ABSTRACT
El diagnóstico microbiológico es esencial en el conocimiento y manejo de las enfermedadesinfecciosas, tanto en los procesos habituales de la práctica clínica como en la aparición denuevos microorganismos, como en los próximos que puedan aparecer con el cambio climáticoy la nueva situación de los vectores que transmiten enfermedades en nuestro medio. El 11 de marzo 2020 la Organización Mundial de la Salud declaró la alerta por pandemiamundial por SARS-CoV-2 que se descubrió y se aisló por primera vez en Wuhan, China, en unbrote de neumonía de etiología desconocida vinculada a un mercado. Es una infección quetiene un origen zoonótico, se transmitió de un huésped animal a uno humano. Actualmente nose conoce de forma clara de dónde proviene el SARS-CoV-2. A principios de enero de 2020, científicos chinos anunciaron que habían aislado y secuenciadocompletamente el virus y lo publicaron; esto permitió disponer de técnicas de PCR para realizar eldiagnóstico de la infección por SARS Cov2 en todo el mundo. El objetivo de este trabajo es revisarel papel llevado a cabo desde el Servicio de Microbiología Clínica del Hospital Universitario deNavarra en la pandemia de COVID-19 y, en concreto, en nuestra comunidad, Navarra. Más de dos años después y, sin dejar de lado el profundo impacto sanitario, familiar y socialque ha tenido, debemos quedarnos con lo positivo del aprendizaje profesional y personaladquirido para aplicarlo en nuestro día a día, así como para las futuras pandemias que vengan.(AU)
Subject(s)
Humans , Diagnostic Techniques and Procedures , Coronavirus Infections/epidemiology , Coronavirus Infections/microbiology , Diagnostic Tests, Routine , Pandemics , Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus , Communicable Diseases/microbiology , Delivery of Health Care , Public Health , Coronavirus Infections/diagnosisABSTRACT
INTRODUCCIÓN: El objetivo de este trabajo fue conocer, mediante una encuesta nacional, los métodos y técnicas empleados para el diagnóstico de Helicobacter pylori (Hp) en los distintos servicios/laboratorios de microbiología clínica en España, así como datos de resistencia antibiótica. MÉTODOS: En la encuesta se preguntaba sobre los métodos de diagnóstico realizados (serología, detección de antígeno en heces, cultivo de biopsias gástricas y PCR) y por la realización de pruebas de sensibilidad antibiótica. También fueron solicitados el número de muestras procesadas en 2016, la positividad de cada técnica empleada y porcentajes de resistencia antibiótica. La encuesta fue enviada por correo electrónico entre octubre y diciembre de 2017 a los responsables de 198 laboratorios de microbiología clínica. RESULTADOS: En total, 51 centros de 29 provincias respondieron a la encuesta y 48 de ellos realizaban algún tipo de técnica de diagnóstico de Hp en su laboratorio. En cuanto a las técnicas empleadas, el cultivo de biopsia gástrica fue el más utilizado (37/48), seguido de la detección de antígeno en heces (35/48), la serología (19/48) y la PCR (5/48). Respecto a la sensibilidad antibiótica, se observaron altas tasas de resistencia, especialmente a metronidazol y claritromicina (superiores al 33%). CONCLUSIÓN: El cultivo de biopsia gástrica fue la técnica diagnóstica de Hp utilizada por más centros, mientras que la detección de antígeno en heces mediante inmunocromatografía fue con la que se analizaron el mayor número de muestras. En España, en la actualidad, es preocupante el aumento de resistencia de Hp a antibióticos de «primera línea»
