Detalhe da pesquisa
1.
TKSM: highly modular, user-customizable, and scalable transcriptomic sequencing long-read simulator.
Bioinformatics
; 40(2)2024 02 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38273664
2.
Freddie: annotation-independent detection and discovery of transcriptomic alternative splicing isoforms using long-read sequencing.
Nucleic Acids Res
; 51(2): e11, 2023 01 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36478271
3.
PlasBin-flow: a flow-based MILP algorithm for plasmid contigs binning.
Bioinformatics
; 39(39 Suppl 1): i288-i296, 2023 06 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37387134
4.
Genion, an accurate tool to detect gene fusion from long transcriptomics reads.
BMC Genomics
; 23(1): 129, 2022 Feb 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35164688
5.
Automated identification of maximal differential cell populations in flow cytometry data.
Cytometry A
; 101(2): 177-184, 2022 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34559446
6.
Evolutionary superscaffolding and chromosome anchoring to improve Anopheles genome assemblies.
BMC Biol
; 18(1): 1, 2020 01 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31898513
7.
HyAsP, a greedy tool for plasmids identification.
Bioinformatics
; 35(21): 4436-4439, 2019 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31116364
8.
Alignment-free clustering of UMI tagged DNA molecules.
Bioinformatics
; 35(11): 1829-1836, 2019 06 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30351359
9.
Counting and sampling gene family evolutionary histories in the duplication-loss and duplication-loss-transfer models.
J Math Biol
; 80(5): 1353-1388, 2020 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32060618
10.
Deconvoluting the diversity of within-host pathogen strains in a multi-locus sequence typing framework.
BMC Bioinformatics
; 20(Suppl 20): 637, 2019 Dec 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31842753
11.
The BRaliBase dent-a tale of benchmark design and interpretation.
Brief Bioinform
; 18(2): 306-311, 2017 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26984616
12.
flowLearn: fast and precise identification and quality checking of cell populations in flow cytometry.
Bioinformatics
; 34(13): 2245-2253, 2018 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29462241
13.
Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes.
BMC Genomics
; 19(Suppl 2): 96, 2018 May 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29764366
14.
LRCstats, a tool for evaluating long reads correction methods.
Bioinformatics
; 33(22): 3652-3654, 2017 Nov 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29036421
15.
ecceTERA: comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony.
Bioinformatics
; 32(13): 2056-8, 2016 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27153713
16.
CoLoRMap: Correcting Long Reads by Mapping short reads.
Bioinformatics
; 32(17): i545-i551, 2016 09 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27587673
17.
Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach.
BMC Bioinformatics
; 16 Suppl 19: S6, 2015.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26696141
18.
Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding.
BMC Genomics
; 16 Suppl 10: S11, 2015.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26450761
19.
Polytomy refinement for the correction of dubious duplications in gene trees.
Bioinformatics
; 30(17): i519-26, 2014 Sep 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25161242
20.
FPSAC: fast phylogenetic scaffolding of ancient contigs.
Bioinformatics
; 29(23): 2987-94, 2013 Dec 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24068034