Introduciendo al Hospital El Cruce en la secuenciación de nueva generación: una ventana al futuro / Introducing El Cruce Hospital in the next generation sequencing: a window into the future

RESUMEN

OBJETIVO: Introducir al hospital en la investigación traslacional mediante la secuenciación de nueva generación sobre muestras de pacientes que concurrieron al Servicio de Hematología del Hospital El Cruce Dr. Néstor C. Kirchner -SAMIC- durante el año 2018. Analizar las mutaciones (variantes) encontradas en los pacientes con diagnóstico Síndrome Mielodisplásico (SMD), e identificar factores pronósticos. MATERIAL Y MÉTODOS: Se ha utilizado la tecnología de Secuenciación de Nueva generación, Next Generation Sequencing (NGS) en 11 pacientes, que concurrieron al Servicio de Hematología con patología mieloide, 6 Síndrome Mielodisplásicos (SMD), 3 Leucemias Mielomonocíticas crónicas y dos Leucemias Agudas. La extracción del ADN se realizó en equipo automatizado MagnaPure Compact de Roche, la cuantificación en un Fluorómetro Qubit 3.0 y la secuenciación propiamente dicha en la empresa Biosystems en un secuenciador MySeq de Illumina, su cuantificación y la generación de las librerías se llevaron a cabo en el área de biología molecular del Servicio de Laboratorio del Hospital El Cruce. La extracción RESULTADOS: Se encontraron 774 variantes totales, de las cuales 35 resultaron variantes en regiones codificantes patogénicas. De éstas, 23 fueron por cambio en un solo nucleótido, 7 inserciones con cambio de lectura, 4 deleciones y 1 variante en múltiples nucleótidos. CONCLUSIONES: Los resultados obtenidos en esta primera experiencia cumplieron con las métricas exigidas por el fabricante, ya que los indicadores de calidad de muestra ADN, preparación de biblioteca y parámetros de secuenciación fueron satisfactorios. Se encontraron mutaciones en 10 de 11 pacientes. Por un lado se hallaron afectados los mismos genes que aparecen reportados en la bibliografía y por el otro hay un número importante de variantes aún no reportadas.

ABSTRACT

OBJECTIVE: Introduce the hospital in translational research through the sequencing of new generation on samples of patients who attended the Hematology Service of El Cruce Hospital Dr. Néstor C. Kirchner -SAMIC- during the year 2018. To analyze the mutations (variants) found in patients diagnosed with Myelodysplastic Syndrome (MDS), and to identify prognostic factors. MATERIAL AND METHODS: The Next Generation Sequencing (NGS) Sequencing technology was used in 11 patients, who attended the Hematology Service with a diagnosis of Myelodysplastic Syndrome (MDS). DNA extraction was performed on Roche's MagnaPure Compact automated equipment, quantification on a Qubit 3.0 Fluorometer and actual sequencing at the Biosystems company on a MySeq sequencer from Illumina, its quantification and generation of the libraries were carried out in the molecular biology area of the Laboratory Service of El Cruce Hospital. The removal RESULTS: We found 801 total variants, of which 35 were variants in pathogenic coding regions. Of these, 23 were by change in a single nucleotide, 7 insertions with change of reading, 4 deletions and 1 variant in multiple nucleotides. CONCLUSIONS: The results obtained in this first experience complied with the metrics required by the manufacturer, since the indicators of DNA sample quality, library preparation and sequencing parameters were satisfactory. Mutations were found in all samples. On the one hand, the same genes that are reported in the literature were affected and on the other there are a significant number of variants not yet reported or that can not be associated with SMD.