Detalhe da pesquisa
1.
EnGens: a computational framework for generation and analysis of representative protein conformational ensembles.
Brief Bioinform
; 24(4)2023 07 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37418278
2.
Unsupervised Learning Methods for Molecular Simulation Data.
Chem Rev
; 121(16): 9722-9758, 2021 08 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33945269
3.
Markov state modeling reveals alternative unbinding pathways for peptide-MHC complexes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(48): 30610-30618, 2020 12 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33184174
4.
Quantum dynamics using path integral coarse-graining.
J Chem Phys
; 157(18): 181102, 2022 Nov 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36379765
5.
Machine Learning for Molecular Simulation.
Annu Rev Phys Chem
; 71: 361-390, 2020 04 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32092281
6.
Machine learning meets chemical physics.
J Chem Phys
; 154(16): 160401, 2021 Apr 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33940847
7.
Multi-body effects in a coarse-grained protein force field.
J Chem Phys
; 154(16): 164113, 2021 Apr 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33940848
8.
Machine learning implicit solvation for molecular dynamics.
J Chem Phys
; 155(8): 084101, 2021 Aug 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34470360
9.
Size and topology modulate the effects of frustration in protein folding.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(37): 9234-9239, 2018 09 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30150375
10.
Spectral Properties of Effective Dynamics from Conditional Expectations.
Entropy (Basel)
; 23(2)2021 Jan 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33494443
11.
Ensemble learning of coarse-grained molecular dynamics force fields with a kernel approach.
J Chem Phys
; 152(19): 194106, 2020 May 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33687259
12.
Coarse graining molecular dynamics with graph neural networks.
J Chem Phys
; 153(19): 194101, 2020 Nov 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33218238
13.
Combining experimental and simulation data of molecular processes via augmented Markov models.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(31): 8265-8270, 2017 08 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28716931
14.
Coarse-graining molecular systems by spectral matching.
J Chem Phys
; 151(4): 044116, 2019 Jul 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31370528
15.
APE-Gen: A Fast Method for Generating Ensembles of Bound Peptide-MHC Conformations.
Molecules
; 24(5)2019 Mar 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30832312
16.
Simulations Reveal Multiple Intermediates in the Unzipping Mechanism of Neuronal SNARE Complex.
Biophys J
; 115(8): 1470-1480, 2018 10 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30268539
17.
Introduction: Machine Learning at the Atomic Scale.
Chem Rev
; 121(16): 9719-9721, 2021 08 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34428897
18.
Sparse learning of stochastic dynamical equations.
J Chem Phys
; 148(24): 241723, 2018 Jun 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29960307
19.
Quantitative comparison of adaptive sampling methods for protein dynamics.
J Chem Phys
; 149(24): 244119, 2018 Dec 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30599712
20.
Perspective: Computational chemistry software and its advancement as illustrated through three grand challenge cases for molecular science.
J Chem Phys
; 149(18): 180901, 2018 Nov 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30441927