INTRODUCTION: The aim of this study was to know, through a national survey, the methods and techniques used for the diagnosis of Helicobacter pylori (Hp) in the different Clinical Microbiology Services/Laboratories in Spain, as well as antibiotic resistance data. METHODS: The survey requested information about the diagnostic methods performed for Hp detection in Clinical Microbiology laboratories, including serology, stool antigen, culture from gastric biopsies, and PCR. In addition, the performance of antibiotic susceptibility was collected. Data on the number of samples processed in 2016, positivity of each technique and resistance data were requested. The survey was sent by email (October-December 2017) to the heads of 198 Clinical Microbiology Laboratories in Spain. RESULTS: Overall, 51 centers from 29 regions answered the survey and 48/51 provided Hp microbiological diagnostic testing. Concerning the microbiological methods used to diagnose Hp infection, the culture of gastric biopsies was the most frequent (37/48), followed by stool antigen detection (35/48), serology (19/48) and biopsy PCR (5/48). Regarding antibiotic resistance, high resistance rates were observed, especially in metronidazole and clarithromycin (over 33%). CONCLUSION: Culture of gastric biopsies was the most frequent method for detection of Hp, but the immunochromatographic stool antigen test was the one with which the largest number of samples were analyzed. Nowadays, in Spain, it concerns the problem of increased antibiotic resistance to 'first-line' antibiotics
Subject(s)
Humans , Helicobacter Infections/diagnosis , Health Care Surveys , Helicobacter Infections/microbiology , Polymerase Chain Reaction , Helicobacter pylori/isolation & purification , Biopsy , Serologic Tests , Chromatography, Affinity , Sensitivity and Specificity , Surveys and Questionnaires , Spain , Drug Resistance, BacterialABSTRACT
INTRODUCCIÓN: La linfadenitis cervical es la infección más frecuente por micobacterias no tuberculosas (MNT) en niños inmunocompetentes, principalmente menores de 5 años. Durante años se ha considerado a Mycobacterium lentiflavum (M. lentiflavum) una inusual MNT causante de esta patología. MÉTODOS: Se realizó un estudio retrospectivo, observacional desde 2009 a 2016, que incluyó a pacientes pediátricos del Hospital Infantil Universitario Niño Jesús de Madrid, diagnosticados clínicamente y microbiológicamente de linfadenitis cervical por MNT. RESULTADOS: En el periodo estudiado se registraron 28 casos de linfadenitis cervical. En 23 (82,14%) pacientes se aisló M. lentiflavum y en 5 (17,85%), Mycobacterium avium. De los 23 pacientes con infección por M. lentiflavum, la localización más frecuente fue la submandibular (43,47%), 15 (65,21%) fueron niños, la media de edad global fue de 30,8 meses y todos los casos evolucionaron satisfactoriamente. CONCLUSIÓN: M. lentiflavum debe ser considerado como un importante patógeno emergente causante de linfadenitis cervical en población pediátrica
INTRODUCTION: Cervical lymphadenitis is the most common nontuberculous mycobacteria (NTM) infection in immunocompetent children, mainly in those under 5years. For many years Mycobacterium lentiflavum (M. lentiflavum) has been considered a rare NTM causing lymphadenitis. METHODS: A restrospective study was performed in pediatric patients with microbiologically confirmed NTM cervical lympahdenitis at the Niño Jesús Hospital in Madrid during 2009-2016. RESULTS: During the period studied, 28 cases of cervical lymphadenitis were recorded. In 23 (82.14%) and in 5 (17,85%) cases, M. lentiflavum and Mycobacterium avium were isolated, respectively. In those patients infected with M. lentiflavum, the most frequent location was sub-maxilar (43.47%); 15 (65.21%) were boys, global median age was 30,8 months and all cases showed a satisfactory evolution. CONCLUSION: We propose that M. lentiflavum should be considered an important emergent pathogen cause of cervical lymphadenitis in the pediatric population
Subject(s)
Humans , Male , Female , Infant , Child, Preschool , Tuberculosis, Lymph Node/microbiology , Tuberculosis, Lymph Node/diagnosis , Mycobacterium/classification , Mycobacterium/isolation & purification , Retrospective Studies , Biopsy, Fine-Needle , Observational StudyABSTRACT
