Your browser doesn't support javascript.
Mostrar: 20 | 50 | 100
Resultados 1 - 20 de 9.056
PLoS Pathog ; 17(3): e1009318, 2021 03.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33662033


Species taxa are the units of taxonomy most suited to measure virus diversity, and they account for more than 70% of all virus taxa. Yet, as evidenced by the content of GenBank entries and illustrated by the recent literature on SARS-CoV-2, they are the most neglected taxa of virus research. To correct this disparity, we propose to make species taxa a first choice for communicating virus taxonomy in publications concerning viruses. We see it as a key step toward promoting research on diverse viruses, including pathogens, at this fundamental level of biology.

Classificação , Terminologia como Assunto , Vírus/classificação , Virologia
PLoS One ; 16(2): e0247086, 2021.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33600477


The explosion of disinformation accompanying the COVID-19 pandemic has overloaded fact-checkers and media worldwide, and brought a new major challenge to government responses worldwide. Not only is disinformation creating confusion about medical science amongst citizens, but it is also amplifying distrust in policy makers and governments. To help tackle this, we developed computational methods to categorise COVID-19 disinformation. The COVID-19 disinformation categories could be used for a) focusing fact-checking efforts on the most damaging kinds of COVID-19 disinformation; b) guiding policy makers who are trying to deliver effective public health messages and counter effectively COVID-19 disinformation. This paper presents: 1) a corpus containing what is currently the largest available set of manually annotated COVID-19 disinformation categories; 2) a classification-aware neural topic model (CANTM) designed for COVID-19 disinformation category classification and topic discovery; 3) an extensive analysis of COVID-19 disinformation categories with respect to time, volume, false type, media type and origin source.

Classificação/métodos , Comunicação , Redes Neurais de Computação , Curadoria de Dados
J Insect Sci ; 21(1)2021 Jan 01.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33590866


The family-level relationships within Plecoptera have been a focused area of research for a long time. Its higher classification remains unstable, and the phylogenetic relationships within Plecoptera should be re-examined. Here, we sequenced and analyzed two complete mitochondrial genomes (mitogenomes) of Paraleuctra cercia and Perlomyia isobeae of the family Leuctridae. We reconstructed the phylogeny of Plecoptera based on 13 protein-coding genes (PCGs) from published stoneflies. Our results showed that the Bayesian inference and maximum-likelihood tree had similar topological structures except for the positions of two families, Peltoperlidae and Scopuridae. The Plecoptera is divided into two clades, the suborder Antarctoperlaria and the suborder Arctoperlaria. The two suborders subsequently formed two groups, Eusthenioidea and Gripopterygoidea, and Euholognatha and Systellognatha, which is consistent with the results of morphological studies. In addition, the Leuctridae is the earliest branch within the superfamily Nemouroidea. But the monophyly of Perloidea and Pteronarcyoidea are still not well supported.

Genoma Mitocondrial , Insetos/classificação , Insetos/genética , Animais , Classificação , Filogenia
Eur J Protistol ; 78: 125694, 2021 Apr.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33500175


Denis Lynn (1947-2018) was an outstanding protistologist, applying multiple techniques and data sources and thus pioneering an integrative approach in order to investigate ciliate biology. For example, he recognized the importance of the ultrastructure for inferring ciliate phylogeny, based on which he developed his widely accepted classification scheme for the phylum Ciliophora. In this paper, recent findings regarding the evolution and systematics of both peritrichs and the mainly marine planktonic oligotrichean spirotrichs are discussed and compared with the concepts and hypotheses formulated by Denis Lynn. Additionally, the state of knowledge concerning the diversity of ciliates in bromeliad phytotelmata and amitosis in ciliates is reviewed.

Cilióforos , Biodiversidade , Cilióforos/classificação , Cilióforos/fisiologia , Classificação , Roma , Sociedades
Microbiome ; 9(1): 4, 2021 01 09.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33422152


BACKGROUND: Widespread bioinformatic resource development generates a constantly evolving and abundant landscape of workflows and software. For analysis of the microbiome, workflows typically begin with taxonomic classification of the microorganisms that are present in a given environment. Additional investigation is then required to uncover the functionality of the microbial community, in order to characterize its currently or potentially active biological processes. Such functional analysis of metagenomic data can be computationally demanding for high-throughput sequencing experiments. Instead, we can directly compare sequencing reads to a functionally annotated database. However, since reads frequently match multiple sequences equally well, analyses benefit from a hierarchical annotation tree, e.g. for taxonomic classification where reads are assigned to the lowest taxonomic unit. RESULTS: To facilitate functional microbiome analysis, we re-purpose well-known taxonomic classification tools to allow us to perform direct functional sequencing read classification with the added benefit of a functional hierarchy. To enable this, we develop and present a tree-shaped functional hierarchy representing the molecular function subset of the Gene Ontology annotation structure. We use this functional hierarchy to replace the standard phylogenetic taxonomy used by the classification tools and assign query sequences accurately to the lowest possible molecular function in the tree. We demonstrate this with simulated and experimental datasets, where we reveal new biological insights. CONCLUSIONS: We demonstrate that improved functional classification of metagenomic sequencing reads is possible by re-purposing a range of taxonomic classification tools that are already well-established, in conjunction with either protein or nucleotide reference databases. We leverage the advances in speed, accuracy and efficiency that have been made for taxonomic classification and translate these benefits for the rapid functional classification of microbiomes. While we focus on a specific set of commonly used methods, the functional annotation approach has broad applicability across other sequence classification tools. We hope that re-purposing becomes a routine consideration during bioinformatic resource development. Video abstract.

