SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence.

Lopez-Maestre, Hélène; Brinza, Lilia; Marchet, Camille; Kielbassa, Janice; Bastien, Sylvère; Boutigny, Mathilde; Monnin, David; Filali, Adil El; Carareto, Claudia Marcia; Vieira, Cristina; Picard, Franck; Kremer, Natacha; Vavre, Fabrice; Sagot, Marie-France; Lacroix, Vincent

Lopez-Maestre, Hélène; Brinza, Lilia; Marchet, Camille; Kielbassa, Janice; Bastien, Sylvère; Boutigny, Mathilde; Monnin, David; Filali, Adil El; Carareto, Claudia Marcia; Vieira, Cristina; Picard, Franck; Kremer, Natacha; Vavre, Fabrice; Sagot, Marie-France; Lacroix, Vincent.

Affiliation

Lopez-Maestre H; Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622 Villeurbanne, France.
Brinza L; EPI ERABLE - Inria Grenoble, Rhône-Alpes.
Marchet C; PT Génomique et Transcriptomique, BIOASTER, Lyon, France.
Kielbassa J; Université de Rennes, F-35000 Rennes; équipe GenScale, IRISA, Rennes.
Bastien S; Synergie-Lyon-Cancer, Universite Lyon 1, Centre Leon Berard, Lyon, France.
Boutigny M; Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622 Villeurbanne, France.
Monnin D; EPI ERABLE - Inria Grenoble, Rhône-Alpes.
Filali AE; Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622 Villeurbanne, France.
Carareto CM; EPI ERABLE - Inria Grenoble, Rhône-Alpes.
Vieira C; Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622 Villeurbanne, France.
Picard F; Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622 Villeurbanne, France.
Kremer N; Department of Biology, UNESP - São Paulo State University, São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil.
Vavre F; Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622 Villeurbanne, France.
Sagot MF; EPI ERABLE - Inria Grenoble, Rhône-Alpes.
Lacroix V; Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622 Villeurbanne, France.

Nucleic Acids Res ; 44(19): e148, 2016 Nov 02.

Article de En | MEDLINE | ID: mdl-27458203

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Texte intégral: 1 Collection: 01-internacional Base de données: MEDLINE Sujet principal: Séquence nucléotidique / Génome / Analyse de séquence d'ARN / Polymorphisme de nucléotide simple Type d'étude: Diagnostic_studies / Prognostic_studies Limites: Animals / Humans Langue: En Journal: Nucleic Acids Res Année: 2016 Type de document: Article Pays d'affiliation: France Pays de publication: Royaume-Uni

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