Simulating Evolution in Asexual Populations with Epistasis.

Diaz-Uriarte, Ramon

Diaz-Uriarte, Ramon.

Afiliación

Diaz-Uriarte R; Department of Biochemistry, Universidad Autónoma de Madrid, Instituto de Investigaciones Biomédicas "Alberto Sols" (UAM-CSIC), Madrid, Spain. ramon.diaz@iib.uam.es.

Methods Mol Biol ; 2212: 121-154, 2021.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-33733354

ABSTRACT

ABSTRACT

I show how to use OncoSimulR, software for forward-time genetic simulations, to simulate evolution of asexual populations in the presence of epistatic interactions. This chapter emphasizes the specification of fitness and epistasis, both directly (i.e., specifying the effects of individual mutations and their epistatic interactions) and indirectly (using models for random fitness landscapes).

Asunto(s)

Epistasis Genética; Genes Relacionados con las Neoplasias; Aptitud Genética; Modelos Genéticos; Mutación; Neoplasias/genética; Animales; Evolución Biológica; Simulación por Computador; Sitios Genéticos; Genotipo; Humanos; Neoplasias/patología; Selección Genética; Programas Informáticos

Palabras clave

Epistasis; Evolution; Fitness; Fitness landscape; Mutation; Simulation

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Epistasis Genética / Genes Relacionados con las Neoplasias / Aptitud Genética / Modelos Genéticos / Mutación / Neoplasias Límite: Animals / Humans Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Asunto de la revista: BIOLOGIA MOLECULAR Año: 2021 Tipo del documento: Article País de afiliación: España

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