nucleic acids transport media (NATM) in nasopharyngeal swab samples collected for the diagnosis of SARS-CoV-2. Methods: An experimental study was conducted to demonstrate the medium capacity to inactivate viral infectivity. Zika virus (ZIKV), of biosafety level 2, was used as an enveloped virus model. The clinical performance of the NATM for the diagnosis of SARS-CoV-2 was evaluated. A ZIKV strain propagated in the Vero cell line was used and, prior to cells infection, ZIKV was in contact at different intervals (2; 15, and 30 min) with pure NATM; subsequently, serial dilutions (10-1-10-4) were performed. Viral inactivation was evaluated by RT-PCR in the supernatant and the collected cells when the propagation period was completed. CITOSWAB® VTM was used as reference to estimate the clinical performance of the NATM in 30 nasopharyngeal swabs collected for the diagnosis of SARS-CoV-2 infection. Results: ZIKV remained infectious at inoculum dilutions of ≥ 10-2, regardless of contact time. Clinical specificity and sensitivity of the NATM for the diagnosis of SARS-CoV-2 were 100%, respectively. Conclusions: Results suggest that ZIKV positive clinical samples at dilutions ≤ 10-1 of the NATM can be safely handled, which could potentially be applied to the molecular diagnosis of SARS-CoV-2.

Uso de solución salina hipertónica al 3 por ciento en niños con bronquiolitis aguda / Usage of 3 percent Hypertonic Saline Solution in Children with Acute Bronchitis

Introducción: La bronquiolitis aguda es la infección del tracto respiratorio inferior más frecuente en el lactante. Tiene una incidencia anual del 10 por ciento en los lactantes y una tasa de ingreso de entre el 2 y el 5 por ciento con un incremento importante en los últimos años. Objetivo: Determinar la efectividad del uso de solución salina hipertónica al 3 por ciento nebulizada en pacientes con bronquiolitis aguda. Métodos: Se realizó un estudio analítico longitudinal prospectivo de tipo casos y controles. El universo estuvo constituido por 132 pacientes distribuidos en 66 casos y 66 controles. Resultados: La edad media fue de 3,6 ± 2,5 meses. Los sibilantes se hallaron en 129 pacientes, lo que representó el 97,7 por ciento. Se encontró una estadía hospitalaria media de 3,19 ± 1,41 días en los casos, mientras que en los controles se encontró una media de 4,97 ± 1,77 días, diferencia que resultó altamente significativa (p < 0,001). Conclusiones: Aunque los pacientes tratados con solución salina hipertónica al 3 por ciento necesitaron más días con oxigenoterapia, el tratamiento resultó ser efectivo al mostrar una menor estadía hospitalaria y un menor número de complicaciones en pacientes con bronquiolitis aguda(AU)

Introduction: Acute bronchiolitis is the most frequent lower respiratory tract infection in the infant. It has a yearly incidence of 10 percent in infants and an admission rate of 2 percent to 5 percent, with a significant increase in recent years. Objective: To determine the effectiveness of nebulized 3 percent hypertonic saline solution treatment in patients with acute bronchiolitis. Methods: A prospective, longitudinal and analytical study of case-control design was carried out. The universe consisted of 132 patients distributed into 66 cases and 66 controls. Results: The mean age was 3.6±2.5 months. Wheezing was found in 129 patients, accounting for 97.7 percent. A mean hospital stays of 3.19±1.41 days was found in cases, while a mean of 4.97±1.77 days was found in controls, a difference that was highly significant (P<0.001). Conclusions: Although patients treated with 3 percent hypertonic saline solution required more days with oxygen therapy, the treatment proved to be effective by showing a shorter hospital stay and a lower number of complications in patients with acute bronchiolitis(AU)

Síndrome coqueluchoide y tosferina

RESUMEN Introducción: El síndrome coqueluchoide es una causa frecuente de ingreso y no siempre se descarta a la Bordetella pertussis como su origen. Objetivo: Identificar la etiología infecciosa en niños ingresados con síndrome coqueluchoide/coqueluche y su relación con el estado de la vacunación. Métodos: Estudio descriptivo, transversal, en 120 niños hasta 10 años de edad con diagnóstico de síndrome coqueluchoide ingresados en el Servicio de Neumología del Hospital Pediátrico "Juan Manuel Márquez", entre enero 2010 y septiembre 2012. Se evaluó la edad, sexo, evolución, resultados de reacción en cadena de la polimerasa y cultivo para virus, bacterias y micoplasmas en muestras obtenidas al ingreso, procesadas en el Instituto de Medicina Tropical, además, cumplimiento de vacunación antipertussis. Las variables cualitativas se describieron mediante frecuencias absolutas y porcentajes; para evaluar la relación tos ferina e incumplimiento de la vacunación se empleó la prueba Ji cuadrada con un nivel de significación de p≤ 0,05. Resultados: Predominaron los menores de un año (69,2 %) y el sexo femenino (55%). Bordetella pertussis se aisló en 71 casos (59,2 %); más frecuente en menores de 6 meses (59,7 %) y en niños con vacunación incompleta (80 %), pero no fue significativa la diferencia con los casos no pertussis (p=0,214).Existió coinfección con virus y micoplasmas (54-76 %). La etiología viral predominó en los restantes 49; rinovirus fue el más representado en general. Falleció una recién nacida con neumonía por B pertussis. Conclusiones: Ante un síndrome coqueluchoide debemos siempre tener presente la posibilidad de tos ferina, sobre todo en niños pequeños con vacunación incompleta.

