Using Protein Interaction Profile Sequencing (PIP-seq) to Identify RNA Secondary Structure and RNA-Protein Interaction Sites of Long Noncoding RNAs in Plants.

Kramer, Marianne C; Gregory, Brian D

Kramer, Marianne C; Gregory, Brian D.

Afiliación

Kramer MC; Department of Biology, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, USA.
Gregory BD; Cell and Molecular Biology Graduate Group, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, USA.

Methods Mol Biol ; 1933: 343-361, 2019.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-30945196

Asunto(s)

Arabidopsis/metabolismo; Huella de Proteína; Dominios y Motivos de Interacción de Proteínas; ARN Largo no Codificante/química; ARN Largo no Codificante/metabolismo; Proteínas de Unión al ARN/metabolismo; Arabidopsis/genética; Proteínas de Arabidopsis/genética; Proteínas de Arabidopsis/metabolismo; Biología Computacional/métodos; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento/métodos; Conformación de Ácido Nucleico; ARN Largo no Codificante/genética; ARN de Planta/química; ARN de Planta/genética; ARN de Planta/metabolismo; Proteínas de Unión al ARN/genética; Transcriptoma

Palabras clave

Genome-wide; Protein interaction profiling sequencing (PIP-seq); RNA secondary structure; RNA sequencing; RNA-binding proteins (RBPs); RNAprotein interactions; Structure-specific nucleases

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Proteínas de Unión al ARN / Arabidopsis / Huella de Proteína / Dominios y Motivos de Interacción de Proteínas / ARN Largo no Codificante Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Asunto de la revista: BIOLOGIA MOLECULAR Año: 2019 Tipo del documento: Article País de afiliación: Estados Unidos Pais de publicación: Estados Unidos

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