INTRODUCTION: Kidney donor shortage requires expanding donor selection criteria, as well as use of objective tools to minimize the percentage of discarded organs. Some donor pre-transplant variables such as age, standard/expanded criteria donor (SCD/ECD) definition and calculation of the Kidney Donor Profile Index (KDPI), have demonstrated correlations with patient and graft outcomes. We aimed to establish the accuracy of the three models to determine the prognostic value of kidney transplantation (KT) major outcomes. MATERIAL AND METHODS: We performed a retrospective study in deceased donor KTs at our institution. Unadjusted Cox and Kaplan-Meier survival, and multivariate Cox analyses were fitted to analyze the impact of donor age, SCD/ECD and KDPI on outcomes. RESULTS: 389 KTs were included. Mean donor age was 53.6 ± 15.2 years; 163 (41.9%) came from ECD; mean KDPI was 69.4 ± 23.4%. Median follow-up was 51.9 months. The unadjusted Cox and Kaplan-Meier showed that the three prognostic variables of interest were related to increased risk of patient death, graft failure and death-censored graft failure. However, in the multivariate analysis only KDPI was related to a higher risk of graft failure (HR 1.03 [95% CI 1.01-1.05]; p = 0.014). CONCLUSIONS: SCD/ECD classification did not provide significant prognostic information about patient and graft outcomes. KDPI was linearly related to a higher risk of graft failure, providing a better assessment. More studies are needed before using KDPI as a tool to discard or accept kidneys for transplantation
INTRODUCCIÓN: La escasez de donantes de riñón requiere una ampliación de los criterios de selección de donantes, así como el uso de herramientas objetivas para minimizar el porcentaje de órganos descartados. Algunas variables pretrasplante del donante, como la edad, la definición de donante con criterios de selección estándar/ampliados (standard/expanded criteria donor [SCD/ECD]) y el cálculo del índice del perfil de donante renal (Kidney Donor Profile Index [KDPI]) han demostrado correlación con los resultados del paciente y el injerto. Nuestro objetivo fue evaluar la precisión de 3 modelos diferentes para determinar el valor pronostico en los resultados del trasplante renal. MATERIALES Y MÉTODOS: Llevamos a cabo un estudio retrospectivo de TR de donantes fallecidos en nuestro centro. Se realizó un analisis de supervivencia mediante curvas de Kaplan-Meir y Cox no ajustado, ai como un analisis multivariante de Cox para analizar el impacto de la edad del donante, la definición SCD/ECD y el índice KDPI sobre los resultados. RESULTADOS: Se incluyeron 389 TR. La media de edad de los donantes era de 53,6 ± 15,2 años; 163 (41,9%) procedían de donantes ECD; el índice KDPI medio era de 69,4 ± 23,4%. La mediana de seguimiento era de 51,9 meses. Los análisis de Kaplan-Meier y de Cox no ajustado mostraron que las 3 variables pronósticas de interés estaban relacionadas con un mayor riesgo de muerte del paciente, fracaso del injerto y fracaso del injerto censurado por la muerte. Sin embargo, en el análisis multivariable solamente el índice KDPI estuvo relacionado con un mayor riesgo de fracaso del injerto (HR: 1,03 [IC 95%: 1,01-1,05]; p = 0,014). CONCLUSIONES: La clasificación SCD/ECD no proporcionó información pronóstica significativa sobre los desenlaces del paciente y el injerto. El índice KDPI estuvo linealmente relacionado con un mayor riesgo de fracaso del injerto, por lo que ofrecía una mejor evaluación. Es necesario realizar más estudios antes de usar el índice KDPI como herramienta para descartar o aceptar riñones para trasplante
Subject(s)
Humans , Male , Female , Adult , Middle Aged , Aged , Kidney Transplantation , Risk Assessment/methods , Donor Selection/methods , Retrospective Studies , Kaplan-Meier Estimate , Age Factors , Cohort Studies , Prognosis , SpainABSTRACT