ABSTRACT Introduction: Coqueluchoid syndrome is a frequent cause of admission and Bordetella pertussis is not always ruled out as its origin. Objective: Identify the infectious etiology in children admitted with coqueluchoid/coqueluche syndrome and its relationship with vaccination status. Methods: A descriptive, cross-sectional study was conducted in 120 children up to 10 years of age diagnosed with coqueluchoid syndrome admitted to the Pulmonology Service of "Juan Manuel Márquez" Children's Hospital between January 2010 and September 2012. Age, sex, evolution, polymerase chain reaction results and culture for viruses, bacteria and mycoplasmas were evaluated in samples obtained at admission, processed at the Institute of Tropical Medicine ; in addition to the compliance with anti-pertussis vaccination. Qualitative variables were described by absolute frequencies and percentages; to evaluate the ratio of whooping cough and non-compliance with vaccination, the Ji square test was used with a significance level of p≤ 0.05. Results: Children under one year of age (69.2%) and female sex (55%) predominated. Bordetella pertussis was isolated in 71 cases (59.2%); it was more frequent in children under 6 months (59.7%) and in children with incomplete vaccination (80%), but the difference with non-pertussis cases was not significant (p= 0.214). There was co-infection with viruses and mycoplasmas (54-76%). Viral etiology predominated in the remaining 49; rhinovirus was the most represented overall. A newborn died with B. pertussis pneumonia. Conclusions: In the face of a coqueluchoid syndrome we must always keep in mind the possibility of whooping cough, especially in young children with incomplete vaccination.

Performance evaluation of Elecsys SARS-CoV-2 Antigen immunoassay for diagnostic of COVID-19.

One of the challenges for control and prevention of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection is the early diagnostic at the point of care. Several tests based on qualitative antigen detection have been developed; one of these is Elecsys SARS-CoV-2 Antigen immunoassay (Roche Diagnostics). In total, 523 nasopharyngeal swabs were randomly selected with the aims to evaluate sensitivity, specificity, cross-reactivity, positive and negative predictive value (PPV, NPV), and agreement of Elecsys SARS-CoV-2 Antigen immunoassay using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) STAT-NAT® coronavirus disease-2019 as reference test. Cross-reactivity was estimated using samples positive by RT-PCR to other respiratory viruses (influenza virus, parainfluenza virus, rhinovirus, coronavirus OC43, and HKU1). The overall sensitivity of Elecsys SARS-CoV-2 Antigen was 89.72% (288/321); specificity was 90.59% (183/202); and cross-reactivity to other respiratory viruses were not detected. Elecsys SARS-CoV-2 Antigen immunoassay showed a high sensitivity in samples with cycle threshold value <30, which ranged from 92.81% to 95.40%, independently of symptoms. PPV and NPV were 93.81% and 84.72%, respectively. The κ coefficient was 0.79 (95% confidence interval: 0.73-0.84), showing substantial agreement between both tests. The results suggest Elecsys SARS-CoV-2 Antigen immunoassay could be used as an alternative to RT-PCR testing, or in complement with it, to identify infectious individuals and reduce SARS-CoV-2 transmission.

Evaluation of seven SARS-CoV-2 rapid IgM/IgG tests

RESUMEN Introducción: A finales de 2019, se detectó un nuevo coronavirus en China que provocó una enfermedad respiratoria aguda conocida como COVID-2019. Objetivo: Evaluar siete sistemas comerciales para la detección rápida de anticuerpos para determinar su sensibilidad, especificidad y robustez en nuestras condiciones para ser utilizados por el Sistema Nacional de Salud. Métodos: Se evaluaron siete sistemas para la detección de anticuerpos IgM/IgG. Se conformó un panel de evaluación con muestras de individuos negativos, sueros de otras afecciones previas a la pandemia y de pacientes positivos con la enfermedad. Resultados: Las cifras de sensibilidad general oscilan entre el 25 % y el 88 %, siendo los sistemas Realy Tech y Deep Blue los que mostraron los mejores resultados. La especificidad para ambos fue del 100 %. La tasa de IgM positiva según Realy Tech o Deep Blue aumentó a 94,1 % o 81,8 % en la etapa tardía de la enfermedad. Conclusiones: Los sistemas Realy Tech y Deep Blue detectaron IgM/IgG en suero y en sangre total con adecuada sensibilidad y especificidad. La reactividad cruzada no parece ser un problema. La serología en el caso de COVID-19 no puede utilizarse como diagnóstico pero permite a la vigilancia epidemiológica conocer el estado inmunológico de las poblaciones. Es fundamental analizar la respuesta inmune frente a la infección para realizar la caracterización epidemiológica y potencialmente informar el riesgo individual de futuras enfermedades y el estudio de posibles vacunas.

ABSTRACT Introduction: In late 2019, a new coronavirus was detected in China causing an acute respiratory illness known as COVID-2019. Objective: Evaluate seven commercial systems for the rapid detection of antibodies to determine their sensitivity, specificity and robustness in our conditions to be used by the National Health System. Methods: Seven systems were evaluated for the detection of IgM/IgG antibodies. Evaluation panel with samples from negative individuals, sera from other pathologies prior to the pandemic and from positive patients with the disease were conformed. Results: General sensitivity figures range between 25 and 88%, with the Realy Tech and Deep Blue systems showed the best results. The specificity for both was 100%. The IgM positive rate according to Realy Tech or Deep Blue increased to 94.1 or 81.8% in the late stage of the disease. Conclusions: Realy Tech and Deep Blue systems detected IgM/IgG in serum and in whole blood with adequate sensitivity and specificity. Cross-reactivity does not seem to be a problem. Serology in the case of COVID-19 cannot be used as a diagnostic but it allows epidemiological surveillance to know the immune status of populations. It's essential to analyze the immune response against the infection to carry out epidemiological characterization and potentially inform individual risk of future disease and the study of potential vaccines.

