Comparação de três protocolos distintos para extração de RNA de amostras fixadas em formalina e emblocadas em parafina / Comparison of three different protocols for extracting RNA from formalin-fixed paraffin-embedded tissues
J. bras. patol. med. lab
; 47(6): 649-654, dez. 2011. ilus, tab
Artigo
em Português
| LILACS
| ID: lil-610899
Biblioteca responsável:
BR14.1
RESUMO
INTRODUÇÃO:
Tecidos fixados em formalina e emblocados em parafina (FFEP) são importantes fontes de amostras para estudos retrospectivos. Apesar de sua capacidade de preservação de proteínas e morfologia celular, a formalina interfere negativamente em testes de biologia molecular por fragmentar e modificar quimicamente os ácidos nucleicos, particularmente o ácido ribonucleico (RNA).OBJETIVO:
Comparar a eficiência de três diferentes protocolos de extração de RNA para análise de expressão gênica de tecidos FFEP. MATERIAL EMÉTODOS:
Amostras de linfonodo humano FEEP foram submetidas à extração de RNA utilizando-se os kits Ambion e Arcturus Bioscience e o método clássico de Trizol. Após a extração, o RNA foi quantificado e testado quanto à sua capacidade de amplificação pela reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) utilizando primers do gene endógeno gliceraldeído-3 fosfato desidrogenase (GAPDH). DISCUSSÃO/CONCLUSÃO:
Todos os protocolos testados produziram quantidades adequadas e suficientes de RNA total, entretanto, somente os protocolos com uso dos kits Ambion e Arcturus produziram RNA capaz de ser amplificado pela PCR.ABSTRACT
INTRODUCTION:
Formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissues are an important sample source for retrospective studies. Despite its ability to preserve proteins and cell morphology, formalin hinders Molecular Biology tests once it fragments and chemically modifies nucleic acids, particularly RNA.OBJECTIVE:
To compare the efficiency of three different RNA extraction protocols for gene expression analysis of FFEP tissues. MATERIAL ANDMETHODS:
RNA was extracted from FFPE samples of human lymph by means of Ambion and Arcturus Bioscience kits and the classical Trizol method. After extraction, RNA was quantified and tested for amplification through real time polymerase chain reaction (RT-PCR) using glyceraldehydes-3 phosphate dehydrogenase (GAPDH) endogenous gene primers. DISCUSSION/CONCLUSION:
All the protocols produced sufficient and adequate amounts of total RNA. However, only protocols using Arcturus and Ambion kits generated suitable RNA for PCR amplification.
Texto completo:
Disponível
Coleções:
Bases de dados internacionais
Base de dados:
LILACS
Assunto principal:
Parafina
/
RNA
/
Expressão Gênica
/
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Tipo de estudo:
Guia de prática clínica
/
Estudo observacional
Limite:
Humanos
Idioma:
Português
Revista:
J. bras. patol. med. lab
Assunto da revista:
Patologia
Ano de publicação:
2011
Tipo de documento:
Artigo
País de afiliação:
Brasil
Instituição/País de afiliação:
FMUSP/BR
/
Hemocentro de São Paulo/BR
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Instituto do Câncer do Estado de São Paulo/BR
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Universidade de São Paulo/BR