Classificação/métodos , Biologia Computacional/métodos , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Metagenoma/genética , Metagenômica/métodos , Microbiota/genética , Software , Filogenia
Methods Mol Biol ; 2232: 77-84, 2021.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33161541


Protists are mostly unicellular eukaryotes. Some protists are beneficial for plants, while others live as endosymbionts and can cause severe plant diseases. More detailed studies on plant-protist interactions exist only for plant pathogens and parasites. A number of protists live as inconspicuous endophytes and cause no visible disease symptoms, while others appear closely associated with the rhizosphere or phyllosphere of plants, but we still have only a vague understanding on their identities and functions. Here, we provide a protocol on how to assess the plant-associated protist community via Illumina-sequencing of ribosomal marker-amplicons and describe how to assign taxonomic affiliation to the obtained sequences.

Classificação/métodos , Microbiota/genética , Doenças das Plantas/genética , Plantas/microbiologia , Filogenia , Doenças das Plantas/microbiologia , Folhas de Planta/genética , Folhas de Planta/microbiologia , Raízes de Plantas/genética , Raízes de Plantas/microbiologia , Plantas/genética , RNA Ribossômico 18S/genética , Rizosfera , Análise de Sequência de DNA
Methods Mol Biol ; 2232: 85-112, 2021.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33161542


Plants harbor a large reservoir of fungal diversity, encompassing endophytic, epiphytic, phytopathogenic, and rhizosphere-associated fungi. Despite this diversity, relatively few fungal species have been characterized as sources of bioactive secondary metabolites. The role of secondary metabolites is still not fully understood; however, it is suggested that these metabolites play important roles in defense mechanisms and fungal interactions with other organisms. Hence, fungal secondary metabolites have potential biotechnological applications as prototype molecules for the development of therapeutic drugs. In this chapter, we describe the main methods used for routine fungi isolation, production of crude fungal extracts, and chemical characterization of bioactive compounds. In addition, explicative notes about the steps described are provided to explore the diversity of the endophytic, phytopathogenic, epiphytic, and rhizosphere fungi and to evaluate the biotechnological potential of each group.

Bioprospecção/métodos , Classificação/métodos , Fungos/genética , Plantas/genética , Antifúngicos/química , Endófitos/genética , Endófitos/crescimento & desenvolvimento , Fungos/química , Fungos/classificação , Plantas/microbiologia
Neotrop. ichthyol ; 19(1): e200126, 2021. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1154962


Patterns of species replacement and richness differences along environmental gradients or ecoregions shed light on different ecological and evolutionary mechanisms acting on community structure. Communities of aquatic ecosystems of different watersheds are supposed to host distinct species and lineages. Quantifying and understanding the degree to which these differences are affected by environmental and biogeographical factors remains an open question for these environments, particularly in the Neotropical region. We investigated patterns of taxonomic and phylogenetic composition of headwater streams of the Paraná and Paraguai River basins to understand how local and biogeographical factors affect the assembly of fish communities. We also quantified taxonomic and phylogenetic beta diversity by decomposing them into nestedness and turnover components. We found that local environmental factors are the main factors influencing the composition of stream fish communities. Whereas pH affected both taxonomic and phylogenetic turnover, water velocity was responsible for phylogenetic turnover and pH was the main driver of phylogenetic nestedness. Our results indicate an effect of local environmental factors in determining the structure of headwater stream fish communities through a combination of a species sorting mechanism (water velocity and pH) and phylogenetic habitat filtering (pH).(AU)

Padrões de substituição de espécies ou diferenças de riqueza ao longo de gradientes ambientais ou ecoregiões lançam luz sobre diferentes processos e mecanismos ecológicos atuando na estruturação das comunidades. Supõe-se que comunidades aquáticas pertencentes a diferentes bacias pertençam a linhagens evolutivas distintas. Quantificar e entender o grau em que tais diferenças são resultado de fatores ambientais locais e/ou processos biogeográficos ainda é uma questão pouco explorada. Neste estudo nós investigamos os padrões de composição taxonômica e filogenética em riachos de cabeceira das bacias dos Rios Paraná e Paraguai, para entender como fatores locais e biogeográficos afetam a estruturação das comunidades de peixes. Nós quantificamos a diversidade beta taxonômica e filogenética decompondo estas em aninhamento e substituição. Encontramos que os fatores ambientais locais são os principais determinantes da composição das comunidades de peixes destes riachos. Enquanto o pH afetou tanto a substituição de linhagens e de espécies, a velocidade da água foi responsável por uma substituição de linhagens, enquanto o pH foi o principal responsável pelo aninhamento de linhagens. Nossos resultados indicam a importância dos fatores locais através da combinação entre mecanismos de preferência de nicho (velocidade da água e pH) e filtragem ambiental de linhagens (pH).(AU)