Modelo estadístico para estimar el impacto histórico de la influenza sobre la mortalidad en Cuba / Statistical model to estimate the historical impact of influenza on mortality in Cuba

Introducción: La influenza tiene elevado impacto en la mortalidad humana y en Cuba la categoría influenza y neumonía ocupa el cuarto lugar entre sus causales generales. En los países templados, con marcada estacionalidad, esto se capta con modelos estadísticos, tarea que se dificulta en el trópico y pendiente en Cuba por la ausencia de igual definición estacional. Objetivo: Estimar el impacto histórico de la influenza tipo A y B y los subtipos A(H3N2) y A(H1N1) sobre la mortalidad mediante el ajuste de un modelo de regresión a las condiciones estacionales específicas de Cuba. Métodos: Se ejecutó un estudio longitudinal y retrospectivo. En un primer paso se ajustaron dos modelos de Poisson con la mortalidad influenza y neumonía total y las personas ≥ 65 años de edad como variables respuestas en los cinco meses de mayor positividad en influenza, desde la temporada 1987-1988 hasta la 2004-2005 y los positivos en tipo A y en tipo B como explicatorias. En otro par de modelos se estimó el impacto del A(H3N2) y el A(H1N1), considerando como respuesta los fallecidos atribuidos previamente al tipo A. Resultados: Se atribuyeron a la influenza 7803 fallecidos entre todas las edades y 6152 entre las personas ≥ 65 años de edad, con un 56,3 por ciento asociados al A(H3N2), el 17,6 por ciento al A(H1N1) y el 26,1 por ciento al tipo B. Conclusiones. Se logró estimar el impacto de la influenza sobre la mortalidad mediante el ajuste para Cuba de un modelo estadístico que permitió demostrar la asociación de la circulación de estos virus con la mortalidad en el país, lo que ratifica la necesidad de reforzar la vigilancia, el control y la vacunación contra esta infección viral. Se demuestra la posibilidad de ajustar estos modelos de regresión a otros virus respiratorios y a la actual pandemia por la COVID-19, en las condiciones estacionales de Cuba(AU)

Introduction: Influenza has a high impact on human mortality and in Cuba influenza and pneumonia rank fourth among its general causes. In temperate climate countries, with marked seasonality, this is captured by statistical models, a task that is difficult in the tropics and pending in Cuba due to the absence of the same seasonal definition. Objective: Estimate the historical impact of influenza type A and B and subtypes A(H3N2) and A(H1N1) on mortality, by adjusting a regression model to the specific seasonal conditions of Cuba. Methods: A longitudinal and retrospective study was performed. In a first step, two Poisson models were adjusted with influenza and total pneumonia mortality and people ≥ 65 years old as response variables in the five months with the highest positivity to influenza in the period 1987-1988 to 2004-2005, and the positive ones to type A and type B as explanatory variables. In another pair of models was estimated the impact of A(H3N2) and A(H1N1), considering as a response the deaths previously attributed to type A. Results: 7 803 deaths among all ages and 6 152 among 65-year-olds were attributed to influenza, with 56.3 percent associated to A(H3N2), 17.6 percent to A(H1N1) and 26.1 percent to type B. Conclusions: It was possible to estimate the impact of influenza on mortality by adjusting for Cuba a statistical model that demonstrated the association of the circulation of these viruses with the mortality in the country, which confirms the need to strengthen surveillance, control and vaccination against this viral infection. The possibility of adjusting in the seasonal conditions of Cuba these regression models to other respiratory viruses and the current pandemic by COVID-19 is demonstrated(AU)

Interferon gamma, TGF-ß1 and RANTES expression in upper airway samples from SARS-CoV-2 infected patients.

Upper respiratory tract is the primary site of SARS-CoV-2 replication. Releasing of pro and anti-inflammatory mediators plays an important role in the immunopathogenesis of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). The aim of this study was to evaluate the early inflammatory response in upper airway by measuring of IFN-γ, TGF-ß1 and RANTES at mRNA level. Forty five SARS-CoV-2 infected patients were enrolled, whose were divided in two groups: asymptomatic and symptomatic. Twenty healthy persons, SARS-CoV-2 negative were included as controls. Higher IFN-γ expression was detected in SARS-CoV-2 infected patients in comparison with controls (p = 0.0393). IFN-γ expression was increased in symptomatic patients (p = 0.0405). TGF-ß1 and RANTES expressions were lower in SARS-CoV-2 infected patients than controls (p < 0.0001; p = 0.0011, respectively). A significant correlation between IFN-γ and TGF-ß1 was observed in SARS-CoV-2 asymptomatic patients (r = +0.61, p = 0.0014). The findings suggest that imbalance between IFN-γ and TGF-ß1 expression could be an impact in clinical expression of SARS-CoV-2 infection.

