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Saudi Arabian SARS-CoV-2 genomes implicate a mutant Nucleocapsid protein in modulating host interactions and increased viral load in COVID-19 patients
Preprint
em Inglês
| medRxiv
| ID: ppmedrxiv-21256706
ABSTRACT
Monitoring SARS-CoV-2 spread and evolution through genome sequencing is essential in handling the COVID-19 pandemic. The availability of patient hospital records is crucial for linking the genomic sequence information to virus function during the course of infections. Here, we sequenced 892 SARS-CoV-2 genomes collected from patients in Saudi Arabia from March to August 2020. From the assembled sequences, we estimate the SARS-CoV-2 effective population size and infection rate and outline the epidemiological dynamics of import and transmission events during this period in Saudi Arabia. We show that two consecutive mutations (R203K/G204R) in the SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) protein are associated with higher viral loads in COVID-19 patients. Our comparative biochemical analysis reveals that the mutant N protein displays enhanced viral RNA binding and differential interaction with key host proteins. We found hyper-phosphorylation of the adjacent serine site (S206) in the mutant N protein by mass-spectrometry analysis. Furthermore, analysis of the host cell transcriptome suggests that the mutant N protein results in dysregulated interferon response genes. We provide crucial information in linking the R203K/G204R mutations in the N protein as a major modulator of host-virus interactions and increased viral load and underline the potential of the nucleocapsid protein as a drug target during infection.
cc_by_nc_nd
Texto completo:
Disponível
Coleções:
Preprints
Base de dados:
medRxiv
Tipo de estudo:
Estudo prognóstico
Idioma:
Inglês
Ano de publicação:
2021
Tipo de documento:
Preprint