Finding Maximal Exact Matches Using the r-Index.

Rossi, Massimiliano; Oliva, Marco; Bonizzoni, Paola; Langmead, Ben; Gagie, Travis; Boucher, Christina

Rossi, Massimiliano; Oliva, Marco; Bonizzoni, Paola; Langmead, Ben; Gagie, Travis; Boucher, Christina.

Afiliación

Rossi M; Department of Computer and Information Science and Engineering, University of Florida, Gainesville, Florida, USA.
Oliva M; Department of Computer and Information Science and Engineering, University of Florida, Gainesville, Florida, USA.
Bonizzoni P; Department of Informatics, Systems and Communication, University of Milano-Bicocca, Milano, Italy.
Langmead B; Department of Computer Science, Johns Hopkins University, Baltimore, Maryland, USA.
Gagie T; Faculty of Computer Science, Dalhousie University, Halifax, Canada.
Boucher C; Department of Computer and Information Science and Engineering, University of Florida, Gainesville, Florida, USA.

J Comput Biol ; 29(2): 188-194, 2022 02.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-35041518

Asunto(s)

Algoritmos; Alineación de Secuencia/estadística & datos numéricos; Programas Informáticos; Biología Computacional; Bases de Datos Genéticas/estadística & datos numéricos; Genoma Humano; Genómica/estadística & datos numéricos; Humanos; Análisis de Secuencia de ADN/estadística & datos numéricos

Palabras clave

MEM finding; r-index; run-length-encoded BurrowsWheeler transform; thresholds

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Algoritmos / Programas Informáticos / Alineación de Secuencia Tipo de estudio: Diagnostic_studies Límite: Humans Idioma: En Revista: J Comput Biol Asunto de la revista: BIOLOGIA MOLECULAR / INFORMATICA MEDICA Año: 2022 Tipo del documento: Article País de afiliación: Estados Unidos Pais de publicación: Estados Unidos

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