Modelo computacional interactivo, semi-automatizado y de código abierto aplicado a la vigilancia de virus respiratorios / Interactive, semi-automatized and open source computational model applied to respiratory viruses surveillance

Resumen Las infecciones respiratorias agudas (IRA) causadas por virus son una importante causa de morbilidad y mortalidad en el mundo, afectando principalmente a niños y adultos mayores. Se asocian a un alto número de consultas y hospitalizaciones, a una significativa sobrecarga del sistema de salud y a un alto costo económico. La vigilancia de virus respiratorios tiene el potencial de ayudar a optimizar la respuesta sanitaria, garantizar la disponibilidad de recursos humanos, racionalizar los recursos y disminuir los costos asociados a la atención en salud. Con el objetivo de optimizar la recolección y visualización de los datos de nuestro actual sistema de vigilancia de virus respiratorios, se diseñó una plataforma basada en R y sus paquetes Shiny, que permite la creación de una interfase web interactiva y amigable para la recolección, análisis y publicación de los datos. Se ingresaron a esta plataforma los datos de la red de vigilancia metropolitana de virus respiratorios disponibles desde 2006. En esta plataforma, el investigador demora menos de un minuto en registrar los datos. El análisis y publicación es inmediato, llegando a cualquier usuario con un dispositivo conectado a Internet, quien puede elegir las variables a consultar. Con un costo muy bajo, en poco tiempo y utilizando el lenguaje de programación R, se logró crear un sistema simple e interactivo, disminuyendo el tiempo de carga y análisis de datos de forma considerable, posiblemente aumentando el impacto y la disponibilidad de esta vigilancia.

Abstract Acute respiratory infections (ARI) are an important cause of morbidity and mortality worldwide, affecting mainly children and the elderly. They are associated with a high economic burden, increased number of medical visits and hospitalizations. The surveillance of the circulation of respiratory viruses can reduce the health care associated costs, and to optimize the health response. A platform based on R and its package Shiny was designed, to create an interactive and friendly web interface for gathering, analysis and publication of the data. The data from the Chilean metropolitan respiratory viruses surveillance network, available since 2006, was uploaded into the platform. Using this platform, the researcher spends less than 1 minute to upload the data, and the analysis and publication is immediate, available to be seen by any user with a device connected to Internet, who can choose the variables to be displayed. With a very low cost, in a short time, and using the R programming language, it was possible to create a simple, and interactive platform, considerably decreasing the upload and analysis time, and increasing the impact and availability of this surveillance.

Características clínicas y factores pronósticos de la enfermedad meningocóccica: un estudio de serie de casos en Chile durante el brote 2012-2013 / Clinical features and prognostic factors of meningococcal disease: a case series study in Chile during the 2012-2013 outbreak

Introduction: Meningococcal disease (MD) is a major global problem because of its case fatality rate and sequels. Since 2012 cases of serogroup W have increased in Chile, with nonspecific clinical presentation, high case fatality rate and serious consequences. Objective: To characterize the evolution and outcome of MD cases between January 2012 and March 2013 in Chile. Material and Methods: Case series considering149 MD cases of 7 regions. A questionnaire was applied and clinical records were reviewed, including individual, agent, clinical course and healthcare process variables. The analysis allowed to obtain estimates of the OR as likelihoodof dying. Results: 51.5% was meningococcemia, the case fatality rate reached 27%, prevailing serogroup W (46.6%). Factors that increased the probability of dying: > age, belonging to indigenous people, having lived a stressful event, having diarrhea, impaired consciousness, cardiovascular symptoms, low oxygen saturation and low Glasgow coma scale score. Discussion: The case fatality rate exceeded normal levels and was higher in serogroup W. Increasing in this serogroup, associated to the increased presence of nonspecific symptoms or rapid progression to septicemia, hit a health system accustomed to more classic meningococcal disease presentation, which could partly explain the observed increased fatality rate.

Introducción: La enfermedad meningocóccica (EM) es un importante problema mundial por su letalidad y secuelas. Desde 2012 aumentaron en Chile los casos por serogrupo W, con presentación clínica inespecífica, elevada letalidad y secuelas graves. Objetivo: Caracterizar la evolución y desenlace de EM en casos desde enero de 2012 a marzo de 2013 en Chile. Material y Método: Serie de 149 casos de EM de siete regiones. Se aplicó un cuestionario y se revisaron registros clínicos, incluyendo variables del individuo, agente, curso clínico y proceso de atención. Los análisis permitieron obtener OR como estimadores de la probabilidad de fallecer. Resultados: El 51,5% se presentó como meningococcemia, la letalidad alcanzó a 27%, predominando el serogrupo W (46,6%). Aumentaron la probabilidad de fallecer: una mayor edad, pertenencia a pueblos originarios, haber vivido evento estresante, presentar diarrea, compromiso de conciencia, síntomas cardiovasculares, baja saturación de oxígeno y bajo puntaje de Glasgow. Discusión: La letalidad superó las frecuencias habituales y fue mayor en el serogrupo W. El aumento de este serogrupo, asociado a la mayor presencia de síntomas inespecíficos o a la rápida progresión a septicemia, impactó en un sistema de salud habituado a cuadros más clásicos de EM, lo que podría explicar en parte, la mayor letalidad observada.