Predicción de la energía de unión y efecto antiinflamatorio de flavonoides sobre el receptor de glucocorticoides mediante simulaciones de dinámica molecular y el método linear de energía de interacción / Prediction of ligand binding energy and anti-inflammatory effect of flavonoids in the glucocorticoid receptor by molecular dynamics simulations and linear interaction energy method

ABSTRACT

Flavonoids are compounds composed of a three-ring structurewith various substitutions formed in plants, from aromatic aminoacids phenylalanine and tyrosine, to participate in the light-dependphase of photosynthesis catalyzing electron transport. Their antiinflammatoryproperties are of special interest as adverse reactions inhumans appear to be rare. For this reason the aim of this work is totry to explain the binding mode of flavonoids and to estimate thebinding energy of the compounds to glucocorticoids receptor usingthe LIE method. Fifteen flavonoids were used to correlate calculatedbinding energy with experimental values. The squared correlationcoefficient achieved is significant (R2 = 0.74 and p = 0.000) and gooddescription of the binding mode was obtained. Three hydrogenbinding zones were identified corresponding to aminoacids Arg81-Gln40, Thr205-Gln111 and Leu33-Asn34. The interaction with the firstzone was found related with lower values of energy of binding withstatistically significance of 95%(AU)

RESUMEN

Los flavonoides son compuestos formados por tres anillos convarias sustituciones sintetizados en vegetales de los aminoácidosaromáticos fenilalanina y tirosina para participar en la fase luzdependientede la fotosíntesis transportando electrones. Sus propiedadesantiinflamatorias son de especial interés debido a que lasreacciones adversas que estos producen en humanos son raras. Poresta razón, el objetivo del presente trabajo es explicar el modo deunión de estas moléculas y estimar la energía de unión al receptorde glucocorticoides utilizando el método LIE. Se utilizaron 15 flavonoidespara correlacionar sus energías de unión estimadas con lasexperimentales. El coeficiente de correlación alcanzado fue significativo(R2 = 0,74 y p = 0,000) y se obtuvo una buena descripción delmodelo. Se encontraron tres zonas de unión por puente de hidrógenocorrespondiendo a los aminoácidos Arg81-Gln40, Thr205-Gln111and Leu33-Asn34. La primera zona se pudo correlacionar con menoresvalores de energía con una confianza del 95%(AU)