Assessment of seasonality of rotavirus PCR detection in swine from Ontario and Quebec between 2016-2020 using submissions to a diagnostic laboratory.

Le but de cette étude était de déterminer si la saisonnalité de l'infection à rotavirus A, B et C est présente dans les troupeaux de porcs de l'Ontario et du Québec en examinant les soumissions à un laboratoire de diagnostic. Des échantillons (N = 1557) de 755 cas soumis de troupeaux de porcs canadiens entre 2016 et 2020 ont été testés pour les rotavirus A, B et C à l'aide d'un test de réaction d'amplification en chaîne par polymérase en temps réel et décrits. Les données de l'Ontario et du Québec ont également été analysées à l'aide de diagrammes en boîte, de moyennes mobiles sur 6 semaines, d'une décomposition de séries chronologiques et de modèles de régression binomiale négative. On a découvert que le pourcentage de positivité des soumissions pour les rotavirus A, B et C étaient le plus élevé en pouponnière/sevrage (n = 100, 94,0 %, 60,0 %, 80,0 %) et en croissance/engraissement (n = 13, 84,6 %, 46,2 %, 61,5 %) des porcs et le plus bas chez les cochettes/truies (n = 45, 68,9 %, 20,0 %, 40,0 %) et les porcs à la mamelle (n = 102, 67,6 %, 10,8 %, 38,2 %), respectivement. La combinaison la plus courante de rotavirus au niveau de l'échantillon était AC (n = 252, 17 %) et ABC (n = 175, 23,2 %) au niveau de la soumission. Les pourcentages de positivité pour les rotavirus A, B et C dans toutes les provinces canadiennes incluses dans l'étude étaient de 69,9 %, 32,6 % et 53,1 %, respectivement. L'analyse descriptive a suggéré peu ou pas de preuves de tendances saisonnières, bien qu'un pic en novembre ait été observé dans les soumissions totales mensuelles et les soumissions positives totales mensuelles. Statistiquement, l'effet mensuel global n'a pu être identifié comme statistiquement significatif (P > 0,05) pour aucun des nombres de soumissions évalués. Dans l'ensemble, il n'y avait aucune preuve à l'appui de la saisonnalité du rotavirus dans les troupeaux de porcs de l'Ontario et du Québec entre 2016 et 2020.(Traduit par Docteur Serge Messier).