The interplay between molecular flexibility and RNA chemical probing reactivities analyzed at the nucleotide level via an extensive molecular dynamics study.

Frezza, Elisa; Courban, Antoine; Allouche, Delphine; Sargueil, Bruno; Pasquali, Samuela

Frezza, Elisa; Courban, Antoine; Allouche, Delphine; Sargueil, Bruno; Pasquali, Samuela.

Afiliación

Frezza E; Faculté de Pharmacie de Paris, Laboratoire de Cristallographie et RMN Biologiques, UMR 8015 - CNRS, Université Paris Descartes, 4 Avenue de l'Observatoire 75270 PARIS CEDEX 06, France. Electronic address: elisa.frezza@parisdescartes.fr.
Courban A; Faculté de Pharmacie de Paris, Laboratoire de Cristallographie et RMN Biologiques, UMR 8015 - CNRS, Université Paris Descartes, 4 Avenue de l'Observatoire 75270 PARIS CEDEX 06, France.
Allouche D; Faculté de Pharmacie de Paris, Laboratoire de Cristallographie et RMN Biologiques, UMR 8015 - CNRS, Université Paris Descartes, 4 Avenue de l'Observatoire 75270 PARIS CEDEX 06, France.
Sargueil B; Faculté de Pharmacie de Paris, Laboratoire de Cristallographie et RMN Biologiques, UMR 8015 - CNRS, Université Paris Descartes, 4 Avenue de l'Observatoire 75270 PARIS CEDEX 06, France. Electronic address: bruno.sargueil@parisdescartes.fr.
Pasquali S; Faculté de Pharmacie de Paris, Laboratoire de Cristallographie et RMN Biologiques, UMR 8015 - CNRS, Université Paris Descartes, 4 Avenue de l'Observatoire 75270 PARIS CEDEX 06, France. Electronic address: samuela.pasquali@parisdescartes.fr.

Methods ; 162-163: 108-127, 2019 06 01.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-31145972

Asunto(s)

Simulación de Dinámica Molecular; Conformación de Ácido Nucleico; Nucleótidos/química; ARN/química; Acilación; CME-Carbodiimida/análogos & derivados; CME-Carbodiimida/química; Enlace de Hidrógeno; Radical Hidroxilo/química; Indicadores y Reactivos/química; ARN/genética; ARN/metabolismo; Ésteres del Ácido Sulfúrico/química

Palabras clave

Chemical probing; Flexibility; Molecular dynamics simulations; RNA; SHAPE

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: ARN / Simulación de Dinámica Molecular / Conformación de Ácido Nucleico / Nucleótidos Idioma: En Revista: Methods Asunto de la revista: BIOQUIMICA Año: 2019 Tipo del documento: Article Pais de publicación: Estados Unidos

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