Application of PolyPRep tools on HIV protease polyproteins using molecular docking

Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.

Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.

Genetic population structure of the Vietnamese ginseng (Panax vietnamensis Ha et Grushv) detected by microsatellite analysis / Estrutura genética populacional do ginseng vietnamita (Panax vietnamensis Ha et Grushv) detectada por análise de microssatélites

Panax vietnamensis Ha et Grushv. is a precious medicinal species native to the tropical forests of Vietnam. Due to habitat loss and over-harvesting, this species is endangered in Vietnam. To conserve the species, we investigated genetic variability and population structure using nine microsatellites for 148 individuals from seven populations across the current distribution range of P. vietnamensis in Vietnam. We determined a moderate genetic diversity within populations (HO = 0.367, HE = 0.437) and relatively low population differentiation (the Weir and Cockerham index of 0.172 and the Hedrick index of 0.254) and showed significant differentiation (P < 0.05), which suggested fragmented habitats, over-utilization and over-harvesting of P. vietnamensis. Different clustering methods revealed that individuals were grouped into two major clusters, which were associated with gene flow across the geographical range of P. vietnamensis. This study also detected that ginseng populations can have undergone a recent bottleneck. We recommend measures in future P. vietnamensis conservation and breeding programs.

Panax vietnamensis Ha et Grushv. é uma espécie medicinal preciosa nativa das florestas tropicais do Vietnã. Por causa da perda de hábitat e da colheita excessiva, essa espécie está ameaçada de extinção no Vietnã. Para conservá-la, investigamos a variabilidade genética e a estrutura populacional usando nove microssatélites para 148 indivíduos de sete populações em toda a distribuição atual de P. vietnamensis no Vietnã. Determinamos uma diversidade genética moderada dentro das populações (HO = 0,367 e HE = 0,437) e diferenciação populacional relativamente baixa (índice de Weir e Cockerham de 0,172 e índice de Hedrick de 0,254), com diferenciação significativa (P < 0,05), o que sugeriu fragmentação de hábitats, sobreutilização e sobre-exploração de P. vietnamensis. Diferentes métodos de agrupamento revelaram que os indivíduos foram agrupados em dois agrupamentos principais, que foram associados ao fluxo gênico em toda a área geográfica de P. vietnamensis. Este estudo também detectou que as populações de ginseng podem ter sofrido um gargalo recente. Recomendamos medidas em futuros programas de conservação e melhoramento de P. vietnamensis.

A comprehensive model for the implementation of agricultural land levelling and consolidation plan in the Abu Fazel region of Ahvaz / Modelo abrangente para a implementação do plano de nivelamento e consolidação de terras agrícolas na região de Abu Fazel, de Ahvaz

It has been shown that land fragmentation can negatively impact the efficiency of farming. Therefore, experts recommend land consolidation process, as a logical and workable solution to solve the problems and complications caused by land fragmentation. Land levelling and consolidation is a process of land reform that changes the construction of agricultural lands which leads to rural development through reforming farm management. However, a single plan cannot be applied to different regions, even though they might be in the same country. Hence, it is vital to investigate multiple factors in a certain region to devise the perfect consolidation plan. The present study, which is a survey-exploratory research, is conducted to provide a comprehensive model to implement the plan for levelling and consolidation of agricultural lands in the Abu Fazel region of Ahvaz, Iran. This research is an applied field research which uses both library and field methods to collect the required data. The study population is in Abu Fazel in the northeast of Ahvaz in Zargan region. The results of the study show that cultural, social, economic, policy-making, educational, agricultural and managerial factors have an effect on the participation of farmers in the levelling and consolidation of agricultural lands in the study area (p≥0.01). Also, there is a strong positive relationship between these factors and the farmers' participation in levelling and consolidation of agricultural lands (p≥0.01). Among these factors, it is observed that policy is main factor. Policymakers can play an effective role in land consolidation and macro development on the one hand and agricultural and rural development. On the other, by accurately assessing the interactive effect of land consolidation and related factors, along with the effects of this process on the evolution of agronomic systems.

Tem sido demonstrado que a fragmentação da terra pode impactar negativamente a eficiência da agricultura. Portanto, os especialistas recomendam o processo de consolidação de terras como uma solução lógica e viável para resolver os problemas e as complicações causadas pela fragmentação de terras. O nivelamento e a consolidação da terra são processos de reforma agrária que alteram a construção de terras agrícolas, o que leva ao desenvolvimento rural por meio da reforma da gestão agrícola. No entanto, um único plano não pode ser aplicado a diferentes regiões, mesmo que estejam no mesmo país. Portanto, é vital investigar vários fatores em determinada região para elaborar o plano de consolidação perfeito. O presente estudo, que é uma pesquisa exploratória de levantamento, é realizado para fornecer um modelo abrangente para implementar o plano de nivelamento e consolidação de terras agrícolas na região de Abu Fazel, de Ahvaz, no Irã. Trata-se de uma pesquisa de campo aplicada que usa métodos de biblioteca e de campo para coletar os dados necessários. A população do estudo está em Abu Fazel, no nordeste de Ahvaz, na região de Zargan. Os resultados do estudo mostram que fatores culturais, sociais, econômicos, políticos, educacionais, agrícolas e gerenciais influenciam a participação dos agricultores no nivelamento e na consolidação das terras agrícolas na área de estudo (p ≥ 0,01). Além disso, há forte relação positiva entre esses fatores e a participação dos agricultores no nivelamento e na consolidação das terras agrícolas (p ≥ 0,01). Entre esses fatores, observa-se que a política é o principal deles. Os formuladores de políticas, por um lado, podem desempenhar um papel efetivo na consolidação da terra e no macrodesenvolvimento e desenvolvimento agrícola e rural e, por outro, avaliar com precisão o efeito interativo da consolidação de terras e fatores relacionados, juntamente com os efeitos desse processo na evolução dos sistemas agronômicos.

Application of PolyPRep tools on HIV protease polyproteins using molecular docking / Aplicação da ferramenta PolyPRep em poliproteínas de protease de HIV usando docking molecular

Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.

Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.

Genetic structure simulation for Hancornia speciosa populations in Northeast Brazil / Simulação da estrutura genética de populações de Hancornia speciosa no nordeste brasileiro

Mangaba tree is a fruit tree species whose natural populations are fragmented by anthropic actions. For this reason, studies assessing the impact of fragmentation on the diversity and genetic structure of these populations are required in order to establish suitable conservation strategies. In our study, we used data from analyzes through microsatellite markers in computer simulations to estimate the rates of migration and selfing of six mangaba populations. The studied populations are located in the northeastern states of Ceará, Pernambuco and Sergipe. We tested different selfing and migration rates and selected the combination that showed values of observed and expected heterozygosity closest to those previously obtained with microsatellite markers. According to our simulations, selfing and migration were moderate. This may have led to an increase in inbreeding and genetic drift, resulting in low genetic diversity. We recommend expanding the area and reducing disturbance to promote the occurrence of pollinators, which play an important role in increasing genetic diversity.

A mangabeira é uma espécie frutífera cujas populações naturais se encontram fragmentadas por ações antrópicas. Desse modo, são necessários estudos sobre a avaliação do impacto da fragmentação sobre a diversidade e estrutura genética dessas populações para o estabelecimento de estratégias de conservação adequadas. No presente estudo, foram utilizados dados de análises com marcadores microssatélites em simulações computacionais para estimar as taxas de migração e autofecundação de seis populações de mangaba. As populações estudadas estão localizadas nos estados nordestinos do Ceará, Pernambuco e Sergipe. Foram testadas diferentes taxas de autofecundação e migração, e selecionada a combinação que apresentou valores de heterozigosidade observada e esperada mais próximos dos obtidos com marcadores microssatélites. Com base nas simulações, a autofecundação foi de 0,3 e a taxa de migração variou de 0,5 a 0,6, valores que podem ter conduzido ao aumento da endogamia e deriva genética, resultando em baixa diversidade genética. Recomenda-se a expansão da área e a redução de perturbações para promover a ocorrência de polinizadores, que desempenham um papel importante no aumento da diversidade genética.

Can farmers' combined-tillage promote the agricultural production efficiency? - Evidence from land fragmentation / O plantio combinado dos agricultores pode promover a eficiência da produção agrícola? - Evidência da fragmentação da terra

With the gradual transfer of an enormous young and middle age labor force from agricultural field to non-agricultural sectors, the negative role of land fragmentation (LF), which is related to food security, is increasingly reflecting in the process of agricultural modernization. Meanwhile, the positive roles of farmers' combined-tillage in production are gradually emerging. Based on the above background, this study explained the relationship among farmers' combined-tillage, LF and agricultural production efficiency (APE). The study used survey date and the SFA-QR model to empirically investigate the effects of LF and farmers' combined-tillage on APE. Furthermore, this article analyzed the moderating effect of farmers' combined-tillage on the relationship between LF and APE. The results demonstrated that: (1) Farmers combined-tillage improves the APE significantly, especially on low and medium efficiency households; (2) LF has a negative impact on APE, especially on low and medium efficiency households; (3) Combined-tillage could alleviate the adverse effects of LF on APE. In this regard, the paper also proposed some suggestions to face the adverse effects of LF and promote farmers' combined-tillage in production.

Com a transferência gradual de enorme força de trabalho jovem e de meia idade do campo agrícola para os setores não agrícolas, o papel negativo da fragmentação da terra (LF), relacionada à segurança alimentar, está cada vez mais refletido no processo de modernização agrícola. Enquanto isso, os papéis positivos da lavoura combinada dos agricultores na produção estão surgindo gradualmente. Com base no histórico acima, o objetivo deste estudo é explicar a relação entre o plantio direto dos agricultores, LF e eficiência da produção agrícola (APE). O estudo usou dados do levantamento e o modelo SFA-QR para investigar empiricamente os efeitos da FL e do plantio direto dos agricultores sobre o APE. Além disso, este artigo analisou o efeito moderador do plantio combinado dos agricultores na relação entre LF e APE. Os resultados demonstram que: (1) A lavoura combinada dos agricultores melhora significativamente o APE, especialmente em domicílios de baixa e média eficiência; (2) LF tem um impacto negativo na APE, especialmente em domicílios de baixa e média eficiência; (3) A lavoura combinada pode aliviar os efeitos adversos do LF no APE. Nesse sentido, o trabalho também propõe algumas sugestões para enfrentar os efeitos adversos da FL e promover o plantio combinado dos agricultores na produção.

Genetic structure simulation for Hancornia speciosa populations in Northeast Brazil / Simulação da estrutura genética de populações de Hancornia speciosa no nordeste brasileiro

ABSTRACT: Mangaba tree is a fruit tree species whose natural populations are fragmented by anthropic actions. For this reason, studies assessing the impact of fragmentation on the diversity and genetic structure of these populations are required in order to establish suitable conservation strategies. In our study, we used data from analyzes through microsatellite markers in computer simulations to estimate the rates of migration and selfing of six mangaba populations. The studied populations are located in the northeastern states of Ceará, Pernambuco and Sergipe. We tested different selfing and migration rates and selected the combination that showed values of observed and expected heterozygosity closest to those previously obtained with microsatellite markers. According to our simulations, selfing and migration were moderate. This may have led to an increase in inbreeding and genetic drift, resulting in low genetic diversity. We recommend expanding the area and reducing disturbance to promote the occurrence of pollinators, which play an important role in increasing genetic diversity.

