Metagenomic approaches to identifying infectious agents.

ABSTRACT

Since the advent of next-generation sequencing (NGS) technologies, the untargeted screening of samples from outbreaks for pathogen identification using metagenomics has become technically and economically feasible. However, various aspects need to be considered in order to exploit the full potential of NGS for virus discovery. Here, the authors summarise those aspects of the main steps that have a significant impact, from sample selection through sample handling and processing, as well as sequencing and finally data analysis, with a special emphasis on existing pitfalls.

Depuis l'avènement des technologies de séquençage de nouvelle génération, le criblage non ciblé d'échantillons prélevés au cours d'un foyer de maladie afin d'identifier l'agent pathogène en recourant à la métagénomique est devenu accessible aux plans technique et économique. Néanmoins, un certain nombre d'aspects restent à élucider afin d'exploiter pleinement les possibilités offertes par le séquençage de nouvelle génération pour déceler des virus précédemment inconnus. Les auteurs résument ces aspects pour chaque étape déterminante, depuis le choix des échantillons jusqu'à leur manipulation et traitement, et du séquençage à l'analyse des données, en mettant l'accent sur les difficultés éventuelles.

RESUMEN

Desde el advenimiento de las técnicas de secuenciación de próxima generación, el cribado no selectivo de muestras tomadas durante un brote para identificar al patógeno empleando la metagenómica ha pasado a ser técnica y económicamente viable. Sin embargo, hay una serie de aspectos que conviene tener en cuenta a fin de poder aprovechar plenamente las posibilidades que ofrecen esas técnicas para descubrir virus. Los autores resumen esos aspectos en relación con las principales etapas que tienen una influencia importante, desde la selección hasta la manipulación y el procesamiento de las muestras, pasando por la secuenciación y el análisis de datos, haciendo especial hincapié en sus posibles inconvenientes.