Whole genomes from bacteria collected at diagnostic units around the world 2020.

The Two Weeks in the World research project has resulted in a dataset of 3087 clinically relevant bacterial genomes with pertaining metadata, collected from 59 diagnostic units in 35 countries around the world during 2020. A relational database is available with metadata and summary data from selected bioinformatic analysis, such as species prediction and identification of acquired resistance genes.

Prevalence and incidence estimates for syphilis, chlamydia, gonorrhea, and congenital syphilis in Colombia, 1995-2016.

OBJECTIVES: To estimate adult (15-49 years old) prevalence and incidence of active syphilis, gonorrhea, and chlamydia, and incidence of congenital syphilis (CS) and adverse birth outcomes (ABOs) in Colombia, over 1995-2016. METHODS: The Spectrum-STI epidemiological model tool estimated gonorrhea and chlamydia prevalences as moving averages across prevalences observed in representative general population surveys. For adult syphilis, Spectrum-STI applied segmented polynomial regression through prevalence data from antenatal care (ANC) surveys, routine ANC-based screening, and general population surveys. CS cases and ABOs were estimated from Spectrum's maternal syphilis estimates and proportions of women screened and treated for syphilis, applying World Health Organization case definitions and risk probabilities. RESULTS: The Spectrum model estimated prevalences in 2016 of 0.70% (95% confidence interval (CI): 0.15%-1.9%) in women and 0.60% (0.1%-1.9%) in men for gonorrhea and of 9.2% (4.4%-15.4%) in women and 7.4% (3.5%-14.7%) in men for chlamydia, without evidence for trends over 1995-2016. The prevalence of active syphilis in 2016 was 1.25% (1.22-1.29%) in women and 1.25% (1.1%-1.4%) in men, decreasing from 2.6% (2.1%-3.2%) in women in 1995. Corresponding CS cases in 2016 (including cases without clinical symptoms) totaled 3 851, of which 2 245 were ABOs. Annual CS and ABO estimates decreased over 2008-2016, reflecting decreasing maternal prevalence and increasing cases averted through ANC-based screening and treatment. CONCLUSIONS: The available surveillance and monitoring data synthesized in Spectrum-STI- and the resulting first-ever national STI estimates for Colombia-highlighted Colombia's persistently high STI burden. Adult syphilis and congenital syphilis are estimated to be falling, reflecting improving screening efforts. Strengthened surveillance, including with periodic screening in low-risk populations and future refined Spectrum estimations, should support planning and implementation of STI prevention and control, including CS elimination.

Prevalence and incidence estimates for syphilis, chlamydia, gonorrhea, and congenital syphilis in Colombia, 1995-2016 / Estimaciones sobre la prevalencia y la incidencia de sífilis, clamidiasis, gonorrea y sífilis congénita en Colombia, 1995-2016 / Estimativas da incidência e prevalência de sífilis, clamídia, gonorreia e sífilis congênita na Colômbia, 1995-2016