RESUMO: A mangabeira é uma espécie frutífera cujas populações naturais se encontram fragmentadas por ações antrópicas. Desse modo, são necessários estudos sobre a avaliação do impacto da fragmentação sobre a diversidade e estrutura genética dessas populações para o estabelecimento de estratégias de conservação adequadas. No presente estudo, foram utilizados dados de análises com marcadores microssatélites em simulações computacionais para estimar as taxas de migração e autofecundação de seis populações de mangaba. As populações estudadas estão localizadas nos estados nordestinos do Ceará, Pernambuco e Sergipe. Foram testadas diferentes taxas de autofecundação e migração, e selecionada a combinação que apresentou valores de heterozigosidade observada e esperada mais próximos dos obtidos com marcadores microssatélites. Com base nas simulações, a autofecundação foi de 0,3 e a taxa de migração variou de 0,5 a 0,6, valores que podem ter conduzido ao aumento da endogamia e deriva genética, resultando em baixa diversidade genética. Recomenda-se a expansão da área e a redução de perturbações para promover a ocorrência de polinizadores, que desempenham um papel importante no aumento da diversidade genética.

Can farmers' combined-tillage promote the agricultural production efficiency? - Evidence from land fragmentation / O plantio combinado dos agricultores pode promover a eficiência da produção agrícola? - Evidência da fragmentação da terra

ABSTRACT: With the gradual transfer of an enormous young and middle age labor force from agricultural field to non-agricultural sectors, the negative role of land fragmentation (LF), which is related to food security, is increasingly reflecting in the process of agricultural modernization. Meanwhile, the positive roles of farmers' combined-tillage in production are gradually emerging. Based on the above background, this study explained the relationship among farmers' combined-tillage, LF and agricultural production efficiency (APE). The study used survey date and the SFA-QR model to empirically investigate the effects of LF and farmers' combined-tillage on APE. Furthermore, this article analyzed the moderating effect of farmers' combined-tillage on the relationship between LF and APE. The results demonstrated that: (1) Farmers combined-tillage improves the APE significantly, especially on low and medium efficiency households; (2) LF has a negative impact on APE, especially on low and medium efficiency households; (3) Combined-tillage could alleviate the adverse effects of LF on APE. In this regard, the paper also proposed some suggestions to face the adverse effects of LF and promote farmers' combined-tillage in production.

RESUMO: Com a transferência gradual de enorme força de trabalho jovem e de meia idade do campo agrícola para os setores não agrícolas, o papel negativo da fragmentação da terra (LF), relacionada à segurança alimentar, está cada vez mais refletido no processo de modernização agrícola. Enquanto isso, os papéis positivos da lavoura combinada dos agricultores na produção estão surgindo gradualmente. Com base no histórico acima, o objetivo deste estudo é explicar a relação entre o plantio direto dos agricultores, LF e eficiência da produção agrícola (APE). O estudo usou dados do levantamento e o modelo SFA-QR para investigar empiricamente os efeitos da FL e do plantio direto dos agricultores sobre o APE. Além disso, este artigo analisou o efeito moderador do plantio combinado dos agricultores na relação entre LF e APE. Os resultados demonstram que: (1) A lavoura combinada dos agricultores melhora significativamente o APE, especialmente em domicílios de baixa e média eficiência; (2) LF tem um impacto negativo na APE, especialmente em domicílios de baixa e média eficiência; (3) A lavoura combinada pode aliviar os efeitos adversos do LF no APE. Nesse sentido, o trabalho também propõe algumas sugestões para enfrentar os efeitos adversos da FL e promover o plantio combinado dos agricultores na produção.

Pequenos mamíferos como hospedeiros e reservatórios de Hantavírus em uma área periurbana de Mata Atlântica

Mammals play key roles in the dynamics of ecosystems, performing different ecosystem services. Among the forest mammals of neotropical regions, small mammals form one of the most diverse ecological groups. The landscape structure reflects on the displacement of individuals, changing the density of different populations of animals, influencing the transmission rate of pathogens between these animals, and also between humans. Small mammals are potential hosts and/or reservoirs of viruses that can cause zoonotic diseases. Among emerging zoonoses, in which the transmission cycle is related to these animals, hantaviruses are one of the most important. Literature data suggest that the viral detection rate in wild animals tends to be higher in degraded areas than in preserved areas. Data collected in a peri- urban area was compared with the scientific literature of similar analyses. Two field campaigns were carried out to capture small terrestrial mammals. For the detection of Hantavirus, oral and rectal swab samples were collected and analyzed from the captured specimens, and swab samples previously collected from chiroptera in the same location in 2021 were also analyzed. Of the 86 samples of small mammals analyzed by qPCR and by conventional PCR, all were negative for Hantavirus. The non-detection of Hantavirus in the small mammals sampled at the study site does not exclude the possibility of the presence of this virus in these animals in the sampled area and also in the region where this area is located, since this virus has already been found in nearby regions. It was not possible to verify if the hypothesis, that the incidence of Hantavirus in small mammals tends to be higher in degraded regions than in preserved regions, is true. It is necessary to have continuous monitoring, in small mammals and also in other wild animals, in order to have effective viral control and also to anticipate the emergence of new viruses of zoonotic origin.

Os mamíferos executam papéis fundamentais nas dinâmicas dos ecossistemas, protagonizando diferentes serviços ecossistêmicos. Dentre os mamíferos das florestas de regiões neotropicais, os pequenos mamíferos formam um dos grupos ecológicos mais diversificados. A estrutura da paisagem reflete no deslocamento de indivíduos, alterando a densidade de diferentes populações de animais, influenciando na taxa de transmissão de patógenos entre estes animais, e também entre humanos. Os pequenos mamíferos são potenciais hospedeiros e/ou reservatórios de vírus que podem ocasionar doenças zoonóticas. Dentre as zoonoses emergentes, em que o ciclo de transmissão está relacionado a esses animais, as hantaviroses são uma das mais importantes. Dados da literatura sugerem que a taxa de detecção viral em animais silvestres tende a ser maior em áreas degradadas do que em áreas preservadas. Comparou-se dados coletados em uma área de região periurbana com a literatura científica de análises semelhantes. Foram realizadas duas campanhas de campo para a captura de pequenos mamíferos terrestres. Para a detecção de Hantavírus, foram coletadas e analisadas amostras de swabs orais e retais dos espécimes capturados, e também foram analisadas amostras de swabs coletados anteriormente em quirópteros no mesmo local em 2021. Das 86 amostras de pequenos mamíferos analisadas por qPCR e por PCR convencional, todas foram negativas para Hantavírus. A não detecção de Hantavírus nos pequenos mamíferos amostrados no local de estudo não exclui a possibilidade de presença deste vírus nesses animais na área amostrada e também na região em que essa área se encontra, visto que este vírus já foi encontrado em regiões próximas. Não foi possível averiguar se a hipótese, de que a incidência de Hantavírus em pequenos mamíferos tende a ser maior em regiões degradadas do que em regiões preservadas, é verdadeira. É necessário que haja um monitoramento contínuo, em pequenos mamíferos e também em outros animais silvestres, para que se tenha um controle viral eficaz e também para antecipar o surgimento de novos vírus de origem zoonótica.

