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Starting from scratch: Step-by-step development of diagnostic tests for SARS-CoV-2 detection by RT-LAMP.
Tapia-Sidas, Diana Angélica; Vargas-Hernández, Brenda Yazmín; Ramírez-Pool, José Abrahán; Núñez-Muñoz, Leandro Alberto; Calderón-Pérez, Berenice; González-González, Rogelio; Brieba, Luis Gabriel; Lira-Carmona, Rosalía; Ferat-Osorio, Eduardo; López-Macías, Constantino; Ruiz-Medrano, Roberto; Xoconostle-Cázares, Beatriz.
Afiliación
  • Tapia-Sidas DA; Departamento de Biotecnología y Bioingeniería, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Mexico City, Mexico.
  • Vargas-Hernández BY; Departamento de Biotecnología y Bioingeniería, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Mexico City, Mexico.
  • Ramírez-Pool JA; Departamento de Biotecnología y Bioingeniería, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Mexico City, Mexico.
  • Núñez-Muñoz LA; Departamento de Biotecnología y Bioingeniería, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Mexico City, Mexico.
  • Calderón-Pérez B; Departamento de Biotecnología y Bioingeniería, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Mexico City, Mexico.
  • González-González R; Departamento de Biotecnología y Bioingeniería, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Mexico City, Mexico.
  • Brieba LG; Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Irapuato, Guanajuato, Mexico.
  • Lira-Carmona R; Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Infecciosas y Parasitarias, Hospital de Pediatría, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico.
  • Ferat-Osorio E; División de Investigación en Salud, UMAE Hospital de Especialidades "Dr. Bernardo Sepúlveda Gutiérrez", Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico.
  • López-Macías C; División de Investigación en Salud, UMAE Hospital de Especialidades "Dr. Bernardo Sepúlveda Gutiérrez", Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico.
  • Ruiz-Medrano R; Departamento de Biotecnología y Bioingeniería, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Mexico City, Mexico.
  • Xoconostle-Cázares B; Departamento de Biotecnología y Bioingeniería, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Mexico City, Mexico.
PLoS One ; 18(1): e0279681, 2023.
Article en En | MEDLINE | ID: mdl-36701313
The pandemic caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has affected millions of people worldwide. Public health strategies to reduce viral transmission are based on widespread diagnostic testing to detect and isolate contagious patients. Several reverse transcription (RT)-PCR tests, along with other SARS-CoV-2 diagnostic assays, are available to attempt to cover the global demand. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) based methods have been established as rapid, accurate, point of care diagnostic tests for viral infections; hence, they represent an excellent alternative for SARS-CoV-2 detection. The aim of this study was to develop and describe molecular detection systems for SARS-CoV-2 based on RT-LAMP. Recombinant DNA polymerase from Bacillus stearothermophilus and thermostable engineered reverse transcriptase from Moloney Murine Leukemia Virus were expressed using a prokaryotic system and purified by fast protein liquid chromatography. These enzymes were used to set up fluorometric real time and colorimetric end-point RT-LAMP assays. Several reaction conditions were optimized such as reaction temperature, Tris-HCl concentration, and pH of the diagnostic tests. The key enzymes for RT-LAMP were purified and their enzymatic activity was determined. Standardized reaction conditions for both RT-LAMP assays were 65°C and a Tris-HCl-free buffer at pH 8.8. Colorimetric end-point RT-LAMP assay was successfully used for viral detection from clinical saliva samples with 100% sensitivity and 100% specificity compared to the results obtained by RT-qPCR based diagnostic protocols with Ct values until 30. The developed RT-LAMP diagnostic tests based on purified recombinant enzymes allowed a sensitive and specific detection of the nucleocapsid gene of SARS-CoV-2.
Asunto(s)

Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: SARS-CoV-2 / COVID-19 Tipo de estudio: Diagnostic_studies / Guideline Límite: Animals / Humans Idioma: En Revista: PLoS One Asunto de la revista: CIENCIA / MEDICINA Año: 2023 Tipo del documento: Article País de afiliación: México Pais de publicación: Estados Unidos

Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: SARS-CoV-2 / COVID-19 Tipo de estudio: Diagnostic_studies / Guideline Límite: Animals / Humans Idioma: En Revista: PLoS One Asunto de la revista: CIENCIA / MEDICINA Año: 2023 Tipo del documento: Article País de afiliación: México Pais de publicación: Estados Unidos