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The Omicron Lineages BA.1 and BA.2 (Betacoronavirus SARS-CoV-2) Have Repeatedly Entered Brazil through a Single Dispersal Hub.
Lamarca, Alessandra P; Souza, Ueric José Borges de; Moreira, Filipe Romero Rebello; Almeida, Luiz G P de; Menezes, Mariane Talon de; Souza, Adrieli Barboza de; Ferreira, Alessandro Clayton de Souza; Gerber, Alexandra L; Lima, Aline B de; Guimarães, Ana Paula de C; Cavalcanti, Andréa Cony; Silva, Aryel B Paz E; Lima, Bruna Israel; Lobato, Cirley; Silva, Cristiane Gomes Da; Mendonça, Cristiane P T B; Queiroz, Daniel Costa; Zauli, Danielle Alves Gomes; Menezes, Diego; Possebon, Fábio Sossai; Cardoso, Franciano Dias Pereira; Malta, Frederico Scott Varella; Braga-Paz, Isabela; Silva, Joice do Prado; Ferreira, Jorge Gomes Goulart; Galvão, Jucimária Dantas; Souza, Leandro Magalhães de; Ferreira, Leonardo; Possuelo, Lia Gonçalves; Cavalcante, Liliane Tavares de Faria; Alvim, Luige B; Souza, Luiz Fellype Alves de; Santos, Luiza C G de Araújo E; Dias, Rillery Calixto; Souza, Rutilene Barbosa; Castro, Thaís Regina Y; Valim, Andréia Rosane de Moura; Campos, Fabrício Souza; Araujo, João Pessoa; Trindade, Priscila de Arruda; Aguiar, Renato S; Michael Delai, Robson; Vasconcelos, Ana Tereza R de.
Affiliation
  • Lamarca AP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil.
  • Souza UJB; Laboratório de Bioinformática e Biotecnologia, Universidade Federal do Tocantins, Campus de Gurupi, Palmas 77410-570, Brazil.
  • Moreira FRR; Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil.
  • Almeida LGP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil.
  • Menezes MT; Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil.
  • Souza AB; Centro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira, Foz do Iguaçu 85866-010, Brazil.
  • Ferreira ACS; Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
  • Gerber AL; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil.
  • Lima AB; Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
  • Guimarães APC; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil.
  • Cavalcanti AC; Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro 20231-092, Brazil.
  • Silva ABPE; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Lima BI; Laboratório de Biologia Molecular, Parque Científico e Tecnológico Regional, Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul 96815-900, Brazil.
  • Lobato C; Centro de Ciências de Saúde e do Desporto, Universidade Federal do Acre, Rio Branco 69920-900, Brazil.
  • Silva CGD; Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro 20231-092, Brazil.
  • Mendonça CPTB; Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
  • Queiroz DC; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Zauli DAG; Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
  • Menezes D; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Possebon FS; Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu 18618-689, Brazil.
  • Cardoso FDP; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Tocantins, Palmas 77054-970, Brazil.
  • Malta FSV; Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
  • Braga-Paz I; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Silva JDP; Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
  • Ferreira JGG; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Galvão JD; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Tocantins, Palmas 77054-970, Brazil.
  • Souza LM; Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro 20231-092, Brazil.
  • Ferreira L; Centro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira, Foz do Iguaçu 85866-010, Brazil.
  • Possuelo LG; Departmento de Ciências da Vida, Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul 96815-900, Brazil.
  • Cavalcante LTF; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil.
  • Alvim LB; Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
  • Souza LFA; Centro de Infectologia Charles Mérieux and Laboratório Rodolphe Mérieux, Hospital das Clínicas do Acre, Rio Branco 69920-223, Brazil.
  • Santos LCGAE; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Dias RC; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Souza RB; Centro de Infectologia Charles Mérieux and Laboratório Rodolphe Mérieux, Hospital das Clínicas do Acre, Rio Branco 69920-223, Brazil.
  • Castro TRY; Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica, Universidade Federal de Santa Maria, Santa Maria 97105-900, Brazil.
  • Valim ARM; Departmento de Ciências da Vida, Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul 96815-900, Brazil.
  • Campos FS; Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre 90010-150, Brazil.
  • Araujo JP; Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu 18618-689, Brazil.
  • Trindade PA; Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica, Universidade Federal de Santa Maria, Santa Maria 97105-900, Brazil.
  • Aguiar RS; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Michael Delai R; Centro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira, Foz do Iguaçu 85866-010, Brazil.
  • Vasconcelos ATR; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil.
Viruses ; 15(4)2023 03 30.
Article in En | MEDLINE | ID: mdl-37112869
Brazil currently ranks second in absolute deaths by COVID-19, even though most of its population has completed the vaccination protocol. With the introduction of Omicron in late 2021, the number of COVID-19 cases soared once again in the country. We investigated in this work how lineages BA.1 and BA.2 entered and spread in the country by sequencing 2173 new SARS-CoV-2 genomes collected between October 2021 and April 2022 and analyzing them in addition to more than 18,000 publicly available sequences with phylodynamic methods. We registered that Omicron was present in Brazil as early as 16 November 2021 and by January 2022 was already more than 99% of samples. More importantly, we detected that Omicron has been mostly imported through the state of São Paulo, which in turn dispersed the lineages to other states and regions of Brazil. This knowledge can be used to implement more efficient non-pharmaceutical interventions against the introduction of new SARS-CoV variants focused on surveillance of airports and ground transportation.
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Full text: 1 Collection: 01-internacional Database: MEDLINE Main subject: SARS-CoV-2 / COVID-19 Limits: Humans Country/Region as subject: America do sul / Brasil Language: En Journal: Viruses Year: 2023 Document type: Article Affiliation country: Brasil Country of publication: Suiza
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Full text: 1 Collection: 01-internacional Database: MEDLINE Main subject: SARS-CoV-2 / COVID-19 Limits: Humans Country/Region as subject: America do sul / Brasil Language: En Journal: Viruses Year: 2023 Document type: Article Affiliation country: Brasil Country of publication: Suiza