Endoparasites of marsupials in fragments of the Atlantic rainforest, western Paraná State, Brazil / Endoparasitas de marsupiais em fragmentos de Mata Atlântica no oeste do Estado do Paraná, Brasil

Abstract Knowledge of taxonomy and biodiversity of parasites is fundamental to better understand ecosystem dynamics. The objective of this study was to describe the helminth fauna of two species of marsupials in five fragments of the Atlantic rainforest in the western region of Paraná State, Brazil. In a total of 4050 trap-nights, the animals were captured using Sherman, Tomahawk, and Pitfall traps, euthanized, necropsied, and their organs inspected for helminths. After identification of the parasites, descriptors of infection, such as prevalence, mean abundance, mean intensity, and range of intensity, were calculated. Collectively, six helminth species were observed in 18 animals. The following five species were observed in Marmosa paraguayana: Viannaia hamata (58.8%), Gracilioxyuris agilisis (52.9%), Travassostrongylus sextus (17.6%), Oncicola luehei (5.9%), and Pritchardia boliviensis (5.9%). Whereas the following two species were observed in Monodelphis dimidiata: Trichohelix tuberculata (100%) and Travassostrongylus sextus (100%). This study represents a new locality record for all helminths described herein, and a new host for four helminth species. This is the first report on the helminth fauna of Monodelphis dimidiata, expanding knowledge about marsupials in the Brazilian Atlantic Forest.

Resumo Conhecimentos taxonômicos e da biodiversidade parasitária são fundamentais para uma melhor compreensão da dinâmica do ecossistema. O objetivo do estudo foi descrever a helmintofauna de marsupiais em cinco fragmentos de Mata Atlântica, na região Oeste do Estado do Paraná, Brasil. Em um total de 4.050 armadilhas/noite, os animais foram capturados com as do tipo Sherman, Tomahawk e Pitfall, eutanasiados, necropsiados e seus órgãos inspecionados em busca de helmintos. Após a identificação do parasita, foram calculados os indicadores de infecção (prevalência, abundância média, intensidade média e variação de intensidade). Seis espécies de helmintos foram observadas em dezoito animais; cinco em Marmosa paraguayana: Viannaia hamata (58,8%), Gracilioxyuris agilisis (52,9%), Travassostrongylus sextus (17,6%), Oncicola luehei (5,9%) e Pritchardia boliviensis (5,9%), e duas em Monodelphis dimidiata: Trichohelix tuberculata (100%) e Travassostrongylus sextus (100%). Este estudo representa um novo registro de localidade para todos os helmintos descritos e um novo hospedeiro para quatro deles. Trata-se do primeiro relato da helmintofauna de Monodelphis dimidiata, expandindo-se os conhecimentos sobre marsupiais na mata Atlântica brasileira.

Morcellement du corps et chirurgie bariatrique. De l'organique au corporel dans leur rapport aux logiques structrurelles / Body fragmentation and bariatric surgery. From the organic to the corporeal in their relationship to structural logics / Fragmentação do corpo e cirurgia bariátrica. Do orgânico ao corpóreo em sua relação com a lógica estrutural / Fragmentación corporal y cirurgía bariátrica. De lo orgánico a lo corpóreo en su relación con las lógicas estructurales

Les auteurs, cliniciens et chercheurs en psychopathologie, développent un phénomène psychique transtructurel rencontré chez des patients obèses opérés d'une chirurgie bariatrique: des fantasmes et des délires de morcellement corporel. C'est à partir d'un cas clinique de névrose et un autre de psychose, que l'impact psychique de la chirurgie bariatrique sera étudié, avec la mise en lumière d'une altération de l'image du corps et de ses sensations qui serait à l'origine de ce phénomène de morcellement.

The authors, clinicians, and researchers in psychopathology, developed a trans-structural psychic phenomenon found in obese patients who have undergone bariatric surgery: fantasies and delusions of body fragmentation. The psychic impact of bariatric surgery was studied based on a clinical case of neurosis and another one of psychosis, highlighting an alteration of body image and its sensations which would be at the origin of this phenomenon of fragmentation.

Resumos Os autores, clínicos e pesquisadores em psicopatologia, desenvolvem um fenômeno psíquico transestrutural encontrado em pacientes obesos submetidos à cirurgia bariátrica: fantasias e delírios de fragmentação do corpo. Com base em um caso clínico de neurose e outro de psicose, será estudado o impacto psíquico da cirurgia bariátrica, destacando uma alteração na imagem do corpo e suas sensações, que estariam na origem desse fenômeno de fragmentação.

Los autores, clínicos e investigadores en el campo de la psicopatología, desarrollan un fenómeno psíquico transestructural encontrado en pacientes obesos sometidos a la cirugía bariátrica: fantasías y delirios de fragmentación del cuerpo. Desde un caso clínico de neurosis y otro de psicosis, se estudiará el impacto psíquico de la cirugía bariátrica, destacando una alteración de la imagen corporal y de sus sensaciones, que serían el origen de este fenómeno de fragmentación.