Antecedentes: Curvularia es un género fúngico dematiáceo responsable de queratitis, onicomicosis e infecciones de piel. En 2014, gracias a la secuenciación, se describieron cinco nuevas especies dentro del género, entre ellas Curvularia hominis. En este trabajo se describe el primer caso clínico de infección por C.hominis en España. Se trata de un caso de úlcera corneal producida por esta especie recientemente descubierta. Caso clínico: Un varón de 46 años acudió a urgencias por presentar una úlcera corneal en el ojo izquierdo. Se le tomó muestra de la lesión e ingresó en el hospital por riesgo de perforación corneal. El cultivo de la muestra reveló un hongo filamentoso cuyo examen microscópico permitió identificar como Curvulariaspp. Mediante espectrometría de masas MALDI-TOF el hongo fue identificado como Curvularia lunata. Para confirmar la identificación se envió el aislamiento al Centro Nacional de Microbiología de España, donde se llevó a cabo la secuenciación de la región ITS y finalmente se identificó como C.hominis. El paciente fue tratado con voriconazol y evolucionó favorablemente. Para la recuperación de la córnea dañada fue sometido a un trasplante de membrana amniótica. Conclusiones: C.hominis debe ser considerado un agente causal de queratitis y en la actualidad las técnicas de secuenciación son necesarias para su identificación. Este caso clínico constituye el primero descrito en España producido por esta especie
Background: Dematiaceous fungal genus Curvularia is a causal agent of keratitis, onychomycosis, and skin infections. In 2014, using DNA sequencing techniques, five new species, including Curvularia hominis, were described. In this article, a report is presented on the first clinical case of C.hominis infection in Spain. It concerns a corneal ulcer caused by this recently described species. Case report: A 46 year-old male patient with a corneal ulcer in his left eye went to the Emergency Department. Specimens were obtained from the lesion, and the patient was admitted due to the risk of corneal perforation. The fungal culture of the specimens revealed a filamentous fungus that was identified by microscopic examination as Curvulariaspp. Using mass spectrometry (MALDI-TOF) the isolate was identified as Curvularia lunata. To confirm the identification, the isolate was sent to the National Centre of Microbiology in Spain, where ITS region sequencing was performed, and it was finally identified as C.hominis. The patient received voriconazole and progressed favourably. To repair the corneal damage, the patient received an amniotic membrane transplantation. Conclusions: C.hominis should be considered a causal agent of keratitis and sequencing techniques are now necessary for species-level identification of Curvularia isolates. This is the first case report in Spain caused by this species
Subject(s)
Humans , Male , Middle Aged , Keratitis/microbiology , Eye Infections, Fungal/microbiology , Corneal Ulcer/microbiology , Fungi/classification , Fungi/isolation & purification , Voriconazole/therapeutic use , Sequence Analysis, DNAABSTRACT
No disponible
Subject(s)
Humans , Lung Transplantation/statistics & numerical data , Respiration, Artificial , High-Frequency Jet Ventilation/methods , Treatment Outcome , Postoperative Complications/epidemiology , Bronchiolitis/epidemiology , Respiratory Insufficiency/epidemiology , Graft Rejection/epidemiologyABSTRACT
Mucormycosis is a rare and often fatal opportunistic infection that especially occurs in immunocompromised patients. Primary gastrointestinal infection is uncommon and accounts for only approximately 7% of all cases of mucormycosis but it is associated with an 85% mortality rate due to perforation and massive bleeding. Very few cases of gastrointestinal mucormycosis in an immunocompetent host have been reported. We describe a case of gastric necrosis and massive bleeding due to fulminant invasive mucormycosis (AU)
No disponible
Subject(s)
Humans , Female , Middle Aged , Mucormycosis/diagnosis , Mucormycosis/pathology , Mucormycosis/surgery , Intestinal Perforation/complications , Intestinal Perforation/pathology , Gastrointestinal Hemorrhage/complications , Gastrointestinal Hemorrhage/mortality , Gastrointestinal Hemorrhage/physiopathology , Digestive System Surgical Procedures/methods , Opportunistic Infections/complications , Opportunistic Infections/surgery , Opportunistic Infections , Antifungal Agents/therapeutic useABSTRACT
No disponible
Subject(s)
Humans , Dermatomycoses/microbiology , Fungi/pathogenicity , Mycoses/microbiology , Risk FactorsABSTRACT
No disponible