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Human outbreaks of a novel reassortant Oropouche virus in the Brazilian Amazon region.
Naveca, Felipe Gomes; de Almeida, Tatiana Amaral Pires; Souza, Victor; Nascimento, Valdinete; Silva, Dejanane; Nascimento, Fernanda; Mejía, Matilde; de Oliveira, Yasmin Silva; Rocha, Luisa; Xavier, Natana; Lopes, Janis; Maito, Rodrigo; Meneses, Cátia; Amorim, Tatyana; Fé, Luciana; Camelo, Fernanda Sindeaux; de Aguiar Silva, Samyly Coutinho; de Melo, Alexsandro Xavier; Fernandes, Leíse Gomes; de Oliveira, Marco Aurélio Almeida; Arcanjo, Ana Ruth; Araújo, Guilherme; André Júnior, Walter; de Carvalho, Renata Lia Coragem; Rodrigues, Rosiane; Albuquerque, Stella; Mattos, Cristiane; Silva, Ciciléia; Linhares, Aline; Rodrigues, Taynã; Mariscal, Francy; Morais, Márcia Andréa; Presibella, Mayra Marinho; Marques, Nelson Fernando Quallio; Paiva, Anne; Ribeiro, Karina; Vieira, Deusilene; da Silva Queiroz, Jackson Alves; Passos-Silva, Ana Maísa; Abdalla, Lígia; Santos, João Hugo; de Figueiredo, Regina Maria Pinto; Cruz, Ana Cecília Ribeiro; Casseb, Livia Neves; Chiang, Jannifer Oliveira; Frutuoso, Livia Vinhal; Rossi, Agata; Freitas, Lucas; de Lima Campos, Túlio; Wallau, Gabriel Luz.
Affiliation
  • Naveca FG; Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados - ViVER/EDTA. Instituto Leônidas e Maria Deane, Fiocruz, Manaus, AM, Brazil. felipe.naveca@fiocruz.br.
  • de Almeida TAP; Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos, Instituto Oswaldo Cruz, Fiocruz, Rio de Janeiro, RJ, Brazil. felipe.naveca@fiocruz.br.
  • Souza V; Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados - ViVER/EDTA. Instituto Leônidas e Maria Deane, Fiocruz, Manaus, AM, Brazil.
  • Nascimento V; Diretoria de Ensino e Pesquisa, Fundação Centro de Controle de Oncologia do Estado do Amazonas, FCecon, Manaus, AM, Brazil.
  • Silva D; Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados - ViVER/EDTA. Instituto Leônidas e Maria Deane, Fiocruz, Manaus, AM, Brazil.
  • Nascimento F; Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados - ViVER/EDTA. Instituto Leônidas e Maria Deane, Fiocruz, Manaus, AM, Brazil.
  • Mejía M; Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados - ViVER/EDTA. Instituto Leônidas e Maria Deane, Fiocruz, Manaus, AM, Brazil.
  • de Oliveira YS; Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados - ViVER/EDTA. Instituto Leônidas e Maria Deane, Fiocruz, Manaus, AM, Brazil.
  • Rocha L; Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados - ViVER/EDTA. Instituto Leônidas e Maria Deane, Fiocruz, Manaus, AM, Brazil.
  • Xavier N; Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados - ViVER/EDTA. Instituto Leônidas e Maria Deane, Fiocruz, Manaus, AM, Brazil.
  • Lopes J; Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima, Boa Vista, RR, Brazil.
  • Maito R; Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima, Boa Vista, RR, Brazil.
  • Meneses C; Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima, Boa Vista, RR, Brazil.
  • Amorim T; Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima, Boa Vista, RR, Brazil.
  • Fé L; Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima, Boa Vista, RR, Brazil.
  • Camelo FS; Fundação de Vigilância em Saúde - Dra. Rosemary Costa Pinto, Manaus, AM, Brazil.
  • de Aguiar Silva SC; Fundação de Vigilância em Saúde - Dra. Rosemary Costa Pinto, Manaus, AM, Brazil.
  • de Melo AX; Fundação de Vigilância em Saúde - Dra. Rosemary Costa Pinto, Manaus, AM, Brazil.
  • Fernandes LG; Fundação de Vigilância em Saúde - Dra. Rosemary Costa Pinto, Manaus, AM, Brazil.
  • de Oliveira MAA; Fundação de Vigilância em Saúde - Dra. Rosemary Costa Pinto, Manaus, AM, Brazil.
  • Arcanjo AR; Fundação de Vigilância em Saúde - Dra. Rosemary Costa Pinto, Manaus, AM, Brazil.
  • Araújo G; Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas, Manaus, AM, Brazil.
  • André Júnior W; Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas, Manaus, AM, Brazil.
  • de Carvalho RLC; Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas, Manaus, AM, Brazil.
