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Primeras seis secuencias del genoma completo de SARS-CoV-2 por NGS en El Salvador / First six sequences of the complete SARS-CoV-2 genome by NGS in El Salvador
Rivera, Noe Rigoberto; Ortega Pérez, Carlos Alexander; Sandoval Lopez, Xochitl; Hernandez Ávila, Carlos Enrique.
Afiliação
  • Rivera, Noe Rigoberto; Universidad de El Salvador. Facultad de Medicina. San Salvador. SV
  • Ortega Pérez, Carlos Alexander; Universidad de El Salvador. Facultad de Medicina. San Salvador. SV
  • Sandoval Lopez, Xochitl; Instituto Nacional de Salud. San Salvador. SV
  • Hernandez Ávila, Carlos Enrique; Instituto Nacional de Salud. Departamento de Gobernanza y Gestión del Conocimiento. San Salvador. SV
Alerta (San Salvador) ; 4(1): 61-66, ene, 22, 2021. ilus, tab
Artigo em Espanhol | LILACS, BISSAL | ID: biblio-1146458
Biblioteca responsável: SV2
RESUMEN
En este trabajo se describen las primeras secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras de pacientes salvadoreños. Objetivo. Reportar las primeras secuencias completas del genoma del SARS-CoV-2 de casos procedentes de El Salvador. Metodología. Se realizó una secuenciación masiva en la plataforma MiniSeq Illumina a partir de muestras de secreción nasofaríngea. Resultados. El análisis filogenético determinó que estas muestras pertenecen al clado 20C secundario de 20A que tiene en común la variante de la mutación D614G de la glicoproteína espícula. La mutación S D614G fue encontrada en las seis secuencias de SARS-CoV-2. En la plataforma GISAID, las secuencias mostraron pertenecer al clado GH linaje pangolín B.1.2 y B.1.370; ambos linajes están presentes en Estados Unidos. Conclusión. El análisis filogenético evidenció que estas seis muestras pertenecen al clado 20C, clado secundario de 20A, que tiene en común la variante de la mutación D614G de la glicoproteína espícula
ABSTRACT
This work describes the first complete sequences of the SARS-CoV-2 genome from samples of Salvadoran patients. Objective. Report the first complete sequences of the SARS-CoV-2 genome from cases from El Salvador. Methodology. Massive sequencing was performed on the MiniSeq Illumina platform from samples of nasopharyngeal secretion. Results. Phylogenetic analysis determined that these samples belong to the secondary 20C clade of 20A which has in common the variant of the spike glycoprotein D614G mutation. The S D614G mutation was found in all six SARS-CoV-2 sequences. In the GISAID platform, the sequences were shown to belong to the clade GH pangolin lineage B.1.2 and B.1.370; both lineages are present in the United States. Conclusion. Phylogenetic analysis showed that these six samples belong to clade 20C, a secondary clade of 20A, which has in common the variant of the spike glycoprotein D614G mutation
Assuntos

Texto completo: Disponível Coleções: Bases de dados internacionais Base de dados: BISSAL / LILACS Assunto principal: Genoma Viral / Infecções por Coronavirus / Vírus da SARS País/Região como assunto: América Central / El Salvador Idioma: Espanhol Revista: Alerta (San Salvador) Assunto da revista: Medicina Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Artigo País de afiliação: El Salvador Instituição/País de afiliação: Instituto Nacional de Salud/SV / Universidad de El Salvador/SV

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