Use of melatonin as an inhibitor of apoptotic process for cryopreservation of zebrafish (Danio rerio) embryos / Uso da melatonina como inibidor do processo apoptotico para a criopreservação de embriões de zebrafish (Danio rerio)

This study investigated the use of melatonin to arrest the effects of apoptosis in vitrified zebrafish (D. rerio) embryos. Dechorionated embryos at 22-24 somite-stage were divided (n = 60/treatment) into a non-vitrified (Control Group, 0 M melatonin) and vitrified treatments with 0 M (T1), 1 µM (T2) and 1 mM of melatonin (T3). For vitrified treatments, a solution methanol/propylene glycol based was used and the embryos stored in -196 °C for a week. After thaw, survival rate, scanning electron microscopy, expression of anti (bcl-2) and pro-apoptotic (bax/caspase-3) genes, reactive oxygen species (ROS) formation and DNA fragmentation analyses were performed. No live embryos were obtained from vitrified treatments, observing a rapid degeneration immediately after thawing, with the vitelline layer rupture and leakage of its content, followed by breakdown of epithelial cells and melanisation of the tissue. Regarding the apoptotic process, T3 had the highest relative gene expression, for the three genes (P 0.05). The inclusion of 1 µM of melatonin in the vitrifying solution, countered the effects of apoptotic process in post-thaw embryos, suggesting its utility in cryopreserving fish embryos.

Este estudo investigou o uso da melatonina para conter os efeitos da apoptose em embriões vitrificados de zebrafish (D. rerio). Embriões descorionados no estágio de 22-24 somitos foram divididos (n = 60 / tratamento) em tratamento não vitrificado (Grupo Controle, melatonina 0 M) e tratamentos vitrificados com 0 M (T1), 1 µM (T2) e 1 mM de melatonina (T3). Para os tratamentos vitrificados, utilizou-se uma solução à base de metanol/propilenoglicol e os embriões foram armazenados em -196 °C por uma semana. Após o descongelamento, foram realizadas análises de taxa de sobrevivência, microscopia eletrônica de varredura, expressão dos genes anti (bcl-2) e pró-apoptóticos (bax/caspase-3), formação de espécies reativas de oxigênio (EROS) e análises de fragmentação de DNA. Não foram obtidos embriões vivos a partir dos tratamentos vitrificados, observando uma rápida degeneração imediatamente após o descongelamento, com ruptura da camada vitelina e vazamento de seu conteúdo, seguida de quebra das células epiteliais e melanização do tecido. Em relação ao processo apoptótico. T3 apresentou expressão gênica relativa alta para os três genes (P 0,05). A inclusão de 1 µM de melatonina na solução de vitrificação, contrariou os efeitos do processo apoptótico em embriões pós-descongelamento, sugerindo sua utilidade na criopreservação de embriões de peixes.

Use of melatonin as an inhibitor of apoptotic process for cryopreservation of zebrafish (Danio rerio) embryos

Abstract This study investigated the use of melatonin to arrest the effects of apoptosis in vitrified zebrafish (D. rerio) embryos. Dechorionated embryos at 22-24 somite-stage were divided (n = 60/treatment) into a non-vitrified (Control Group, 0 M melatonin) and vitrified treatments with 0 M (T1), 1 µM (T2) and 1 mM of melatonin (T3). For vitrified treatments, a solution methanol/propylene glycol based was used and the embryos stored in -196 °C for a week. After thaw, survival rate, scanning electron microscopy, expression of anti (bcl-2) and pro-apoptotic (bax/caspase-3) genes, reactive oxygen species (ROS) formation and DNA fragmentation analyses were performed. No live embryos were obtained from vitrified treatments, observing a rapid degeneration immediately after thawing, with the vitelline layer rupture and leakage of its content, followed by breakdown of epithelial cells and melanisation of the tissue. Regarding the apoptotic process, T3 had the highest relative gene expression, for the three genes (P 0.05) furthermore, T2 had similar expression of pro-apoptotic genes to CG (P 0.05). ROS formation revealed that CG presented lower percentage of embryo surface area affected (3.80 ± 0.40%) (P 0.05), in contrast, no differences were found among the other groups. T1 was most significantly (P 0.05) damaged by DNA fragmentation. The vitrified groups with melatonin had similar damage levels of CG (P > 0.05). The inclusion of 1 µM of melatonin in the vitrifying solution, countered the effects of apoptotic process in post-thaw embryos, suggesting its utility in cryopreserving fish embryos.

Resumo Este estudo investigou o uso da melatonina para conter os efeitos da apoptose em embriões vitrificados de zebrafish (D. rerio). Embriões descorionados no estágio de 22-24 somitos foram divididos (n = 60 / tratamento) em tratamento não vitrificado (Grupo Controle, melatonina 0 M) e tratamentos vitrificados com 0 M (T1), 1 µM (T2) e 1 mM de melatonina (T3). Para os tratamentos vitrificados, utilizou-se uma solução à base de metanol/propilenoglicol e os embriões foram armazenados em -196 °C por uma semana. Após o descongelamento, foram realizadas análises de taxa de sobrevivência, microscopia eletrônica de varredura, expressão dos genes anti (bcl-2) e pró-apoptóticos (bax/caspase-3), formação de espécies reativas de oxigênio (EROS) e análises de fragmentação de DNA. Não foram obtidos embriões vivos a partir dos tratamentos vitrificados, observando uma rápida degeneração imediatamente após o descongelamento, com ruptura da camada vitelina e vazamento de seu conteúdo, seguida de quebra das células epiteliais e melanização do tecido. Em relação ao processo apoptótico. T3 apresentou expressão gênica relativa alta para os três genes (P 0,05), além disso, T2 apresentou expressão semelhante as dos genes pró-apoptóticos de GC (P 0,05). A formação de EROS revelou que GC apresentou menor percentual de área de superfície embrionária afetada (3,80 ± 0,40%) (P 0,05), ao contrário, não foram encontradas diferenças entre os outros grupos. T1 foi mais significativamente (P 0,05) danificado pela fragmentação do DNA. Os grupos vitrificados com melatonina apresentaram níveis de dano semelhantes ao do GC (P> 0,05). A inclusão de 1 µM de melatonina na solução de vitrificação, contrariou os efeitos do processo apoptótico em embriões pós-descongelamento, sugerindo sua utilidade na criopreservação de embriões de peixes.