Animais , Filogenia , Classificação , Ecossistema , Peixes , Rios , Concentração de Íons de Hidrogênio
Rev. odontopediatr. latinoam ; 11(1): 220171, 2021. ilus, tab
Artigo em Espanhol | LILACS, COLNAL | ID: biblio-1147638


Objetivo: determinar la prevalencia de anquiloglosia en neonatos del Hospital Nostra Senyora de Meritxell del Principado de Andorra, Europa, así como la relación existente con datos auxológicos u otras malformaciones o enfermedades asociadas. Material y métodos: Se realizó un estudio descriptivo, transversal, retrospectivo poblacional de los recién nacidos durante un período de 8 meses. Se estudiaron once variables: presencia o no de anquiloglosia, tipo de frenillo corto, talla, peso, perímetro craneal, sexo, Rh y grupo sanguíneo, edad gestacional, malformaciones y patologías neonatales asociadas, de forma confidencial y anónima, correlacionándolas para ver si existía alguna asociación entre ellas. Resultados: Un total de 306 recién nacidos fueron incluidos en el estudio (52% varones y 48% mujeres). La prevalencia de anquiloglosia fue del 6,54% (n=20). Del total de varones (159/306), el 8,125% (n=13) presentaban anquiloglosia, mientras que en mujeres (147/306), la prevalencia fue del 4,79% (n=7), sin encontrar diferencias estadísticamente significativas respecto al sexo (p-valor=0,24). Según la clasificación de Coryllos, el tipo II fue el más frecuente (95% de los casos) y el 4,58% de los lactantes con anquiloglosia exhibieron patología/malformación. Conclusiones: La prevalencia de anquiloglosia en recién nacidos en Andorra, Europa, es similar a la observada por otros autores en investigaciones similares. No se observó asociación entre la presencia o no anquiloglosia y las variables estudiadas.

Objetivo: determinar a prevalência de anquiloglossia em recém-nascidos do Hospital Nostra Senyora de Meritxell do Principado de Andorra, Europa, bem como a relação existente com dados auxológicos ou outras malformações ou doenças associadas. Material e métodos: Foi realizado um estudo descritivo, transversal e retrospectivo da população de recém-nascidos durante um período de 8 meses. Onze variáveis foram estudadas: presença ou não de anquiloglossia, tipo de frênulo curto, altura, peso, perímetro craniano, sexo, Rh e grupo sanguíneo, idade gestacional, malformações e patologias neonatais associadas, de forma confidencial e anônima, correlacionando-as para ver se existia alguma associação entre eles. Resultados: Um total de 306 recém-nascidos foram incluídos no estudo (52% masculino e 48% feminino). A prevalência de anquiloglossia foi de 6,54% (n=20). Do total de homens (159/306), 8.125% (n=13) apresentavam anquiloglossia, enquanto nas mulheres (147/306) a prevalência foi de 4,79% (n=7), sem encontrar diferenças estatisticamente significantes em relação ao sexo (valor-p = 0,24). De acordo com a classificação de Coryllos, o tipo II foi o mais frequente (95% dos casos) e 4,58% dos lactente com anquiloglossia apresentaram patologia / malformação. Conclusões: A prevalência de anquiloglossia em recém-nascidos em Andorra, Europa, é semelhante à observada por outros autores em investigações semelhantes. Não foi observada associação entre a presença ou não anquiloglossia e as variáveis estudadas

Aim: to determine the prevalence of ankyloglossia in new-borns of the Nostra Senyora de Meritxell Hospital in the Principado de Andorra, Europe, as well as the existing relationship with auxological data or other malformations or associated diseases. Material and methods: A descriptive, cross-sectional, retrospective population study of 306 newborns was carried out over a period of 8 months. Eleven variables were studied: presence or no of ankyloglossia, type of short frenulum, height, weight, cranial perimeter, sex, Rh and blood group, gestational age, malformations and associated neonatal pathologies, confidentially and anonymously, correlating them to see if there was any association between them. Results: A total of 306 new-borns were included in the study (52% male and 48% female). The prevalence of ankyloglossia was 6,54% (n=20). Of the total of men (159/306), 8,125% (n=13) presented ankyloglossia, while woman (147/306), the prevalence was 4,79% (n=7), without finding statistically significant differences regarding sex (p-value=0,24). According to the Coryllos classification, type II was the most frequent (95% of cases) and 4,58% of infants with ankyloglossia exhibited pathology/malformation. Conclusions: The prevalence of ankyloglossia in new-borns in Andorra, Europe, is similar to that observed by other authors in similar research. No association was observed between the presence or not of ankyloglossia and the variables studied