Introducción de nuevos ensayos de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para el diagnóstico y vigilancia de virus respiratorios / Introduction of new assays of real time polymerase's chain reaction for the diagnosis and surveillance of respiratory viruses

Las infecciones respiratorias agudas constituyen la causa fundamental de mortalidad y morbilidad en el ámbito mundial. Los principales agentes causales de estas infecciones son los virus. La detección rápida y eficaz de estos patógenos es determinante en el tratamiento y la prevención de las enfermedades que estos agentes virales pueden ocasionar. En la actualidad, los métodos moleculares para el diagnóstico virológico son muy útiles por su elevada sensibilidad, especificidad y rapidez en la obtención de los resultados. El objetivo es introducir cuatro ensayos múltiples de transcripción reversa de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para el diagnóstico y vigilancia de 15 virus respiratorios. Se procesaron 2 441 muestras clínicas respiratorias recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia de Virus Influenza y otros Virus Respiratorios en el período comprendido entre septiembre de 2013 y abril de 2014. Se analizaron 2 352 exudados nasofaríngeos, 77 aspirados bronquiales y 12 muestras de necropsia. A estas se les realizó el diagnóstico molecular por los sistemas múltiples de transcripción reversa de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real mediante el empleo de cebadores y sondas TaqMan. De las 2 441 muestras clínicas estudiadas, 1 290 fueron positivas para alguno de los virus respiratorios (52,85 por ciento). El virus sincitial respiratorio humano se detectó con mayor frecuencia (47,83 por ciento), seguido de los virus influenza (19 por ciento) y los rinovirus humanos (14,73 por ciento). Se concluye que la introducción de los cuatro ensayos de transcripción reversa de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real posibilita la actualización del algoritmo diagnóstico en el Laboratorio Nacional de Referencia de Virus Influenza y otros Virus Respiratorios para la vigilancia de estos agentes en Cuba, lo que contribuye al mejoramiento del Programa Nacional de Prevención y Control de las Infecciones Respiratorias Agudas(AU)

Acute respiratory infections are the major cause of mortality and morbidity worldwide. Respiratory viruses are the main causative agents of acute respiratory infections. Rapid and accurate detection of these pathogens is critical for the treatment and prevention of the diseases these viral agents can cause. Currently, molecular diagnostic methods are useful tools for the virological detection of respiratory viruses due to its high sensitivity, specificity and their speed in obtaining results. The objective of this study was to introduce four multiplex real-time TR-RCP assays for the diagnosis and surveillance of fifteen virus causing acute respiratory infections. 2 441 clinical respiratory samples were processed in the period between September 2013 and April 2014 in the National Laboratory of Reference for Influenza Virus and other Respiratory Viruses. There were analyzed 2 352 nasopharyngeal exudates, 77 bronchial aspirations and 12 necropsy samples. Multiplex real-time TR-RCP was performed using TaqMan primers and probes previously published. From the 2 441 clinical samples studied, 1 290 were positive for some of the respiratory viruses, which represent 52.85 percent Syncytial respiratory virus was the most frequently detected virus (47.83 percent), then influenza viruses (19 percent) and human rhinovirus (14.73 percent). The introduction at the National Reference Laboratory of the four multiplex real-time TR-RCP assays allows updating the algorithm for the diagnosis and surveillance of respiratory viruses in Cuba, as a contribution to the National Program for the Prevention and Control of Acute Respiratory Infection(AU)

Etiología viral de las infecciones agudas del tracto respiratorio inferior en Cuba / Viral etiology of the acute infections of the lower respiratory tract in Cuba

Fundamento: las infecciones respiratorias agudas constituyen la causa principal de morbilidad a nivel mundial, al ser sus principales agentes etiológicos los virus respiratorios. Objetivo: determinar el papel de diferentes virus respiratorios en la causa de la infección respiratoria aguda grave durante el período mayo 2012 - junio 2013, en Cuba. Métodos: se realizó un estudio analítico transversal, el universo fueron las muestras clínicas recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia (LNR) de Virus Respiratorios del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí (IPK) como parte de la vigilancia de las IRA de posible etiología viral, desde el 1 de mayo de 2012 y el 30 de junio de 2013. . Para el diagnóstico se emplearon tres ensayos de TR-RCP múltiple de tipo anidado y un TR-RCP en tiempo real.Resultados: los rinovirus fueron los agentes más identificados, seguidos de los virus Influenza y del virus sincitial respiratorio. Los de mayor frecuencia en los pacientes con infección respiratoria aguda grave fueron los virus Influenza se demostró asociación significativa (OR 6,437; 95 porciento IC: 3,407-12,159; p=0,000) y en los pacientes <1 año se encontró también asociación con la detección del virus sincitial respiratorio; hubo correlación también en la población de 15-59 años con los virus Influenza (p=0,000). El virus Influenza B circuló entre los meses de mayo y septiembre del año 2012, mientras que el virus Influenza A (H1N1) pdm09 predominó en la circulación durante el 2013. Conclusiones: los resultados de esta investigación permiten esclarecer la contribución específica de los diferentes virus respiratorios en la causa de dicha enfermedad. Al mismo tiempo alertan a los programas nacionales la necesidad de centralizar los esfuerzos de la vigilancia en este tipo de infección para la identificación oportuna de eventos de salud inusitados por los virus Influenza (AU)

Background: acute respiratory infections are the main cause of mortality and morbidity worldwide, with respiratory viruses as main causative agents. Objective:to determine the paper of different respiratory viruses in the etiology of the severe acute respiratory infections during the period May 2012- June 2013, in Cuba. Methods:a transverse analytical study was carried out, the universe there were the clinical samples received in the National Laboratory of Reference (LNR) of Respiratory Viruses of the Institute of Tropical Medicine Pedro Kourí (IPK) as part of the alertness of the IRA of possible viral etiology, from May 1, 2012 and June 30, 2013. There were studied 1 604 samples proceeding from patients of all the ages with clinical declarations. For the diagnosis, there were used three essays of multiple TR-RCP of sheltered type and a TR-RCP in real-time. Results: rhinoviruses were the agents largely identified, followed by the Influenza viruses and the respiratory syncytial virus. The ones of bigger frequency in patients with severe acute respiratory infection were Influenza viruses demonstrating significant association (OR 6,437; 95 percent CI: 3,407-12,159; p= 0,000) and in patients <1 year old it was also found association with the detection of respiratory syncytial virus; correlation was also in the population of 15-59 years with the viruses Influenza (p= 0,000). The Influenza virus B circulated mainly between the months of May and September of the year 2012, while the virus Influenza A (H1N1) pdm09 predominated during 2013. Conclusions:the results of this investigation allow explaining thespecific contribution of the different respiratory viruses in the etiology of said pathology. At the same time, they alert the national programs of the need to centralize the efforts in vigilance of this type of infection to achieve opportune identification of health events unusual for the viruses Influenza (AU)

