Identificación de Mycobacterium spp a través de métodos moleculares en el Laboratorio de Salud Pública de Bogotá, Colombia / Identification of mycobacteria to the species level by molecular methods in the Public Health Laboratory of Bogotá, Colombia

RESUMEN

INTRODUCCIÓN: Globalamente la situación epidemiológica de la enfermedad por micobacterias no tuberculosas (MNT) es desconocida debido a que no es una enfermedad de notificación en la mayoría de los países, sin embargo los diversos reportes de infecciones y brotes por MNT publicados sugieren su creciente incremento en los últimos años. Tradicionalmente la identificación se realiza a través de metodologías bioquímicas, las cuales permiten la diferenciación inicial entre M. tuberculosis y MNT, y en algunos casos la identificación de la especie micobacteriana. Sin embargo, esta metodología tiene importantes limitaciones técnicas y la obtención de resultados requiere tiempos prolongados. Por otra parte, la introducción de metodologías basadas en biología molecular ha facilitado significativamente el diagnóstico de las MNT desde el laboratorio. OBJETIVO: Establecer la frecuencia de MNT en los cultivos positivos para bacilos ácido alcohol resistentes remitidos al Laboratorio de Salud pública de Bogotá en un período de 12 meses. MATERIALES Y MÉTODOS: Un total de 100 cultivos provenientes de hospitales públicos y privados de Bogotá fueron identificados a través de pruebas bioquímicas y de las metodologías moleculares; PRA (PCR-análisis de restricción) y PCR múltiplex. Así mismo, la presencia de especies de baja prevalencia, así como el estudio de los casos no concluyentes se realizó través de análisis de secuenciación del blanco molecular 16SrDNA. RESULTADOS: El estudio identificó MNT en el 11% de los cultivos a través de la metodología PRA. Adicionalmente, esta metodología molecular permitió detectar la ocurrencia de más de una especie micobacteriana en el 4% de los cultivos evaluados. Interesantemente un nuevo patrón de restricción-PRA para la especie M. kubicae es reportado en nuestro estudio. CONCLUSIÓN: El uso de un algoritmo de identificación micobacteriana que incluya la metodología molecular PRA incrementa el poder diagnóstico de los métodos convencionales, y contribuye al mejor conocimiento de la epidemiología de las MNT y control de las micobacteriosis

ABSTRACT

INTRODUCTION: Global epidemiology of non-tuberculous mycobacteria (NTM) is unknown due to the fact that notification is not required in many countries, however the number of infection reports and outbreaks caused by NTM suggest a significant increase in the last years. Traditionally, mycobacteria identification is made through biochemical profiles which allow to differentiate M. tuberculosis from NTM, and in some cases the mycobacteria species. Nevertheless, these methods are technically cumbersome and time consuming. On the other hand, the introduction of methods based on molecular biology has improved the laboratory diagnosis of NTM. OBJECTIVE: To establish the NTM frequency in positive cultures for acid-fast bacilli (AAFB) which were sent to Laboratorio de Salud Pública de Bogotá over a 12 month period. MATERIALS AND METHODS: A total of 100 positive cultures for acid-fast bacilli from public and private hospitals from Bogotá were identified by both biochemical methods and the molecular methods PRA (PCR-restriction enzyme analysis) and multiplex-PCR. Furthermore, low prevalence mycobacteria species and non-interpretable results were confirmed by 16SrDNA sequentiation analysis. RESULTS: Identification using the PRA method showed NMT occurrence in 11% of cultures. In addition, this molecular methodology allowed to detect the occurrence of more than one mycobacteria in 4% of the cultures. Interestingly, a new M. kubicae pattern of PCR-restriction analysis is reported in our study. CONCLUSION: Using a mycobacteria identification algorithm, which includes the molecular method PRA, improves the diagnostic power of conventional methods and could help to advance both NTM epidemiology knowledge and mycobacteriosis control