Humanos , Masculino , Feminino , Gravidez , Recém-Nascido , Lactente , Anormalidades Congênitas , Anquiloglossia , Prevalência , Idade Gestacional , Classificação
Enferm. foco (Brasília) ; 11(5): 27-33, dez. 2020. tab
Artigo em Português | LILACS, BDENF - Enfermagem | ID: biblio-1152266


Objetivo: identificar os termos da linguagem especializada de Enfermagem utilizados na documentação da assistência à pessoa com doença renal crônica e fazer o mapeamento cruzado dos termos identificados com aqueles constantes no Modelo de Sete Eixos da CIPE® 2019. Método: estudo metodológico, realizado em uma Clínica de Nefrologia numa cidade do interior da Bahia no ano de 2019. A extração dos termos, a partir de entrevistas com pacientes renais crônicos, utilizou-se da ferramenta computacional denominada PorOnto. Em seguida, estes foram analisados e submetidos ao processo de normalização; mapeamento cruzado entre termos coletados e a CIPE® 2019, sendo em seguida distribuídos no Modelo de Sete Eixos. Resultados: Foram extraídos 1.001 termos, dos quais após a validação por consenso resultou em 203 termos, sendo que destes, 71 são constantes e 132 não constantes na CIPE®. Destes últimos 41 foram classificados como similares, dois mais abrangentes, 15 mais restritos e 73 sem concordância, totalizando 112 termos constantes e 91 não constantes. Conclusão: O estudo identificou e validou termos que possibilitam as enfermeiras construir enunciados de diagnósticos, resultados e intervenções de enfermagem e documentar o processo de enfermagem na assistência às pessoas em tratamento hemodialítico, contribuindo sobremaneira para a unificação da linguagem especializada de enfermagem. (AU)

Objective: To identify the terms of the specialized nursing language used in the care documentation for people with chronic kidney disease and cross-map the terms identified with those contained in the Seven-Axis Model of ICNP® 2019. Methods: Methodological study, carried out at a Nephrology Clinic in a city in the interior of Bahia in the year 2019. The extraction of the terms, from interviews with chronic kidney patients, used the computational tool called PorOnto. Then the terms were analyzed and submitted to the normalization process; cross mapping between terms collected and those of ICNP® 2019, and then distributed in the seven Axis Model. Results: 1,001 terms were extracted, of which, after validation by consensus, resulted in 203 terms, of which 71 are constant and 132 are not included in ICNP® 2019. Of the latter 41 were classified as similar, two more comprehensive, 15 more restricted and 73 without agreement, totalling 112 constant and 91 non-constant terms. Conclusion: The study identified and validated terms that enable nurses to build statements of nursing diagnoses, results and interventions and to document the nursing process in assisting people undergoing hemodialysis, greatly contributing to the unification of the specialized nursing language. (AU)

Objetivo: Identificar los términos del lenguaje de enfermería especializada que se utiliza en la documentación de la atención a las personas con enfermedad renal crónica y hacer un mapa cruzado de los términos identificados con los contenidos en el Modelo de Siete ejes CIPE® 2019. Métodos: Estudio metodológico, realizado en una Clínica de Nefrología de una ciudad del interior de Bahía en el año 2019. La extracción de los términos, de entrevistas a pacientes renales crónicos, utilizó la herramienta computacional denominada PorOnto. Luego fueron analizados y sometidos al proceso de normalización; mapeo cruzado entre los términos recopilados y CIPE® 2019, y luego distribuidos en el modelo de Siete ejes. Resultados: Se extrajeron 1.001 términos, de los cuales después, tras la validación por consenso, dieron como resultado 203 términos, de los cuales 71 son constantes y 132 no están incluidos en CIPE® 2019. De estos últimos 41 se clasificaron como similares, dos más integrales, 15 más restringidos y 73 sin acuerdo, totalizando 112 términos constantes y 91 no constantes. Conclusión: El estudio identificó y validó términos que permiten a las enfermeras construir declaraciones de diagnósticos, resultados e intervenciones de enfermería y documentar el proceso de enfermería en la asistencia a las personas en hemodiálisis, contribuyendo en gran medida à la unificación del lenguaje de enfermería especializado. (AU)

Terminologia Padronizada em Enfermagem , Classificação , Nefropatias , Processo de Enfermagem
PLoS One ; 15(12): e0244377, 2020.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33378341


