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Implementation of a qPCR assay coupled with genomic surveillance for real-time monitoring of SARS-CoV-2 variants of concern.
Natalia Rego; Alicia Costabile; Mercedes Paz; Cecilia Salazar; Paula Perbolianachis; Lucia Spangemberg; Ignacio Ferres; Rodrigo Arce; Alvaro Fajardo; Mailen Arleo; Tania Possi; Ines Bellini; Lucia Bilbao; Natalia Reyes; Maria Noel Bentancor; Andres Lizosain; Maria Jose Benitez; Matias Castells; Matias Victoria; Leticia Maya; Viviana Bortagaray; Ana Moller; Gonzalo Bello; Ighor Arantes; Mariana Brandes; Pablo Smircich; Odhille Chappos; Melissa Duquia; Belen Gonzalez; Luciana Griffero; Mauricio Mendez; Maria Pia Techera; Juan Zanetti; Bernardina Rivera; Matias Maidana; Martina Alonso; Cecilia Alonso; Julio Medina; Henry Albornoz; Rodney Colina; Veronica Noya; Gregorio Iraola; Tamara Fernandez-Calero; Gonzalo Andres Moratorio; Pilar Moreno.
Afiliación
  • Natalia Rego; Unidad de Bioinformatica, Institut Pasteur de Montevideo.
  • Alicia Costabile; Laboratorio de Evolucion Experimental de Virus, Institut Pasteur Montevideo; Centro de Innovacion en Vigilancia Epidemiologica, Institut Pasteur Montevideo
  • Mercedes Paz; Centro de Innovacion en Vigilancia Epidemiologica, Institut Pasteur Montevideo
  • Cecilia Salazar; Laboratorio de Genomica Microbiana, Institut Pasteur Montevideo
  • Paula Perbolianachis; Laboratorio de Evolucion Experimental de Virus, Institut Pasteur Montevideo; Laboratorio de Virologia Molecular, Facultad de Ciencias, UdelaR
  • Lucia Spangemberg; Unidad de Bioinformatica, Institut Pasteur de Montevideo
  • Ignacio Ferres; Laboratorio de Genomica Microbiana, Institut Pasteur Montevideo
  • Rodrigo Arce; Laboratorio de Evolucion Experimental de Virus, Institut Pasteur Montevideo; Laboratorio de Virologia Molecular, Facultad de Ciencias, UdelaR; Laboratorio Biol
  • Alvaro Fajardo; Laboratorio de Evolucion Experimental de Virus, Institut Pasteur Montevideo; Laboratorio de Virologia Molecular, Facultad de Ciencias, UdelaR
  • Mailen Arleo; Laboratorio Biologia Molecular Sanatorio Americano
  • Tania Possi; Laboratorio Biologia Molecular Sanatorio Americano
  • Ines Bellini; Laboratorio Biologia Molecular Sanatorio Americano
  • Lucia Bilbao; Departamento de Genomica, Instituto de Investigaciones Biologicas Clemente Estable. Laboratorio de Biologia Molecular, Sanatorio Americano
  • Natalia Reyes; Laboratorio Biologia Molecular Sanatorio Americano
  • Maria Noel Bentancor; Laboratorio Biologia Molecular Sanatorio Americano
  • Andres Lizosain; Laboratorio de Virologia Molecular. Departamento de Ciencias Biologicas. Centro Universitario Regional del Litoral Norte. UdelaR
  • Maria Jose Benitez; Laboratorio de Virologia Molecular. Departamento de Ciencias Biologicas. Centro Universitario Regional del Litoral Norte. UdelaR
  • Matias Castells; Laboratorio de Virologia Molecular. Departamento de Ciencias Biologicas. Centro Universitario Regional del Litoral Norte. UdelaR
  • Matias Victoria; Laboratorio de Virologia Molecular. Departamento de Ciencias Biologicas. Centro Universitario Regional del Litoral Norte. UdelaR
  • Leticia Maya; Laboratorio de Virologia Molecular. Departamento de Ciencias Biologicas. Centro Universitario Regional del Litoral Norte. UdelaR
  • Viviana Bortagaray; Laboratorio de Virologia Molecular. Departamento de Ciencias Biologicas. Centro Universitario Regional del Litoral Norte. UdelaR
  • Ana Moller; Laboratorio de Virologia Molecular. Departamento de Ciencias Biologicas. Centro Universitario Regional del Litoral Norte. UdelaR
  • Gonzalo Bello; Laboratorio de AIDS e Imunologia Molecular, Instituto Oswaldo Cruz Fiocruz
  • Ighor Arantes; Laboratorio de AIDS e Imunologia Molecular, Instituto Oswaldo Cruz Fiocruz
  • Mariana Brandes; Unidad de Bioinformatica, Institut Pasteur de Montevideo
  • Pablo Smircich; Departamento de Genomica, Instituto de Investigaciones Biologicas Clemente Estable. Laboratorio de Interacciones Moleculares, Facultad de Ciencias, UdelaR.
  • Odhille Chappos; CENUR Este-Sede Rocha-UdelaR
  • Melissa Duquia; CENUR Este-Sede Rocha-UdelaR
  • Belen Gonzalez; CENUR Este-Sede Rocha-UdelaR
  • Luciana Griffero; CENUR Este-Sede Rocha-UdelaR
  • Mauricio Mendez; CENUR Este-Sede Rocha-UdelaR
  • Maria Pia Techera; CENUR Este-Sede Rocha-UdelaR
  • Juan Zanetti; CENUR Este-Sede Rocha-UdelaR
  • Bernardina Rivera; Laboratorio de Diagnostico Molecular, Institut Pasteur de Montevideo
  • Matias Maidana; Laboratorio de Diagnostico Molecular, Institut Pasteur de Montevideo
  • Martina Alonso; Laboratorio de Diagnostico Molecular, Institut Pasteur de Montevideo
  • Cecilia Alonso; CENUR Este-Sede Rocha-UdelaR
  • Julio Medina; Ministerio de Salud Publica (Uruguay) / Catedra de Enfermedades Infecciosas, Fac. de Medicina, UdelaR.
  • Henry Albornoz; Ministerio de Salud Publica (Uruguay)
  • Rodney Colina; Laboratorio de Virologia Molecular. Departamento de Ciencias Biologicas. Centro Universitario Regional del Litoral Norte. UdelaR
  • Veronica Noya; Laboratorio Biologia Molecular Sanatorio Americano
  • Gregorio Iraola; Institut Pasteur de Montevideo
  • Tamara Fernandez-Calero; Unidad de Bioinformatica, Institut Pasteur de Montevideo
  • Gonzalo Andres Moratorio; Institut Pasteur
  • Pilar Moreno; Universidad de la Republica. Insitut Pasteur de Montevideo
Preprint en En | PREPRINT-MEDRXIV | ID: ppmedrxiv-21256969
ABSTRACT
We developed a genomic surveillance program for real-time monitoring of SARS-CoV-2 variants of concern in Uruguay. Here, we present the first results, including the proposed qPCR-VOC method, the general workflow and the report of the introduction and community transmission of the VOC P.1 in Uruguay in multiple independent events.
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Texto completo: 1 Colección: 09-preprints Base de datos: PREPRINT-MEDRXIV Idioma: En Año: 2021 Tipo del documento: Preprint
Texto completo: 1 Colección: 09-preprints Base de datos: PREPRINT-MEDRXIV Idioma: En Año: 2021 Tipo del documento: Preprint