Etiología viral de las infecciones agudas del tracto respiratorio inferior en Cuba / Viral etiology of the acute infections of the lower respiratory tract in Cuba

RESUMEN Fundamento: las infecciones respiratorias agudas constituyen la causa principal de morbilidad a nivel mundial, al ser sus principales agentes etiológicos los virus respiratorios. Objetivo: determinar el papel de diferentes virus respiratorios en la causa de la infección respiratoria aguda grave durante el período mayo 2012 - junio 2013, en Cuba. Métodos: se realizó un estudio analítico transversal, el universo fueron las muestras clínicas recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia (LNR) de Virus Respiratorios del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí (IPK) como parte de la vigilancia de las IRA de posible etiología viral, desde el 1 de mayo de 2012 y el 30 de junio de 2013. Se estudiaron 1 604 muestras procedentes de pacientes de todas las edades con manifestaciones clínicas. Para el diagnóstico se emplearon tres ensayos de TR-RCP múltiple de tipo anidado y un TR-RCP en tiempo real. Resultados: los rinovirus fueron los agentes más identificados, seguidos de los virus Influenza y del virus sincitial respiratorio. Los de mayor frecuencia en los pacientes con infección respiratoria aguda grave fueron los virus Influenza se demostró asociación significativa (OR 6,437; 95 % IC: 3,407-12,159; p=0,000) y en los pacientes <1 año se encontró también asociación con la detección del virus sincitial respiratorio; hubo correlación también en la población de 15-59 años con los virus Influenza (p=0,000). El virus Influenza B circuló entre los meses de mayo y septiembre del año 2012, mientras que el virus Influenza A (H1N1) pdm09 predominó en la circulación durante el 2013. Conclusiones: los resultados de esta investigación permiten esclarecer la contribución específica de los diferentes virus respiratorios en la causa de dicha enfermedad. Al mismo tiempo alertan a los programas nacionales la necesidad de centralizar los esfuerzos de la vigilancia en este tipo de infección para la identificación oportuna de eventos de salud inusitados por los virus Influenza.

ABSTRACT Background: acute respiratory infections are the main cause of mortality and morbidity worldwide, with respiratory viruses as main causative agents. Objective: to determine the paper of different respiratory viruses in the etiology of the severe acute respiratory infections during the period May 2012- June 2013, in Cuba. Methods: a transverse analytical study was carried out, the universe there were the clinical samples received in the National Laboratory of Reference (LNR) of Respiratory Viruses of the Institute of Tropical Medicine Pedro Kourí (IPK) as part of the alertness of the IRA of possible viral etiology, from May 1, 2012 and June 30, 2013. There were studied 1 604 samples proceeding from patients of all the ages with clinical declarations. For the diagnosis, there were used three essays of multiple TR-RCP of sheltered type and a TR-RCP in real-time. Results: rhinoviruses were the agents largely identified, followed by the Influenza viruses and the respiratory syncytial virus. The ones of bigger frequency in patients with severe acute respiratory infection were Influenza viruses demonstrating significant association (OR 6,437; 95 % CI: 3,407-12,159; p= 0,000) and in patients <1 year old it was also found association with the detection of respiratory syncytial virus; correlation was also in the population of 15-59 years with the viruses Influenza (p= 0,000). The Influenza virus B circulated mainly between the months of May and September of the year 2012, while the virus Influenza A (H1N1) pdm09 predominated during 2013. Conclusions: the results of this investigation allow explaining the specific contribution of the different respiratory viruses in the etiology of said pathology. At the same time, they alert the national programs of the need to centralize the efforts in vigilance of this type of infection to achieve opportune identification of health events unusual for the viruses Influenza.

Caracterización de la neumonía intersticial adquirida en la comunidad / Characterization of community-acquired interstitial pneumonia

Introducción: la neumonía constituye un motivo frecuente de consulta pediátrica y una de sus principales causas de hospitalización; en brotes epidémicos hasta el 50 por ciento corresponden a neumonías intersticiales, y en un tercio de los pacientes son causadas por Mycoplasma pneumoniae.Objetivo: caracterizar la neumonía intersticial adquirida en la comunidad en el servicio de Neumología.Métodos: se realizó un estudio descriptivo, prospectivo, longitudinal y aplicado, con los pacientes hospitalizados con neumonía intersticial en el servicio de Neumología, en el período 2012 a 2014. Se incluyeron 74 pacientes que fueron seguidos por consulta externa al egreso. Se procesaron los datos utilizando la prueba de chi cuadrado.Resultados: de los 74 pacientes analizados, el grupo de edad más afectado fue el de los niños de 1 a 5 años, con 63,5 por ciento, y predominó el sexo masculino (56,8 por ciento); los factores de riesgo más frecuentes fueron el hacinamiento (50 por ciento), seguido de la exposición al humo de cigarro (41,9 por ciento) y la lactancia materna no adecuada (40,5 por ciento). Con respecto a la etiología, en 42,3 por ciento de los casos se identificaron virus, con mayor frecuencia virus sincitial respiratorio A y rinovirus. En el 23,0 por ciento se identificó Mycoplasma pneumoniae.Conclusiones: la neumonía intersticial se presenta con mayor frecuencia en los niños entre 1 y 5 años de edad. Los factores de riesgo más frecuentes son susceptibles de modificar. El Mycoplasma pneumoniae está presente en los niños menores de 5 años. El tratamiento de elección para la neumonía intersticial son los macrólidos(AU)