In order to understand and represent the importance of nodes within networks better, most of the studies that investigate graphs compute the nodes' centrality within their network(s) of interest. In the literature, the most frequent measures used are degree, closeness and/or betweenness centrality, even if other measures might be valid candidates for representing the importance of nodes within networks. The main contribution of this paper is the development of a methodology that allows one to understand, compare and validate centrality indices when studying a particular network of interest. The proposed methodology integrates the following steps: choosing the centrality measures for the network of interest; developing a theoretical taxonomy of these measures; identifying, by means of Principal Component Analysis (PCA), latent dimensions of centrality within the network of interest; verifying the proposed taxonomy of centrality measures; and identifying the centrality measures that best represent the network of interest. Also, we applied the proposed methodology to an existing graph of interest, in our case a real friendship student network. We chose eighteen centrality measures that were developed in SNA and are available and computed in a specific library (CINNA), defined them thoroughly, and proposed a theoretical taxonomy of these eighteen measures. PCA showed the emergence of six latent dimensions of centrality within the student network and saturation of most of the centrality indices on the same categories as those proposed by the theoretical taxonomy. Additionally, the results suggest that indices other than the ones most frequently applied might be more relevant for research on friendship student networks. Finally, the integrated methodology that we propose can be applied to other centrality indices and/or other network types than student graphs.

Classificação/métodos , Estudantes/psicologia , Humanos , Modelos Teóricos , Análise de Componente Principal , Apoio Social
Acta amaz ; 50(4): 317-326, out. - dez. 2020.
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1146372


O gênero Stenhelmoides compreende 15 espécies espalhadas por toda a América Central e do Sul e sua maior riqueza de espécies está claramente relacionada às regiões amazônicas. Com base no estudo de espécimes-tipo e material adicional, nós descrevemos e ilustramos a genitália verdadeira do macho de Stenhelmoides strictifrons, que, até então, estava representada de maneira equivocada na literatura. Nós também reportamos novos registros de Stenhelmoides para o Brasil e Guiana. Além de imagens do habitus das espécies, fornecemos fotografias dos espécimes-tipo de Stenhelmoides grandis, S. grouvellei, S. guyanensis; S. strictifrons e S. submaculus. De acordo com as regras e recomendações do Código Internacional de Nomenclatura Zoológica, reconhecemos paralectótipos adicionais das espécies S. guyanensis e S. grouvellei. (AU)

Besouros , Classificação , Genitália Masculina , Insetos
Texto & contexto enferm ; 29: e20200171, Jan.-Dec. 2020. tab
Artigo em Inglês | LILACS, BDENF - Enfermagem | ID: biblio-1145171


ABSTRACT Objective: to build a specialized terminology for the clinical nursing practice for people with COVID-19, based on the Seven Axis Model of the International Classification for Nursing Practice. Methods: a descriptive and documentary study, carried out in April 2020. The terms were extracted from official documents of the Ministry of Health. The data were treated through terminological analysis, that is, the terms were organized through a classification system, which, in this research, was represented by the Seven Axis Model, version 2019. Also in the delimitation of the thematic field of the terminological analysis, the method of cross-mapping was chosen so that the terms resulting from the normalization process, derived from the literature, were cross-referenced with the terms of the International Classification for Nursing Practice in its seven axes. Results: after the normalization process, 472 useful terms were found. These were submitted to cross-mapping, totaling 263 constant terms and 211 non-constant terms. Conclusion: the study allowed identifying terms in the literature, which can be used by nurses in the care of people affected by COVID-19 and will support the stages following the construction of a terminological subset for information and communication to the Nursing practice.

RESUMEN Objetivo: construir una terminología especializada para la práctica clínica de enfermería en personas con COVID-19, fundamentada en el Modelo de Siete Ejes de la Clasificación Internacional para la Práctica de Enfermería. Métodos: estudio descriptivo y documental, realizado en Apr il de 2020. Los términos fueron extraídos de documentos oficiales del Ministerio de Salud. El tratamiento de los datos se efectuó por medio del análisis terminológico, es decir, los términos se organizaron mediante un sistema de clasificación que, en esta investigación, fue representado por el Modelo de Siete Ejes, versión 019. Incluso en la delimitación del campo temático del análisis terminológico se eligió el método del mapeo cruzado para realizar el cruzamiento de los términos resultantes del proceso de normalización, provenientes de la literatura, con los términos de la Clasificación Internacional para la Práctica de Enfermería en sus siete ejes. Resultados: después del proceso de normalización, se encontraron 472 términos útiles. Se los sometió al mapeo cruzado, resultando en 263 términos constantes y 211 no constantes. Conclusión: el estudio permitió identificar términos en la literatura, los cuales podrán ser utilizados por enfermeros en la asistencia a las personas afectadas por COVID-19, además de que sustentará las etapas subsiguientes a la construcción de un subconjunto terminológico para la información y comunicación en la práctica de la Enfermería.

