Reliable detection of St. Louis encephalitis virus by RT-nested PCR

RESUMEN

Introducción. El virus de la encefalitis de St. Louis (VESL), arbovirus reemergente en Sudamérica, provocó casos humanos en Argentina y Brasil. Esto pone de manifiesto la necesidad de incrementar el conocimiento sobre arbovirus para poder controlar y prevenir la aparición de futuros casos. Por este motivo, surge la necesidad de realizar exhaustivas investigaciones epidemiológicas y de laboratorio para asegurar la rápida identificación del agente y una apropiada acción de los agentes de salud. En este estudio se describe el desarrollo de una técnica de RT-nested PCR específica para la detección del VESL. Material y métodos. Se procedió a la selección de la región genómica del VESL que aportara mayor información sobre la variabilidad genética natural del virus. Así, se diseñaron cebadores degenerados que amplificaron un fragmento de 234 pb del gen de la envoltura de 9 cepas de VESL (Parton, BeH356964, SPAN11916, AN9275, AN9124 y 78V6507 y tres obtenidas de agrupamientos de mosquitos naturalmente infectados). Resultados. El método amplificó el genoma de todas las cepas del VESL analizadas y no se obtuvo amplificación con otros Flavivirus, tales como el virus de la fiebre amarilla, el virus Ilheus, el virus dengue-2, el virus Bussuquara, el virus del Oeste del Nilo, el virus de la encefalitis japonesa y el virus del valle Murray. Este método fue específico y sensible, con un bajo límite de detección menos de 10 unidades formadoras de placa. Conclusión. La técnica desarrollada resultó ser confiable y de amplio espectro para la detección del VESL, y puede ser útil para la ejecución de estudios ecológicos, clínicos y de vigilancia virológica (AU)

ABSTRACT

Introduction. St. Louis encephalitis virus (SLEV) is a re-emerging arbovirus in South America, with reported cases in humans in Argentina and Brazil. This fact indicates that there is an urgent need to increase the current knowledge about this virus in order to control and prevent future cases. Exhaustive epidemiological and laboratory investigation is required to ensure fast, accurate identification of the viral agent and allow prompt surveillance action by health authorities. Herein, we report the development of a species-specific RT-nested PCR to detect SLEV. Material and methods. After selecting the SLEV genomic region providing the greatest information on the natural genetic variability of this virus, degenerated oligonucleotide primers were designed to amplify a 234-bp fragment of the envelope gene from nine SLEV strains (Parton, BeH356964, SPAN11916, AN9275, AN9124, 78V6507 and 3 SLEV strains obtained from naturally infected mosquito pools). Results. The method was able to identify the genome of all the SLEV strains tested and did not amplify unrelated RNA viruses, such as yellow fever virus, Ilheus virus, dengue-2 virus, Bussuquara virus, West Nile virus, Japanese encephalitis virus and Murray Valley encephalitis virus. The method was specific and sensitive, with a lower detection limit of < 10 plaque-forming units. Conclusion. This molecular assay is a reliable procedure with a wide spectrum for detecting the natural diversity of SLEV and may be useful for ecological studies, clinical and laboratory settings and virological surveillance (AU)