Field performance of the Abbott RealTime MTB assay for the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis in a low-prevalence setting / Neumonía en niños: el papel de las pruebas de diagnóstico rápido de virus en la administración de antimicrobianos

ABSTRACT

INTRODUCTION: The sensitivities of conventional mycobacterial culture in solid or liquid media and acid-fast bacilli (AFB) smear microscopy for Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) detection in extrapulmonary specimens are suboptimal. We evaluated the field performance of the Abbott RealTime MTB assay for the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis in a low-prevalence setting. METHODS: The total number of extrapulmonary specimens with mycobacterial culture and PCR results was 566: sterile fluids (n = 278), non-sterile fluids (n = 147), lymph node material (n = 69) tissue biopsies (n = 63), and abscess aspirates (n = 9). A composite standard consisting of mycobacterial culture results, clinical treatment response to anti-TB drugs, when administered, and histopathology, radiological and laboratory findings were used as a reference for sensitivity and specificity calculations. RESULTS: Mycobacterial cultures and PCR were positive in 17 and 28 specimens, respectively. The overall agreement between culture and PCR was moderate (Cohen's kappa coefficient: 0.549; P = 0.0001). Taking as a reference our composite standard, the sensitivity of the Abbott PCR assay was 77.7%, the specificity 99.5%, the PPV 95.4%, and the NPV 98.8%. In turn, the sensitivity of the mycobacterial culture was 62.9%, the specificity and PPV 100%, and the NPV 97.9%. CONCLUSIÓN: The good field performance of the Abbott RealTime MTB assay makes it valuable for the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis in a low-prevalence setting. The use of molecular methods along with culture improves the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis

RESUMEN

INTRODUCCIÓN: La sensibilidad del cultivo convencional de micobacterias en medios sólidos o líquidos y la de la microscopía de bacilos ácido-alcohol resistentes para detectar el complejo Mycobacterium tuberculosis en muestras extrapulmonares es subóptima. Evaluamos el rendimiento del ensayo Abbott RealTime MTB para el diagnóstico de la tuberculosis extrapulmonar en un entorno de baja prevalencia. MÉTODOS: El número total de muestras extrapulmonares con cultivo de micobacterias y resultados de la reacción en cadena de la polimerasa fue de 566: líquidos estériles (n = 278), líquidos no estériles (n = 147), material de los ganglios linfáticos (n = 69), biopsias de tejido (n = 63) y aspiraciones de abscesos (n = 9). Para calcular la sensibilidad y la especificidad del ensayo se utilizó como referencia un parámetro que incluyó: resultados del cultivo, respuesta clínica al tratamiento con antituberculosos y hallazgos de laboratorio, radiológicos e histopatológicos. RESULTADOS: Los cultivos de micobacterias y la PCR fueron positivos en 17 y 28 muestras, respectivamente. La concordancia de los resultados obtenidos por ambos métodos fue moderada (coeficiente kappa de Cohen: 0,549; p = 0,0001). La sensibilidad de la PCR de Abbott fue del 77,7%, especificidad del 99,5 %, valor predictivo positivo del 95,4% y valor predictivo negativo del 98,8%. La sensibilidad del cultivo fue del 62,9%, la especificidad y el valor predictivo positivo del 100% y el valor predictivo negativo del 97,9%. CONCLUSIÓN: El buen rendimiento del ensayo Abbott RealTime MTB lo hace valioso para el diagnóstico de la tuberculosis extrapulmonar en un entorno de baja prevalencia. El uso de métodos moleculares junto al cultivo mejora el diagnóstico de la tuberculosis extrapulmonar