RESUMO Objetivo: construir uma terminologia especializada para a prática clínica de enfermagem a pessoas com COVID-19, fundamentada no Modelo de Sete Eixos da Classificação Internacional para a Prática de Enfermagem. Métodos: estudo descritivo, documental, realizado em abril de 2020. Os termos foram extraídos de documentos oficiais do Ministério da Saúde. Os dados foram tratados por meio da análise terminológica, ou seja, os termos foram organizados mediante um sistema de classificação, que, nesta pesquisa, foi representado pelo Modelo de Sete Eixos, versão 2019. Ainda na delimitação do campo temático da análise terminológica foi escolhido o método do mapeamento cruzado para que fosse feito o cruzamento dos termos resultantes do processo de normalização, provenientes da literatura, com os termos da Classificação Internacional para a Prática de Enfermagem em seus sete eixos. Resultados: após o processo de normalização, resultaram 472 termos úteis. Estes foram submetidos ao mapeamento cruzado, totalizando 263 termos constantes e 211 não constantes. Conclusão: o estudo permitiu identificar termos na literatura, os quais poderão ser utilizados por enfermeiros na assistência às pessoas acometidas pela COVID-19, e subsidiará as etapas subsequentes à construção de um subconjunto terminológico para informação e comunicação à prática de Enfermagem.

Humanos , Enfermagem , Classificação , Infecções por Coronavirus , Síndrome Respiratória Aguda Grave , Terminologia Padronizada em Enfermagem
Texto & contexto enferm ; 29: e20190279, Jan.-Dec. 2020. tab
Artigo em Inglês | LILACS, BDENF - Enfermagem | ID: biblio-1145151


ABSTRACT Objective: to determine the accuracy measures of clinical indicators of nursing diagnoses contained in the Terminological Subset "Community Nursing" for hypertensive and/or diabetic users. Method: methodological diagnostic accuracy study. The study population consisted of 363 hypertensive and/or diabetic users under follow-up care in three Health Centers in the city of Campinas, from August 2017 to February 2018. Data were collected through anamnesis. Data analysis consisted of the characterization of the population through descriptive statistics, and the analysis of clinical indicators and their respective Nursing Diagnoses was performed through accuracy measures. Results: 25 Nursing diagnoses were listed, related to 37 clinical indicators, which could be used in the hypertensive and/or diabetic population. It is emphasized that three were not contained in the Terminological Subset "Community Nursing", and it is recommended that they be introduced in the International Council of Nurses. Conclusion: through the evaluation of accuracy measures, the Terminological Subset "Community Nursing" can and should be used in Brazil in the hypertensive and/or diabetic population.

RESUMEN Objetivo: determinar las medidas de precisión de los indicadores clínicos de los diagnósticos de enfermería contenidos en el Subconjunto Terminológico "Enfermería Comunitaria" para usuarios hipertensos y/o diabéticos. Método: estudio metodológico, de precisión diagnóstica. La población de estudio estuvo compuesta por 363 usuarios hipertensos y/o diabéticos en seguimiento en tres Centros de Salud de la ciudad de Campinas, de agosto de 2017 a febrero de 2018. Los datos se recolectaron mediante anamnesis. El análisis de los datos consistió en caracterizar a la población mediante estadística descriptiva y el análisis de los indicadores clínicos y sus respectivos Diagnósticos de Enfermería se realizó mediante medidas de precisión. Resultados: se enumeraron 25 Diagnósticos de Enfermería, relacionados con 37 indicadores clínicos, que pueden ser utilizados en la población hipertensa y/o diabética. Cabe señalar que tres no estaban incluidos en el subconjunto terminológico "Enfermería comunitaria", y se recomienda que se introduzcan en el Consejo Internacional de Enfermeras. Conclusión: a través de la evaluación de las medidas de precisión, el Subconjunto Terminológico "Enfermería Comunitaria" puede y debe ser utilizado en Brasil en la población hipertensa y/o diabética.

RESUMO Objetivo: determinar as medidas de acurácia dos indicadores clínicos dos diagnósticos de enfermagem contidos no Subconjunto Terminológico "Enfermagem Comunitária" para usuários hipertensos e/ou diabéticos. Método: estudo metodológico, de acurácia diagnóstica. A população do estudo foi composta de 363 usuários hipertensos e/ou diabéticos em acompanhamento em três Centros de Saúde do Município de Campinas, no período de agosto de 2017 a fevereiro de 2018. Os dados foram coletados por meio de anamnese. A análise dos dados consistiu na caracterização da população por meio da estatística descritiva, e a análise dos indicadores clínicos e seus respectivos Diagnósticos de Enfermagem foi realizada por meio das medidas de acurácia. Resultados: foram elencados 25 Diagnósticos de Enfermagem, relacionados a 37 indicadores clínicos, passíveis de serem utilizados na população hipertensa e/ou diabética. Ressalta-se que três não estavam contidos no Subconjunto Terminológico "Enfermagem Comunitária", sendo recomendada a introdução deles no Conselho Internacional de Enfermeiros. Conclusão: por meio da avaliação das medidas de acurácia, o Subconjunto Terminológico "Enfermagem Comunitária" pode e deve ser utilizado no Brasil na população hipertensa e/ou diabética.