Use of melatonin as an inhibitor of apoptotic process for cryopreservation of zebrafish (Danio rerio) embryos / Uso da melatonina como inibidor do processo apoptotico para a criopreservação de embriões de zebrafish (Danio rerio)

This study investigated the use of melatonin to arrest the effects of apoptosis in vitrified zebrafish (D. rerio) embryos. Dechorionated embryos at 22-24 somite-stage were divided (n = 60/treatment) into a non-vitrified (Control Group, 0 M melatonin) and vitrified treatments with 0 M (T1), 1 µM (T2) and 1 mM of melatonin (T3). For vitrified treatments, a solution methanol/propylene glycol based was used and the embryos stored in -196 °C for a week. After thaw, survival rate, scanning electron microscopy, expression of anti (bcl-2) and pro-apoptotic (bax/caspase-3) genes, reactive oxygen species (ROS) formation and DNA fragmentation analyses were performed. No live embryos were obtained from vitrified treatments, observing a rapid degeneration immediately after thawing, with the vitelline layer rupture and leakage of its content, followed by breakdown of epithelial cells and melanisation of the tissue. Regarding the apoptotic process, T3 had the highest relative gene expression, for the three genes (P < 0.05) furthermore, T2 had similar expression of pro-apoptotic genes to CG (P < 0.05). ROS formation revealed that CG presented lower percentage of embryo surface area affected (3.80 ± 0.40%) (P < 0.05), in contrast, no differences were found among the other groups. T1 was most significantly (P < 0.05) damaged by DNA fragmentation. The vitrified groups with melatonin had similar damage levels of CG (P > 0.05). The inclusion of 1 µM of melatonin in the vitrifying solution, countered the effects of apoptotic process in post-thaw embryos, suggesting its utility in cryopreserving fish embryos.(AU)

Este estudo investigou o uso da melatonina para conter os efeitos da apoptose em embriões vitrificados de zebrafish (D. rerio). Embriões descorionados no estágio de 22-24 somitos foram divididos (n = 60 / tratamento) em tratamento não vitrificado (Grupo Controle, melatonina 0 M) e tratamentos vitrificados com 0 M (T1), 1 µM (T2) e 1 mM de melatonina (T3). Para os tratamentos vitrificados, utilizou-se uma solução à base de metanol/propilenoglicol e os embriões foram armazenados em -196 °C por uma semana. Após o descongelamento, foram realizadas análises de taxa de sobrevivência, microscopia eletrônica de varredura, expressão dos genes anti (bcl-2) e pró-apoptóticos (bax/caspase-3), formação de espécies reativas de oxigênio (EROS) e análises de fragmentação de DNA. Não foram obtidos embriões vivos a partir dos tratamentos vitrificados, observando uma rápida degeneração imediatamente após o descongelamento, com ruptura da camada vitelina e vazamento de seu conteúdo, seguida de quebra das células epiteliais e melanização do tecido. Em relação ao processo apoptótico. T3 apresentou expressão gênica relativa alta para os três genes (P <0,05), além disso, T2 apresentou expressão semelhante as dos genes pró-apoptóticos de GC (P <0,05). A formação de EROS revelou que GC apresentou menor percentual de área de superfície embrionária afetada (3,80 ± 0,40%) (P <0,05), ao contrário, não foram encontradas diferenças entre os outros grupos. T1 foi mais significativamente (P <0,05) danificado pela fragmentação do DNA. Os grupos vitrificados com melatonina apresentaram níveis de dano semelhantes ao do GC (P> 0,05). A inclusão de 1 µM de melatonina na solução de vitrificação, contrariou os efeitos do processo apoptótico em embriões pós-descongelamento, sugerindo sua utilidade na criopreservação de embriões de peixes.(AU)

Morphometry of fruits and pyrenes in two morphotypes and populations of Butia purpurascens Glassman (Arecaceae) / Morfometria de frutos e pirênios em dois morfotipos e populações de Butia purpurascens Glassman (Arecaceae)

Morphometry of fruits and seeds is a useful and important information for phenotyping and genetic characterization of crop plant species and, for conservation of endangered species, as is the case of Butia purpurascens Glassman. In this study, we determined comparatively the morphometric features of fruits and pyrenes between yellow and magenta B. purpurascens morphotypes, located in four different sites (populations). We processed 1380 fruits collected from 69 individuals. We evaluated the length, width and weight of the fruits and pyrenes, the fresh and dry pulp mass, and percentage of pulp moisture. Yellow morph showed larger and heavier fruits than magenta morph. Morphometric differences were also evident among the four populations, suggesting that ecosystems fragmentation can cause deleterious genetic effects in B. purpurascens in long-term.

A morfometria de frutos e sementes é uma informação útil e importante para fenotipagem e caracterização genética de espécies vegetais com potencial econômico e, para a conservação de espécies ameaçadas, como é o caso de Butia purpurascens. Nesse estudo, determinamos comparativamente as características morfométricas de frutos e pirênios entre morfotipos amarelo e magenta de B. purpurascens, localizados em quatro localidades diferentes (populações). Beneficiamos 1380 frutos, coletados em 69 indivíduos. Avaliamos o comprimento, largura e o peso dos frutos e pirênios, a massa fresca e seca da polpa, e a porcentagem de umidade da polpa. O morfotipo amarelo apresentou frutos maiores e mais pesados do que o morfotipo magenta. Diferenças morfométricas também foram notórias entre as quatro populações, sugerindo que a fragmentação de ecossistemas pode causar efeitos genéticos deletérios em B. purpurascens ao longo do tempo.