Caracterización antigénica y molecular de los virus influenza A (H3N2) circulantes en Cuba y su relación con las cepas vacunales (1995-98) / Antigenic and molecular characterization of influenza A (H3N2) virus strains circulating in Cuba and their relation with vaccine strains (1995-98)

Los cambios antigénicos continuos que ocurren en las glicoproteínas de envoltura (hemaglutinina y neuraminidasa) de los virus influenza, se deben a las mutaciones puntuales y a las promovidas por la selección positiva del sistema inmune, que dan origen a las epidemias anuales y reordenamientos de segmentos genómicos, causa de las temidas pandemias. Los intentos para controlar la influenza mediante la vacunación tienen hasta ahora un éxito limitado y son obstaculizados por estos cambios. En Cuba, país subtropical, las infecciones respiratorias agudas constituyen la primera causa de asistencia médica entre las enfermedades infecciosas y la cuarta causa de muerte asociada con la neumonía. La vigilancia para la influenza, en este país, se monitorea por el Laboratorio de Referencia Nacional de Influenza del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri. Este trabajo tiene el objetivo de caracterizar antigénica y genómicamente a 21 cepas de influenza aisladas durante 1995-96 hasta 1997-98, y conocer su similitud con las de circulación internacional, incluidas en las vacunas antigripales de igual periodo. La caracterización antigénica y genómica se realizó mediante las técnicas de inhibición de la hemaglutinación, la inmunoperoxidasa y un sistema de reverso transcripción-reacción en cadena de la polimerasa, respectivamente. Mediante las tres técnicas, el 100 por ciento de los aislamientos pertenecieron al tipo A y subtipo H3N2 y permitió clasificarlos como similares a las cepas de circulación internacional recomendadas en la composición de la vacuna antigripal correspondiente a esas temporadas(AU)

The continuous antigenic changes in the influenza viruses occurring primarily on the envelope glycoproteins (hemagglutinin and neuraminidase) are due to specific mutations and to those promoted by the positive selection of the immune system originating the yearly epidemics and the rearrangements of genomic segments, cause of the feared pandemics. The attempts to control the influenza by means of vaccination have so far a limited success and they are obstructed by these changes. The acute respiratory infections are the first cause of medical assistance among the infectious diseases in Cuba, a subtropical country and the fourth cause of death associated with pneumonia. The surveillance for the influenza in this country is monitored by the National Center of Influenza from Pedro Kourí Tropical Medicine Institute. The present paper has the objective to characterize 21 strains of influenza isolated from 1995 to 1998 and to know the antigenic and genomic similarity with those of the international circulation included in anti-flu of the same period. The antigenic and genomic characterization was carried out by means of the inhibition techniques of hemagglutination, immunoperoxidase, and a reverse system of transcription-polymerase chain reaction, respectively. Using these three techniques 100 percent of the isolations were of the type A and the subtype H3N2. It allowed to classify them as similar to the circulating strains of international circulation recommended in the composition of the flu vaccine corresponding to those season(AU)

Diagnóstico molecular del virus influenza A (H1N1) 2009 y otros vírus respiratorios, durante la primera ola pandémica en Cuba / Molecular diagnosis of influenza A (H1N1) 2009 virus and other respiratory viruses during the first pandemic wave in Cuba

Introducción: el primer virus pandémico del siglo XXI, el virus influenza A (H1N1)/2009, emergió en México, a finales del mes de abril de 2009, después de un triple reordenamiento entre virus de influenza de origen aviar, humano y porcino, y desde allí se diseminó por el mundo. Frente a ese evento, en Cuba, se adoptaron medidas determinantes antipandémicas, entre ellas, se reforzó la vigilancia virológica con todas las acciones necesarias. Objetivos: detectar y confirmar la entrada del agente causal de la pandemia en el país, de forma rápida, oportuna y además, definir la participación de otros virus en la etiología de las infecciones respiratorias agudas. Métodos: como consecuencia de la vigilancia de laboratorio, entre las semanas epidemiológicas 38 a la 42 de 2009 (meses de septiembre y octubre) se procesó un total de 1 063 muestras clínicas respiratorias (exudado nasofaríngeo, aspirado bronquial y muestras de necropsia de pulmón), detectándose el mayor número de casos confirmados de infección por el nuevo virus en este período, que se correspondió con la primera oleada pandémica en Cuba...

