Improved analysis of (e)CLIP data with RCRUNCH yields a compendium of RNA-binding protein binding sites and motifs.

Katsantoni, Maria; van Nimwegen, Erik; Zavolan, Mihaela

Katsantoni, Maria; van Nimwegen, Erik; Zavolan, Mihaela.

Afiliación

Katsantoni M; Biozentrum, University of Basel, 4056, Basel, Switzerland. maria.katsantoni@unibas.ch.
van Nimwegen E; Swiss Institute of Bioinformatics, 1015, Lausanne, Switzerland. maria.katsantoni@unibas.ch.
Zavolan M; Biozentrum, University of Basel, 4056, Basel, Switzerland.

Genome Biol ; 24(1): 77, 2023 04 17.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-37069586

Asunto(s)

Proteínas de Unión al ARN; ARN; ARN/metabolismo; Análisis de Secuencia de ARN; Sitios de Unión/genética; Unión Proteica; Proteínas de Unión al ARN/genética; Proteínas de Unión al ARN/metabolismo

Palabras clave

Bioinformatics; CLIP; Computational workflow; HNRNPC; PTBP1; PUM2; RBFOX2; RBP; RNA regulation; RNA-binding protein; Reproducible research; Sequence specificity

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: ARN / Proteínas de Unión al ARN Idioma: En Revista: Genome Biol Asunto de la revista: BIOLOGIA MOLECULAR / GENETICA Año: 2023 Tipo del documento: Article País de afiliación: Suiza Pais de publicación: Reino Unido

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