Polymorphisms of the IL12B, IL1B, and TNFA Genes and Susceptibility to Asthma

ABSTRACT

Background: Asthma is one of the most common chronic inflammatory diseases in developed countries. Susceptibility to asthma is associated with interaction between multiple genes and environmental factors. Several cytokines play a major role in the pathophysiology of the disease. Objective: We analyzed the distribution of cytokine gene polymorphisms in a group of patients with asthma and a control group in order to determine the effect of these variants, or their combinations, on the development of clinical phenotypes. Methods: We genotyped 22 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) corresponding to 13 cytokine genes (IFNG, IL1A, IL1B, IL1R1, IL1RN, IL2, IL4, IL4R, IL6, IL10, IL12B, TGFB1, and TNFA) in 376 individuals (219 asthmatic patients and 157 controls). Genetic association was evaluated using genotype and allele models for different asthma phenotypes. Gene–gene interactions were explored using multifactor dimensionality reduction. Results: Genotype AC of IL12B -1188 was associated with the presence of asthma. A significant association was detected between 2 SNPs analyzed in TNFA (–308 and –238) and atopic asthma and severe-persistent asthma. The IL1B TT haplotype (3962T and –511T) was also associated with atopy and moderate-persistent asthma. Conclusion: Our data show that the presence of SNPs in IL12B, TNFA, and IL1B was significantly associated with asthma, atopy, and severity of asthma. We also highlight the importance of genetic context, haplotype, and gene–gene interaction analysis in genetic association studies (AU)

RESUMEN

Introducción: El asma es una de las enfermedades inflamatorias crónicas más frecuentes en los países desarrollados. La susceptibilidad al asma viene determinada por la interacción entre múltiples genes y factores ambientales. En la fisiopatología de esta enfermedad las citocinas desempeñan un papel importante. Objetivo: El objetivo de este estudio fue analizar la distribución de varios polimorfismos en genes de citocinas en un grupo de pacientes con asma y en un grupo control para determinar la influencia que estas variantes, o sus combinaciones génicas, desempeñan en los fenotipos clínicos. Métodos: Se analizaron 22 SNP correspondientes a 13 genes codificantes de citocinas (IFNG, IL1A, IL1B, IL1R1, IL1RN, IL2, IL4, IL4R, IL6, IL10, IL12B, TGFB1, y TNFA) en 376 individuos, 219 sujetos asmáticos y 157 controles. Las asociaciones genéticas fueron evaluadas empleando modelos genotípicos y alélicos para los distintos fenotipos de asma. Las interacciones gen-gen se analizaron mediante la plataforma Multifactor Dimensionality Reduction Platform (MDR). Resultados: El genotipo AC de IL12B -1188 se asoció con la presencia de asma. Dos SNP analizados en el gen TNFA (TNFA-308, and TNFA-238) mostraron una asociación significativa con el asma atópica y con la presencia de asma persistente grave. El haplotipo TT de IL1B (3962T y -511T) también se asoció con la presencia de atopia y con asma persistente moderada. Conclusiones: Nuestros datos muestran que la presencia de estos SNP en los genes IL12B, TNFA y IL1B se asocian significativamente con el asma, la atopia y con la gravedad del asma. También recalcamos la importancia del contexto génico, haplotipos e interacciones gen-gen en los estudios de asociación génica (AU)