Use of melatonin as an inhibitor of apoptotic process for cryopreservation of zebrafish (Danio rerio) embryos / Uso da melatonina como inibidor do processo apoptotico para a criopreservação de embriões de zebrafish (Danio rerio)

This study investigated the use of melatonin to arrest the effects of apoptosis in vitrified zebrafish (D. rerio) embryos. Dechorionated embryos at 22-24 somite-stage were divided (n = 60/treatment) into a non-vitrified (Control Group, 0 M melatonin) and vitrified treatments with 0 M (T1), 1 µM (T2) and 1 mM of melatonin (T3). For vitrified treatments, a solution methanol/propylene glycol based was used and the embryos stored in -196 °C for a week. After thaw, survival rate, scanning electron microscopy, expression of anti (bcl-2) and pro-apoptotic (bax/caspase-3) genes, reactive oxygen species (ROS) formation and DNA fragmentation analyses were performed. No live embryos were obtained from vitrified treatments, observing a rapid degeneration immediately after thawing, with the vitelline layer rupture and leakage of its content, followed by breakdown of epithelial cells and melanisation of the tissue. Regarding the apoptotic process, T3 had the highest relative gene expression, for the three genes (P < 0.05) furthermore, T2 had similar expression of pro-apoptotic genes to CG (P < 0.05). ROS formation revealed that CG presented lower percentage of embryo surface area affected (3.80 ± 0.40%) (P < 0.05), in contrast, no differences were found among the other groups. T1 was most significantly (P < 0.05) damaged by DNA fragmentation. The vitrified groups with melatonin had similar damage levels of CG (P > 0.05). The inclusion of 1 µM of melatonin in the vitrifying solution, countered the effects of apoptotic process in post-thaw embryos, suggesting its utility in cryopreserving fish embryos.

Este estudo investigou o uso da melatonina para conter os efeitos da apoptose em embriões vitrificados de zebrafish (D. rerio). Embriões descorionados no estágio de 22-24 somitos foram divididos (n = 60 / tratamento) em tratamento não vitrificado (Grupo Controle, melatonina 0 M) e tratamentos vitrificados com 0 M (T1), 1 µM (T2) e 1 mM de melatonina (T3). Para os tratamentos vitrificados, utilizou-se uma solução à base de metanol/propilenoglicol e os embriões foram armazenados em -196 °C por uma semana. Após o descongelamento, foram realizadas análises de taxa de sobrevivência, microscopia eletrônica de varredura, expressão dos genes anti (bcl-2) e pró-apoptóticos (bax/caspase-3), formação de espécies reativas de oxigênio (EROS) e análises de fragmentação de DNA. Não foram obtidos embriões vivos a partir dos tratamentos vitrificados, observando uma rápida degeneração imediatamente após o descongelamento, com ruptura da camada vitelina e vazamento de seu conteúdo, seguida de quebra das células epiteliais e melanização do tecido. Em relação ao processo apoptótico. T3 apresentou expressão gênica relativa alta para os três genes (P <0,05), além disso, T2 apresentou expressão semelhante as dos genes pró-apoptóticos de GC (P <0,05). A formação de EROS revelou que GC apresentou menor percentual de área de superfície embrionária afetada (3,80 ± 0,40%) (P <0,05), ao contrário, não foram encontradas diferenças entre os outros grupos. T1 foi mais significativamente (P <0,05) danificado pela fragmentação do DNA. Os grupos vitrificados com melatonina apresentaram níveis de dano semelhantes ao do GC (P> 0,05). A inclusão de 1 µM de melatonina na solução de vitrificação, contrariou os efeitos do processo apoptótico em embriões pós-descongelamento, sugerindo sua utilidade na criopreservação de embriões de peixes.

Sistemas de informação na gestão de recursos humanos em saúde da Secretaria de Estado de Saúde do Rio de Janeiro / Information systems in the administration of human resources in health at the Rio de Janeiro State Department of Health

Este estudo aborda o tema de sistemas de informação utilizados na gestão de recursos humanos em saúde na Secretaria de Estado de Saúde do Rio de Janeiro (SES/RJ), órgão da Administração Direta do Poder Executivo do Estado. A SES/RJ é responsável por definir políticas de saúde no Estado, a qual utiliza vários sistemas de informação para gestão de sua força de trabalho, com evidências de fragmentação dos dados, dificuldade na gestão das informações e prejuízo na definição de estratégias. Nesse sentido, este trabalho tem como objetivo descrever os sistemas de informação de recursos humanos em uso na SES/RJ, no contexto dos modelos de gestão adotados em suas unidades de saúde, e contribuir para melhorar a gestão de recursos humanos e das informações geradas no âmbito da instituição, fornecendo subsídios para o processo de tomada de decisão. Para tanto, fez-se, primeiramente, uma revisão bibliográfica sobre o tema desde o ano de 1995, período da Reforma do Estado, e uma pesquisa documental em portais e legislações, tanto da SES/RJ como de outros órgãos estaduais, assim como das esferas federal e municipal. Em seguida, o trabalho discute as possibilidades e os subsídios que possam favorecer a interoperabilidade desses sistemas e, assim, facilitar a gestão da força de trabalho na instituição.

This study investigates the use of information systems in the administration of human resources in health at the Rio de Janeiro State Department of Health (SES/RJ), which is part of the Direct Administration of the State Government. SES/RJ oversees establishing state health policies and managing its staff using a variety of information systems, with evidence of data fragmentation, information management challenges, and strategy development impairment. In this sense, this study aims to describe the human resources information systems in use at SES/RJ in relation to the management models used in its health units, as well as to contribute to improving human resources management and the information generated within the institution by providing decision-making inputs. To that end, we conducted a bibliographic review of the topic dating back to 1995, during the State Reform period, as well as document search in the portals and legislation of SES/RJ and other state agencies, as well as federal and municipal domains. The study then moves on to the possibilities and advantages that may encourage system interoperability and, as a result, make labor management in the institution easier.

In pieces: fragmentation in the work of sándor ferenczi / Em pedaços: a fragmentação na obra de sándor ferenczi

RESUMO: Existem duas maneiras de se pensar a fragmentação subjetiva na obra de Ferenczi. Os fragmentos podem resultar de um choque ou podem estar relacionados a uma multiplicidade original da qual a própria subjetividade deriva. Neste artigo, levo em consideração as duas perspectivas nos textos ferenczianos, enfocando mais uma delas - o fragmento como irredutível à unidade. Trata-se de uma questão contemporânea, uma vez que as subjetividades e suas relações afetivas, estéticas e políticas funcionam hoje, predominantemente, sob forma fragmentária.