Humanos , Atenção Primária à Saúde , Classificação , Terminologia , Terminologia Padronizada em Enfermagem , Cuidados de Enfermagem , Processo de Enfermagem
Rev. enferm. UERJ ; 28: e48274, jan.-dez. 2020.
Artigo em Inglês, Português | LILACS, BDENF - Enfermagem | ID: biblio-1146052


Objetivo: identificar os diagnósticos de enfermagem segundo a taxonomia NANDA Internacional, Inc. evidenciados em pacientes com diabetes mellitus. Método: trata-se de uma revisão integrativa da literatura realizada no mês de maio de 2020, nas bases CINAHL, Scopus, PUBMED, LILACS, BDEnf e Biblioteca Eletrônica Científica Online SciELO. Foram selecionados artigos científicos que abordavam diagnósticos de enfermagem em pacientes adultos com diabetes mellitus tipo 1 e 2, no recorte temporal de 2004 a 2020. Resultados: selecionados 21 artigos, sendo a maioria brasileiros, do tipo descritivo e transversal. Encontrou-se 60 diferentes diagnósticos de enfermagem, destes, 43 eram com foco no problema, 15 de risco e dois de promoção da saúde. Conclusão: os domínios predominantes foram: Promoção da Saúde, Nutrição, Eliminação e Troca, Atividade/repouso, Enfrentamento/Tolerância ao Estresse e Segurança/proteção. As evidências de diagnósticos de enfermagem norteiam o cuidado de enfermagem, subsidiam o raciocínio clínico e científico dos profissionais potencializando, assim, a sistematização da assistência.

Objective: to identify nursing diagnoses in patients with diabetes mellitus, by the NANDA International, Inc. taxonomy. Method: this integrative review was conducted in May 2020 in the CINAHL, Scopus, PUBMED, LILACS, BDENF and Scientific Electronic Library Online (SciELO) databases, resulting in a selection of scientific articles on nursing diagnoses in adult patients with type 1 and 2 diabetes mellitus, published between 2004 and 2020. Results: most of the 21 articles selected were Brazilian, descriptive and cross-sectional. Sixty different nursing diagnoses were identified, of which 43 focused on the problem, 15 on the risk, and two on health promotion. Conclusion: the predominant areas were Health Promotion, Nutrition, Elimination and Exchange, Activity/Rest, Coping and Stress Tolerance, and Safety/Protection. Evidence from nursing diagnoses in diabetic patients guides nursing care and informs health personnel's clinical and scientific reasoning, thus making for more systematic care.

Objetivo: identificar los diagnósticos de enfermería, según la taxonomía de la NANDA International, Inc., evidenciados en pacientes con diabetes mellitus. Método: revisión integradora, celebrada en el mes de mayo de 2020, en las bases de datos CINAHL, Scopus, PUBMED, LILACS, BDENF y Scientific Electronic Library Online SciELO. Se seleccionaron los artículos científicos que abordan diagnósticos de enfermería en pacientes adultos con diabetes mellitus tipo 1 y 2, en el recorte temporal de 2004 a 2020. Resultados: se seleccionaron 21 artículos, siendo la mayoría brasileña, descriptiva y transversal. Se encontraron 60 diferentes diagnósticos de enfermería; de éstos, 43 se centraron en el problema, 15 en el riesgo y dos en la promoción de la salud. Conclusión: las áreas predominantes fueron: Promoción de la Salud, Nutrición, Eliminación e Intercambio, Actividad/descanso, Enfrentamiento y Tolerancia al Estrés y Seguridad/protección. Las evidencias de diagnósticos de enfermería en pacientes diabéticos guían la atención de enfermería, subsidian el razonamiento clínico y científico de los profesionales y, por lo tanto, potencian la sistematización de la asistencia.

Humanos , Adulto , Diagnóstico de Enfermagem/classificação , Diabetes Mellitus Tipo 1/enfermagem , Diabetes Mellitus Tipo 2/enfermagem , Terminologia Padronizada em Enfermagem , Classificação/métodos
Arch Virol ; 165(12): 3079-3083, 2020 Dec.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33025196


On several occasions over the past century it has been proposed that Latinized (Linnaean) binomial names (LBs) should be used for the formal names of virus species, and the opinions expressed in the early debates are still valid. The use of LBs would be sensible for the current Taxonomy if confined to the names of the specific and generic taxa of viruses of which some basic biological properties are known (e.g. ecology, hosts and virions); there is no advantage in filling the literature with formal names for partly described viruses or virus-like gene sequences. The ICTV should support the time-honoured convention that LBs are only used with biological (phylogenetic) classifications. Recent changes have left the ICTV Taxonomy and its Code uncoordinated, and its aims and audience uncertain.

