Nuevos biomarcadores de cáncer de pulmón basados en miRNA / [New biomarkers of lung cancer based on miRNA]

RESUMEN

Objetivo: Determinar si existen diferencias de expresión entre los miRNA de tejido sano y tumoral de adenocarcinoma de pulmón y carcinoma epidermoide de pulmón, con lo que podrían ser usados como biomarcadores. Material y métodos: Se ha extraído y secuenciado el miRNA de tejido tumoral y sano adyacente de muestras de adenocarcinoma y carcinoma epidermoide de dieciséis pacientes intervenidos en el Hospital Regional de Málaga. Esas secuencias se han analizado con un flujo de trabajo bioinformático específico que conlleva varios pasos: 1o) preprocesar las lecturas, 2o) mapearlas sobre el genoma humano de referencia, 3o) determinar la expresión de los miRNA en cada una de las muestras, 4o) calcular su expresión diferencial entre el tejido sano y el tumoral de cada paciente, 5o) realizar un análisis funcional de los miRNA encontrados. Resultados: Hemos analizado los miRNA con expresión diferencial en cada uno de los tipos histológicos estudiados. El análisis del adenocarcinoma y carcinoma epidermoide de pulmón ha dado como resultado un total de 82 y 360 miRNA diferencialmente expresados (miDE), respectivamente. Hemos encontrado 50 miRNA comunes a los dos tipos histológicos, y su análisis funcional indica que están implicados en el crecimiento, desarrollo y movimiento celular, que se produce tanto en la célula normal como en el cáncer. Conclusiones: Los miDE encontrados son una fuente de biomarcadores, al tener una reprogramación específica en cáncer, y ser obtenibles de forma no invasiva. (AU)

ABSTRACT

Objective: Determine if there are differences in expression between the miRNAs of healthy and tumor tissue of lung adenocarcinoma and squamous cell carcinoma of the lung, with which they could be used as biomarkers. Material and methods: miRNA has been extracted and sequenced from tumor and adjacent healthy tissue from samples of adenocarcinoma and squamous cell carcinoma from sixteen patients operated at the Regional Hospital of Malaga. These sequences have been analyzed with a specific bioinformatic workflow that involves several steps: 1st) preprocessing the reads, 2nd) mapping them onto the reference human genome, 3rd) determining the expression of the miRNAs in each of the samples, 4th) calculate its differential expression between the healthy and tumor tissue of each patient, 5th) perform a functional analysis of the miRNAs found. Results: We have analyzed the miRNAs with differential expression in each of the histological types studied. Analysis of adenocarcinoma and squamous cell carcinoma of the lung has resulted in a total of 82 and 360 differentially expressed miRNAs (miDE), respectively. We have found 50 miRNAs common to the two histological types, and their functional analysis indicates that they are involved in cell growth, development and movement, which occurs both in normal cells and in cancer. Conclusions: The miDEs found are a source of biomarkers, as they have a specific reprogramming in cancer, and are obtainable non-invasively. (AU)