Introduction: the first pandemic virus of the 21st century - the influenza A (H1N1)/2009 virus-appeared in Mexico in April 2009 after triple reassortment of influenza strains of avian, human and pig origin and from there, it was spread worldwide. With the purpose of facing up to this event, Cuba adopted anti-pandemic measures including the virology surveillance using all necessary actions. Objectives: the detection and validation of the entry of the causative agent of pandemic into the country in a fast and timely way, in addition to the definition of involvement of other viruses in the etiology of acute respiratory infections. Methods: as a result of the lab surveillance, from the 38th to the 42nd epidemiological weeks (September and October, 2009), 1 063 respiratory clinical samples were processed (nasopharyngeal exudates, bronchial aspirates and lung necropsy samples). The highest number of confirmed cases caused by the new virus was detected in this period that represented the first pandemic wave in Cuba. Diagnosis was based on molecular diagnosis algorithm. Results: out of the 1 063 samples, 597 (56.0 percent) were positive. The pandemic influenza A (H1N1) virus was the most commonly detected etiological agent in 306 suspected cases (51 percent) followed by influenza A (H3N2) virus in 228 cases (38 percent). Other respiratory viruses were diagnosed in 63 clinical samples (11 percent). The pandemic virus was confirmed in 50 pregnant women. Rhinoviruses were identified more frequently in those samples from patients with clinical diagnosis of bronchial pneumonia and broncholitis. Morbidity increased during this period; 225 825 medical consultations were notified due to acute respiratory infections mid-October 2009. Conclusions: the molecular diagnosis algorithm proved to be sensitive, specific and effective to assure the systematic virological surveillance in our country during the pandemic phase(AU)

Diagnóstico molecular del virus influenza A (H1N1) 2009 y otros vírus respiratorios, durante la primera ola pandémica en Cuba / Molecular diagnosis of influenza A (H1N1) 2009 virus and other respiratory viruses during the first pandemic wave in Cuba

Introducción: el primer virus pandémico del siglo XXI, el virus influenza A (H1N1)/2009, emergió en México, a finales del mes de abril de 2009, después de un triple reordenamiento entre virus de influenza de origen aviar, humano y porcino, y desde allí se diseminó por el mundo. Frente a ese evento, en Cuba, se adoptaron medidas determinantes antipandémicas, entre ellas, se reforzó la vigilancia virológica con todas las acciones necesarias. Objetivos: detectar y confirmar la entrada del agente causal de la pandemia en el país, de forma rápida, oportuna y además, definir la participación de otros virus en la etiología de las infecciones respiratorias agudas. Métodos: como consecuencia de la vigilancia de laboratorio, entre las semanas epidemiológicas 38 a la 42 de 2009 (meses de septiembre y octubre) se procesó un total de 1 063 muestras clínicas respiratorias (exudado nasofaríngeo, aspirado bronquial y muestras de necropsia de pulmón), detectándose el mayor número de casos confirmados de infección por el nuevo virus en este período, que se correspondió con la primera oleada pandémica en Cuba. El diagnóstico virológico se realizó utilizando un algoritmo de diagnóstico molecular. Resultados: de las 1 063 muestras, 597 (56,0 por ciento) resultaron positivas. El virus de influenza pandémica A(H1N1)2009, fue el agente etiológico detectado con mayor frecuencia en 306 casos sospechosos (51 por ciento), seguido por el virus influenza A(H3N2) en 228 pacientes(38 por ciento). Otros virus respiratorios se diagnosticaron en 63 muestras clínicas (11 por ciento). El virus pandémico se confirmó en 50 gestantes. Los rinovirus se detectaron con mayor frecuencia en muestras de pacientes con diagnóstico clínico de bronconeumonía y bronquiolitis. Durante el período estudiado se reportó un incremento de la morbilidad, se notificaron 225 825 atenciones médicas por infección respiratoria aguda a mediados del mes de octubre. Conclusión: el algoritmo de diagnóstico molecular empleado para la confirmación de los virus influenza y otros virus respiratorios demostró ser sensible, específico y efectivo para garantizar la vigilancia virológica sistemática en nuestro país durante la fase pandémica.

Introduction: the first pandemic virus of the 21st century - the influenza A (H1N1)/2009 virus-appeared in Mexico in April 2009 after triple reassortment of influenza strains of avian, human and pig origin and from there, it was spread worldwide. With the purpose of facing up to this event, Cuba adopted anti-pandemic measures including the virology surveillance using all necessary actions. Objectives: the detection and validation of the entry of the causative agent of pandemic into the country in a fast and timely way, in addition to the definition of involvement of other viruses in the etiology of acute respiratory infections. Methods: as a result of the lab surveillance, from the 38th to the 42nd epidemiological weeks (September and October, 2009), 1 063 respiratory clinical samples were processed (nasopharyngeal exudates, bronchial aspirates and lung necropsy samples). The highest number of confirmed cases caused by the new virus was detected in this period that represented the first pandemic wave in Cuba. Diagnosis was based on molecular diagnosis algorithm. Results: out of the 1 063 samples, 597 (56.0 percent) were positive. The pandemic influenza A (H1N1) virus was the most commonly detected etiological agent in 306 suspected cases (51 percent) followed by influenza A (H3N2) virus in 228 cases (38 percent). Other respiratory viruses were diagnosed in 63 clinical samples (11 percent). The pandemic virus was confirmed in 50 pregnant women. Rhinoviruses were identified more frequently in those samples from patients with clinical diagnosis of bronchial pneumonia and broncholitis. Morbidity increased during this period; 225 825 medical consultations were notified due to acute respiratory infections mid-October 2009. Conclusions: the molecular diagnosis algorithm proved to be sensitive, specific and effective to assure the systematic virological surveillance in our country during the pandemic phase.

