Análisis de la mutación D614G en secuencia del genoma completo de SARS-CoV-2 en El Salvador / Analysis of the D614G mutation in the sequence of the complete SARS-CoV-2 genome in El Salvador

RESUMEN

El 18 de marzo se reporta el primer caso de infección por SARS- CoV-2 confirmado en El Salvador y durante el mes de octubre de 2020 se logra secuenciar el genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras obtenidas en el país. Objetivo. Analizar in silico las mutaciones detectadas en las secuencias aisladas en El Salvador. Metodología. Se utilizó la plataforma SOPHiA-DDM-V5.7.10., para la determinación de las variantes por mutaciones con sentido erróneo. Se utilizó la plataforma Nexclade beta v0.8.1.; se visualizó y comparó la proteína S silvestre (D614 PDB ID 6VXX) y de la variante mutada (D614G PDB ID 6XS6). Para el modelamiento y generación de imágenes de los detalles moleculares de las proteínas se utilizó Pymol-v1.7.2.3. Resultados. Los cristales de la proteína S silvestre y mutada muestra diferencias a nivel molecular, incluyendo la pérdida de interacciones entre el residuo G614 del dominio S1 y la treonina 859 de dominio S2, favoreciendo de esta manera la conformación abierta de la proteína S, la cual es necesaria para la interacción de S con el receptor ACE2. Conclusión. Los hallazgos confirman el predominio de la variante D614G en este grupo de secuencias, lo cual probablemente favorece su transmisibilidad, que puede explicarse por la configuración de los sitios de unión con receptor ACE2. El predominio mundial de la D614G y las evidencias de laboratorio y bioinformáticas publicadas hasta la fecha, apuntan hacia una posible mayor infectividad y transmisibilidad

ABSTRACT

On March 18, the first confirmed case of SARS-CoV-2 infection was reported in El Salvador and during the month of October 2020, the SARS-CoV-2 genome was sequenced from samples obtained in the country. Objective. To analyze in silico the mutations detected in the sequences isolated in El Salvador. Methodology. The SOPHiA-DDM-V5.7.10. Platform was used for the determination of variants due to missense mutations. The Nexclade beta v0.8.1 platform was used; The wild-type protein S (D614 PDB ID 6VXX) and the mutated variant (D614G PDB ID 6XS6) were visualized and compared. For the modeling and generation of images of the molecular details of the proteins, Pymol-v1.7.2.3 was used. Results. The crystals of wild and mutated protein S show differences at the molecular level, including the loss of interactions between residue G614 of domain S1 and threonine 859 of domain S2, thus favoring the open conformation of protein S, which is necessary for the interaction of S with the ACE2 receptor. Conclusion. The findings confirm the predominance of the D614G variant in this group of sequences, which probably favors its transmissibility, which can be explained by the configuration of the ACE2 receptor binding sites. The worldwide prevalence