ABSTRACT Objectives To estimate adult (15-49 years old) prevalence and incidence of active syphilis, gonorrhea, and chlamydia, and incidence of congenital syphilis (CS) and adverse birth outcomes (ABOs) in Colombia, over 1995-2016. Methods The Spectrum-STI epidemiological model tool estimated gonorrhea and chlamydia prevalences as moving averages across prevalences observed in representative general population surveys. For adult syphilis, Spectrum-STI applied segmented polynomial regression through prevalence data from antenatal care (ANC) surveys, routine ANC-based screening, and general population surveys. CS cases and ABOs were estimated from Spectrum's maternal syphilis estimates and proportions of women screened and treated for syphilis, applying World Health Organization case definitions and risk probabilities. Results The Spectrum model estimated prevalences in 2016 of 0.70% (95% confidence interval (CI): 0.15%-1.9%) in women and 0.60% (0.1%-1.9%) in men for gonorrhea and of 9.2% (4.4%-15.4%) in women and 7.4% (3.5%-14.7%) in men for chlamydia, without evidence for trends over 1995-2016. The prevalence of active syphilis in 2016 was 1.25% (1.22-1.29%) in women and 1.25% (1.1%-1.4%) in men, decreasing from 2.6% (2.1%-3.2%) in women in 1995. Corresponding CS cases in 2016 (including cases without clinical symptoms) totaled 3 851, of which 2 245 were ABOs. Annual CS and ABO estimates decreased over 2008-2016, reflecting decreasing maternal prevalence and increasing cases averted through ANC-based screening and treatment. Conclusions The available surveillance and monitoring data synthesized in Spectrum-STI— and the resulting first-ever national STI estimates for Colombia—highlighted Colombia's persistently high STI burden. Adult syphilis and congenital syphilis are estimated to be falling, reflecting improving screening efforts. Strengthened surveillance, including with periodic screening in low-risk populations and future refined Spectrum estimations, should support planning and implementation of STI prevention and control, including CS elimination.

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RESUMO Objetivos Estimar a incidência e a prevalência na população adulta (com idade de 15-49 anos) de sífilis ativa, gonorreia e clamídia e a incidência de sífilis congênita (SC) e desfechos adversos congênitos na Colômbia no período de 1995 a 2016. Métodos O modelo epidemiológico Spectrum-STI foi o instrumento usado para estimar a prevalência de gonorreia e clamídia como médias móveis nas prevalências observadas em pesquisas representativas da população geral. A sífilis em adultos foi estimada com a regressão polinomial segmentada aplicada ao modelo Spectrum-STI com dados de prevalência obtidos de pesquisas da atenção pré-natal, exames pré-natais de rotina de detecção precoce e pesquisas da população geral. Casos de SC e desfechos adversos congênitos foram estimados a partir das estimativas de sífilis materna do modelo Spectrum e percentuais de mulheres que fizeram testes de detecção e foram tratadas para sífilis, segundo as definições de casos da Organização Mundial da Saúde (OMS) e probabilidades de risco. Resultados O modelo Spectrum estimou, para 2016, uma prevalência de gonorreia de 0,70% (intervalo de confiança de 95% [IC 95%] 0,15%-1,9%) no sexo feminino e 0,60% (0,1%-1,9%) no sexo masculino e uma prevalência de clamídia de 9,2% (4,4%-15,4%) no sexo feminino e 7,4% (3,5%-14.7%) no sexo masculino, sem evidência de tendências no período 1995-2016. A prevalência de sífilis ativa em 2016 foi de 1,25% (1,22-1,29%) no sexo feminino e 1,25% (1,1%-1,4%) no sexo masculino, demonstrando um declínio da prevalência de 2,6% (2,1%-3,2%) observada em 1995 para o sexo feminino. Houve, ao todo, 3.851 casos correspondentes de SC em 2016 (incluindo casos assintomáticos), dos quais 2.245 foram desfechos adversos congênitos. Observou-se uma redução nas estimativas anuais de SC e desfechos adversos congênitos em 2008-2016, refletindo a diminuição da prevalência materna e o número crescente de casos evitados com exames pré-natais de detecção e tratamento. Conclusões Os dados disponíveis de vigilância e monitoramento condensados no modelo Spectrum-STI, e as resultantes estimativas nacionais de infeções sexualmente transmissíveis (IST) obtidas pela primeira vez na Colômbia, evidenciam a alta carga persistente de IST no país. Estima-se que a ocorrência de sífilis do adulto e sífilis congênita esteja diminuindo em decorrência da melhoria nos esforços de detecção precoce. A vigilância reforçada, consistindo também de exames periódicos de detecção precoce nas populações de baixo risco e estimavas futuras aprimoradas do instrumento Spectrum, deve sustentar o planejamento e a implementação de controle e prevenção de IST e a eliminação da SC.