Optimización y adecuación de la capacidad diagnóstica para la realización de grandes volúmenes de RT-PCR de SARS-CoV-2 / Optimization and adaptation of the diagnostic capacity for the performance of large volumes of SARS-CoV-2 RT-PCR

RESUMEN

Introducción: Este artículo describe la planificación efectuada para adecuar la capacidad diagnóstica de grandes volúmenes de RT-PCR de SARS-CoV-2. Métodos: El análisis y predicción del flujo de trabajo incluyó el número de RT-PCR desde el inicio de la pandemia, con 31.971 registros. La planificación de la capacidad y de las opciones diagnósticas se planteó en base a los posibles escenarios derivados de las predicciones efectuadas. Resultados: De acuerdo con las predicciones obtenidas, se optó por una solución automatizada basada en el empleo de robots OT-2 (Opentrons) para configurar un flujo de trabajo reproducible, que logró una capacidad de procesamiento de 5.640 muestras/día, con un tiempo de respuesta de cuatro horas. Conclusiones: El análisis y predicción del flujo de trabajo, unido al empleo de plataformas basadas en OT-2, proporciona una infraestructura robusta que permite atender con éxito las demandas de pruebas que exige esta pandemia.(AU)

ABSTRACT

Introduction: In the present manuscript we describe the planning carried out in our hospital to adapt our diagnostic capability to perform large numbers of SARS-CoV-2 RT-PCR. Methods: The analysis and prediction of workflow included the number of RT-PCR per week from the beginning of the pandemic, with a total of 31971 determinations. The planning phase was developed based on the different scenarios previously predicted. Results: According to the predictions obtained, an automated custom solution was chosen, based on the use of the OT-2 open-source liquid-handling robots (Opentrons), to design a reproducible workflow that achieved a production capacity of 5640 samples/day, with a time of response of four hours per procedure. Conclusions: The analysis and prediction of workflow, along with the use of the robotic platforms OT-2, provided a robust structure to deal with the high demand of determinations that this pandemic requires.(AU)