  • Rodrigues R; Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas, Manaus, AM, Brazil.
  • Albuquerque S; Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas, Manaus, AM, Brazil.
  • Mattos C; Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia, Porto Velho, RO, Brazil.
  • Silva C; Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia, Porto Velho, RO, Brazil.
  • Linhares A; Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia, Porto Velho, RO, Brazil.
  • Rodrigues T; Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia, Porto Velho, RO, Brazil.
  • Mariscal F; Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia, Porto Velho, RO, Brazil.
  • Morais MA; Laboratório Central de Saúde Pública do Acre, Rio Branco, AC, Brazil.
  • Presibella MM; Laboratório Central de Saúde Pública do Acre, Rio Branco, AC, Brazil.
  • Marques NFQ; Núcleo de Doenças de Transmissão Vetorial, Secretaria Estadual de Saúde do Acre, Rio Branco, AC, Brazil.
  • Paiva A; Laboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Curitiba, PR, Brazil.
  • Ribeiro K; Laboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Curitiba, PR, Brazil.
  • Vieira D; Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública - CGLAB, Ministério da Saúde, Brasília, DF, Brazil.
  • da Silva Queiroz JA; Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública - CGLAB, Ministério da Saúde, Brasília, DF, Brazil.
  • Passos-Silva AM; Laboratório de Virologia Molecular, Fiocruz Rondônia, Porto Velho, RO, Brazil.
  • Abdalla L; Laboratório de Virologia Molecular, Fiocruz Rondônia, Porto Velho, RO, Brazil.
  • Santos JH; Laboratório de Virologia Molecular, Fiocruz Rondônia, Porto Velho, RO, Brazil.
  • de Figueiredo RMP; Universidade do Estado do Amazonas, Manaus, AM, Brazil.
  • Cruz ACR; Universidade Federal do Amazonas, Manaus, AM, Brazil.
  • Casseb LN; Gerência de Virologia, Fundação de Medicina Tropical - Dr. Heitor Vieira Dourado, Manaus, AM, Brazil.
  • Chiang JO; Department of Arbovirology and Hemorrhagic Fevers, Evandro Chagas Institute, Health and Environment Surveillance Secretariat, Ministry of Health, Ananindeua, PA, Brazil.
  • Frutuoso LV; Department of Arbovirology and Hemorrhagic Fevers, Evandro Chagas Institute, Health and Environment Surveillance Secretariat, Ministry of Health, Ananindeua, PA, Brazil.
  • Rossi A; Department of Arbovirology and Hemorrhagic Fevers, Evandro Chagas Institute, Health and Environment Surveillance Secretariat, Ministry of Health, Ananindeua, PA, Brazil.
  • Freitas L; Coordenação-Geral de Vigilância de Arboviroses - CGARB, Departamento de Doenças Transmissíveis, Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente, Ministério da Saúde, Brasília, DF, Brazil.
  • de Lima Campos T; Laboratório de Genômica e Ecologia Viral, Departamento de Patologia, Centro de Ciências da Saúde, Universidade Federal do Espírito Santo, Vitória, ES, Brazil.
  • Wallau GL; GISAID Global Data Science Initiative, Munich, Germany.
Nat Med ; 2024 Sep 18.
Article in En | MEDLINE | ID: mdl-39293488
ABSTRACT
The Brazilian western Amazon is experiencing its largest laboratory-confirmed Oropouche virus (OROV) outbreak, with more than 6,300 reported cases between 2022 and 2024. Here, we sequenced and analyzed 382 OROV genomes from human samples collected in Amazonas, Acre, Rondônia, and Roraima states, between August 2022 and February 2024, to uncover the origin and genetic evolution of OROV in the current outbreak. Genomic analyses revealed that the upsurge of OROV cases in the Brazilian Amazon coincides with spread of a novel reassortant lineage containing the M segment of viruses detected in the eastern Amazon region (2009-2018) and the L and S segments of viruses detected in Peru, Colombia, and Ecuador (2008-2021). The novel reassortant likely emerged in the Amazonas state between 2010 and 2014 and spread through long-range dispersion events during the second half of the 2010s. Phylodynamics reconstructions showed that the current OROV spread was mainly driven by short-range (< 2 km) movements consistent with the flight range of vectors. Nevertheless, a substantial proportion (22%) of long-range (> 10 km) OROV migrations were also detected, consistent with viral dispersion by humans. Our data provides a view of the unprecedented spread and evolution of OROV in Brazilian western Amazon region.
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Full text: 1 Collection: 01-internacional Database: MEDLINE Country/Region as subject: America do sul / Brasil Language: En Journal: Nat Med Journal subject: BIOLOGIA MOLECULAR / MEDICINA Year: 2024 Document type: Article Affiliation country: Brazil Country of publication: United States
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