Abstract: There are two ways to conceive the idea of fragmentation in Ferenczi's work. They may result from a shock or they may be related to an original multiplicity from which subjectivity itself derives. In this paper I take into consideration the two perspectives of fragments in Ferenczian articles, but focusing more on one of them - the idea of fragment as irreducible to a unity. It is a contemporary issue, since subjectivities, and their affective, aesthetic and political relations work predominantly in fragmentary mode today.

Anthropogenic river fragmentation reduces long-term viability of the migratory fish Salminus brasiliensis (Characiformes: Bryconidae) populations

Life-history, geographical barriers, and damming can shape the genetic diversity of freshwater migratory fish, which are particularly vulnerable to anthropogenic impacts. We investigated the genetic diversity of Salminus brasiliensis, a long-distance migratory species that is recognized as an important provider of ecosystem services. We implemented microsatellite analyses to assess genetic diversity and simulate future scenarios for evaluating the long-term viability of dammed and non-dammed populations from the Uruguay River. High levels of genetic diversity were detected for all sampled populations. However, effective population sizes were lower in the uppermost river stretches, where the landscape is highly fragmented. Population structure analysis indicated two spatial genetic populations. It is suggested that this genetic structure preserves populations partially isolated by an ancient natural barrier, instead of being a result of the presence of dams. The simulated genetic scenarios indicated that genetic variability of S. brasiliensis populations from upstream dams could collapse over the years, mainly due to the reduction in the number of alleles. Therefore, besides helping to better understand issues related to the influence of dams on the genetic diversity of migratory fish, our results are especially relevant for driving local fishery policies and management actions for the species conservation.'

História de vida, barreiras geográficas e barramento dos rios podem moldar a diversidade genética de grandes peixes migratórios de água doce, que são particularmente vulneráveis a impactos antrópicos. Nós investigamos a diversidade genética de Salminus brasiliensis, uma espécie migratória de longa distância que é reconhecida como um importante provedor de serviços ecossistêmicos. Realizamos análises de microssatélites para avaliar a diversidade genética e simular cenários futuros, possibilitando estimar a viabilidade em longo prazo de populações situadas em regiões com e sem represas do rio Uruguai. Altos níveis de diversidade genética foram detectados para todas as populações amostradas. Contudo, os tamanhos populacionais efetivos foram menores nos trechos superiores do rio, onde a paisagem é altamente fragmentada. A análise da estrutura populacional indicou duas populações genéticas espaciais. Sugere-se que esta estrutura genética preserva populações parcialmente isoladas por uma antiga barreira natural, ao invés de ser resultado da presença de barragens. Os cenários genéticos simulados indicaram que a variabilidade genética das populações de S. brasiliensis situadas a montante das barragens entraria em colapso ao longo dos anos, principalmente como resultado da redução do número de alelos. Portanto, além de ajudar a entender melhor questões relacionadas à influência de barragens na diversidade genética de peixes migradores, nossos resultados são especialmente relevantes para a condução de políticas pesqueiras locais e ações de manejo para a conservação das espécies.(AU)

Effect of cryoprotectant on the motility, viability, fertilization, and DNA integrity of naleh fish Barbonymus sp. (Cyprinidae) sperm / Efeito do crioprotetor na motilidade, viabilidade, fertilização e integridade do DNA no sêmen de peixes naleh Barbonymus sp. (Cyprinidae)

Naleh fish Barbonymus sp. is a commercial freshwater fish, which is indigenous to Aceh, Indonesia. The population of this species has declined over the years as a result of habitat perturbations and overfishing. Hence, the crucial need to develop a cryopreservation method to support breeding programs. This involved the use of a cryoprotectant as an important component. The objective of this study, therefore, was to explore the best cryoprotectant for naleh fish spermatozoa, and a total of five types were tested. These include the DMSO, Methanol, Ethanol, Glycerol, and Ethylene Glycol at a similar concentration of 10%, which were individually combined with 15% egg yolk, and every treatment was performed in three replications. Conversely, Ringer's solution was adopted as an extender, and the sperm was cryopreserved in liquid nitrogen for 15 days. The results showed significant influence on sperm motility and viability, as well as egg fertility of naleh fish (P <0.05), although the DMSO provided the best outcome, compared to others at 47.17%, 50.13%, and 45.67%, respectively. Furthermore, DNA fragmentation had not occurred in the fresh and cryopreserved sperm samples, indicating the protective effect of tested cryoprotectants. It is concluded that the 10% DMSO and 15% egg yolk is the best cryoprotectant for naleh fish spermatozoa.(AU)

O peixe naleh Barbonymus sp. é um peixe comercial de água doce, originário de Aceh, Indonésia. Durante vários anos, as perturbações provocadas no seu habitat e a pesca predatória determinaram o declínio da sua população, cuja preservação deve apoiar-se em um programa de reprodução controlada, com o emprego de espermatozoides criopreservados. O presente trabalho realizou um estudo comparativo de cinco crioprotetores: dimetilsultóxido, metanol, etanol, glicerol e etileno glicol. Todos os crioprotetores foram testados na concentração de 10%, combinados a 15% de gema de ovo. Cada tratamento foi efetuado em triplicatas. A solução de ringer foi utilizada como extensor e o esperma foi criopreservado em nitrogênio líquido por 15 dias. Os resultados obtidos revelaram a existência de influência significante (P<0,05) na viabilidade e motilidade espermática bem como na fertilidade dos ovos do peixe naleh, em que o dimetilsulfóxido apresentou o melhor resultado com os valores de 47,17%, 50,13% e 45,67%, respectivamente. Por outro lado, a fragmentação do DNA não ocorreu nas amostras de esperma fresco e criopreservado, indicando o efeito protetor dos crioprotetores testados. A conclusão obtida foi que o dimetilsulfóxido e 15% de gema de ovo foram o melhor crioprotetor para os espermatozoides do peixe naleh.(AU)