Virologia/tendências , Vírus/classificação , Classificação/métodos , Terminologia como Assunto
PLoS One ; 15(10): e0241332, 2020.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33112931


In this work we present a three-stage Machine Learning strategy to country-level risk classification based on countries that are reporting COVID-19 information. A K% binning discretisation (K = 25) is used to create four risk groups of countries based on the risk of transmission (coronavirus cases per million population), risk of mortality (coronavirus deaths per million population), and risk of inability to test (coronavirus tests per million population). The four risk groups produced by K% binning are labelled as 'low', 'medium-low', 'medium-high', and 'high'. Coronavirus-related data are then removed and the attributes for prediction of the three types of risk are given as the geopolitical and demographic data describing each country. Thus, the calculation of class label is based on coronavirus data but the input attributes are country-level information regardless of coronavirus data. The three four-class classification problems are then explored and benchmarked through leave-one-country-out cross validation to find the strongest model, producing a Stack of Gradient Boosting and Decision Tree algorithms for risk of transmission, a Stack of Support Vector Machine and Extra Trees for risk of mortality, and a Gradient Boosting algorithm for the risk of inability to test. It is noted that high risk for inability to test is often coupled with low risks for transmission and mortality, therefore the risk of inability to test should be interpreted first, before consideration is given to the predicted transmission and mortality risks. Finally, the approach is applied to more recent risk levels to data from September 2020 and weaker results are noted due to the growth of international collaboration detracting useful knowledge from country-level attributes which suggests that similar machine learning approaches are more useful prior to situations later unfolding.

Betacoronavirus , Infecções por Coronavirus/epidemiologia , Planejamento em Desastres , Aprendizado de Máquina , Modelos Teóricos , Pandemias , Pneumonia Viral/epidemiologia , Medição de Risco/métodos , Algoritmos , Classificação , Técnicas de Laboratório Clínico , Infecções por Coronavirus/diagnóstico , Infecções por Coronavirus/mortalidade , Infecções por Coronavirus/transmissão , Árvores de Decisões , Previsões , Saúde Global , Humanos , Cooperação Internacional , Pneumonia Viral/diagnóstico , Pneumonia Viral/mortalidade , Pneumonia Viral/transmissão , Kit de Reagentes para Diagnóstico/provisão & distribução , Máquina de Vetores de Suporte
PLoS One ; 15(9): e0238302, 2020.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-32886692


Supervised classification methods often assume the train and test data distributions are the same and that all classes in the test set are present in the training set. However, deployed classifiers often require the ability to recognize inputs from outside the training set as unknowns. This problem has been studied under multiple paradigms including out-of-distribution detection and open set recognition. For convolutional neural networks, there have been two major approaches: 1) inference methods to separate knowns from unknowns and 2) feature space regularization strategies to improve model robustness to novel inputs. Up to this point, there has been little attention to exploring the relationship between the two approaches and directly comparing performance on large-scale datasets that have more than a few dozen categories. Using the ImageNet ILSVRC-2012 large-scale classification dataset, we identify novel combinations of regularization and specialized inference methods that perform best across multiple open set classification problems of increasing difficulty level. We find that input perturbation and temperature scaling yield significantly better performance on large-scale datasets than other inference methods tested, regardless of the feature space regularization strategy. Conversely, we find that improving performance with advanced regularization schemes during training yields better performance when baseline inference techniques are used; however, when advanced inference methods are used to detect open set classes, the utility of these combersome training paradigms is less evident.

Algoritmos , Classificação/métodos , Processamento de Imagem Assistida por Computador/métodos , Redes Neurais de Computação , Reconhecimento Automatizado de Padrão/métodos , Conjuntos de Dados como Assunto , Humanos , Aprendizado de Máquina
BMC Bioinformatics ; 21(Suppl 13): 390, 2020 Sep 17.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-32938391


BACKGROUND: Advances in mobile sequencing devices and laptop performance make metagenomic sequencing and analysis in the field a technologically feasible prospect. However, metagenomic analysis pipelines are usually designed to run on servers and in the cloud. RESULTS: MAIRA is a new standalone program for interactive taxonomic and functional analysis of long read metagenomic sequencing data on a laptop, without requiring external resources. The program performs fast, online, genus-level analysis, and on-demand, detailed taxonomic and functional analysis. It uses two levels of frame-shift-aware alignment of DNA reads against protein reference sequences, and then performs detailed analysis using a protein synteny graph. CONCLUSIONS: We envision this software being used by researchers in the field, when access to servers or cloud facilities is difficult, or by individuals that do not routinely access such facilities, such as medical researchers, crop scientists, or teachers.

Classificação/métodos , Computadores/normas , Metagenômica/métodos , Humanos
Acta amaz ; 50(3): 260-262, jul. - set. 2020.
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1118854


The first record of Vanilla labellopapillata is presented for the state of Amazonas, Brazil, in the region of Manaus, now the western limit of the species, which was previously known only from the type locality in the state of Pará. A brief description is provided and taxonomic and ecological aspects of the species are discussed in the light of this new finding. (AU)

Florestas , Classificação , Ecossistema Amazônico , Vanilla