Contribución del Laboratorio Nacional de Influenza al enfrentamiento de la influenza pandémica 2009 en Cuba / Contribution of the National Influenza Laboratory to confront the 2009 pandemic influenza in Cuba

INTRODUCCIÓN: las infecciones respiratorias agudas son consideradas la causa más importante de morbilidad y mortalidad en todo el mundo. Estas infecciones adquieren mayor significación asociadas a eventos epidémicos y pandémicos ocasionados por los virus influenza. La necesidad de una vigilancia mundial para los virus influenza fue reconocida en 1947 y condujo a la creación de la Red Global de Vigilancia de los virus influenza por la Organización Mundial de la Salud. El Centro Nacional de Influenza de Cuba pertenece a esta red desde 1975. En el mes de abril de 2009 fue reconocido un nuevo virus influenza A (H1N1) de origen porcino que circulaban en humanos, identificado como el agente causal de la primera pandemia del siglo xxi por la Organización Mundial de la Salud. OBJETIVO: llevar a cabo la vigilancia nacional del nuevo virus pandémico. MÉTODOS: el Centro Nacional de Influenza de Cuba desarrolló y organizó un diagrama de diagnóstico para la confirmación en casos sospechosos de infección por este virus. Se emplearon diferentes ensayos de trancripción reversa-reacción en cadena de la polimerasa para el tipado y subtipado de los virus influenza A. RESULTADOS: entre abril y diciembre de 2009, un total de 6 900 muestras clínicas respiratorias fueron procesadas mediante el diagrama diagnóstico nacional y 980 casos fueron confirmados y notificados a las autoridades nacionales de salud y la Organización Panamericana de la Salud. Los rinovirus humanos resultaron otro de los agentes etiológicos de infecciones respiratorias agudas detectados con frecuencia. CONCLUSIÓN: mediante la estrategia nacional de vigilancia de laboratorio fue posible llevar a cabo un monitoreo efectivo de la circulación de los virus influenza y otros virus respiratorios para alertar a las autoridades nacionales de salud, con vistas a enfrentar la influenza pandémica 2009.

INTRODUCTION: acute respiratory infections are considered the most important causes of morbidity and mortality around the world. These infections became more significant when associated to epidemics and pandemic events caused by influenza virus. The need for global surveillance of influenza viruses was recognized as early as 1947 and led to the establishment of the World Health Organization (WHO) Global Influenza Surveillance Network (GISN). The Cuban National Influenza Centre (NIC) belongs to this network since 1975. On April 2009, the recognition of a new influenza A (H1N1) of swine origin circulating in humans was identified as the causative agent of the first pandemic in the 21st century declared by the WHO. OBJECTIVE: to carry out surveillance of the new pandemic virus nationwide. METHODS: the Cuban National Influenza Center developed a diagnostic diagram to confirm infection with the pandemic virus in suspected cases. Different PCR assays for typing and subtyping of influenza A virus were used. RESULTS: from April to December 2009, 6 900 clinical respiratory samples were processed by using this diagram, 980 cases were confirmed and notified to the national health authorities and to the Pan American Health Organization. Human rhinoviruses were other important etiologic agents of the frequently detected acute respiratory infections. CONCLUSION: with the national strategy for surveillance at lab, it was possible to effectively monitor the circulation of the influenza viruses and of other respiratory viruses in our country and to alert the national health authorities, with a view to facing up to the pandemic influenza (2009).

Diseño y aplicación de un método molecular para el diagnóstico del virus influenza A (H1N1) pandémico en Cuba / Design and implementation of a molecular method for influenza A virus (H1N1) in Cuba

INTRODUCCIÓN: entre marzo y abril de 2009 se produjeron en México brotes de enfermedad respiratoria, debido a un nuevo virus de influenza proveniente del cerdo, el cual se diseminó rápidamente mediante la transmisión humano-humano. Los métodos moleculares usados en la actualidad eran inadecuados, porque la composición del genoma del nuevo virus era muy diferente del virus influenza A (H1N1) que había circulado hasta el momento. En su composición, estaba formado por segmentos de genes de origen aviar, humano y cerdo. OBJETIVO: teniendo en cuenta las secuencias publicadas, se diseñó un juego de cebadores específicos para el gen de la hemaglutinina, con la finalidad de evaluar un nuevo ensayo de TR-RCP para detectar el nuevo virus pandémico en Cuba. MÉTODOS: se procesó un total de 3 197 muestras clínicas de casos sospechosos de infección por el virus influenza A (H1N1) pandémico (pdm) mediante un ensayo de transcripción reversa-reacción en cadena de la polimerasa. RESULTADOS: el ensayo optimizado permitió obtener una banda de 292 pb, sin reacciones inespecíficas. El nuevo método resultó ser útil en el diagnóstico y subtipado del virus de influenza H1N1 pdm. El producto amplificado fue analizado por secuenciación nucleotídica y se confirmó la identificación del virus. CONCLUSIONES: con la introducción de este nuevo ensayo para la vigilancia de influenza, se fortalece la capacidad diagnóstica del Laboratorio Nacional de Referencia.

INTRODUCTION: from March through April of 2009, Mexico notified outbreaks of respiratory illness, due to a new influenza virus of swine origin, which spread over rapidly via human-to-human transmission. The molecular methods currently in use were not suitable because the genome composition based on gene segments of swine, avian and human origin was quite different from the influenza A virus (H1N1) circulating at that time. OBJECTIVE: based on the published sequences, a set of specific primers for the HA gene was designed to evaluate a new RT-PCR assay. METHODS: the RT-PCR assay processed 3 197 clinical samples from suspected cases of pandemic influenza A (H1N1) infection. RESULTS: the novel optimized method obtained a 262 pb segment, without unspecific reactions. The new method proved to be useful in the diagnosis and subtyping of pandemic HINI influenza virus. The amplified product was verified by nucleotide sequencing, thus confirming the virus. CONCLUSIONS: the introduction of this new assay for the laboratory surveillance of influenza virus strengthens the diagnostic capacity of the National Reference Laboratory.