Perfiles genéticos bacterianos y análisis de brotes de las Enfermedades Transmitidas por Alimentos empleando Electroforesis de Campo Pulsado como herramienta para la vigilancia epidemiológica molecular / Bacterial genetic profiles and analysis of outbreaks of foodborne diseases using pulsed field gel electrophoresis as a tool for molecular epidemiological surveillance

RESUMEN

Las Enfermedades de Transmisión Alimentaria (ETA) son un problema de salud pública con altos índices de morbilidad y mortalidad a nivel global. La vigilancia y estudio de brotes de las ETA a través de Electroforesis de Campo Pulsado (PFGE) constituye un soporte fundamental para la investigación epidemiológica. El objetivo del estudio es presentar la base de datos de perfiles genéticos bacterianos y analizar brotes de enfermedades transmitidas por alimentos empleando Electroforesis de Campo Pulsado. Estudio descriptivo observacional de carácter retrospectivo, muestreo por conveniencia en el que fueron estudiados 778 aislamientos bacterianos causantes de ETA. La Base de Datos Nacional (BDN) quedó conformada por los siguientes patógenos entéricos; Salmonella spp., Shigella sonnei, Vibrio cholerae, Campylobacter spp., Escherichia coli O157H7 y Escherichia coli no O157 caracterizados por una diversidad de patrones únicos, clusters y brotes. La BDN de Salmonella spp., quedó representada por un total de 558 cepas con 248 PUN, de las cuales 22,6% (126 cepas) corresponden a Salmonella enterica ser. Typhimurium, 20,6% (115 cepas) a Salmonella enterica ser. Enteritidis, 9,1% (51 cepas) a Salmonella enterica ser. Newport, 1,6% (9 cepas) a Salmonella enterica ser. Muenchen, que al mismo tiempo son los serotipos que están asociados a brotes. Fueron confirmados un total de 13 brotes causados por Salmonella spp.; Shigella sonnei con 113 cepas estudiadas, 57 patrones únicos y 19 clusters detectados. Se identificaron 3 patrones PYJ16X01.0012, PYJ16X01.0034 y PYJ16X01.0014 como los predominantes. Vibrio cholerae con 18 cepas estudiadas, 9 patrones únicos y 4 clusters detectados. Se pudo establecer una relación genética del 100% entre cepas de Vibrio cholerae O1 biotipo El Tor serotipo Ogawa productora de toxinas ctxA y tcpA aislada del caso índice del brote de cólera. Campylobacter spp., con 62 cepas estudiadas, 42 patrones únicos y 10 clusters detectados. La BDN de E. coli productor de toxina shiga O157 y no O157, con 9 y 20 cepas de origen humano respectivamente, caracterizadas según sus factores de virulencia y subtipos. Se reconocieron 8 patrones electroforéticos PUN y 1 cluster para E. coli productor de toxina shiga O157, y 18 PUN y 1 clúster para E. coli productor de toxina shiga no O157.La disponibilidad de una Base de Datos Nacional de patógenos bacterianos transmitidos por alimentos constituye un importante avance para la salud pública, con un gran aporte en la vigilancia y epidemiología del país permitiendo la confirmación y detección de brotes discriminando aislamientos relacionados genéticamente y por consiguiente el estudio de relaciones clonales y probable origen(AU)

ABSTRACT

Foodborne diseases (FBD) are a problem of public health with high indexes of morbidity and mortality at global level. The surveillance and study of outbreaks of the FBD through pulsed field gel electrophoresis (PFGE) is a fundamental support for epidemiological research. The aim of the study is to present the database of bacterial genetic profiles and analyze outbreaks of FBD using PFGE. This was an observational descriptive retrospective study with convenience sampling in which 778 bacterial isolates causing FBD were studied. The National Database (NDB) was made up of the following enteric pathogens causing FBD Salmonella spp., Shigella sonnei, Vibrio cholerae, Campylobacter spp., Escherichia coli O157 H7 and Escherichia coli no O157. Each of them was characterized by a diversity of unique patterns, clusters and outbreaks. The NDB of Salmonella spp. was represented by a total of 558 strains with 248 PUN, of which 22.6% (126 strains) correspond to Salmonella enterica ser. Typhimurium, 20.6% (115 strains) to Salmonella enterica ser. Enteritidis, 9.1% (51 strains) to Salmonella enterica ser. Newport, 1.6% (9 strains) to Salmonella enterica ser. Muenchen, which at the same time are the serotypes associated with outbreaks. A total of thirteen outbreaks caused by Salmonella spp., Shigella sonnei with 113 strains studied, 57 unique patterns and 19 clusters detected were confirmed. Three patterns PYJ16X01.0012, PYJ16X01.0034 and PYJ16X01.0014 were identified as the predominant. Vibrio cholerae with 18 strains studied, 9 unique patterns and 4 clusters were detected. A genetic relationship of 100% was established between strains of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor serotype Ogawa toxin producer ctxA and tcpA isolated from the index case of the cholera outbreak. Campylobacter spp., with 62 strains studied, 42 unique patterns and 10 clusters were detected. The NDB of O157 and non-O157 Shiga toxin producing E. coli O157, with 9 and 20 strains of human origin respectively, were characterized according to their virulence factors and subtypes. We recognized 8 PUN electrophoretic patterns and 1 cluster for O157 Shiga toxin producing E. coli, and 18 PUN and 1 cluster for non-O157 Shiga toxin producing E. coli. The availability of a National Database of bacterial pathogens transmitted by food constitutes an important advance for public health, with a great contribution to the surveillance and epidemiology of the country allowing the confirmation and detection of outbreaks discriminating genetically related isolates and therefore, the study of clonal relationships and probable origin(AU)